同盟會同意陸徽祥任總理，但對組織超然混合內閣抱抵制態度，議決閣員全部退出內閣。7月1日，再次召開會議，強調「此次既系超然內閣，凡本會會員皆不得自由加入，務使本會主張先後一致」。同盟會這一行動，打亂了袁世凱企圖利用同盟會為他繼續裝點門面的如意算盤。但老奸巨猾的袁世凱並沒有放棄，反而繼續物色，企圖用高官厚祿來吸引同盟會會員入閣。
經過一番考察，他認為孫毓筠、胡瑛、沈秉三人既有同盟會籍，且「所持主義穩健」，打算拉他們分別擔任教育、農林和工商總長。同盟會听說後極為憤慨。宋教仁發表談話說︰「袁世凱此舉，系一種逼奸政策。」同盟會本部一面派魏宸組勸袁打消此念，一面召開會議，作出孫、胡、沈三人不得參加內閣的決定。然而，袁世凱除將胡瑛換成王人文外，仍執意拉孫毓筠、沈秉入閣，而且還試圖拉人民黨人入閣。出乎袁世凱意料的是，不僅張謇和湯壽潛辭去了職務，吳景濂更是向他轉達了秦時竹的意見，表示「鑒于上次的教訓，最好能讓總統以自己信任之人參與內閣，人民黨不予干涉」。在人民黨處踫到軟釘子後，袁世凱為了保證參議院順利通過人選，還極力拉攏共和黨，許諾將支持位置該黨的參議員為國務員。在袁的種種引誘下，共和黨為使殷汝驪、谷鐘秀等人入閣，表達了同意的意見。
人民黨不入閣是南北局經過秘密商討後達成的，程德全控制江蘇局勢後，專程派人前來感謝。同時就組閣問題和秦時竹交換了意見。秦時竹的意思是希望南方局能夠在江浙一帶打壓同盟會地勢力。擴大人民黨地影響，至于內閣，在袁世凱擔任總統的情況下，不大可能有所作為，不如不參加。但是，一定要支持同盟會會員參加。
「這是何故？請主席明示。」
「理由很簡單，同盟會不是已經議決凡是同盟會會員不得參加內閣嗎？咱們即偏偏支持他們的議員參加內閣，讓他那個所謂的決議變成一張廢紙，從內部增大同盟會的裂痕，我倒要看看。這同盟會究竟是不是鐵板一塊。」
「高！實在是高！」
「當然，人民黨不入閣對南方局的幾位先生來說可能也委屈了些，但是我想。我們黨一定要保持團結。對于南方局來說，擴大在江浙的影響力更有意義。滬督既然已經撤銷，雪樓（程德全的字）也重新擔任江蘇都督。你們要利用好這個機會，牢牢控制住江蘇和上海的局面。」
「但是目前駐蘇各部隊有很多不听號令。程都督很是傷腦筋。」
「這個不礙事，雪樓兄會處理好的，只要維持各派軍隊地均勢就可以了，等再過段時間，借口財政困難，可以再度裁軍。如果裁撤下來的部隊無處安置，可以讓他們來投奔北疆國防
「妙！我回去就如實稟報都督。」
「還有，上次他給我物色了一批中小學教師。听說各縣都很搶手。如果可能，請他再幫我們物色一批。江浙地方。畢竟是人文薈萃之地，人才輩出啊！」
「秦主席過獎了。無論是季老還是都督，都對您的大手筆很欽佩。」
「另外，他上次和我提出過地江浙兩省貨物和北疆各省貨物在對方區域銷售時豁免一道厘金的建議，經過議會討論，已經同意了，如果兩省的議會也同意，不妨可以照此實行。」
「那太好了！我回去一定馬上稟報，盡快讓議會通過。」事情說穿了也不奇怪，江浙兩省地議會有不少紳商，相互減免稅收等于增加了他們的利潤，他們會不同意才怪呢？
秦時竹和程德全合謀，掃蕩江蘇地同盟會勢力的企圖袁世凱不會看不出來，但是，打倒同盟會，是他樂意看到的結果，因此也就睜眼閉眼。眼看江浙已經不用自己操心，他把目光投向了湖北。湖北是首義之地，對于革命黨人有特殊的意義，袁世凱不敢掉以輕心，在這種現實下，拉攏黎元洪，利用黎元洪來打擊革命黨人，使其成為自己在南方最重要的同盟者，就成為了袁世凱的重要策略。但是，黎元洪畢竟不是北洋系，又擔任同盟會的協理，如何做得巧妙，是袁世凱所要考慮的問題。關鍵時刻，參謀次長陳宦給他出主意，利用湖北內部矛盾，袁世凱大喜，連忙命令陳宦全權操辦此事。
其實黎元洪也有說不出地苦衷，他雖然受革命之賜，由前清協統一躍而為民國副總統、鄂軍都督領參謀總長，但他與革命黨並無感情，隨著他個人地位地鞏固和全國形勢的變化，他內心地痛苦愈發明顯。因為他知道自己這個「民國元勛」是逼上梁山弄到手的，而逼迫他參加革命的三武——孫武、張振武和蔣翎武深知他的底細，始終瞧不起他這個被槍桿子逼出來的副總統。盡管別人把黎元洪捧上三十三天，在三武看來他卻是個微不足道的人物，根本不買賬，屢次跟黎元洪過不去，認為他的天下和地位都是他們替他打出來的。因此，黎元洪在精神上經常感到威脅，早就欲除之而後快。陳宦跑到武昌後，私下里對黎元洪說︰「三武不去，則副總統無權，若輩起自下層，大總統召其來京，寵以高官厚祿，必將有益于副總統。」
黎元洪大喜，連忙發函，袁世凱見到後，微微一笑，先後召集三武北上，授予總統府軍事顧問官的虛職。三武本來是滿懷希望想拜將封侯的，沒想到居然是這樣一個結果，張振武極為憤慨地指責段祺瑞︰「我們湖北人只會做顧問官耶？」還兩次向袁世凱遞交屯墾條陳，要求主持屯墾事務。為了敷衍張。袁世凱委任他為蒙古屯墾使。當他要求設立專門機構時，袁便不加理睬了。事情很明顯，蒙古屯墾要得到北疆方面的許可，袁世凱正有求于秦時竹，怎麼會為了一個八竿子打不著的張振武去專門設立機構呢？
見沒有效果，張振武大怒，一氣之下不辭而別回了武昌，憑借自己在湖湖北地實力，設立屯墾事務所，向黎元洪每月索取1000大洋。還揚言要招募一鎮精兵，赴蒙古鎮撫。黎元洪本來像送瘟神一樣送走了他，沒想到瘟神居然又回來了。而且張振武與其它兩個不同。手里還掌握著一支精干地武裝——將校團。為了徹底解決三武問題、鞏固湖北，黎元洪听從陳宦的建議，采取了「陽為附合。徐圖掃平」的主要策略，伺機利用革命黨內部矛盾來打擊革命黨。
時機終于來了。6月中下旬，所謂同盟會準備謀亂的謠傳，在武昌內外不脛而走（其實是派系矛盾）。月底，以孫武為首的共和黨鄂支部和同盟會鄂支部各軍界要人，在黎元洪召集的軍事會議上又大起沖突，孫派指責同盟派王憲章、楊玉如等「因不得重要位置，欲謀危黎副總統，推倒鄂軍政府」。同盟派自辯這是共和黨的誣陷。雙方爭執不下，以至動武。會後。都督府民政總監、軍務司等府署輕信「同盟會亦欲推倒共和黨重要人物」，公然架起大炮，空氣異常緊張。
黎元洪見有機可乘，立即宣布武昌戒嚴，下令「有暴動及擅自開槍聚眾者，格殺勿論。」盡管居正、胡秉柯等代表同盟會向黎聲明「但使共和政體一日無顛覆之虞，同盟政黨斷不至有革命之舉」，但黎元洪已經抓住機會，豈肯放手？王憲章（代二鎮統制）、楊玉如（都督府顧問）和祝制六（警察學校監學）先後被黎元洪解職。隨後幾天，黎元洪更出動大批軍警，逮捕江光國、滕亞綱和祝制六，宣布祝制六為「群英會會長」，「私立機關，假改革政治之名，主持極端破壞」，「實屬……罪大惡極」，隨即秘密殺害，並依照所謂的「名冊」索捕處死大批同盟會會員（主要是原先的文學社派）。由此可見，這次被稱為「第三次革命」的風潮，實際上是黎元洪利用黨爭打擊同盟會力量地一次陰謀活動。
但具有諷刺意味的是，祝制六等遭無辜殺害後，同盟會內盡管有人看出是黎元洪「做成的圈套」，而領導人卻不敢為他們伸冤，甚至否認他們之間地關系。蔣翎武就公開表示與被殺三人「志不同，道不合」，「祝等犯罪與否，不得而知」。他們還一味指責孫武為謀取都督職位，出錢唆使李忠義告發，一手制造了這次事件。孫武則上書黎元洪，指責此事件實際為同盟會「主持」，要求「宣布罪狀，通告國中」。就這樣，利用派別斗爭的煙霧，黎元洪掩蓋了他的清洗活動。
黎元洪作為一個武人，自然懂得槍桿子地重要性，借此機會，他又狠抓軍政大權，全面控制各要害部門。他一面擴充心月復軍隊軍隊，安插私人，又將革命派軍隊陸續遣散、縮編，並以前清舊軍官唐克明、王安瀾和賣身投靠、聲稱給他「四十把大刀包把文學社員殺絕」的蔡漢卿為師長。對軍政府各要害部門，他更是「遠賢親佞」，極力把持。
為了掩人耳目，他又假惺惺地通電提出軍民分治，並正式宣布于7月5日實行，但正如時論所說，不過虛有其名。因為代理民政長劉心源就是他地親信，而且各司司長的任免，仍受他的干預。黎元洪原先的秘書饒漢祥升任內務司長，一切重要職務的變動，均出自黎氏之手，根本不意味著放棄對權利的壟斷。
在黎元洪打擊同盟會勢力的時候，共和黨的地位也無形中增強了，因此，盡管黎元洪地手段不那麼光明磊落，還是讓共和黨高層非常興奮。再者，由于饒漢祥升任內務司長，標志著共和黨在湖北地位地上升。就這樣，共和黨、黎元洪和袁世凱在打擊同盟會勢力上，形成了非預謀的合謀。北洋系地勢力，逐步向南方開始滲透。
七月的天氣已經漸漸熱了起來，葛洪義在赫圖阿拉已經呆了兩個多月，案件的疑點越來越多，但一直形不成有條理的線索。
「總座，據大連方面來的情報匯總，頭山滿似乎會見了不少人馬，但是此人做事機密，商議什麼我們不得而知。」
「繼續監視，如果有異動直接向我報告。」
「另外，根據城里的內線匯報，那個黃姓商人這幾天什麼活動也沒有，天天呆在家里，也沒有人前來接頭。」
「哦？是嘛？」葛洪義沉思了一下，「回沈陽！」
「回沈陽？為什麼？」手下人不解，「我們不是要逮大魚嗎？怎麼就回去了？」
「嘿嘿，放長線才能釣大魚，現在我們這麼多人馬呆在這里，大魚早嚇得躲好了，不回沈陽難道還在這里傻呆著啊？」
「那是不是繼續監視這個人？」
「監視是要的，但不用這麼多人手，如果我沒猜錯的話，此人應該已經發現我們在監視他，所以按兵不動的。咱們就是要給他一個錯覺，認為我們放棄了。」
「是，我這就去安排。」剛轉身還沒走，又有人急匆匆地進來了，「報告總座，吉林急電、沈陽急電！」
「怎麼回事？吉林出什麼事了？一件件說。」葛洪義大驚。
「周都督會剿馬賊、土匪，遭遇一伙號稱滿洲阿菊的土匪，疑心是日本人，特意派遣內務廳調查，經過內務廳這些天的調查，初步模清了此人的底細，確系日本人無疑，而且據說還與關東軍和黑龍會有關，吉林方面感覺事態嚴重，特地前來報告，請求指示。」