學園都市是面積佔據東京都西部的三分之一的都市，居住著230萬人口，其中八成（180萬）以上是學生，科學勢力的代表。擁有世界上最尖端的科技，一般認為領先外界約30年。學園都市的由統括理事長亞雷斯塔•克勞利花費50年的時間創建，由統括理事會全權管理。由于技術、研究多數都是高度機密事項，學園都市內的警戒體制非常嚴格，對人員進出有嚴格的限制。
學園都市一個由二十三個學區構成的巨大的教育機構的集合體，以發掘超能力而提供特殊的教育課程，主要靠從外部招收學生。除了教育機構，還有面向學生研究設施，生產、商業設施，國際展示場，國際機場等等在都市內生活的所需要的生活設施都齊備。
學園都市雖然與外部隔離，但是在某些特定時段會向社會公眾開放。學生家長及社會人士可以在這些時段里進入學園都市進行參觀，而且還有現場電視直播能力者互相戰斗的場面！現在已經明了的「特定時段」有︰大霸星祭（9月19日到9月25日）和一端覽祭（時間不明，大約在10月末11月初的樣子）。
學園都市的學生，大部分居住在學校的宿舍中，並在各個學校中接受能力開發。學園都市的學生大都借由藥物、催眠術與通電刺激等方式取得超能力。有各種類型不同能力，以範圍和威力分為無能力者（level0）、低能力者（level1）、異能力者（level2）、強能力者（level3）、大能力者（level4）、超能力者（level5）、絕對能力者（level6），實際絕對能力者只是理論上存在進化為level6的可能，並沒有哪一個角色成功進化為level6。並每隔一定時間會進行身體檢查，重新測定一次，但學生中的六成是無能力者，而學園都市中超能力者也只有七人。
學園都市內不存在警察，只有風紀委員（judgement）和教師自願參與的警備員（anti－skill）維護治安。另外還有直屬學園都市上層的暗部組織，是「光明」與「黑暗」並存的城市。
整座城市都被納米大小的監視器「滯空回線」所監控，學園都市內的一切的都在理事長亞雷斯塔的掌控中而我們的故事也從這里開始。在一間冷清的房間內唯一的光源是位于房間中央培養皿內的燈透過營養液所散發出的淡淡綠光，而在培養皿中一名少女靜靜的漂浮在綠色的營養液中
就在這寂靜的環境中，一個就連理事長和「樹形圖設計者」都沒有料到的變數誕生了
培養皿中本應該保持沉睡狀態的少女卻突然睜開了雙眼那與發色一致的茶色眼楮中卻充滿了疑惑和迷茫
‘額這是什麼鬼地方？難道是新福爾松的新型牢房？可惡的帝國也不知道托什怎麼樣了’可能是剛醒來意識不清楚的緣故少女又迷迷糊糊的閉上了眼楮
‘不對！我記得新福爾松的牢房沒有這種樣式的重刑犯都是低溫監禁的還有，那樣程度的幽能爆發我怎麼可能活下來？難道’
好像想到了什麼重要的事情，少女再次睜開了眼楮，並且將雙手伸到了眼前少女看著自己那雙白女敕的雙手明顯愣了一下，然後又顫抖著將右手放到了胸前
‘老天你耍我啊？!這這不科學！#¥%二次穿越也就算了！為為什麼會是妹子啊！？’培養皿中的少女仿佛被什麼打擊到了要不是培養皿太小，恐怕少女就要在培養皿中otz了。
又過了一會，失意的少女回過了神，顫抖著將右手伸到了培養皿的玻璃壁上‘可惡我可是讓整個帝國聞風喪膽的的幽魂特工‘卡薩.暮光影刃’，就連帝國的星際的通緝令我都無所畏懼怎麼能被這種事情所擊倒！’仿佛是回應少女的決心一般，少女的雙眼噴涌出了大量的赤紅色混合幽能
「轟！！！」伴隨著巨大的轟鳴聲培養皿消失了，而在原來安放培養皿的位置卻只有一個直徑四米的大坑，在大坑的中心一位雙眼冒著駭人紅光的少女淡然的站立了起來「雖然大氣中游離的能量並不是很充足，但是幽能仍然能夠正常使用看來處境也不算太慘嘛」
「恩趁現在還沒有引起混亂，按照慣例先偵察一下吧」望了望四周，在確定沒有監視器後少女閉上了眼楮，在一陣光線的扭曲中少女消失在了房間中
在離開了房間後少女開始檢查起了四周的房間‘喂喂這也太胡鬧了點吧？連最基本的生化腦終端都不具備就敢這樣大張旗鼓的生產克隆人？難道他們不知道這樣量產出的克隆人會存在缺陷麼？’在隔壁的房間內少女發現了數十座簡陋的克隆培養皿，培養皿中正漂浮著數十名外貌完全相同的少女。並不是對那些負責克隆技術的研究員的詆毀，畢竟在見慣了特蘭人族那高效高質量的克隆人生產線後，少女只能給予這些落後的克隆技術‘簡陋‘的評價
「從克隆技術上來看，這個世界的科技含量並不是很高嘛但是這些克隆人為什麼全部都是少女啊？克隆人不是一般都用于軍事麼？難道是鬼畜研究員的杰作？」帶著疑惑的少女慢慢的走近培養皿，細心地觀察了起來最終在培養皿旁的桌子上發現了一份實驗記錄
‘sister，量產妹妹計劃’醒目的題目頓時晃瞎了少女的眼楮「咦？誒！！量產妹妹計劃？有沒有搞錯啊？！這里是魔禁的世界！！？」被雷到的少女如此說道「等等我記得我是從培養皿中醒來的，難道」想到了某種可能，少女僵硬的轉過頭看向培養皿上的玻璃壁，映入眼中的是一位有著茶色頭發和茶色瞳孔的少女，即使不化妝也很俏麗的面孔，十一二歲左右的年齡
「好吧，帝國阻止不了我星靈同樣也阻止不了我沒有人可以無視我的存在在整個星區我無所畏懼但是！誰能告訴我！這是神馬見鬼的情況啊啊？！！」好吧這是某個少女崩潰的吶喊
于是一陣電閃雷鳴好吧，其實只是因為情緒失控的原因某位暴躁的少女用幽能沖擊在地上轟出了一個大洞泄憤罷了
「呼呼」在發泄了一通之後，某位前任人類史上最強幽魂特工現任悲催穿越者的少女終于冷靜了下來‘可惡竟然是御阪妹，雖然前世覺得御阪妹的三無很萌但是現在換成自己¥！#難道這就是報應麼？」
又otz了一會，少女再次堅強的站了起來「算了現在還是先解決一下實在點的問題吧，我總不能一直影遁果奔吧」可是少女剛剛抬起頭卻發現自己已經無聲無息的被數把黑洞洞的槍口所包圍
「已確定捕獲目標，目標為未連接御阪網絡意外暴走的御阪09983，現在實行a計劃強制連接腦波以便停止暴走do御阪確認道」說完不等被圍在中間的少女有所反應，便一陣電弧閃過
‘灌輸知識御阪十三萬日元的實驗動物絕對能力者計劃白色的少年死亡死亡死亡死亡死亡’一段陌生的記憶闖入了少女的腦海中，各種各樣的死亡瞬間擊潰了少女的意識。然後大腦因過度刺激在自主防御機能的作用下少女便兩眼一黑，暈了過去
「09983個體已經因強行干涉腦波而昏迷，身體機能無異常a任務達成，開始清理現場do御阪總結道」在確定少女昏迷後，御阪妹妹們便開始清理被毀壞的地板而昏迷的御阪09983則被面無表情的御阪們架向了理發換衣的房間很幸運，今天的研究員們都在另一所研究所內討論御阪妹妹們的制式內衣問題，並沒有注意到這里所發生的異常只是沒有人知道在一座密閉的大樓內，某位倒掉偽娘的嘴角微微翹起了一下
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