當軒轅得到人族已經開始使用文字的時候，大奇之下，想要去請創造文字的倉頡，但倉頡卻並沒有理睬他，而是選擇在創造文字的陽虛之山，開始閉關繼續創造文字.
軒轅有些惱怒，但當下最要緊的就是蚩尤，話說軒轅一日睡覺，忽而做夢，夢中夢見大風吹走了天下的塵垢。接著又夢見一個人手執千鈞之弩驅羊數萬群。醒來後，心覺奇怪。暗想，風，號令而為主；垢，是土解化清，天下難道有姓風名後的人嗎千鈞之弩，是希望為能致遠，驅羊數萬群，是牧人為善，難道有姓力名牧的人不成于是便派部下在天下到處訪尋這兩個人。結果在海隅找到了風後，在澤邊找到了力牧。軒轅以風後為相，力牧為將，開始籌軍，準備大舉進攻蚩尤。與此同時，天庭玉皇大帝在王母的慫恿下，也派出九天玄女前來，教他三宮秘略五音權謀之本。而後軒轅憑借自身智慧，和風後一起創造演化出遁甲之法！萬事俱備，只欠東風！
在涿鹿郊野，兩軍擺開陣勢大戰。蚩尤布下百里大霧，三日三夜不散，至使兵士辨不清方向。軒轅看著被困中的大軍，無法，而廣成子和闡教眾仙則去纏住十二祖巫，亦無法分身前來相助，軒轅夜觀星象，忽有所感，靈感乍現，制造出指南車！借此打破蚩尤布下的大霧，率領軍隊扳回一籌！
再次開戰，蚩尤命其八十一位兄弟布下九九玄陰大陣，八十一面玄陰幡陰氣陣陣，煞氣沖天。我要啊全文字軒轅軍隊戰士一旦進去就沒有再出來過。軒轅皺眉，現在廣成子他們難得抓住時機，趁機纏住十二祖巫，要是讓他們剛回來，豈不是白費一番功夫，這時旁邊九天玄女道︰「共主！貧道到是有一法可以破除此大陣！」
「何法？仙子快說！」軒轅一臉焦急道。
九天玄女嬌顏有些微紅，輕聲道︰「要破九九玄陰大陣只要聚集先天五方旗，在由五位金仙修為的修士布陣，就可一舉破除大陣！」
「先天五方旗？」軒轅疑惑看著九天玄女。
九天玄女微微頷首道︰「先天五方旗！乃混沌第一靈根混沌青蓮五片蓮葉所化，有中央戊己杏黃旗，東方青蓮寶色旗，南方離地焰光旗，西方素色雲界旗，北方玄元控水旗，五行各佔，先天五分！」
「那在哪里可以尋到？」軒轅關心道。
「中央戊己杏黃旗在原始聖人那里，東方青蓮寶色旗在西方接引聖人那，南方離地焰光旗在大赤天八景宮中，西方素色雲界旗執掌在天庭王母娘娘之手，北方玄元控水旗存放在金鰲島碧游宮內。」九天玄女開口道。
軒轅皺眉，除了西方素色雲界旗，其余都在聖人手中，這下難辦了！
九天玄女看著軒轅道︰「共主乃天定人皇，只要共主誠心，相信諸位聖人會想借靈寶的！」
軒轅點點頭，看著九天玄女道︰「好！我親自跑一趟！只是聖人道場，我又怎樣能夠進去？」
九天玄女輕笑，看著軒轅道︰「共主只需供上祭品，向聖人雕塑祈求，相信聖人會感應到的！」
「好！」軒轅堅定點點頭，轉身開始吩咐祭拜事宜。
三日後，軒轅沐浴更衣，率領眾人開始一一祈求！
「人族共主軒轅氏今向太清聖人求南方離地焰光旗，以解救祖星人族！還望太清聖人成全！」語罷，就率領眾人族跪拜在地！
苦等足足一個時辰，就見紫氣東來，一三寸炫紅色古旗緩緩飄落，軒轅接過炫紅色古旗，一臉欣喜，緊接著如法炮制向原始天尊，靈寶天尊，西方兩聖和王母娘娘求來剩下四面先天五方旗。
軒轅看著手中的先天五方旗，有看向九天玄女道︰「這先天五方旗是借來了，但是這主旗之人？」
九天玄女輕笑，看著軒轅道︰「共主不必擔心！明日大戰前，貧道自會替你找齊主旗之人！」
「那就有勞仙子了！」軒轅看著九天玄女道。
第二日！兩軍再次交戰，蚩尤再布九九玄陰大陣，可是卻發現對面軒轅一臉詭異笑容，暗道不好，這時就見五道身影從天而降，分站各個方位，然後分別拋出先天五方旗，就見一先天五行大陣顯出，籠罩九九玄陰大陣，隨後就見五人法力輸出，方圓百里竟然重化混沌！蚩尤大驚，想要阻止，卻被九天玄女率領眾多散仙阻止！不一會兒，九九玄陰大陣就被煉化，八十一個主陣之人全部身隕！
軒轅見狀大敲軍鼓，大軍趁機攻向蚩尤軍隊，最後維余下蚩尤一人，剩下族人或是投降，或是身亡，軒轅來到被眾兵困住的蚩尤身前，看著面前自己的生死大敵，軒轅輕笑道︰「蚩尤啊蚩尤！你終究還是敗在我手下！」
蚩尤看著軒轅，不屑道︰「成王敗寇！我自是無話可說！但是你又能奈我何？」
軒轅被蚩尤的態度激怒，一把抽過旁邊戰士的長刀，狠狠砍在蚩尤脖子上，錚的一聲，刀口蹦出一個碗大的缺口。
旁邊九天玄女解釋道︰「蚩尤有大巫真身，非是凡神兵利器能夠傷害的！」
軒轅看著蚩尤得意的表情，大怒，看著旁邊九天玄女問道︰「哪里有神兵利器？」
九天玄女話音還未落，就見從天而降一玄黃色古劍，劍身一面刻日月星辰，一面刻山川草木。劍柄一面書農耕畜養之術，一面書四海一統之策。軒轅一手握住靈劍，就感覺一股氣息傳來，軒轅抓住靈劍，看著蚩尤一劍就看上去，蚩尤的頭顱轟然落地。
軒轅看著蚩尤頭顱，不由哈哈大笑起來，可沒多久，軒轅仿佛被掐住脖子一般，笑不出來，就見蚩尤頭顱飛起，看著軒轅嘲諷道︰「哈哈……無知小兒！我蚩尤豈會被你殺死？」
軒轅氣紅了臉龐，這時就見從天而降五道符，軒轅接過，腦海傳來一段訊息，讀完後，軒轅一臉神秘看著蚩尤！