逐鹿之野，蚩尤落敗，巫人大軍全體繳械投降，人族大軍頓時歡呼起來，風後留下一部分人收編巫人大軍，然後領著人族大軍來到軒轅和蚩尤的面前，人族大軍將軒轅和蚩尤團團圍住，高聲狂呼軒轅之名……
軒轅見此心中也非常興奮，這場大戰終于結束了。想到在都天十二神煞大陣中犧牲的柏鑒和後軍兄弟，想到自己說過的話，立即高高舉起軒轅劍。
人族大軍見此，高呼之聲瞬間消失，全場變得異常的寂靜，軒轅滿意的點點頭，輕輕的放下的軒轅劍，環視四周人族大軍一圈，而後朗聲道︰「來人牽五匹馬來！今日就要將蚩尤五馬分尸，為後軍弟兄報仇！」
人族大軍所有人一愣，隨即爆發出更加震耳的歡呼，很快就有人牽來五匹馬。軒轅手持軒轅劍向地上的蚩尤一指，立即有人上前用粗繩將蚩尤的四肢和脖頸綁緊而後分別栓到五匹馬上！
蚩尤听到軒轅的話，也是一愣，隨後大怒，但是見到牽來的五匹馬後，頓時露出嘲諷的笑容，任由他人將自己的四肢和脖頸綁住。軒轅見到一切準備就緒後，大吼道︰「開始！」啪！啪！啪！啪！啪！五匹馬同時受到鞭打，瘋狂的朝著不同的方向狂奔。
人族大軍見此一起發出一陣歡呼，仿佛已經見到了蚩尤被分成六份，然而事實卻與人族大軍的想象相差甚遠。只見五匹馬將蚩尤拉成一個大字停在半空後，然後，一齊昂首嘶叫，停了下來，不管再怎麼鞭打，不管五匹馬如何用力交叉的踏著四蹄，蚩尤依舊穩如泰山，臉上的嘲諷的笑容更甚。
沒過多久連接五匹馬和蚩尤的粗繩，承受不了五匹馬的拉扯從中斷裂，蚩尤依舊擺成大字平穩的落在地上。人族大軍的歡呼聲頓時安靜下來，所有人都震驚的看著蚩尤。蚩尤見此，終于大聲的嘲笑出來︰「哈哈哈哈軒轅小兒！你就打算用這五匹馬將我分尸？哈哈哈哈真是笑死我了！哈哈哈哈」
一時間全場只剩下來蚩尤的嘲笑，人族大軍面面相覷，沉默了下來。軒轅見此，眉頭一皺，雙目瞬間變得銳利無比，右手拿著軒轅劍緩緩走到蚩尤面前。
軒轅來到蚩尤面前，對大聲嘲笑的蚩尤道︰「即使五匹馬不能將你分尸，我也要讓你變成和五馬分尸一樣！哈！」說完高高舉起軒轅劍，軒轅劍黃金色的劍身，立即散發出耀眼的金光，隨著軒轅一聲大喝，軒轅快速朝蚩尤四肢揮出四劍。
四道金光閃過，蚩尤四肢和身軀完全分離，人族大軍見此再次高呼軒轅之名。而軒轅卻皺起了眉頭，因為蚩尤四肢被軒轅劍砍斷後，沒有絲毫鮮血溢出，而且蚩尤表情也異常詭異，先是一愣，而後露出淡淡的微笑！
原來蚩尤被軒轅劍砍斷的瞬間，蚩尤頓時覺得四肢上涌出一股陌生的力量將軒轅劍的力量抵消，雖四肢依舊分離開來，但是蚩尤感覺四肢只是和身軀之間隔了幾重空間，並沒有真正分離！想到空間祖巫離去時向自己四肢和脖頸輸入的力量和說過話，頓時知道這股陌生的力量就是空間的空間力量，臉上不禁露出了微笑。
軒轅見到蚩尤的微笑，心中極為震驚，下意識的再次高舉軒轅劍，重重的砍向蚩尤的脖頸。蚩尤頓時覺得眼前充滿了金光，隨後脖頸處一涼，眼前一黑，隨後沉入了無盡的黑暗之中。軒轅見蚩尤的腦袋也被砍斷，心中略微松了一口氣，但是當看到蚩尤雖然雙目已閉，但依舊微笑的頭顱時，心中頓時產生了些許不安。
蚩尤被軒轅斬為六份，人族大軍歡呼之聲更加高昂，軒轅穩定住心神，暫時放下心中的不安，舉著軒轅劍響應人族大軍的歡呼。這時，天空突然降下一道人影落在軒轅身邊，軒轅連忙看過去，見到是廣成子，軒轅立即疑惑道︰「老師？」
廣成子緊緊盯著蚩尤的六份殘軀，半響後才說道︰「軒轅！蚩尤殘軀之中還有著微弱的氣息！」軒轅大驚，立即仔細看向蚩尤殘軀，果然，軒轅通過和軒轅劍氣機相融，立即感受到蚩尤體內的微弱氣息，隨即大喝一聲，軒轅劍爆發出萬丈金光，想要徹底摧毀蚩尤的殘軀。
然而這次軒轅失敗了，軒轅劍和萬丈金光靠近蚩尤殘軀的時候，頓時感覺軒轅劍和蚩尤殘軀之間隔著重重空間一般，蚩尤的殘軀雖近在咫尺，但軒轅劍和萬丈金光就是踫不到！軒轅、廣成子、周圍所有人見此都震驚不已，人族大軍歡呼之聲再次打住。
廣成子驚道︰「空間神通！」軒轅一听，也驚道︰「空間神通？！老師！你不是說過聖師的力量也是空間神通！難道蚩尤的異狀和聖師有關？」廣成子低下了頭搖了搖，突然轉身大喝道︰「誰！」剛才廣成子低下頭時見到地面上多出一條影子頓時大驚，便立即轉身大喝。
不知何時廣成子的身後竟然站著一人，軒轅和人族大軍所有人頓時看過去，愣了一下，齊聲道︰「尹國聖師！」來人正是尹國！遠在陳都小茅屋中的尹國見軒轅將蚩尤斬為六份，而且廣成子發現蚩尤殘軀的異狀後，就立即瞬間移動了過來。
尹國微笑的向軒轅道︰「軒轅共主！恭喜你，不僅戰勝了蚩尤，還領悟到自己的人皇之道！」軒轅立即道︰「只是僥幸爾！聖師來此可是為了蚩尤的殘軀！」尹國點點頭道︰「蚩尤殘軀被巫族第二代祖巫輸入的空間力量保護，除非聖人出手，不然是無法完全摧毀蚩尤肉身的！」軒轅和廣成子一听，頓時愣了一下，又是這個巫族第二代祖巫!軒轅不禁問道︰「尹國聖師！這個巫族第二代祖巫到底是何方神聖？而且聖師不是也能使用空間神通嗎？為什麼就不能破除蚩尤身上的空間力量呢？」
尹國搖著頭道︰「我的空間神通就是因為巫族第二代祖巫才能掌握的！想要破除並不是那麼容易的，而且剛和他消除一段因果，我不希望再結下因果。」軒轅一听頓時沉默下來，尹國見此笑道︰「雖不能幫助你破除空間力量，但是我能幫助你封印蚩尤的殘軀！」軒轅和廣成子一起說道︰「封印？」
尹國點點頭道︰「沒錯就是封印！把蚩尤的六份殘軀分別鎮壓到洪荒大地不同的地方封印起來。」軒轅和廣成子想了想，這的確是個最好的辦法，軒轅向尹國問道︰「不知聖師準備將蚩尤殘軀封印到哪里？」尹國微笑道︰「到時候軒轅自會知道！」其實此時尹國還沒有找到合適的封印之地，但是為了將蚩尤殘軀弄到手，只能先說謊騙住軒轅。
尹國說完後，緩緩來到蚩尤殘軀前，輕輕的拾起蚩尤的六份殘軀，軒轅和廣成子驚訝的看著尹國，因為尹國並沒有使用任何力量，就這麼自然的就拾起了蚩尤的殘軀，尹國笑著解釋道︰「蚩尤體內的空間力量是無意識的，只起到防護作用，只要不攻擊殘軀，空間力量就不會出現！」軒轅和廣成子頓時恍然。
尹國拾起蚩尤殘軀，然後抬頭看了看空中風伯雨師，對軒轅說道︰「風伯雨師是巫族第二代祖巫留下專門輔助人皇教化人族的，是巫族對插手人族之事的歉意。軒轅共主，好好利用兩人的神通造福人族！」說完尹國身影消失在了原地。
軒轅听完一愣，還想在詢問的仔細些，但是見到尹國已經離去，頓時抬頭看向天空。果然，風伯雨師兩人緩緩降落到軒轅面前，隨後風伯雨師相互看了一眼，向軒轅拜道︰「奉空間祖巫大人之命，風伯（雨師）日後全力輔助軒轅人皇教化人族！」軒轅听完果然跟聖師所說的一樣，見識兩人神通威力的軒轅，立即扶起兩人說道︰「有兩位風雨神通之人相助，乃是軒轅之幸，人族之福！嗯，不知兩位剛才說的空間祖巫大人是否就是巫族第二代祖巫？」不過風伯雨師並沒有回答，只是微微點頭，便退在了一邊。
軒轅見此，並不惱怒，畢竟今日之前雙方是敵人，如今雖然大戰結束，風伯雨師留下幫助他教化人族，但是雙方的關系不可能這麼快就變好的。不過軒轅也有信心，這兩人日後必定會完全信服自己！
逐鹿決戰勝利後，軒轅並沒有立即領著人族大軍返回陳都！而是將殘余的巫人大軍融入人族大軍，重新整頓之後，領著大軍向著南方進軍。
先前蚩尤征服南方的方法很簡單，從一個部落聯盟打到另一個部落聯盟，每征服一個部落聯盟後，就將部落聯盟所有軍隊融入巫人大軍，而後繼續前進，這些部落聯盟沒有了軍隊力量，完全沒有實力威脅蚩尤的巫人大軍，因此蚩尤根本不擔心這些部落聯盟會反咬一口，事實也是如此，南方各部落聯盟沒有半點動靜。
蚩尤征服整個南方後，所有南方部落聯盟的軍隊都被整編融入巫人大軍，南方部落聯盟只剩下一些老弱婦孺。而軒轅戰勝蚩尤，巫人大軍和人族大軍整編在一起，軒轅領著大軍向南進軍，每經過一各部落聯盟就留下些許軍隊，並幫助部落聯盟恢復。同時召回流離在各處為了躲避戰禍的南方人族，返回各自部落聯盟重新建設。
就這樣花了一兩年的時間，軒轅收復了整個南方，南方所有部落聯盟的人對軒轅感激不已，而且各部落聯盟主要管理人都是軒轅的信得過的人，南方各部落聯盟的軍隊也是軒轅的人族大軍分離出來的，因此軒轅完全掌控了整個南方。
軒轅擊敗蚩尤，幫助南方各部落聯盟恢復的事跡，使得軒轅的威望成為人族之最！當軒轅收復整個南方後，整個人族大部分人都希望軒轅能重建人族大聯盟，當然軒轅依舊為人族共主！
然而此時的軒轅，心中卻不這麼想，當收復整個南方，整個南方全都在軒轅掌控下後，軒轅對于伏羲神農時的人族大聯盟形勢並不認同了，軒轅知道即使組成人族大聯盟，日後若是人族共主威望不夠依舊會再次解散，所以軒轅決定領著自己的大軍繼續向北征服，直到把所有人族部落聯盟全部征服，所有軍隊融為一體，而後派信得過的人帶著軍隊駐守各地管理整個人族，只有這樣人族才算是真正的統一起來！
軒轅心中打定主意後，自然不可能同意再次組建人族大聯盟，但是軒轅並沒有立即拒絕，而是以幫助南方人族恢復為理由一直拖延著，自己領著大軍慢慢的返回陳都，返回的路上暗中征服陳都以南的北方部落聯盟。
當然這種暗中的征服行動，不可能一直那麼順利，果然不久後，北方的各部落聯盟就察覺出來。軒轅見此也不再隱瞞，立即加快了征服速度，而此時和蚩尤大戰後的人族大軍的恐怖實力展現出來了，在北方各部落聯盟還未反應過來時，軒轅就征服了陳都軒轅部落聯盟勢力以南的所有人部落聯盟，並迅速返回到了陳都！
軒轅人族大軍的實力震驚了陳都軒轅部落聯盟勢力以北的所有部落聯盟，這些部落聯盟全都戰戰兢兢的戒備著，各自組成戰爭聯盟，對抗軒轅。然軒轅回到陳都後，並沒有繼續向北征服，而是整頓修養訓練，並派人管理征服過來的陳都以南的北方部落聯盟。
軒轅可是人皇，自然不會像蚩尤那樣不管征服下來的部落聯盟的發展。再者軒轅的人族大軍經過這麼多年的戰爭，也需要休息。因此在完全掌控征服過來的部落聯盟之前，軒轅不會在繼續征服。然而過了一段時間，洪荒世界突然發生了一件大事，使得軒轅征服計劃不得不再次延期。