如果有病邪郁結在體內針藥都不能直接達到他就采用外科手術的方法祛除病患。他所使用的「麻沸散」是世界史最早的麻醉劑。華佗采用酒服「麻沸散」施行月復部手術開創了全身麻醉手術的先例。這種全身麻醉手術在我國醫學史上是空前的在世界醫學史上也是罕見的創舉。華佗在診斷上善于望診和切脈並依此能正確判斷出疾病的預後。在醫療體育方面也有著重要貢獻創立了著名的五禽戲華佗還善于應用心理療法治病。
華佗高明之處就是能批判地繼承前人的學術成果在總結前人經驗的基礎上創立新的學說。華夏的醫學到了春秋時代已經有輝煌的成就而扁鵲對于生理病理的闡可謂集其大成。華佗的學問有可能從扁鵲的學說展而來。同時華佗對同時代的張仲景學說也有深入的研究。他讀到張仲景著的《傷寒論》第十卷時高興地說︰「此真活人書也」可見張仲景學說對華佗的影響很大。華佗循著前人開闢的途徑腳踏實地開創新的天地。例如當時他就現體外擠壓心髒法和口對口人工呼吸法。這類例子很多。最突出的應數麻醉術—酒服麻沸散的明和體育療法「五禽之戲」的創造。
利用某些具有麻醉性能的藥品作為麻醉劑在華佗之前就有人使用。不過他們或者用于戰爭或者用于暗殺或者用于執弄真正用于動手術治病的卻沒有。華佗總結了這方面的經驗又觀察了人醉酒時的沉睡狀態明了酒服麻沸散的麻醉術正式用于醫學從而大大提高了外科手術的技術和療效並擴大了手術治療的範圍。據日本外科學家華岡青州的考證麻沸散的組成是曼陀羅花一升生草烏、全當歸、香白芷、川芎各四錢炒南星一錢。自從有了麻醉法華佗的外科手術更加高明治好的病人也更多。他治病踫到那些用針灸、湯藥不能治愈的月復疾病就叫病人先用酒沖服麻沸散等到病人麻醉後沒有什麼知覺了就施以外科手剖破月復背割掉病的部位。如果病在腸胃就割開洗滌然後加以縫合敷上藥膏。四五天傷口愈合一個月左右病就全好。華佗在當時已能做腫瘤摘除和胃腸縫合一類的外科手術。一次有個推車的病人曲著腳大喊肚子痛。不久氣息微弱喊痛的聲音也漸漸小了。華佗切他的脈按他的肚子斷定病人患的是腸癰。因病勢凶險華佗立即給病人用酒沖服「麻沸散」待麻醉後又給他開了刀。這個病人經過治療一個月左右病就好了。
華佗行醫並無師傳主要是精研前代醫學典籍在實踐中不斷鑽研、進取。當時我國醫學已取得了一定成就《黃帝內經》、《黃帝八十一難經》、《神農本草經》等醫學典籍相繼問世望、聞、問、切四診原則和導引、針灸、藥物等診治手段已基本確立和廣泛運用；而古代醫家如戰國時的扁鵲西漢的倉公東漢的涪翁、程高等所留下的不慕榮利富貴、終生以醫濟世的動人事跡所有這些不僅為華佗精研醫學提供了可能而且陶冶了他的情操。
在華佗多年的醫療實踐中他非常善于區分不同病情和髒腑病位對癥施治。一日有軍吏二人俱身熱頭痛癥狀相同但華佗的處方卻大不一樣一用汗藥一用瀉下藥二人頗感奇怪但服藥後均告痊愈。原來華倫診視後已知一為表證用汗法可解；一為里熱證非瀉下難于為治。又有督郵頓某就醫後自覺病已痊愈但華佗經切脈卻告誡說︰「君疾雖愈但元氣未復當靜養以待完全康復切忌房事不然將有性命之慮。」其時頓妻聞知夫病已經痊愈便從百里外趕來看望。當夜頓某未能慎戒房事三日後果病身亡。另一患者徐某因病臥床華佗前往探視徐說︰「自昨天請醫針刺胃管後便咳嗽不止心煩而不得安臥。」華佗診察後說︰「誤矣針刺未及胃管誤中肝髒若日後飲食漸少五日後恐不測。」後果如所言而亡。某郡守患疑難癥百醫無效其子來請華佗陳述病情苦求救治。華佗來到病人居室問訊中言語輕慢態度狂傲索酬甚巨卻不予治療而去還留書謾罵。郡守原已強忍再三至此大怒派人追殺蹤跡全無。憤怒之下吐黑血數升沉痾頓愈。原來這是華佗使用的一種心理療法利用喜、怒、優、思等情志活動調理機體以愈其疾。
華佗對民間治療經驗十分重視常吸取後加以提煉以治療一些常見病。當時黃疸病流傳較廣他花了三年時間對茵陳蒿的藥效作了反復試驗決定用春三月的茵陳蒿女敕葉施治救治了許多病人。民間因此而流傳一歌謠︰「三月茵陳四月蒿傳于後世切記牢三月茵陳能治病五月六月當柴燒」。華佗還以溫湯熱敷治療蠍子螫痛用青苔煉膏治療馬蜂螫後的腫痛；用蒜畝大酢治蟲病；用紫蘇治食魚蟹中毒；用白前治咳嗽；用黃精補虛勞。如此等等既簡便易行又收效神。
中年以後華佗因中原動亂而「游學徐土」。徐州是江淮重地有郡、國六下轄六十二個城、邑人口二百余萬府為彭城（今江蘇徐州）。民間傳說他就住在彭城附近的沛國（今江蘇沛縣）。其實華佗的行醫足跡遍及當時的徐州、豫州、青州、兗州各地。根據他醫案中所及地名查考大抵是以彭城為中心東起甘陵（今山東臨清）、鹽讀（今江蘇鹽城）西到朝歌（今河南淇縣）南抵廣陵（今江蘇揚州）西南直至譙縣（今安徽毫縣）即今江蘇、山東、河南、安徽等省廣大地區方圓達數百平方公里。在行醫的同時為了采藥他還先後到過朝歌、沛國、豐縣（今江蘇豐縣）、彭城臥牛山、魯南山區和微山湖。