努爾哈赤的發展壯大就意味著其他人的發展空間受到了擠壓，這個其他人就是指努爾哈赤周邊的蒙古人。這游牧民族跟農耕民族是不一樣的，農耕民族的房子和土地除了遇到地震泥石流等自然災害一般不會變化，是誰的地一目了然。游牧民族就不一樣了，哪里草長的茂盛就把牛羊往哪里趕，很多時候趕著趕著一不小心就趕到別人地界上去了。假如草多牲畜少大家還沒什麼。問題是就這一點草，我家的牛羊都不夠吃你再把馬牽過來啃我就有意見了。
草原上的人一般都有點脾氣，既然有意見就用刀子說話吧，所以當努爾哈赤逐漸壯大的時候，蒙古人不干了開始了行動。萬歷十二年，蒙古科爾沁部九路大軍聯合起來要教訓一下不知道天高地厚的女真人，當時努爾哈赤只有三十來歲，經驗不豐富力量不雄厚家底不富足，本來難以承受九路大軍的含怒一擊，但他很神奇地打敗了蒙古聯軍。至于說是不是當時的明軍總兵李成梁出手幫助了努爾哈赤，大家不知道也不想知道，大家只知道一件事，就是插漢部沒出手。
那時林丹汗沒掌權所以怪不到他身上，但是在萬歷四十七年，科爾沁與喀爾喀部聯合進攻努爾哈赤時林丹汗也在坐山觀虎斗，也可能正在潛心學習紅教要義無暇顧及，但正是因為他沒有及時支援使得蒙古人的這次進攻失敗了，而且可以說敗得很慘。這一戰使東蒙古的很多首領被努爾哈赤俘虜，這些俘虜中包括喀爾喀部的頭領宰賽。
你是頭領別人是小弟，小弟受了委屈你不聞不問，小弟氣不過拿刀子跟人拼命應該是你籠絡人心的最好機會，但你連個應景的支援也沒有，這就讓林丹汗的諸多小弟心寒了。當然，說林丹汗完全不管也不是真的，他還是寫了封抗議書發給努爾哈赤，努爾哈赤給了他一點面子象征性地放了些人回去，同時也寫了封強硬的回復信件給他，林丹汗看了回信也就不了了之，這讓努爾哈赤更看清了插漢部外強中干的本質。喀爾喀部的大頭領宰賽沒有直接放回，而是給了上萬頭牲畜的贖金才得以回來。
這一戰的後果非常嚴重，一是經過這一戰後東蒙古諸部都認識到林丹汗這個老大靠不住，小弟都不信任你了你這個老大也就快玩完了。二是經過這一戰後大家覺得努爾哈赤靠得住，被努爾哈赤抓了的人只要同意結盟的都能放回。三是這一戰後女真人和東蒙古諸部開始聯姻，聯姻後東蒙古諸部和女真人的關系就越來越近了，一方漸行漸遠一方慢慢靠近，林丹汗的日子是越來越不好過。
林丹汗也不傻，他立即派人把東蒙古諸部大罵一通，意思是你們不該跟努爾哈赤結盟和聯姻。如果這時候林丹汗能夠盡起兵馬給受了委屈的小弟們報仇雪恨，那麼東蒙古諸部還是會回心轉意重新回到他的身邊的，畢竟都是一代天驕成吉思汗的後代。但他只是罵而沒有行動，這就讓在外面受了委屈還要回來受氣的人想不通了。
不結盟就回不來，你做為老大不來救援還不允許別人自救，難道是要大家都死在那里讓你一個人活得逍遙？至于說不聯姻的說法就更可氣了，女兒都被搶到別人床上去了，過幾個月估計女圭女圭都要生下來了，同意聯姻好歹還能撈個女人回來不顯得很吃虧，不同意聯姻女兒沒地位自己什麼都沒撈著就很有面子嗎？
估計此時的林丹汗正忙著修煉自身準備成佛，罵人的意思是我還是關心你們的，出了事主要責任還是在你們身上。出于這個目的罵完人自然就沒有下文了。
在這個時候，東蒙古諸部盡管跟努爾哈赤聯了姻也結了盟，對林丹汗還是抱有希望的，他們還在寄希望林丹汗能帶領他們走出眼前的陰霾恢復昔日的榮光。但這時候林丹汗又犯了個錯誤，這個錯誤就是他跟昔日的親隨反目成仇了。
天啟元年，插漢部內部八大部里的一些人對林丹汗這些年來的舉動很是不滿，于是不停地勸說他讓他注意一點。本來都是內部弟兄說的話也都是出于好意，你能听進去就听听不進去好好解釋一下也沒有什麼，但可能是這些人言詞之中刺激性語言太多，或者是打擾了他學佛的進境，林丹汗一怒之下就要對這些不知道尊卑上下的人動手嚴懲。本來已經對你很不滿了，你不但不改正還要耍威風，心灰意冷之下十個台吉率部投降了努爾哈赤。
可能是這些人對林丹汗已經失望透頂，認為跟著他遲早要被具有雄才大略的努爾哈赤俘虜，與其現在受辱到時候再受辱，不如現在就投降明主撈個富貴。東蒙古諸部算是林丹汗的部眾，在他的袖手旁觀缺少關愛之下叛變了他跟努爾哈赤結盟算是眾叛；插漢部內部的十個台吉算是林丹汗的親隨，十人率部投降算是親離，這時候林丹汗明白了漢人的「眾叛親離」這話的意思和順序了。
就算在這時候，只要林丹汗認清形式不要再做錯事，挽回不利影響也不是沒有可能，因為此時的喀爾喀部和科爾沁部還在左右搖擺中。但此時林丹汗再次出手，犯了個自己日後想起來自己都不能饒恕自己的過錯，這個過錯就是偷襲自己昔日的部從。
天啟三年，喀爾喀部實在看不慣女真人的張狂勁了，派人跟林丹汗秘密商議，準備在秋天里跟努兒哈赤來一場決戰一決高下。如果林丹汗此時能夠從善如流聯合喀爾喀部跟努爾哈赤搏一搏，鹿死誰手還未可知，但他居然鬼迷心竅明著說進攻女真人實際上卻突然轉向殺向科爾沁部。這一下讓科爾沁部所有人的心都碎了，他們不再搖擺了于天啟四年與女真人殺馬結盟，徹底倒進了努爾哈赤的懷抱，在一旁看得瞠目結舌的喀爾喀部也一聲嘆息後與努爾哈赤暗通款曲。
天啟五年，見自己眾叛親離林丹汗萌生了西歸之念，那里是他們的故土，而且他估計此時的土默特部已經沒有力量再跟他一較長短。既然有了西歸的念頭于是他也沒有再跟努爾哈赤繼續交惡，雙方偶爾還要互相派人問候一下，這讓努爾哈赤模不著頭腦，由于家里缺糧還試探著讓林丹汗想辦法幫他買一些，誰知道天啟沒有同意，只是讓林丹汗派人幫助明軍築城。
天啟六年一月，努爾哈赤的精銳在寧遠死傷幾千，相比在南關死去的那兩萬渣兵，這幾千精銳的損失和搶糧行動的失敗是努爾哈赤不能承受之痛，想來想去決定找個借口去喀爾喀部搶些東西回來。
喀爾喀部大首領宰賽在部落里說話是說一不二的，但那是指以前。在以前，宰賽說戰爭大家就都開始拔刀，說友好就都把刀放下微笑。上次跟女真人打仗打輸了，部眾花了上萬頭牲畜才把他換回來，開始決定換是因為憋著一口氣要換回首領而且部落里東西也多，現在東西少了就覺得用上萬的牲畜換他回來不值得，他那個位置換個人上去說不準還比他強。因為有了這些情緒，部眾們有時侯說的話里也夾槍帶棒的尊重的味道已經很淺，宰賽心里也很失落。
當努爾哈赤派使者來問罪時，宰賽一怒之下將那個使者砍成兩截，一半是因為喝醉了另一半也想就此改變一下，看能不能以此為契機換一種活法。誰知道這人的運氣來了擋都擋不住，在殺了努爾哈赤的使者的當天宰賽就派人聯絡林丹汗，在第三次聯絡時居然遇到了大明朝廷的使者，雙方在林丹汗的帳篷里舉行了氣氛非常熱烈的會談。