此時離那上次巫妖大戰已有數十萬年，兩族卻是如打不死的小強般，蟄伏一番後，又抖擻精神處處對峙起來。鴻鈞所定巫族管地，妖族管天，全面開戰要等到一百元會之後。
不過，妖族管天，妖族的根本在天界，而且妖族的大部分實力也在天界。所以洪荒大地之上的新生小妖就遭殃了，巫族將對天帝妖皇的怒氣全部發泄到他們身上。以前巫族將妖獸作為食物，大量吃食妖獸，但是那時巫族好歹是吃多少殺多少，沒有刻意殘殺妖獸。但是經鴻鈞一倒騰，妖管天巫管地，將巫族的性子給激起來了，巫族按照鴻鈞所言，狠狠地管理了一番地上的妖族，凡是和妖族有關的生靈，沒化形的妖獸，化形的妖怪，都被巫族殺死吃掉。
巫族的舉動也引起了天界妖族的震動。帝俊太一兄弟二人孤家寡人，沒有親戚，沒有族群後代，但是其他投靠妖族的大妖都是拖家帶口的，千萬年前帝俊太一將妖族搬遷到天界，許多大妖的後代沒有搬到天界，還留在洪荒大地，這次被巫族掃蕩的妖族很多就是天庭大妖的後代，後代族人被巫族斬殺，那些大妖不斷向帝俊太一請戰，想要返回洪荒大地，拯救後代族人。
天界之上的帝俊太一知道之後也是無可奈何，若是天庭大規模出兵，不說鴻鈞定下的妖天巫地的協議，實際上妖族現在根本打不過巫族。帝俊太一被天庭諸多大妖的請戰搞得頭疼不已，最後妖帥畢方出了一個主意，可以減輕那些來自大妖的壓力。畢方建議派出小部隊營救新生代妖族，接回天庭。而且畢方還建議妖族也派出小規模戰隊，獵殺巫族，一來是為了報復巫族，二來是吸引巫族的注意力，讓巫族不在將精力放在清掃新生代妖族身上，方便解救後代的妖族。
帝俊馬上同意了畢方的意見，並立即付諸實施，如此才壓制住天庭大妖的不滿。
巫妖之爭走向了新的階段。雖然沒有大的爭斗，但是小的摩擦卻是不斷。巫妖二族都不在顧及洪荒規矩，以前兩族相斗好歹還會找個借口，現在卻是見面拔刀。屢屢兩族外出落單之輩，卻是無端遭了毒手，絲毫沒有正義邪惡可言，完全變成種族之爭，立場之爭，氣運之爭。
巫族清掃洪荒大地上的小妖，不僅天庭的大妖和兩位帝皇不滿，還有一人也很氣憤。那就是天外混沌之中的鴻鈞老道。巫妖這種毫無顧忌的殺戮，讓二族氣運不斷下跌，而且業力纏身。鴻鈞也是受到波及，或者是鴻鈞插手巫妖大戰應該付出的代價，業力也纏上了鴻鈞。上次巫妖之爭，鴻鈞救下了妖族，導致巫妖之爭的延續，巫族妖族都因此死傷更多族人，這份業力當然也有鴻鈞一份，只是鴻鈞修為高，還有傳道功德，這些業力鴻鈞可以從容化解，對鴻鈞沒有影響。
自從巫妖撕破臉皮，無所顧忌的相互獵殺之後，洪荒那些沒有背景的妖怪無法得到天庭的庇護，難以搬遷到天庭，他們要麼尋求洪荒大神的庇護，要麼逃離巫族的地盤。
不過，這年頭，洪荒大地上，巫族地盤上的大神也不多了。上次二十三位準聖境界的先天魔神合戰盤古真身失敗後，洪荒大地上的先天魔神又一次遭到巫族的清洗和驅逐。巫族控制的洪荒中部東部和大半個南部，除了特別頑強的昆侖山三清和鳳棲山伏羲女媧之外，其他先天魔神都被巫族驅逐出了巫族的地盤。
而且，上次巫妖大戰的最後關頭，伏羲女媧阻止祖巫斬殺帝俊太一，現在鳳棲山的日子也不好過。那次大戰之後，鳳棲山開始封山，如今已經封山數十萬年了。如果不是巫族顧及女媧是鴻鈞的入室弟子，巫族可能將伏羲女媧斬殺，或是也趕出鳳棲山了。
巫族控制的地盤，只剩下洪荒東部昆侖山的三清道人一直堅挺了。所以，昆侖山也就成了小妖尋求庇護的熱門選擇。
三清上次奪寶之戰後，一直在閉關修煉。如今出關了，竟然發現昆侖山被數十萬小妖圍住，開始他們還以為是帝俊太一前來報復，想要圍攻昆侖山，上清道人還準備再給妖族一個教訓。沒等到他沖殺出去，太清已經掐指一算，算出那些小妖是想要尋求庇護。
上清道人上次在帝俊太一立天庭之時，就羨慕妖族萬仙來朝的氣勢，上清道人起了收徒之念。上清和兩位兄長一說，那太清玉清也有了興趣。太清道人很裝叉的掐指一算，說昆侖山外沒有人和他有緣，這里沒有他的弟子。太清于是出門游歷，想要找到一個稱心的弟子。
玉清的做法倒與太清不同，他直接傳話洪荒，凡是有緣之人，除去巫妖二族，皆可去昆侖山拜師。玉清身為盤古元神結合開天清氣所化，對那些盤古精血結合濁氣所生的巫族天生有些排斥，收徒首先就排除了巫族。而巫妖二族在洪荒殺戮太重，壞了玉清道人對所有的妖族的印象，玉清道人看不上那些披毛帶甲，卵濕巢生的妖族。玉清唯一印象好的就是靈族那樣的生靈，資質好修煉容易，有分寸不沾業力。
一時間群情激奮，不知其數的草木之靈和自然之靈沖往昆侖山。眾人到了那昆侖山，卻是不能悠然而入，與早前想象的所差甚遠，原來那昆侖山卻是布了一大幻陣，能過者，皆可為玉清徒。斷斷續續的廣成子來了，赤精子來了，玉鼎來了，慈航來了。廣成子跟腳未知，赤精子是一處地火所生的火精，玉鼎是一處靈玉礦脈所生的玉精，二人是那自然所生的自然之靈。慈航是一株先天蓮花所生的草木之靈。
通過者只有寥寥四人，後來的十二金仙還沒有到齊，玉清道人索性將大陣一直開著，以待有緣。
上清行事卻不似那般麻煩，直接大開山門，將昆侖山外尋求庇護的小妖中選取了所有仙境修為的妖族，又在未成仙境的小妖中收了一些跟腳深厚的。經過巫族的清掃，逃到昆侖山的小妖仙境修為只有數百，上清道人共計收了千人回山了。
上清一回山，玉清老臉立刻拉了下來。
「上清，你卻是好生不明道理。收徒也罷了，怎的胡亂一氣，帶回千人弟子，最不該地卻是靈妖摻雜，多為飛禽走獸類畜生。天道有序，收徒講究資質與機緣，怎似你這般。」玉清一看偌大個昆侖山，如今卻是搞得烏煙瘴氣，哪里還有半分仙境福地的景兒。「莫不如遣散大部，留下少許，傳得道統，卻也夠了。」
「玉清，你莫欺人太甚！大道之下，千條皆是道，我願讓我的道傳給這洪荒眾生，卻不似你那般敝帚自珍。平時我不與你計較，今次我收徒你也要指手畫腳，真個以為我怕了你不得。」上清也是老大陣火氣，本以為自己收徒眾多，必然把兩位師兄比了下去，卻不想剛回山，便遭了玉清教訓，心里老大一陣不願意。
「你，你牽強附會！我所說全是正理，你此般言語，卻是欺我。」
「你二人也莫再爭吵，各人有各人的道，道不同，無甚稀罕。」太清在外游歷回來了，卻沒有找到合適的弟子。
太清道人喜靜，看著殿外上千人等候安排拜見，卻也頭大。這昆侖山看來是不得安寧了「只是這許多人，倒是不好安排。昆侖山怕是無了清寧！」
「哼，大師兄，既然你如此言語，那我便帶門下另尋安身，也不佔你這區區昆侖山。」
「哼，甚好！」玉清一听上清所言，頓時高興，早看你不順眼，此番卻是要順路送瘟神，免得擾了自己清修。
「既然如此，那我也另尋道場，天道之下，無甚永恆，三清一體，卻是再不復存在了。」太清見得兩人爭吵連連，毫無半分三清一體的情分，頓時有些心灰意懶。
「如此甚好！」意見很快就統一了。道理也簡單，當你看不慣一個人，卻又不能出手教訓他，那麼最好的辦法就是躲得遠遠的，眼不見為淨。
上清去了東海外金鰲島，略施法術，建起了一座碧游宮，擺下道場。上清道人改名通天，自稱靈寶天尊，為日日講那上清道法，凡來听者，有緣收之為徒，無緣卻也計入名下。頓時，洪荒又掀起了一陣狂瀾，各種靈物得道抑或妖族散修，齊齊去拜入了門下。通天見得自己講道，萬人來朝，卻也高興莫名。算上從昆侖山帶來的千人，通天一共收下了萬名弟子，真的是萬仙來朝了。
玉清送走了兩位師兄弟，隨即大施手段，在那昆侖山將三清殿改名為玉虛宮，自己也改名為元始，自加尊號元始天尊，日日開宮講道，過的倒是比往昔自在了。而且又有幾人通過了昆侖山外的幻陣，清虛，普賢，靈寶**師等人，都是那靈物靈根化形，頗合玉清口味，也被玉清收為弟子，但是離玉清理想的徒弟人數還沒到齊，大陣還開著。
太清道人繼續游歷，不久後在首陽山遇到宿命中弟子玄都。太清道人索性在首陽山定居，並在山頂建一兜率宮。見到兩位弟弟都改名了，自己為了照顧一下三清名分，也改稱太上老君，加尊號為道德天尊。被兩個弟弟逼著改名，這讓一向自傲，三清之首的太清道人很不爽，卻也無可奈何。老君日日就與那玄都講道，閑暇就開爐煉丹。
三人共分玄水黑蓮之時，就已經觸動了天機，有詩曰︰
紅花白藕青蓮葉，三清原來要分家。