明智光秀起兵討伐松永久秀之前，此人曾經把持過三家的政務，後來雖然實力衰退、但仍然打敗了筒井家佔據了大和一國。
松永久秀曾經與其余兩位三好三人眾謀殺將軍，在面對空缺的將軍一職，久秀將目光投向十一代將軍義澄的孫兒義榮，期以效仿前主君擁立義輝故事，將形同傀儡的義榮扶上十四代將軍之位。三好三人眾、家督義繼以及大和的眾徒與國民集結起來，借筒井順慶的游擊戰，企圖逐落久秀下野——去年被迫棄城逃亡的筒井氏一邊在後方使用游擊戰術，一邊與三人眾締結盟約，伺機奪回筒井城——久秀入侵大和以來，以筒井氏為首的大和國人眾始終處于劣勢，信長蟄伏在濃、尾一帶觀望，久秀的攻勢在關注之下越發凌厲。流浪中的筒井順慶執坳地進行著以恢復自己力量為目的的游擊戰，在這樣的努力下得到了不菲的回報。他們甚至奏請義榮將軍發出討伐久秀的「御教書」。次年，三人眾率淡路國安宅信康的軍勢與總大將義繼合流，攻打攝津國久秀的領地。
久秀在「上芝合戰」中大敗，為求己身安泰逃往。他與的「會合眾」素來交情深厚，因此「會合眾」主動承擔起面向三好、筒井聯軍的和睦調停工作。三人眾十分滿意上芝合戰所得勝利，鑒于眾自願出資調停，三好、筒井聯軍欣然應允。
15611年十一月，三好三人眾與松永久秀斷絕關系，擁立義繼並開始攻打飯盛城；翌月，久秀以調略郡山辰巳氏為目標漸次將大和國人眾納入配下，同三人眾、筒井黨等以南都奈良為中心舞台開戰。相對于那段時期翌九年六月筒井氏奪回筒井城，九月藤政出家法號陽舜房順慶。
擁立新將軍後久秀與三人眾急劇對立。1562年二月，義繼由于遭到三人眾冷遇而與久秀達成共識；四月，久秀在大和再度起事，出征山城，將筒井順慶在大和境內追逐得四散逃竄而大大小小的沖突持續不斷。十月，三好、筒井聯軍集結大和地方的反松永勢力列陣東大寺軍初遇，劍拔弩張，因種種沖突持續連戰，燒毀般若寺、文殊堂、觀音院大門若干扇亦未決出勝負，久秀堅持夜襲東大寺。據說當時不但燒毀整個大佛殿像的首級也塌落下來，聯軍因害怕神佛降罪得瑟瑟發抖，一哄而散，並且更加懼怕素稱無所畏懼的大惡黨松永氏——久秀眼見木制的大佛殿在烈火中銷于無形，臉上露出勝利的欣慰。這一戰的結局，基于久秀敢于藐視神明、毅然火焚大佛殿的暴行，而取得一場不義之勝利筒井順慶領內的土豪紛紛叛離。
大佛殿起火之末，至今存有數種不同見解而半數以上認為始作俑者是松永久秀。《信長公記》卷十之九「攻陷信貴城之事」記載，奈良大佛殿被焚毀的永祿十年十月十日至恰好十年後的天正五年同月同日，信貴山城落慶的夙敵久秀在堪比昔年的烈火中化為灰燼，部下、眷屬無一逃生。這般巧合，大約是命運對久秀一生離經叛道的報應罷。總大將信忠當日的裝束十分耀眼，盔上的鹿角乃取自東大寺春日大社，當時鹿是大社里神聖的信使，由戴著鹿角前立兜的武將攻落信貴山城，不正意味春日明神對先年燒毀東大寺之事耿耿于懷，一怒之下施予懲罰麼？他從容地向久秀及其部下勸降，揚言將執迷不悟的叛逆一族趕盡殺絕。天邊閃現奇怪的大彗星，「春日大神顯靈了」，庶民中有人高呼，頂禮膜拜。《多聞院日記》另外特別提到︰1562年十月十一，一如大佛殿被毀次日，冷雨敲窗，寒意襲人。
《常山紀談》中的一則逸話述，「（前略其三燒毀東大寺大佛殿」；《佐久間軍記》里也提到，「焚毀東大寺的大佛也在十月十日」。援引的幾處資料表明，該事件確由久秀放火而起。
賴山陽著《日外史》因是漢文體，特輯錄卷之十四《德川氏前記織田氏下》中涉及同逸話部分如下︰「德川公嘗謁信長，見一老人侍側，問其為誰。信長笑曰，此松永彈正者也。此夫為人所難能者三。
弒公方，一也；叛三好氏，二也；:~大佛殿，三也。久秀俯伏流汗，意不自安。」
明智秀曾經以對方代表性言行囊括此人生平之時，他既似諷刺，又似褒揚地向家康描述道，「這一位松永彈正，至今為止做了三件普通人等所不能及之事，其一行刺將軍，其二背叛主君反出三好，其三燒毀東大寺大佛殿——普通人恐怕一件也難以完成，莫說三件——可見其人乃是經驗豐富手段獨到之人。」這樣的場合，縱使是素來工于心計的德川家康，心頭也微微升起一陣寒意，弒君弒主藐視神明，是怎樣荒誕而大逆不道的行為啊！因而《足利季世記》里形容久秀是「才智出眾，武勇無雙，曾為諸人所用，生性吝嗇貪婪」的男人。
《大和》認為三好方因久秀地夜襲死傷無數。臨近敗北之際以鐵炮展開攻擊。導致大佛殿其堂外塔著火。《和州諸軍傳》地記載與《大和記》大致相同。細節描述則更加詳盡。《陰德太平記》、《足利季世記》、《日本史》等。雖然未有對火起原因作出解釋。至少認為東大寺大佛殿起火。並非久秀出于什麼私人目地焚燒。而是在自己與三好氏地對抗中發生地意外事故。與織田信長後來出于泄憤火燒比睿山延歷寺。屠殺僧侶信徒男女老幼四千人。不可相提並論。
火燒東大寺大佛殿事件。久秀旋即于大和國內修築信貴山城。反松永勢力地中心筒井氏暗暗感到機遇地來臨。開戰地情緒日益高漲。兩軍連連發生沖突。
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「松永久秀雖然只有5000人馬但都是身經多次戰役地老兵。戰斗力比較頑強。如果我們正面強攻。即便能夠拿下信貴山城。我們地傷亡也必定不小。」面對松永家地領土。明智光秀有些苦惱地說。
「嗯。這次主公撥給我們地兵馬只有3000人。我們自己召集地部隊中。從阪本城地三千二百人中抽調了2400人此算來。我們一共只有5400人面對松永家地5000人以及堅固地信貴山城。我們並沒有任何地勝算。所以必須想點辦法。」繡中半兵衛說。
「和筒井家聯盟如何？不過。雖然筒井家只擁有小半個大和國。好歹也勉強算是一方大名們似乎沒有這種外交地權限。」明智光秀現在感到。寄人籬下地限制和約束太多
一日自己成為大名那就好了。
「唔，這確實是個問題。不過，既然信長任命主公你為此次作戰的總大將，也就有權隨機應變了。先與筒井交涉，就說幫助他們防御筒井城，然後借機利用他們的兵力攻打松永久秀。等形勢穩定下來主公再修書給信長，那時候我方勝勢一定論信長做出何種答復，都不會影響主公對松永家的攻略。」繡中半兵衛似乎一直是這麼毫無顧忌的。
「嗯麼，就來個先斬後奏吧。所謂將在外君命有所不受們只有5400人，不這樣辦就無法完成主公交付的任務，與其因為任務失敗而受到信長的責罰，還不如膽大妄為一下。」明智光秀現在的膽子是越來越大了。
「行，就這麼辦。」繡中半兵衛似乎沒怎麼把松永家放在眼中。
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筒井家一直是戰國大名里比較特殊的，但它又不是像本願寺那樣的純佛教勢力。筒井順慶生于天文十八年（1549年。父親是大和國興福寺官符眾徒筒井順昭。幼名藤勝丸，成年後改名藤政。
官符眾徒也就僧兵。自古以來，大和國興福寺就憑借靠藤原氏的權勢保持著強大的勢力，並且沒有隨著藤原氏衰退。鐮倉時代更是出現了「大和守護興福寺」的特殊例子。興福寺門下豢養著不少僧兵、地侍，擁有相對**的軍事力量。
筒井家是帶有武家性格僧兵一家，是興福寺防御力量中的一員。在當時戰國混亂的大和，周邊小豪族相對半**的存在著，而興福寺則是作為他們的精神支柱。同時，對于應付外敵的入侵則是由鄰近的武士團和興福寺的僧兵共同擔當。筒井家作為僧兵出身的武家，他們的歷代當主都是僧侶的身份。
順慶的父親昭聯合了木澤氏和田山氏的勢力對抗與其敵對的越智氏及大和國內的其他土豪。順昭年輕時就顯示出非凡的才能，在他的努力下筒井氏幾乎完成了對大和國全境的平定。然而，順昭在即將實現他大和統一的目標前的天文十九年（1550年六月病死。享年二十八歲。當時藤政年僅二歲。
雖然當時大和趨于一，但是與筒井家敵對的勢力依然很多。因此，順昭的死訊被對外隱瞞了一年。他們從興福寺找來了與順昭外貌、聲音都極為相似的瞎眼僧人木阿彌作為順昭的替身。很快，一年時間過去了，木阿彌返回了興福寺。
二歲藤政繼任了家督。順昭手下的筒井一族、家臣筆頭以及盟友之間關系依然相當的牢固，他們努力的守護著自己年幼的少主。然而，新的敵人出現了，三好家的重臣松永久秀率大軍侵入了大和。年少的藤政被迫卷入了亂世的戰火之中。永祿八年（1565年，雖然筒井一黨奮力抵抗，但是藤政最終還是被趕出了本處地筒井城。然而，筒井一族並沒有就此屈服，他們不斷運用游擊戰打擊松永軍的補給線。之後，藤政聯合了當時與松永久秀對立的三好三人眾，終于在第二年奪回了筒井城。
永祿年（1566年九月，藤政在興福寺得度。剃發，改名陽舜坊順慶。不同與一般的武家，筒井家的當主是以僧侶的身份元服的。
得度之後，順慶聯合三好人眾大和各地與松永軍交戰。古都奈良各地都被戰火所包圍。永祿十年（1566年十月十日，松永軍放火燒毀了大殿。戰斗最終以松永久秀取得勝利而告終，而戰火也在進一步擴大。
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「你是說，明智光秀願意協助我們防御筒井城？」這天代表明智光秀出使筒井架的溝尾茂朝向筒井家表示願意提供援助，確保筒井城的防守成功。
「是的，我家主公這次受信長公委派來攻打信貴山城的松永久秀。不過，因為後續兵力仍未到達以現在反正閑著也是閑著，就索性幫助貴家防御一下筒井城，那麼多少也可以削弱一點松永家的力量。」溝尾茂朝似乎漫不經心地說，但又顯得合情合理。
「呀，那真是太感謝了。」筒井順慶大喜。
「那麼貴家準備好防御體系，已經軍糧的供應我軍馬上就會進駐筒井城。
「多謝了，希望貴軍可以早日到來。」筒井順慶誠懇地說。
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「主公，織田家一向背信棄義，這次他們引兵進入筒井城的話，恐怕會趁機謀奪我們的城池啊！」溝尾茂朝走後，筒井順慶的家老島左近說。
「咦我所知，明智光秀的軍師竹中半兵衛是你的師兄們同為山中老人的弟子，應該相交莫逆才是也是考慮到這一點，才答應明智光秀引兵進入筒井城的。
「不。繡中半兵衛這個人我相當清楚。雖然他有大才時常心懷百姓，但他心目中根本就是蔑視禮教和信義，為了實現平定天下的目的，他完全可以不擇手段。不過，表面上，他總是溫文爾雅，一般人是看不出來的。另外，即使繡中半兵衛看在我的面子上勸阻明智光秀謀奪我們的筒井城，但他們上頭還有個織田信長。據我所知，明智光秀這個人雖然有一定的正義感，但如果是信長的命令，即使是有違道義的，他也會無條件地執行。比如在攻打北田家時，織田信長就曾密令明智光秀處決有謀反嫌的神戶具盛和長野藤正，其中，神戶具盛德女兒還是明智光秀的側室。明智光秀收到密令後，立即將神戶具盛和長野藤正誘騙前去安濃津城拜見信長，但卻在半路上縱火燒死了神戶具盛和長野藤正。由此可見，明智光秀此人，也不可信。」島左近此人頗為忠義，他設身處地地位筒井順慶謀劃著。
「唉，即便如此，我們也必須延請明智光秀率軍來支援，不然的話，一旦松永久秀攻過來了，我們可就沒法守住了。」筒井順慶說。
「嗯，這倒也是。我們現在只有800力，松永久秀卻有5000，這幾個月下來，已經吞並我們不少領土了，估計到下個月，就會打到我們筒井城來了。」島左近這下也沒了主意。此前，島左近曾經率軍3000與松永久秀交戰，雖然開始殲滅了松永久通的1600人，但隨後卻被松永久秀的3200人打敗，如此一來筒井家元氣大傷，再也沒有力量抗衡松永軍，以致不得不和織田家與虎謀皮。
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「我不同意趁機奪取筒井城。」在听到溝尾茂朝的回報後，竹中半兵衛立即獻計趁機奪取筒井城，並以此為據點與松永軍打一場防御戰。屆時，可以依托筒井城
體系，布置一些鐵炮部隊，不然的話，單憑野戰，佔到多少便宜。不過，明智光秀覺得此舉有違道義，並不贊同。
「主公，這是在弱肉強食、爾虞我詐的亂世，請您不要固執了。松永久秀的才干不下于你我，要是野戰的話，他們的兵力不比我們少，而我們的士兵許多都是新兵，這仗根本沒法打。更要命的是，松永久秀有炮部隊，而我們這次只帶來了1C鐵炮。如果拿下筒井城，收取筒井順慶積累的軍備，我軍就有可能裝備200~鐵炮，再加上防守得地利，也就可以打敗松永久秀了。」繡中半兵衛苦口婆心地勸說道。
「有了。我們就讓松永久秀去拿下筒井城，然後我們再趁機進攻已經被永軍破壞得差不多的筒井城，這麼一來應該可以輕易拿下筒井城。」明智光秀也知道問題的難辦，于是想出了這個折中的主意，也就是後世一些玩家口中所說的「模屁屁」。
「唔樣也不失為一個好辦法，那麼，就按這個辦法進行吧。」繡中半兵衛心知無法說服明智光秀放棄自己的道德底線，只好同意了這個策略。
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「怎麼明智光秀還不來支援？這筒井城馬上就要被松永久秀給攻破了！」筒井順慶焦躁地說。
「哼，明智光秀肯是想讓我們與松永久秀拼得兩敗俱傷後再加入戰場來撿便宜。不過，我們也不了多久了明智光秀怎麼還不來呢？倒真是奇怪了！」島左近沒想到明智光秀有「模屁屁」的想法，所以感到十分納悶。
「咦！對面山上似乎有隱約人影出沒！」筒井順慶眼尖過正在交戰的城池看到了城外山坡上的明智軍。
「哼，明智光秀家伙難道想讓我們丟掉了城池才從松永家手中奪取筒井城？這小子太可惡了。我們快撤吧，我們也可以用這一招。我們把剩下的人撤走，然後在明智光秀攻城時趁機拿回筒井城！」島左近畢竟是山中老人的弟子，頗具慧根上活學活用。
「成，就這麼辦！」筒井順慶疏學淺分依賴于島左近，如果不是島左近十分忠誠，他早就被架空成為傀儡了。
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「哈哈，！松永軍剛剛攻下筒井城，雖然傷亡不多，但是士氣已經十分低迷兵們也已經極度疲勞。現在我們的人殺進了城池，松永軍的敗北也就成了必然了！「明智光秀看到自軍氣勢如虹地沖殺進了筒井城由開懷大笑。
「不要得太早，我剛才似乎看到筒井正已經保存了一點實力撤退了永家業沒有多加攔阻，畢竟他們的目的是拿到城池所以並沒有強力阻擋試圖撤退的筒井軍。筒井軍有我師弟島左近率領，如非必要松永軍也不願與其硬拼，所以松永久秀很大時候都是重勢而不重勝。」繡中半兵衛似乎察覺了島左近的意圖。
「唔，真是個人才，要是能歸我們就好了。」明智光秀起了愛才之意。
「這個恐怕很難。島左近這個人十分講究忠義，而主公你曾經在信長的密令下誘殺了長野藤正和神戶具盛，損害了自己的忠義之名，我想島左近是不會同意效忠于主公的。」繡中半兵衛眼色如水，似乎飽含著無窮的睿智。
「雖然是迫不得已，但世人也必定會把這個屎盆子扣在我頭上智光秀苦惱地說。
「主公，千萬不要因為這類事情而過于傷感。既然選擇了平定天下的道路，也就注定要背負常人不能背負的重荷，甚至需要背負罵名。」繡中半兵衛眼中似乎掠過一絲不忍，看來，他也不是完全冷血，依然和常人一樣，有著自己的忠孝禮儀廉恥等各種榮譽底線，但為了平定天下，拯救天下百姓于水火，他許多時候不得不克服這些心魔。
「我沒事，只是有些郁悶罷了。」明智光秀點頭表示感謝。
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「主公，就是這個機會！」在明智軍吸引了松永軍絕大部分火力時，島左近看到時機已經成熟，忙要求筒井順慶進兵。
「嗯，你來指揮吧，反正我也不大懂。」筒井順慶交出了指揮權。
雖然感到有點對主公不敬，但時機稍縱即逝，島左近也顧不了那麼多了，大喝道︰「兄弟們，並肩子上啊，一起奪回筒井城！」那些士兵對島左近頗為信服，馬上打起精神隨島左近從已經破損不堪的南門沖殺了進去。
「呀，我們的部隊都在和明智光秀交戰，沒想到筒井軍居然殺了個回馬槍。如此一來，我們就落到兩路敵軍的夾擊中了，還是撤退吧！」松永久秀看到形勢不妙，忙召集士兵逃跑。
明智光秀的主要任務是消滅松永家，而不是拿到筒井城，也顧不得和島左近搶筒井城了，趕忙去追殺松永軍。松永久秀的部隊大部分裝備了利于行走的草鞋，而明智軍大部分還是布鞋。雖然草鞋編織比較困難，但在野戰時比布鞋更加有利。這種用藤草編織的鞋子，十分細致|耐磨，但是不能保暖，冬天的話，只能穿皮鞋，但皮鞋又比較昂貴。布鞋一般用皮革做底子，保暖性比草鞋好是沒有草鞋方便野外的行走。
「敵人穿著草鞋，跑得飛快。我們的士兵穿的都是布鞋不過他們！」溝尾茂朝氣喘吁吁地報告說。
「唉，沒想到草鞋還有加速度的作用，以前我怎麼沒想到呢？」明智光秀其實對許多瑣事沒怎麼過問，比如士兵的鞋子。看來，這鞋子的種類和好壞也會極大地影響戰果來這次回去要琢磨一下士兵們鞋子的問題了。
「不過，松永軍的炮兵雖然穿的是皮鞋因為習慣了遠程射擊，體力不行，跑得很慢，妻木光忠已經帶騎兵去追去了，希望可以迫降這400鐵炮兵！」溝尾茂朝報告了這個好消息。
「哈哈，那真是太好了。只要我們得到這400鐵炮永久秀就成了沒牙的老虎，還不是任由我們欺壓！」明智光秀愁眉一展到了獲勝的希望。
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因為被明智軍繳獲了鐵炮，松永軍就只剩下了信貴山城的1挺鐵炮。
而明智光秀現在有500鐵炮加上筒井順慶奪回筒井城後，給明智光秀提供了許多便利此一來，松永久秀感到形勢有點不妙了。
對政治方面的變化有著相當的敏感度的松永久秀馬上寫信到安土，表示臣從信長，織田信長欣然應允，並因此將大和一國賞賜給松永家，並允許松永久秀再次攻打筒井家
有著織田軍團作後盾的久秀再次大舉侵攻大和，形勢對反松永的大和武士團大為不利，順慶第二次被趕出筒井城。然而，順慶與一族在逃到福住城之後，再次對松永軍展開游擊戰。
完成任務的明智光秀，率軍返回了阪本城。
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1567年，順慶築辰市城，並移居入新城。幾個月後，松永久秀突然發動反叛織田信長，公然攻打也歸順了織田的筒井架，但在發現形勢不利後馬上臣服。順慶的行動也僅僅是佯動作戰。
同年八月日，信貴山城的松永久秀發兵攻打辰市城，與多聞城的嫡男松永久通合兵共二千五百人于大安寺布陣。順慶親率二千余人從鄰近的山中突然殺出，經過幾個小時的激戰，最終將松永軍擊退。這場被後世稱為大和最大野戰的辰市合戰以筒井軍取得勝利而告終。順慶將討取的松永軍將士的首級獻給信長，表示臣從。
此時，順慶結識了在他和松永久秀之間調解的明智光秀。光秀無論是作為單純的武人，還是在和歌等各種文化方面都非常優秀。順慶與光秀兩人意氣相投，交往愈深。後順慶作為光秀的幕下，參加了石山合戰。通過這種方式，明智光秀間接得到了島左近的效忠。
天正一年（1573年，順被信長任命為大和守護。在他的前任者直政在石山合戰中戰死後迅速的人事變動背後不難看到明智光秀在幕後的活動。
天正二年（157，松永久秀再信貴山城舉兵謀反。信長命嫡男信忠為總大將，大和守護筒井順慶為先陣前往討伐。最終松永久秀兵敗自殺，正巧和他當年燒毀大殿同是十月十日。被世人稱為是「大作祟」。
順慶在此之在羽柴秀吉的指揮下出陣中國地方。
作為當時大和最重要人物，大和國內為他的武運長久舉行祈願法事。天正3年（1575年，順慶移居大和郡山城。天正（1576年的天正伊賀之亂中任大和口的擔當。後又參加了甲斐攻略戰。
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島左出生于對馬或是近畿地方。較可信的說法是平安時代以後的豪族島氏每代擁有的清興和勝猛。是筒井順慶的家老，在當時與松倉重信稱為左近和右近。順慶死後，同筒井定次繼承家位，但是因為意見與定次不合，最後出走，期間也成為了羽柴秀次和羽柴秀保的家臣。于1583年，受到石田三成的邀請。以一萬五千石去拉攏他，當時三成領地只有四萬石高擁有四成的破格待遇，目的是擔當三成的軍事顧問。後來增封至六萬，比例是相當高的人物。
有一時間左近曾前往甲斐武田處，在信玄的部將山縣昌景手下供職。期間參與了遠江袋井的作戰，並追擊了德川家康。這些記錄是左近自己曾提到的，此外沒有任何其他旁證。但是近曾經在武田家任職這一點卻也似乎不應該莽撞地加以否定。
武田信玄當時就是武士崇敬的對象，山縣昌景也是猛將中的猛將。家康等對即使是敵人的信玄也像師傅一樣景仰山縣的武勇贊嘆不已。左近的名聲很早就開始震響，或許真是因為在山縣軍中的戰斗經歷吧。
島左近在筒井氏擔當家老一職，與松倉右近勝重（重信並稱為「筒井的右近左近」之勇士。之後在與松永久秀爭奪信貴山城的激戰中，島氏、松倉和森氏成為「筒井的三老」。
在與松永久秀連年的大和爭奪中，筒井氏與肩負調停一職的明智光秀意氣相投立了深厚的友誼。然而在面臨無法把握的未來時，筒井順慶卻不得不為家族的存續而考慮。
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「大和國已經平定了下來，我們的敵人是本願寺家。為了掃平京都附近的僧侶勢力，我決定討伐比睿山上的延歷寺！」平定大和國後，織田信長江屠刀再次高高舉起。
在京都攝津一帶，除了將軍以外，比睿山的僧侶、石山的本願寺、當地的陰謀家、土豪等信長而言，都是難纏的對手別是將軍與本願寺都笑里藏刀，口蜜月復劍種在背後扯後腿的勢力最讓信長感到困擾，而且後來武田軍也加入的反織田陣營當中。當信長欲出兵攻打朝倉氏時原以為與他締結姻親的淺井氏會袖手旁觀，沒想到淺井氏極為重視與朝倉氏長久的結盟關系，執意與朝倉氏聯手防御織田的勢力。此時織田信長陷入了大包圍網中，他妹妹阿市也夾在兄長與夫家的戰斗之中，其痛苦可想而知。
156（元龜元年，織田信長得到德川家康的幫助，于近江姊川大破朝倉、淺井的聯合軍隊，史稱姊川之戰。然而此戰役並沒有給朝倉致命的一擊，朝倉義景曾逃到佛教聖地比睿山去。比睿山擁有自己的領地，同時又擁有軍隊（僧兵，在京都一帶算是不小的勢力。
信長決定向這宗教權威挑戰，他放火燒掉比睿山的所有建築物，不但殺死寺院的人員，連無辜的民眾也慘遭殺害。火燒比睿山後，反信長戰線的氣焰更加猛烈。然而，此時發生一件大事——1566年武田信玄去世。雖然武田信玄臨死前吩咐要將他死亡消息守密三年，但是沒幾天上杉謙信已經得知消息，消息靈通的織田信長想必也已獲得這個情報。相反的，足利義昭到了五月底還不知道這消息。七月三日足利義昭舉兵反抗，七月十八日在信長的包圍下，只得交出二歲的幼兒當人質投降。如此，室幕府于焉滅亡。
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「殿下，比睿山上已經沒有僧兵的存在了，請允許我用水澆滅大火，救剩余的百姓吧！」看到幾乎被燒成一片焦土的比睿山，明智光秀冒著織田信長的怒火提出了救援百姓的意見。
「啪！」織田信長用刀背狠狠地敲在明智光秀伏在地上的肩背上，後者當即被打得倒向一邊。
織田信長怒火未熄，端起一腳狠狠地踩在明智光秀的頭顱上，腳下用力，惡狠狠地說︰「誰要是敢再為比睿山的余孽求情，下場就和明智光秀一樣！」眾將有心求情，但害怕惹火燒身，只得龜宿不前。
幸好，織田信長並沒有打算要明智光秀的命。在隨後得到羽柴秀吉的親自包扎後，明智光秀的傷勢得到了好轉。因為這件事情，明智光秀開始對羽柴秀吉言听計從，也因此陷入了羽柴秀吉隨後的陰謀中。