胡飛收復黑龍江省之後，下一個目標自然就是吉林省。當時吉林督軍是孟恩遠。孟恩遠，字曙春，1859年生于天津。在天津小站入新建陸軍。1912年，任陸軍第二十三師師長。1907年任吉林巡防營翼長、記名提督，吉林督辦剿防事宜。1914年，升任鎮安左將軍督理吉林軍務。1916年7月，改任吉林督軍。張勛復闢時，于1917年7月，任命其為吉林巡撫。可以說，他是個老吉林。在吉林經營有年，根深蒂固。他當然不是胡飛的嫡系，胡飛很想把他換掉。
本來胡飛以為趕走孟恩遠是件容易的事，但不承想沒那麼簡單。胡飛略施小計，向北京政府密告孟恩遠在張勛復闢時，曾接受巡撫任命，與復闢有染，擔當巡撫不稱職。1917年10月18日，北京政府便下令調吉林督軍孟恩遠為誠威將軍，派田中玉為吉林督軍。將軍在當時是個有名無實的空頭餃。
這時候的袁大頭早已經作古，現在的北京政府總統馮國璋，總理段祺瑞，在政務上，一時間之間出現了府院之爭。
段祺瑞對胡飛沒有好感，但也不得不利用他。既然你胡飛有密報，我就乘機派一個自己人來調換孟恩遠。但是孟恩遠也有他的關系網。孟恩遠的外甥高士儐是吉林督署的參謀長，又兼師長。女婿陸承武的父親是直系幕後活動家陸建章。在這種情況下，孟恩遠決定不交權。胡飛想武力解決。但在總統黎元洪聯合直系軍閥的干預下，胡飛沒敢有所動作，此事也就暫時擱置了。
胡飛在1918年9月7日，經徐世昌總統任命為東三省巡閱使。在此之前，馮國璋當總統、段祺瑞當國務總理時，他們于1918年6月20日任命曹錕為川粵湘贛四省經略使，而且給曹錕特意鑄造了一顆銀質獅鈕大印，重達兩斤多，比特任官的印還要大很多。這是在暗示曹錕要高于所有的督軍，將來很有可能當上副總統，馮國璋和段祺瑞以此來籠絡曹錕。
徐世昌是1918年9月4日當上總統的，僅僅過了三天，就任命胡飛為東三省巡閱使。這顯示了徐世昌和段祺瑞對胡飛的拉攏。從此，北方就有了兩個比督軍大的官了，他們之間也有互相牽制的作用。這是內閣總理段祺瑞為了實現他的「武力統一」中國政策的一個策略。
東三省巡閱使比省督軍高一級，形同前清的東三省總督，但比總督有更大的實權。這就使胡飛有權建議中央安排東三省的人選。1919年6月，胡飛認為驅逐孟恩遠時機已經成熟了。于是，胡飛電請徐世昌將孟恩遠他調，以黑龍江督軍鮑貴卿繼任。而黑龍江督軍由其嫡系孫烈臣擔任。
胡飛的電請，得到徐世昌的批準。1919年7月6日，北京政府調孟恩遠為惠威將軍。此時的孟恩遠已是60歲的老人，而且在吉林搜刮多年，已腦滿腸肥，得此消息，本想一走了之，回天津做寓公。但又不太甘心，尤其是他的部下不滿。他的部下有兩個人反對最烈。一個是參謀長兼師長的高士儐，一個是旅長高夙城。這二高慫恿孟恩遠要和胡飛開仗，拒絕調走。孟恩遠也就「一任彼等之擁戴，企圖僥幸于萬一」。
得到這個消息，胡飛立即派孫烈臣為吉林陸軍總司令，調兵向吉林進發。十萬大兵壓境，孟恩遠知道自己不是胡飛的對手。他不顧二高的反對，密電胡飛同意交出吉林督軍大權，但要保證他的生命財產安全。胡飛當即回電，只要交出吉林督軍大權，保證你安全回到天津。8月5日，鮑貴卿和孟恩遠同到吉林市，交接了督軍大印。就這樣，孟恩遠攜帶大批財產回到了天津，做寓公去了。二高也不敢反抗，放棄了部隊，身著便裝繞道海參崴乘船潛回天津。
障礙掃除之後，胡飛下令，將鮑貴卿調到吉林，任吉林督軍。同時，孫烈臣調署黑龍江督軍。8月，加陸軍上將餃，兼署黑龍江省省長。孫烈臣一直是胡飛的部下，對胡飛忠心耿耿，值得信任。因此，胡飛把黑龍江的軍政大權交給了他。至此，胡飛終于攫取了東三省的領導權。
胡飛真正的一統了東北三省，胡飛此時在東三省可謂只手遮天，權勢滔天。一個膨脹的心，讓胡飛一點點構建著自己的野心。