刑部尚書瑞麟與大理寺卿鮑源深到也還很是敬業，在來到江寧的第二日，就開始升堂審問案情。
在大堂之上，刑部尚書瑞麟坐在上首，為主審，而大理寺卿坐在下首，兩江總督府刑名師爺吳汝綸坐在一旁。
在清朝有一條不成文的規矩，那就是品級相同的官員，以滿人為尊。就如各部之中，有滿漢兩位尚書一樣，但都是滿尚書掌印。而在軍機處中也是一樣，本來不會指出誰是軍機領班，只是按資排輩。但是卻是以滿官為主，即使是滿官後入軍機處，也是滿族官員為軍機領班。
到載淳之時，卻是有些刻意的改變此事，如李鴻藻、胡林翼等人都為漢人，卻做了戶部與兵部的掌印堂官。而到曾國藩入軍機處之後，更是直接任命曾國藩為軍機領班大臣。載淳正是要漸漸的改變，慢慢的消除滿人的種種特權。
由于載淳在登基之初就表現的很是強勢，先是來江南平定長毛之亂，然後又強勢斬殺勝保，後又去西北，戰敗俄國人。給人們一種給是強橫的作風。同時在載淳登基之時，又做了一個引子，直接任命恭親王奕訢為軍機領班，所以在以後任命曾國藩之後，才能如此的順利，沒有什麼人敢反對。
同時載淳還在南北兩地，也就是北京城與江寧城中分別創辦了皇家北京國學院與皇家江南國學院，就是要重視孔孟之學，而消除自宋以來的程朱理學。讓人們漸漸知道長期堅持的程朱理學的局限性。從而也是在間接的否定科舉制度，從而使這些大學讓百姓與士人們認可。
因為孔孟之學是起源于春秋戰國時的百家爭鳴之時，是有銳意進取之意的，要不然早就會被淘汰了。只是在武帝之時，董仲舒的罷黜百家，獨尊儒太之後，才使得儒學失去了競爭對手，這就是生于憂患，死于安樂。
而在恭王黨中卻還在遵巡老規矩，所以是以刑部尚書瑞麟為主，大理寺卿鮑源深為副手。就是因為瑞麟是滿人。
待眾人坐好之後，兩邊衙役大呼威武之後，刑部尚書瑞麟一拍驚堂木，大喝一聲︰「帶刺客張汶祥上堂。」
听到刑部尚書瑞麟的呼喝之後，早有衙役將張汶祥帶上大堂之上。只見張汶祥身帶手捧腳鐐，被兩名差役給架了上來。這個張汶祥一看在大牢之中就沒有受過刑，身上的衣裳還完整無好，面色也還不錯，也沒有受到什麼虐待。
而這個張汶祥一看就是一個更朗漢子，上大堂之後，看了看堂上的陣勢，毫無懼色，站在大堂之上立而不跪。兩旁的差役見張汶祥如此，大喝道︰「罪犯見了兩堂大人還不下跪？」
張汶祥听後卻是將臉一仰，好象沒有听見一般。見張汶祥如此，早有差役上前，照著張汶祥的腿彎之處就是一腳，張汶祥雙腿一軟就跪在了地上。剛要再次站起來，卻早有人按住了張汶祥的肩頭。
刑部尚書瑞麟見張汶祥已經跪下，就說道︰「刺客張汶祥，你因何刺殺前兩江總督裁齡？何人是你同伙？還不從實招來，免得受那皮肉之苦。
對此張汶祥到也是很痛快，說道︰「刺殺裁齡這個狗官就是我一人所為，我早就說過，好漢做事好漢當，我張汶祥也是一個響當當的漢子，此事就是我張汶祥一人所為，沒有同伙。
我之所以要殺張汶祥，就是為民除害。裁齡在兩江總督任上為禍兩江百姓，與地主鄉紳們同流合污，至使很多百姓不明去處，而且很多鹽運之人也都失去了生路，現在裁齡又要對漕運碼頭下手，那漕運可是關系到十幾萬人的生死。
我張汶祥此為純屬就是為兩江百姓除害，不能再讓這個貪官再活下去了。所以我就在一直的尋找機會。那日正巧狗官去了漕運碼頭，張汶祥就趁亂將他殺死了。此事全是我張汶祥一人所為，沒有同伙，與任何人都沒有關系。」
刑部尚書瑞麟與大理寺卿鮑源深听完之後，互相的看了一眼，都面露微笑，因為這樣他們就可以交差了。但是又不能如此之快，來得很是草率。
所以刑部尚書瑞麟一拍驚堂木道︰「張汶祥，本官來問你，是誰給你通風報的信，你怎麼知道裁齡會去漕運碼頭。」
張汶祥跪在地上，大聲說道︰「此事只是湊巧而矣，我已經盯了這個狗官很長時間了，即使在漕運碼頭沒有機會，在別處也早晚會有機會的。」
刑部尚書瑞麟大聲說道︰「本官看你還是從實招來吧，你要知道人心似鐵非是鐵，官法如爐真如爐，到時在三木之下，就是鐵人本官也會讓他說話的。來人，先打他二十板子，看他的嘴還硬不硬。」
早有差役上來將張汶祥按倒，水火棍就打在了張汶祥的之上，這個張汶祥的嘴還真硬，二十板打完之後，張汶祥一聲都沒有吭。
瑞麟再問，張汶祥卻還是這幾句話，到了後來，張汶祥憑瑞麟怎麼問，還不說話了。刑部尚書瑞麟與大理寺卿如此審問幾天，再也沒有問出什麼來。
這兩人看看也差不多了，就準備這樣定案了。在寫完結案之後，兩人都在上面簽了字，然後就讓吳汝綸在上面簽字，但吳汝綸卻說此案疑點頗多，例如在漕運碼頭是誰喊的那一句話，才使得漕運碼頭大亂，還有那個漕運總督衙門的主事為何會去漕運碼頭？所以吳汝綸不簽字。
而刑部尚書瑞麟大怒道︰「本官辦案這麼多年，難道還用你交嗎？本來就是一件普通的刺殺案，你確要弄得那樣的復雜。這件事和漕運碼頭又有何關系？你道是說說看。」
吳汝綸說道︰「前任兩江總督載淳齡大人在整治鹽運已經過去一個多了，都沒有事，為何剛要去查辦漕運之事就被刺身亡呢？」
刑部尚書一听，心中就是一哆嗦，但嘴上卻說︰「你一個小小的刑名師父又能知道什麼，這只是趕巧罷了。你沒听罪犯已經說了嗎，他已經盯裁齡很長時間了嗎？」
兩人在此爭吵多時，無論兩人怎麼軟硬兼施，吳汝綸就是不簽字，最後這兩個人也是沒有辦法，說道︰「你愛簽不簽，沒有你我們兩堂也照樣結案。」
說完兩人就不再理會吳汝綸了，而吳汝綸也沒有再多停留，也離開了。