上古巫妖大戰，天柱不周山塌陷，天河之水由西向東席卷洪荒大地，整個人族除了洪荒大地最東方的人族殘留下來外，還有兩個地方的人族幸存下來！
第一處，西方貧瘠之地，那里是西方佛教在洪荒大地的大本營，巫妖大戰開始後，西方兩位聖人就留下寶物保護住那里，因此那里的人族幸存了下來，幸存下來的人族非常感謝兩位聖人，成為了佛教最虔誠的教徒，即使後來人族入住洪荒，人族大聯盟成立，西方的人族依舊沒有離開西方……
第二處，乃是西南群山野嶺之地，這里據說是上古巫族的大本營，巫族中最神秘的祖巫大殿就在這群山之中。巫妖大戰後，人族入住洪荒，當人族遍布洪荒後，發現西南群山野嶺中存在人族的蹤跡，但是顯然那里人族不喜歡外界的人族，外界的人族曾有許多好奇人進入群山中，不過這些人不是被驅逐出來，就是被殺死。
後來洪荒仙人于洪荒中傳播教義之時，人族從這些仙人中知道了西南群山中居住的乃是人族的分支巫人！上古巫族掌控洪荒大地時，巫族十二部分布整個大地，人族憑著數量的上的優勢亦遍布洪荒，因此那時候巫族和人族交流還是非常密切的，不少巫族和人族相愛結合在一起，其中最著名的就是後羿和嫦娥。這些巫族和人族結合生下的後代就是巫人！
當時巫族強勢，人族弱勢，巫族對于這些血脈不純的巫人，根本就不屑一顧，不承認他們是巫族的一分子，而人族雖然接受這些巫人，但是受到巫族血脈的影響，巫人比普通人族強大多了，而且很好戰，漸漸的這些巫人也不為人族接受，後來獨立兩族之外的巫人，慢慢的集聚在西南群山中生活，當時謠傳西南群山中是巫族的大本營，但是隨著巫人的入住，巫族不管不問這個謠傳被否決了。
巫妖大戰後，整個洪荒生靈幾乎滅絕，而西南群山中的巫人卻幸存了下來，這讓上古洪荒時期的仙人們大吃一驚，馬上明白過來這西南群山野嶺之地確實是巫族的大本營，殘余的巫族應該就隱匿在這片群山之中，但是殘余巫族和這些巫人是靠什麼幸存下來的，整個洪荒恐怕沒有什麼人知道。
洪荒西方人族和西南的巫人，雖然沒有融入整個人族，但是人族的發展還是影響著他們，特別是伏羲時，人族形成地域性的部落聯盟後，西方人族也形成一個統一的信仰佛教的部落聯盟，而西南的巫人，也逐漸形成了兩大部落聯盟︰九黎和東夷！伏羲游說人族各部落聯盟組建人族大聯盟時，也派人游說過西方的人族和西南的巫人，西方人族委婉的拒絕了伏羲的游說，而西南巫人，伏羲派去的人根本就沒有見到他們。
因此人族大聯盟成立，其實比不是所有人族部落聯盟都參加了，整個人族的格局形成了人族大聯盟、西方佛教部落聯盟、西南兩大巫人部落聯盟三足鼎立。後來伏羲，神農二皇教化人族，人族大聯盟發展極為迅速，西方佛教部落聯盟雖沒有加入人族大聯盟，但卻沒有禁止與外界人族的交流，因此發展速度並不慢，並沒有落後許多，但是西南巫人部落聯盟就不同了，依舊排斥外界人族，因此發展一直非常緩慢，遠遠落後于人族大聯盟，不過巫人體內留著一半巫族的血脈，戰斗力比普通人族強多了，因此巫人部落聯盟的軍事力量比人族大聯盟的任何一個部落聯盟都要強得多。
到了軒轅時期，人族大聯盟解散，人族各部落聯盟僵持下來，而西南的巫人部落聯盟卻發生了巨大的變化。九黎部落聯盟數十年前誕生了八十一位巫人，這八十一位巫人一出生巫族血脈就覺醒了，巫人身體留著巫族的血脈，一般只有長大後遇到不凡的機緣才會覺醒，覺醒巫族血脈的巫人實力月兌胎換骨，有的是肉身變得非常強悍，有的是掌握一種巫族神通等等。但是自從巫妖大戰後，這些覺醒的巫人都進入了巫人的聖地內，而後這麼多年再也沒有出現巫族血脈覺醒的巫人，直到這次。
這八十一位巫人長大後，便結為兄弟，為首的叫蚩尤，乃是八十一人中最強一人。說來奇怪這八十一位巫人覺醒巫族血脈後，都是肉身變的強大無比，沒有一個人掌握了巫族的神通，而蚩尤更是能化出巫族真身！其威勢更是驚天動地！
這八十一位巫人長大後，就憑著自身的實力成為了九黎部落聯盟的首領，隨後帶領著九黎部落聯盟與東夷部落聯盟宣戰，兩年時間便征服了東夷部落聯盟，統一了整個巫人，這八十一人便成為整個巫人的首領，蚩尤更是被尊稱為巫主。
不過當蚩尤帶著八十兄弟統一巫人後不久，突然有一天，巫人聖地來人帶走了蚩尤和他兄弟八十一人，這下本來統一的巫人開始產生不和諧，東夷部落聯盟的人開始蠢蠢**動，但是怕蚩尤八十一人回來，再加上準備工作，因此一直沒有什麼動靜，直到過了數年後，蚩尤八十一人還未回來，東夷部落聯盟的人覺得蚩尤他們不會回來了，于是準備反動叛亂。
然而就在他們即將叛亂前幾天，蚩尤八十一人從巫人聖地回來了。歸來後的蚩尤八十一兄弟變得更加厲害，蚩尤本人更是變得莫測高深，而且穩重成熟了許多，不僅如此隨著蚩尤八十一人回來的還有兩人，這兩人身材中等，全身上下披著一件黑斗篷，看不清他們的面貌，但是他們是從聖地出來的，巫人的聖地在巫人的心中是至高無上的，而這兩個從聖地出來的人卻如同僕人一樣跟在蚩尤的身後，所有巫人都對蚩尤另眼相看，東夷部落聯盟的人馬上老實了起來。
蚩尤歸來後，九黎部落聯盟的人就告訴了他東夷部落聯盟的不軌行為，但是蚩尤沒有討伐東夷部落聯盟，只是以巫主的身份召集九黎部落聯盟和東夷部落聯盟的所有人領導人，向他們索要軍隊。九黎部落聯盟的軍隊從蚩尤八十一人回歸後，就全部掌握了，這次主要是向東夷部落聯盟索要軍隊，東夷部落聯盟本來一直擔心蚩尤會鎮壓他們，但是蚩尤只是向他們索要軍隊，並沒有鎮壓的的意思，因此雖然很舍不得，但還是把軍隊交給了蚩尤。
掌控兩大部落聯盟的軍隊後，蚩尤立即將這兩支隊伍整合到了一起，並且和他的八十兄弟日夜訓練著。蚩尤還專門派人到外界打听外界人族的情況，當人族大聯盟解散，人族各部落聯盟相互僵持下來的消息傳到蚩尤耳中後。蚩尤再次召集了所有巫人高層，向他們宣布，他將帶著巫人大軍，殺出西南群山，去征服外界的人族，讓巫人成為洪荒大地的主人！
蚩尤的話在巫人高層掀起了風暴，所有還比較年輕的巫人領導人，都被蚩尤豪氣萬丈的話，說的熱血沸騰，表示全力支持蚩尤，而巫人的長者極力反對，他們活了大半輩子了，對外界的認識比那些年輕人多的多，知道外面的世界有多大，巫人所生活的西南群山不過是洪荒大地的一個小角落，比起外面的世界可以說是九牛一毛不值一提！
巫人新老高層的不同意見相持不下，誰也說服不了誰，而作為這次聚會的發起人蚩尤，卻一直沒有發言，表現的非常詭異。而當天晚上蚩尤帶著那兩個從聖地出來的兩個人拜訪這些巫人長者後，第二天所有老人都改口了，表示全力支持蚩尤。所有巫人都大吃一驚，不知道蚩尤是怎麼勸服這些頑固的老人的。
蚩尤在得到所有巫人高層的同意後，立即就和自己的八十兄弟以及兩個聖地出來的人領著巫人大軍殺氣騰騰的走出西南群山，踏上了洪荒大地！
巫人身上留著巫族和人族的血脈，巫族的血脈使巫人身體素質大大超過普通人族，再加上好戰的性格，以及蚩尤兄弟八十一人的訓練，巫人大軍戰斗力遠遠超過了人族軍隊的戰斗力。
蚩尤帶著這股強大的戰斗力，殺出西南群山後，縱橫洪荒南部，一個又一個的部落聯盟被巫人大軍征服，蚩尤征服這些部落聯盟後並沒有停下來整合這些部落聯盟，而是帶著這些部落聯盟的軍隊繼續前進，直到洪荒南方大部分部落聯盟都被征服後，蚩尤發現人族部落聯盟的軍隊遠遠多余巫人大軍了，蚩尤不得不停下整頓大軍，把人族軍隊中的老弱傷殘開除軍隊，讓他們自己回到自己的部落聯盟，至于能不能堅持下來就看他們的造化了，接下把人族軍隊全部打散，然後分布到巫人大軍中，讓每一個巫人統領一定數量的人族，最後蚩尤和他的八十兄弟開始訓練這支全新的大軍。
巫人大軍突然崛起，短短時間內便征服了大部分南方部落聯盟的事，在洪荒世界掛起了一股風暴，人族各部落聯盟間的平衡頓時被打破，所有部落聯盟注意力都放到了巫人大軍上，而軒轅也終于知道尹國說的大事是什麼。當巫人大軍停下來休整的後，軒轅立即以人族共主的身份四處游說，讓各部落聯盟聯合起來，共同抵抗巫人大軍，洪荒南部殘存下來的部落聯盟第一個響應，洪荒北部的部落聯盟在見到巫人大軍恐怖的實力後，也紛紛響應。
軒轅見各部落聯盟都同意聯合，立即要求洪荒北部各部落聯盟派出部分軍隊來陳都聚集整合，而洪荒南部殘存的部落聯盟馬上聯合在一起，盡量抵擋巫人大軍，等北方所有部落聯盟軍隊整合完畢後就來增援他們。
洪荒南部殘存下來的部落聯盟馬上就聯合在了一起，這些部落聯盟的軍隊全都聚集在了一起，並開始訓練起來以便曾加各軍隊間的配合程度。而北方的各部落聯盟除了靠近南部的部落聯盟派出部分軍隊前往陳都外，其余部落聯盟遲遲不見動靜。軒轅連連派人催促，這些部落聯盟都以各種理由拖延時間。
人族各部落聯盟的行動頓時引起了蚩尤的注意，見到洪荒南部殘存的部落聯盟聯合在了一起，蚩尤立即下令停止訓練，帶著大軍殺向了這些部落聯盟，蚩尤知道他們剛剛聯合在一起，軍隊配合上一定存在許多問題，現在正是一網打盡的最好時期，若是等他們訓練一段時間配合默契了以後，在去征服就沒那麼容易了。
果然，巫人大軍完全佔據了上風，這些部落聯盟節節敗退，巫人大軍突然攻打，不僅使得南方殘存部落聯盟壓力劇增，而且北方部落聯盟頓時緊張起來，當得知南方殘存部落聯盟被打的節節敗退就快滅亡的時候，一直沒有動靜的部落聯盟馬上派出軍隊趕往陳都。
然而，當北方各部落聯盟派出的軍隊全都聚集到陳都，軒轅準備帶著這數百萬的人族大軍救援南方殘存部落聯盟時，巫人大軍剛好打垮了南方的殘存部落聯盟，統一了整個南方。
軒轅听到這個消息，心中對北方各部落聯盟充滿了憤怒，若不是他們拖延時間，巫人大軍怎麼會征服整個南方。平息心中的憤怒後，軒轅並沒有立即帶著數百萬人族大軍前往征討巫人大軍，而是整合這由各部落聯盟組成的數百萬大軍，並要風後訓練他們行軍布陣。接著以人族共主的身份要求靠近南方的部落聯盟，不要和巫人大軍起爭執，緩緩向北方撤退。
蚩尤率領巫人大軍征服整個南方後，並沒有繼續征服北方的意思，也停下來繼續整合軍隊，並采取了血腥的手段，殺一儆百迅速的讓人族大軍融入巫人大軍中。
本來風起雲涌的洪荒大地，詭異的平靜下來，南方巫人大軍和北方人族大軍很有默契的休整訓練，而洪荒所有生靈都知道，這不過是暴風雨來臨前的平靜，等他們休整完畢，必將展開最後的決戰，這次決戰後，將決定著洪荒大地的未來主人是誰！