在南太平洋海底的深處，新新人類協會的一座海底城坐落在一道海底山梁上，山梁其實是一個海底鼓起的斜坡，上面很平坦，在這個一千多米的深海海底，常年都是漆黑一片，水溫常年保持在零攝氏度左右，偶爾有幾條深海鰻魚和鰩魚從山梁上游過，由于見不到陽光，這里沒有任何海下植物，甚至連浮游生物也沒有，雖然環境冷酷，但是這里卻有著很穩定的水體，風平浪靜。
張克明教授此時正坐在這座水下組合式建築自己的辦公室里，剛剛結束的‘五人小組’會議給他的心頭蒙上了一層陰影，嚴峻的形勢讓他最近作出的很多研究計劃可能要重新修改。這座建築的名字是張克明親自給起的，因為喜歡古典小說《西游記》，他索性把這座深海建築命名為水晶宮，經過了將近三十年的不斷建設，水晶宮的規模已經很龐大。與佐藤宏介的海底龜城不同的是水晶宮采用了模塊化的建造模式，外觀形狀像一個沉入海中的集裝箱，只是體積要小一些，所有構成這個‘集裝箱’的矩形小‘集裝箱’艙室組合在一起，形成了一個非常穩定和堅固的整體，需要時可以分離，用自身的全電噴水動力系統自由行動，這和太空城的結構是相近似的，因為總設計師都是張克明，他喜歡模塊化的組合設計，因為靈活和實用。
海下基地主要的運輸和防御任務是由msi蜂鳥b-18和蜂鳥a-20來擔當，近百架蜂鳥a-20對于這個龐大的海底城日常使用是夠了，但是如果發生意外，張克明很擔心無法應對，唯一能夠支援他的是童繼武所負責的山中基地，蜂鳥a-20的數量多一些但也有限，費蒙的太空城距離太遙遠，不用幾天的時間是無法前來援助的。
由于感覺形勢危急，張克明找來了一直負責海洋研究工作的龔慶國博士，想一起研究一下如何應對當前的局勢。兩個人年齡相當，脾氣秉性也相似，只是龔慶國顯得更加沉穩老成一些，張克明負責海底城的建設和管理，龔慶國則一直專心于各個研究組的研究項目和研究進度，兩個人配合得很默契。在他們的管理下海底城現在已經實現了自給自足，從能源、材料和食物都是取之于海，並能生產出剩余的反物質燃料電池、新型復合材料、以及像msi蜂鳥a-20等機型的相關設備，提供給太空城。最近龔慶國博士的研究還發現，在他們所在位置的地殼下深處近千公里的位置，可能存在著大量的水，整個水體可能比地面上所有形態的水加起來還要多，他們準備進行采樣分析，研究地殼深處的水體對于人類有無用處。
龔慶國多少也听張克明時常說一些現在的局勢問題，但是沒想到‘五人小組’最新的判斷是與黑鷹社的戰爭一觸即發，而且經過了近三十年的偃旗息鼓，黑鷹社的實力已經非同一般，平常只關心科學研究的龔慶國這時也擔心了起來，向張克明建議說︰「是不是把水晶宮分散到幾處咱們的備選海域去比較好，現在咱們除了在北冰洋水下有一個小型海底研究室，都集中在了這里，是不是太危險了。」
听了龔慶國的建議，張克明點了點頭說︰「我也正在考慮這個問題，原來我們設置了一些水下電子信標作為警戒和迷惑敵人，但是從現在的情況來看，這些信標都被不明人造物體接近過，但得到的信息卻很少，無法分析具體情況，我現在覺得有可能是佐藤和李康他們派出的偵查小組，他們的黑鷹也能視覺隱身，而且他們在水下會使用藍綠激光通信系統，咱們的電子信標視覺上無法發現，也不能攔截到激光通信，所以我判斷形勢不太妙，但過度分散也有被各個擊破的危險……」
他們正在討論對策的時候，安全組的負責人通過‘超弦’請求通話，他在屏幕上有些驚慌地說︰「咱們設在不同水域和深度的電子信標顯示，一支龐大的a國航母戰斗群停留在了我們的正上方，一艘核潛艇剛剛快速下降到了咱們附近的海床上，距離約八海里，被動聲納系統同時發現兩艘原本正常通過的核潛艇已經調轉了方向，正從不同方向我們的海底城附近駛來，距離已經不到五十海里了。」
張克明也有些吃驚，這是很不尋常的事，這片海域雖然有軍艦經常經過，但很少有艦隊停留過，而且核潛艇從不同方向過來，明顯目標就是海底城水晶宮。他略加思索後下令道︰「你派出三個小隊十二架蜂鳥a-20到附近去觀察情況，不到萬不得已不準使用武力，同時讓三個中隊的a-20做好戰斗準備，全部掛載質子魚雷和導彈，以防發生不測；另外，不要開啟主動聲納等設備，用被動設備探測情況，注意不要使用海下聚光燈，從現在起全城臨海的所有舷窗和外部照明設備施行燈火管制。中微子通訊系統是安全的，可以正常使用；隱身設備全部啟動。」接連發布了幾個指令之後，張克明決定立刻和費蒙取得聯系，匯報這個意外的情況，並商量對策。
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一千多米的海底，對于伊利諾斯級攻擊型核潛艇來說已經是下潛極限了，在深海海水巨大的壓強下，艇體偶爾發出的吱嘎聲讓幾艘前來救援的潛艇上的水兵不寒而栗，但這個時候時間就是生命，已經沒有時間讓他們虔誠地祈禱了。對于高層來講，潛艇上的設備、武器等秘密才是最重要的，因此最先前來營救的兩艘到達沉船海域的核潛艇，先是建立了海底警戒線，並放出了三艘微型無人潛艇在附近警戒和搜尋‘失事’的核潛艇的準確位置。
麥凱瑟將軍擔心水下力量不足，又緊急從附近的海島基地調了兩艘老式但經過改裝的弗吉尼亞級核潛艇和兩艘伊利諾斯級核潛艇前來支援，不到十個小時的時間里，芝加哥號失事海域附近的核潛艇數量已經到達了六艘，它們從不同深度建立了立體水下防御圈。
費蒙得到張克明的情況匯報後，覺得事關重大，立刻召集了緊急會議，「五人小組」的七名成員加上龔慶國博士討論了偵查結果和目前的形勢後，判斷出是航母編隊中一艘核潛艇發生了事故，從不同方向到來的潛艇是為了救援，建議張克明做好緊急撤離的準備，但是不到萬不得已先不要移動和疏散海底城，因為距離實在太近了，移動和疏散海底城組件可能會被潛艇的主動聲納系統發現，那時將可能發展成雙方對峙，而這時雙方都很敏感，對峙就很可能變成交火。費蒙同時讓童繼武做好準備，隨時支援可能發生的危急情況。會議結束後，張克明馬上開始進行撤離的準備，水晶宮全體動員，進行著各項準備工作，並密切監視著航母艦隊和六艘潛艇的行動。
在芝加哥號沉沒點附近，艦隊補給船上的水下救生設備已經陸續從底艙運送到了甲板上，並陸續進入了海中，準備工作結束後，在確定了芝加哥號已經無法上浮後，麥凱瑟下令切割船體，被安置好的切割鏈條開始轉動起來，從芝加哥號的中部開始切割船體。幾個小時後，芝加哥號被一分為二，液壓牽引設備分開了船體，兩截的船體之間露出了一人多寬的間隙，幾名穿著厚重潛水服的潛水員進入了船艙，開始搜尋可能生還的船員。
經過幾天的救援，最後從不同的隔離艙室中救出了潛艇上的部分船員，大約有四五十人得以生還，從時間上來看芝加哥號上已經沒有人能夠再活著了。麥凱瑟這才把幾天來緊張的心情放松了一下，他知道起碼他能對國會有個交代了，下面最總要的就是把潛艇殘骸盡快打撈上來，不能有任何機密留在海底。
很多的浮筒被緩慢地陸續固定在了芝加哥號的船體上，只要達到一定數量，排空浮筒內的海水，芝加哥號的殘體就能夠上浮到海面了。
張克明這些天一直緊張地關注著沉船海域發生的一切，監听中心報來的監听信息，被‘超弦’快速破譯，內容顯示，還有兩天時間失事的潛艇就會被打撈起來。張克明輕輕疏了口氣，只要艦隊離去，危機暫時就過去了。
可是意外還是發生了，因為救援行動時間過長，麥凱瑟將軍開始擔心有敵國潛艇來到這片海域暗中窺伺，伺機取得情報，他下令負責警戒的核潛艇擴大了警戒範圍，開啟主動聲納系統，尋找可能存在的威脅。兩艘伊利諾斯級攻擊型核潛艇的主動聲納系統幾乎同時探測到了八海里外海床上有東西，數據鏈把信息匯總傳到航母上的超級計算機後，很快分析出這是一個有著規則形狀的人造物體。麥凱瑟接到報告後大驚失色，他一時無法準確判斷‘敵人’的數量和攻擊能力，為了避免更多的損失，他立刻命令停止一切救援行動，所有核潛艇撤離附近海域，準備深水炸彈攻擊所有可能的刺探者。
數艘克虜伯級驅逐艦一起向目標海域發射了上百枚重型深水炸彈，設定的爆炸深度分別是八百米、一千米、和一千二百米的海床。
張克明拿到‘超弦’的監听信息時，深水炸彈已經被發射，從空中濺落到海水里，水晶宮的被動聲納系統也幾乎同時監測到了深水炸彈入水時的聲音，此時的張克明只好有些絕望地命令整體全速撤離。
深水炸彈的爆炸聲從各個方位不斷傳來，巨大的沖擊波席卷了幾海里內的整個海底水域。正在撤離中的水晶宮沒能完全逃出深水炸彈沖擊波的攻擊範圍，水晶宮被壓向已經離開的海床翻滾著……
攻擊結束後，海底過了許久才慢慢恢復了平靜，很多被深水炸彈震死的海洋生物的尸體浮上了海面，海面上一片狼藉，麥凱瑟看著攻擊的效果，臉上露出一絲猙獰的笑容。