原來黃巾起義爆後，張角自稱「天公將軍」，他的弟弟張寶稱「地公將軍」，張梁稱「人公將軍」，統一指揮戰斗。他們率領起義軍攻打州郡，焚燒官府，沒收豪族財物，許多地方官吏聞風逃竄。不到十天時間，全國各地紛紛響應，京師為之震動。
三月，北宮的御前會議，已經開了好多天了，每次都是天子親臨，因為他也懂得，國家安危之際，還是大臣們才行。但是就在庭議期間，不好的消息一個接著一個，先是由張曼成領導的南陽郡黃巾軍，攻殺了郡守褚貢；然後有由波才領導的穎川郡的黃巾軍，在穎川（實際是三月底的事）大敗官軍，而汝南郡的黃巾軍，在邵陵（今河南部城東）擊敗太守趙謙；廣陽郡（今北京）的黃巾軍攻殺幽州刺史（實際是四月份的事）郭勛和廣陽太守劉衛。
公卿們提出了先穩固京師的建議，詔令拜何皇後之兄、現任河南尹何進為大將軍，封慎侯，統率京師所有的御林軍和警備部隊，在京師周圍設置了函谷、太谷、廣成、伊闕、轘轅、旋門、孟津、小*平津八個關隘。
何進剛進大將軍位沒有多久，王琿的戰果就來了，先是張曼成搶劫軒轅山莊，軒轅山莊莊主王琿率眾佃戶和工人兩萬人大破張曼成于莊前，同時送來了張曼成的頭顱和斬殺黃巾軍的頭顱。後是王琿聚打散的官兵攻破宛城，生俘趙弘、韓忠獻于大將軍，同時送還了大將軍老家的家財。這能不讓大將軍喜不自禁，不由地想起那個送來白酒的年輕人。已經有一次在北宮的庭議上出夠了風頭的何進，這一次要怎麼安排這個年輕人呢？當天夜里先報大捷于宮內天子。
第二天，北宮的庭議仍沉浸在昨天得到宛城大捷的喜悅中，何進提出南陽郡現無太守希望陛下任王琿為南陽太守率軍徹底清除南陽黃巾軍。北地太守皇甫嵩立即支持這個提議，並提出南北夾擊穎川黃巾軍，解除京師威脅的想法。但是太尉楊賜反對說︰「此子尚年幼，難負重任，且黃巾之亂根在中官，願陛下誅除諸常侍。」這一下把大將軍和諸常侍都得罪了，雖然侍中向栩和郎中張鈞也跟著附議，可是兩天後王琿被任命為南陽太守的詔令就下來了。一個月後，楊太尉被免去了職務，以太僕鄧盛代之。
詔令下來幾天後，王琿的任命就到達了南陽宛城。由于此次黃巾之亂已經讓皇帝陛下將西園中所藏賣官之錢都拿出來招募和賞賜軍士，所以王琿幸運不需出錢買官，算是賺了，同時朝廷還詔令王琿就地征兵徹底清除南陽黃巾軍。
王琿接到任命後，高興地大宴眾將士和宦官周敏。這正是宦官被天子呵斥勾結黃巾軍的時候，王琿這樣禮遇，讓周敏感動不已。這次宴會後，王琿讓人給周敏帶上一些珠寶回洛陽，算是一路的辛苦錢，周敏千恩萬謝的回去了。
接手了南陽太守的職務後為了盡快的安定南陽的局勢，參謀部討論對盤踞在安眾的孫夏的部隊最後一擊。孫夏此時正在安眾的縣衙後堂頭痛呢，跑吧形成了流寇，與地方豪強作戰補充不易，還要受到官府的圍剿，防守吧，安眾城比宛城還小更守不住。自己還要盡快作出決斷，最近王琿軍在附近的活動越來越多了，看來大的動作就要開始。
第二天夜里，王琿剛睡下沒有多久，外面的侍衛來報告道︰「抓到一個細，他有書信給總理。」王琿穿好衣服，安慰了一下旁邊的陰遐，出來將書信接了，來到書房將書信粗略一看，這是一封孫夏的請降信，王琿忙讓人去請荀彧，然後細細的將書信看了幾遍。
不久荀彧也來到了書房，王琿將書信遞給了他，自己在思索著對策。荀彧接過書信仔細地看了一遍，這是一封孫夏的請降信，主要就是同意投降的一些條件，第一要保證孫夏的安全並答應給予官職；第二保證跟著他的將士的安全。
荀彧看著王琿說道︰「三月初，大赦天下，唯張角等太平軍不赦，總理可是對此為難？」
王琿道︰「是啊，先生，我正在為難呢？如果他們投降，對我們準備汝南和穎川的作戰都有好處。」
荀彧道︰「可改編過來，但仍保留黃巾軍裝扮，平息南陽各地不服總理的豪強。」
「那怎麼改編，又讓他們能听我們的呢？」王琿急著問道。
荀彧笑道︰「我們可以進剿的同時將其改編，偽裝成打散了他們。」
「呵呵，好陰險啊！」王琿總算听明白了笑罵道。
就這樣三月底，在王琿等秘密的操作下擊潰了孫夏，同時孫夏成了一個王琿軍的旅長，流竄于各地對王琿不服的豪強之間，王琿也派軍隊同他們玩官兵捉賊的游戲，由于郡內的形勢基本平穩，朝廷也沒有再管，不久後這支部隊消失在軒轅山莊。
解決了南陽境內的黃巾軍後，為了將勢力擴展到南陽境外，王琿決定盡快將將現有的旅擴為師。經過同參謀部和民政院的討論，擴編的同時要建立糧食的自給。于是設立軍屯別駕一職將宛城周邊的無主之地用于軍隊的屯墾，先讓勞動改造的人員先行開荒建立軍墾農田和修建相應的水利設施，盡量趕上晚稻的種植；另設立民屯別駕分配耕種被黃巾軍消滅宛城大地主空置的七千余頃土地，安定民心，特別對于新招募的軍人家屬可以適當的稅收優惠或提供耕牛服務。軍隊還是由軍務院來領導，所以軍屯別駕由王琿任命，農業部方文派人來指導；民屯別駕由張仲景任命，方文派人在輔助，對民屯產的糧食采取統購統銷，以應對將到來的糧價大幅波動。最後決定盡快在宛城恢復「潤福錢莊」和醫院，同時注入一部分資金（在宛城繳獲的）鼓勵工商業，增強農資的生產。
忙幾日，總算閑了下來，這一日在陰遐（畢竟是大小姐）的要求王琿帶著她去逛街。王琿想著也好，自己當了南陽太守也該去看看現在市面上的情況。
便一起換上便服，同著幾個便衣侍衛一起出了太守衙門。太守衙門附近就有一個「潤福錢莊」王琿領著陰遐就一起進去了，「潤福錢莊」的掌櫃是王家的老人認識王琿，看到王琿進來忙要讓坐，王琿對他擺了擺手，意思不要管他，只是讓人給煮了碗茶。這時一個看起來是個富戶進來存錢，兩個僕人背著幾十貫錢，重重的放在了櫃台上。
那人見到王琿衣著新鮮旁邊美人如花，就主動的上來搭訕道︰「小兄弟也來存錢。」
王琿道︰「不是，你老哥怎麼想到存入錢莊啊。」
那人嘆道︰「哎！幸虧以前貪點利息，將錢存在了「潤福錢莊」，這次黃巾軍來了我沒有什麼損失，其他的富戶沒有存錢的可慘咯。」
看著王琿報以同情的目光，那人興奮地繼續道︰「這個開錢莊信譽最重要，例如這宛城的唐家吧，也存了點錢在「潤福錢莊」，黃巾進來的那會兒，把他們家的東西搶了不說，還放了把火將房子給燒了，這唐家燒沒了存票，只好去衙門開了個證明是唐家，「潤福錢莊」就根據存根將錢兌付給唐家了，你說信譽重不重要。」
王琿笑道︰「重要，開
錢莊的沒有信譽誰在這里存錢啊，你是做什麼營生的呢，今天存了不少啊？」
那人答道︰「原也只是收收租子的，去年入股了個磚廠，由于很多家房子給燒了，所以最近生意還不錯，這不來存錢了嗎？」
陰遐在旁邊看他們這樣聊天，等不及了便推了推王琿。王琿連忙同那人和掌櫃的告別，陪她去逛她喜歡的東西。逛了大半天，各種飾啊布匹啊到是買了不少，其中還有軒轅山莊產的瓖嵌玻璃的卡，這令王琿哭笑不得。
走了一段，現前面聚了一大幫人，還有人在爭吵。王琿忙叫侍衛上去看看，一會兒侍衛回來了道︰「前面是在招兵，由于人已經招滿了，很多人當不上兵正在與征兵的在吵。」
原來雖然這次擴編的人數不少，但是由于混編的黃巾軍將數字幾乎填滿，所以在宛城內只招募兩千人，並且家里是獨子的不要，身體不好的不要。由于參軍後家屬可以得到很好的政策優惠，當兵後也可管溫飽，所以來的人太多了才生了這樣的情況。看到這樣的盛況，在旁邊維持秩序的原黃巾軍俘虜自豪不已，他們是上周考查後才安ha入王琿軍的。
王琿走上前去，只見一個身材魁梧的年輕小伙子正拉著招兵的人不放。征兵的官員認識王琿看到他，忙給王琿行了個禮。那年輕人看到王琿地位不小，就向王琿訴起苦來︰「我姓文名聘，有一身的武藝和韜略，怎奈這人不識，偏說招滿了。」
征兵的官員忙向王琿解釋道︰「真的招滿了，總理。」
王琿止住了他說話，然後道︰「文壯士，這是招兵，不是招將，過幾日宛城將招賢，你可以再來呀。」看著眾人王琿又道︰「諸位如果覺得有些本事，不管是將材，還是做生意的才能，更或是種地有好經驗，只要是有某方面的特殊才能，本太守的招賢館都要。」說完就被侍衛給護送了回去。
三日後，宛城的招賢館就掛牌了，並且長期招收賢能，這也的確為南陽的建設和軍事招到了一些人才。