高爾察克主力的結局非常不妙，唯一值得慶幸的是，由于中國國防軍佔領了西伯利亞鐵路，歷史上原本試圖東運的捷克軍團無法順利撤退。在交涉中，陸征祥不止一次地強調，任何軍隊，如果要經過伊爾庫茨克以東，都必須解除武裝，在中國軍隊的押送下離境——否則，便視為對中國國土的侵犯，將堅決予以還擊。
這個表態，自然是針對捷克軍團和日本干涉軍所言的，當然，遠東領土如此廣大，國防軍不可能處處布防，偶爾穿越新國境也是在所難免。但捷克軍團這麼大批量的人員調度，非得依鐵路不成，而捷克軍團又不能接受解除武裝的要求，所以只能在高爾察克政權中滯留下來。
這次布爾什維克對東線的攻擊，直接將捷克軍團擊潰，很多人戰死，被俘虜的一部分被布爾什維克就地處決，另一部分則在國際共產主義的「感召」下就地加入布爾什維克。由于捷克軍團的滯留效應，高爾察克軍隊的主力獲得了喘息之機，而且，正在這個當口，從中國而來的第二批軍火物資抵達鄂木斯克。高爾察克政權撈到了救命稻草，從最初的慌亂中鎮靜下來。
現在，高爾察克可以騰出手來整頓他的軍隊，原來成分復雜、各懷心思的軍隊現在必須接受鄂木斯克的統一調配，否則，高爾察克就不發給補給物資。謝苗諾夫的哥薩克自恃有日本撐腰，依然目無鄂木斯克政權，不僅屢次鬧事，而且還依自己相對較強的實力搶奪其他部隊的物資。這樣不听號令的軍隊是高爾察克難以容忍的，只是，礙于背後的日本人，高爾察克只能選擇容忍。
不過，高爾察克的好運氣來了。中路集團軍司令蔡鍔接到秦時竹的明確命令，讓他利用有利的時機，打掉謝苗諾夫哥薩克勢力。理由自然不是為了高爾察克先生兩肋刀，而是日本利用哥薩克勢力，對國防軍遠東勢力圈構成了極大的威脅。由于西伯利亞鐵路掌握在中國手中，日軍的物資補給也是相當困難的，出于可以理解的原因，國防軍並不歡迎日軍進駐，更不要說利用西伯利亞鐵路輸送物資。這就使得日本一方面試圖對海參崴開始的中國守軍進行打擊，另一方面則利用俄國內部勢力進行搗亂。第一條辦法是徹底和中國開戰，在遼東戰事後有所恢復的日本陸軍雖然依舊狂妄，但還沒有對華必勝的把握，而第二條則要穩妥的多。
秦時竹的這道命令，契合高爾察克的心思，雖然他並不願意中國方面介入俄國內部事務，但哥薩克的事端實在太多，他不能熟視無睹。更何況，他討厭日本更甚于討厭中國，兩害相較取其輕，默許了國防軍對哥薩克的行動。
東線布爾什維克停止進攻絕不是為了憐憫高爾察克，而是因為在西線和南線遇到了麻煩。
在西線，波羅的海沿岸的尤登尼奇軍隊于7月中旬突破紅軍防線，撲向彼得格勒。8月初，紅山、灰馬、奧布魯切夫三個炮台發生叛亂，直接威脅彼得格勒的防御。紅軍費了不少力氣加強彼得格勒的防御，在里應外合的努力下，于中旬平息炮台的叛亂，下旬發動反攻，將尤登尼奇軍隊擊退，但損失不小。在南線,鄧尼金軍隊于7月間佔領頓巴斯、頓河州和烏克蘭部分地區，次月又佔領察里津(今伏爾加格勒)。由于當時高爾察克已敗退烏拉爾，因此鄧尼金未能實現與其會師的企圖。
但這已經是白軍進攻的頂點，緩過氣來的布爾什維克在東線勝利後，利用已經加強了的東方面軍(轄5個集團軍和伏爾加河區艦隊)在伏爾加河中游地區對白軍轉入進攻，9月10日攻克喀山，12日攻佔辛比爾斯克，10月上旬佔領塞茲蘭和薩馬拉。隨後，紅軍在察里津保衛戰中連續兩次擊退克拉斯諾夫哥薩克白軍的進攻；北高加索的兩個集團軍在與主力隔絕情況下堅持作戰,牽制鄧尼金‘志願軍‘北進。
當1918年的冬天來臨之際，在東線、西線和南線各個戰場，紅軍都取得了勝利，布爾什維克手中掌握的兵力第一次超過了白軍的總數，而且兵員質量有很大程度地提高，更要緊地是，雖然紅軍看上去還是四面被圍困，但統治區域連成了一片，如果集中兵力發動進攻，可以佔據明顯的優勢。放在布爾什維克面前的，只有一個問題，那就是如何合理安排優先解決的秩序。
冬天到來之後，烏拉爾暫時成為布爾什維克和高爾察克政權的分界線，各處的白軍都在舐傷口，鄂木斯克的情況最好，因為有中國方面源源不斷運來的物資，不但得以重整兵力，而且還進行了統一指揮。由于高爾察克政權能夠相對較為容易地獲取物資，也放棄對轄區內民眾的壓榨，苦于布爾什維克余糧征集制的富農大批從布爾什維克的控制區內逃亡，在這個群體當中，涌現了很多堅定反布爾什維克的軍官，成為高爾察克政權的中堅。
當然，這中間一個曲便是，謝苗諾夫哥薩克被國防軍擊潰，其部作為一個完整編制已經不復存在。在高爾察克整頓過程中，謝苗諾夫不甘于居于其下，有爭權奪利的野心，高爾察克便扣住補給品不發，任其自生自滅，哥薩克本來就是只比匪徒好一點點，謝苗諾夫在日本的慫恿之下便把主意打到了中國身上，希望打通與日本的直接鐵路聯系。
雖然哥薩克人數只有萬余，但他自恃冬季作戰，哥薩克又熟悉地形，認為可以輕松拿下，故而不加整頓便發動了對國防軍的進攻。一開始似乎印證了這種情況，除了伊爾庫茨克和赤塔兩座大城市因為防御堅固無法拿下之外，中間的大片土地為哥薩克所控制。但是，謝苗諾夫忽視了與之交手的蔡鍔是何等人物，輕輕松松便利用一個誘敵深入的計策將哥薩克逼到了事先準備好的包圍圈中，激戰之後，除了謝苗諾夫本人僥幸逃拖之外，大部分非死即傷，而舉手投降的也在國防軍隨後的戰場處理中淪為犧牲品。
國防軍割掉了一個毒瘤，高爾察克少了一個麻煩，彼此都很滿意，唯一不爽的只有日本人。可習慣了海洋性溫濕天氣的日本軍對于西伯利亞的寒冬根本不能適應，再加上又沒有中國人所擁有的交通便利，只能眼睜睜看著謝苗諾夫潰滅而無法作為。
在西伯利亞的冬季，暴在野外對有堅固防御體系的陣地發起進攻完全是自殺的行為，日本人不敢造成，只能龜縮。國防軍繼續以整肅行動肅清轄區內的不安定因素。
高爾察克軍隊被擊潰後，由于鄧尼金的軍隊保持了相對完整的建制，在加上西伯利亞鐵路為中國控制，協約國直接手不便，英法便把戰爭重心轉移到俄國南方，決定以鄧尼金軍隊為主力發動第二次進攻。在接受補給之後，1919年俄歷新年之後，鄧尼金便下令攻佔莫斯科,從頓河西岸到伏爾加河分兵三路北犯。在主突方向庫爾斯克、奧廖爾、圖拉一線作戰的是鄧尼金的精銳部隊「志願軍」。
在白軍內部整頓的同時，紅軍也在進行整合調整，對隊伍中的投機分子進行清理，同時，由于余糧征集制引起的普遍不滿，軍隊還額外充當救火兵和鎮壓隊的作用。高爾基雖然同情布爾什維克，但不止一次地抨擊這種做法。托洛茨基和斯大林都無法容忍，但列寧卻大度地接受了批評，檢討說這是權宜之計。
面對來勢凶猛的鄧尼金，4月9日，俄共(布)中央和列寧發出‘大家都去同鄧尼金作斗爭‘的號召。5月，紅軍南方面軍按照總部的命令發起反攻，從側後襲擊鄧尼金的庫班大本營，未果。5月12日，鄧尼金軍隊再次在庫爾斯克-奧廖爾方向發起進攻，至6月中旬先後佔領庫爾斯克、沃羅涅日和奧廖爾，直接威脅圖拉和首都莫斯科。尤登尼奇軍隊在西線也再次突破紅軍防線，于6月中旬進抵彼得格勒郊區。為適應新的作戰形勢，紅軍統帥部于9月下旬將南方面軍分編為南方面軍和東南方面軍。6月，俄共(布)中央政治局決定堅守圖拉和莫斯科，在南線集中基本兵力，東南方面軍則暫時轉入防御。6月11∼12日，南方面軍在司令.葉戈羅夫和軍事委員.斯大林率領下，在奧廖爾─克羅梅地域和沃羅涅日地域發起反攻，至7月中旬先後收復奧廖爾、沃羅涅日和庫爾斯克。
以鄧尼金為主力的第二次進攻，又遭到了近乎全面頹敗的風險，而此時的歐洲戰場，形勢已經發展到了最為關鍵的當口。！~！