「1、海軍中袁世凱、劉冠雄余黨要清除干淨，在政治上必須取得一致；
2、凡在行營外違反禁令（包括吸毒、賭博、嫖娼、私自在外居住等）給社會造成不良印象的海軍官兵，軍官一律撤職查辦，士兵一律遣散；
3、在行營內部違反禁令進行賭博的，視情節輕重，分別給予訓誡、警告、罰薪、撤職查辦（遣散）等處分，凡累犯者，一律撤職查辦（遣散）；
4、在行營內部違反禁令吸食鴉片的，限令一個月戒絕，戒絕期間一律調離原崗位，軍官撤銷職務保留軍餃，一個月後視身體恢復情況重新安排工作，如不能戒絕或戒絕後復吸的，一律撤職查辦；
5、有其他嚴重違法行為，如結黨營私、貪污舞弊等，責令嚴查，按查處結果予以處分；
6、凡官兵請假，無正當理由逾期不歸者，超假半月以內，予以訓誡、警告或罰薪處理；超假半月以上，一律遣散，取消海軍軍籍；
7、保民等7艦除籍後所有官兵編列候補，根據其余艦艇之空額按照能力、軍餃、職務統一替補；
8、在以上基礎上，重新安排各艦軍官，進行改組，凡屬逾期未歸者，一律不予安排工作。」
薩鎮冰、程壁光請罪︰「海軍目前情況，我等有不可推卸之責任，懇請大總統予以處分。」
「海軍的現狀，是袁世凱、劉冠雄等人一手造成的。和你們兩位沒有多大聯系，但既然目前海軍整肅，這失察一事恐怕也有若干關系，我想你們兩個就接受一次訓誡。也當是一次教訓。」
「謝總統寬容。」
「湯薌銘雖然不在行營，但對海軍近況亦有不小責任，同樣給予訓誡。」秦時竹想了想。「李鼎新直接負責海軍基地管理，責任最大。情節也最嚴重，剛才前去時已是深夜，居然連酒都未醒，可見放肆到何等地步，此人不可再用。」
薩鎮冰、程壁光等皆稱善。
「那再請百里兄將海軍改組意見談一談。」
「海軍改組。一方面牽涉到舊有機構地撤銷，另一方面又需要建立、健全新機構。海軍部撤銷後。由國防次長統管海軍，設立海軍司令部，同樣下設海軍四總部，原左右艦隊一體撤銷。」蔣方震隨即拿出了他的高層名單︰
海軍總司令︰薩鎮冰上將（國防次長兼，統管海軍）
海防總監︰程壁光中將（副總參謀長兼，協同統管海軍）
常務副司令︰湯薌銘中將（原海軍次長，分管基地、艦隊，原艦隊總司令李鼎新撤職查辦）
副司令︰藍建樞少將（原左艦隊司令，協助分管基地、艦隊，原副司令蔡廷干撤職查辦）
海軍參謀長︰徐振鵬少將（原右艦隊司令）副參謀長︰毛仲芳上校（原海軍部參謀）
海軍政治部主任︰李景曦少將（原駐英學生監督）副主任︰謝葆璋上校（原二等參事）
海軍裝備部主任︰李和少將（原駐英艦艇制造監督）副主任︰吳德章上校（原海軍部造船總監）
海軍後勤部主任︰黃裳治少將（原海軍部一等參謀）副主任︰謝剛哲上校（留日海軍第一期）
經過這一番簡化。原海軍部人員臃腫、機構過大的情況得到了改變——試想當時陸軍部和海軍部官員人數幾乎一樣多。陸軍多少人？海軍才多少人多少艦？明顯不合理）。
「四總部設立後，海軍基地由常務副司令湯薌銘直管。海軍參謀部主要負責艦隊日常訓練、演習、作戰等事宜；海軍軍紀、教育、研究所由海軍政治部分管；海軍各制造廠由海軍裝備部分管；後勤獨立，由海軍後勤部分管，逐步廢除艦長人事任免權和財政統轄權。」按照這一設想，重新任免如下︰
北疆船舶高等學院在吸收煙台海軍學堂後改稱海軍學院（原煙台海軍學堂監督鄭汝成撤職查辦）
院長︰葉在馥代將（原船舶高專校長）
副院長︰高平寒上校（原船舶高專副校長）
教育總監︰謝葆璋上校（兼）
教育少監︰江中清中校（原煙台海校教務長，實際主持工作）
技術總監︰王伯屏中校（著名輪機專家，留英）
技術少監︰顧燕逸少校（王伯屏師弟，著名造船專家，留英）
訓練總監︰葉幼峰中校
訓練少監︰朱正霖少校（原煙台海校齋務長）
這個方案都是薩鎮冰、程壁光和蔣方震商量過又商量再經過秦時竹的點頭，現在提交出來，眾人都表示沒有異議。
「方才我找了沈鴻烈和凌霄談話，都不約而同地談到了目前海軍中存在問題，尤其是派系之分，我在考慮，對艦隊進行改組時，需要照顧這個情形。」秦時竹笑著對薩鎮冰說，「這倒不是說閩系地人物不好，遼系的人物都好，你們看，今天陳紹寬、程耀垣、劉永浩、孟幕超等人的表現就不錯，特別是陳紹寬，表現極為突出，不僅考試是滿分，問題回答得不錯，而且還能發動全艦官兵一起進修，堪稱難得，這樣地人才不重用我們還等什麼？如果再按照劉冠雄論資排輩、講究資歷那一套，恐怕我們永遠都得跟在別人後面亦步亦趨……考慮到這一、二年我們新接收和即將接收新艦艇，我擬成立一個練習分艦隊，由新銳之將士擔綱。以免沾染上那些暮氣。」
一番話听得眾人都是點頭，但秦時竹的提拔方案卻將幾人嚇了一跳。
「陳紹寬、程耀垣由少校擢為中校，分任應瑞、肇和兩新式巡洋艦副艦長、代艦長，以一年為期進行考察。如果真勝任其職，一年後正式任艦長。」
「總統，這樣一來。陳、程二人等于一次連升兩級，是不是太過于飛速？」程壁光說了他地疑慮。「紹寬還好，耀垣嘛……」
「哈哈，我地程副總長，海軍搞裙帶之風是萬萬不可，不過如果你為了避嫌。凡是沾親帶故的優秀都不敢重用，如何能為國惜才——內舉不避親嘛！再者。耀垣前清時節已是少校軍餃，前次晉升都讓你硬生生給阻攔了，此次再不晉升，我對你可有意見了。」
眾人大笑，程壁光也笑了。
「這樣的破格提拔，不光光是為了表彰這上面幾人，同時也是在給全體海軍將士發信號。有些年輕軍官，未必甘于沉淪，只是因為風氣不好，上梁不正下梁歪。故而也沾染了一些不良習氣。如果我們適時豎立幾個典型，便可以實際例子來告誡他們奮發向上。從派系平衡考慮。我剛才著重提拔的都是閩系人物，在海軍內部看來必然是公正之舉，顯得我對派系沒有偏見只有唯才是舉地方針，也有利于下一步改革。」
「總統從來都是唯才是舉，沒有門戶之見，我和薩次長極為服膺，相信下面人也會體諒總統一片苦心。」
經過一番商議，練習艦隊的名單新鮮出爐︰
練習艦隊轄通濟、應瑞、肇和、北訓四艦，將來再增飛鴻、龍湍兩艦。
練習艦隊司令︰葛寶炎上校
艦隊副司令︰劉永浩中校（留英）
通濟艦長︰葛寶炎（兼）
副艦長︰彭瀛少校
練習艦隊參謀長︰孟幕超中校（留英）
練習艦隊參謀︰劉華式、周光祖、李右文、蕭寶所（皆是留日第三期，上尉軍餃）
應瑞副艦長（代艦長）︰陳紹寬中校
肇和副艦長（代艦長）︰程耀垣中校
北訓艦長︰鄭禮慶中校（留日第二期）
副艦長︰姚葵常少校（留日第二期）
飛鴻接收專員︰葉芳哲少校（留美）
龍湍接收專員︰陳石英少校（留美）
夜色已經深沉，但是花車地燈光卻一直沒有熄滅，直到凌晨三時許，才在蔣方震、薩鎮冰和程壁光三人所擬定名單地基礎上完成了改組方案︰
艦隊下設主力支隊、游擊支隊、運輸支隊三個部分
主力支隊下轄海圻、海容、海籌等主力艦艇
主力支隊司令︰湯薌銘（兼）
副司令︰藍建樞（兼）
海圻艦長︰湯廷光上校（原代艦長）
副艦長︰鄭祖怡中校（原代副艦長）
海容艦長︰杜錫上校
副艦長︰林建章中校（原南琛艦長，原艦退役）
海籌艦長︰林頌莊上校
副艦長︰何心川中校（原鏡清艦長，原艦退役）
海琛艦長︰林永謨上校
副艦長︰甘聯敖中校（原保民艦長，原艦退役）
飛鷹艦長︰曾兆麟中校（原林頌莊兼）
副艦長︰趙士淦少校（原南琛副艦長）
建威艦長︰鄭綸少校（原艦長程耀垣）
建安艦長︰林國賡少校
同安艦長︰吳光宗少校
豫章艦長︰吳志馨少校
豫康艦長︰鄭碩簡少校
聯鯨艦長︰李毓麟少校（留日二期，原艦長陳紹寬）
楚觀艦長︰吳振南中校
楚謙艦長︰王光熊少校
楚豫艦長︰方佑生少校
楚泰艦長︰馬隕玉中校
楚同艦長︰何廣成中校
楚有艦長︰魏子浩少校
江圓艦長︰郁邦彥少校（原艦長溫樹德撤職查辦）
江亨艦長︰鄧家驊少校
江貞艦長︰周兆瑞少校
江利艦長︰朱天森少校
永翔艦長︰薛啟華少校
永豐艦長︰林霆亮少校（原登瀛洲艦長，原艦退役）
甘泉艦長︰杜逢時少校
舞風艦長︰王傳炯少校
游擊艦隊轄春、夏、北巡、北視四艦和遼興、遼平、遼遠、遼靜四艘魚雷艇，基本是原先遼系人馬。^^,泡,書,吧,首發^^
游擊支隊司令︰沈鴻烈上校（與凌霄各晉升一級）
副司令︰凌霄中校（留日第二期）
春號艦長︰沈鴻烈（兼）
副艦長︰楊宣誠少校（留日第二期）
夏號艦長︰凌霄（兼）
副艦長︰劉田甫少校（留日第二期）
北巡艦長︰方念祖少校（留日第二期）
北視艦長︰宋式善少校（留日第二期）
游擊支隊參謀︰朱偉、楊啟祥（主要負責政治宣傳工作）
運輸支隊轄北運、福安兩艘運輸艦
運輸支隊司令︰王時澤中校（留日第二期）
北運艦長︰王時澤（兼）
副艦長︰楊征祥少校（留日第二期）
福安艦長︰李國堂中校
副艦長︰張楚材少校（留日第三期）
新調任少校一批，充實各巡洋艦輪機長、航海長職務；新晉升、調任上尉一批，充任各炮艦副艦長和各驅逐艦輪機長職務；晉升、調任中尉一批，充任各炮艦輪機長、各巡洋艦（驅逐艦）槍炮長等職務……
另新任命上尉和中尉一批。為各魚雷艇正副艦長，陳策擔任列字魚雷艇上尉艦長。
天亮了，整個海軍行營都在惴惴不安地等待著命運的宣判。那些犯有過錯、特別是當場被憲兵逮住地更是提心吊膽。讓葛洪義、蔣方震頗為擔心地海軍異動倒是沒有發生，一方面憲兵和特警發揮了極大的威懾作用。縱然有人圖謀不軌，也難以動手；另一方面，海軍處于休整狀態，軍火庫被他人牢牢掌握，有心造反也沒有武器。即使再瘋狂的人，也不會拿著雞蛋去踫石頭。更何況雞蛋本身還有不同意見呢。
宣判的結果既出人意料，又在大家地預料之中，海軍行營的禮堂里，當著全海軍少尉以上軍官地面，蔣方震代表大本營宣布了海軍改組方案——有人歡喜有人憂。
陳紹寬、程耀垣等人昨天回去後就在討論會有什麼結果，嘰嘰喳喳地興奮了大半夜，突然听得被任命為應瑞、肇和兩艦地主官，高興地差點跳起來，而李鼎新回去後擔心了一夜，此刻听到消息。猶如一桶冰水從頭澆到腳。他聊以自慰地想︰不幸中的萬幸是這個處理只是撤職查辦，官雖然做不成了。腦袋畢竟還在。
以此為標志，海軍進入了大整頓時期，前前後後總共有200多名軍官被免職、1300多名不合格地水兵被剔除了海軍——中國海軍，蕩滌了他的污穢，補充了新鮮血液……
後世出版的有關海軍史著作，一概將此次整頓稱之為「民國海軍第一次整風」，認為「此次整肅，充分體現和貫徹了秦時竹總統有關海軍的建軍思想和方針，這一次以軍紀為核心的整風運動，基本扭轉了民初海軍所存在地不良習氣，對其日後的發展打下了堅實地基礎，更為難能可貴地是，此次整風雖然力度極大，但在事後基本沒有造成多大的反彈，所有地輿論也是一邊倒的……雖然這次整風依舊保留了大量的保守力量和派系隔閡，算不上徹底，但正是在這次整風中，後來在中華民國海軍史中大放光彩的幾位高級將領如沈鴻烈、凌霄、陳紹寬、程耀垣、陳策等，開始嶄露頭角……因此，無論從哪個角度分析，整風都是成功的。」