大西洋聯邦宇宙軍實行典型的軍政，軍令分開體制，其行政管理和作戰指揮系統各自相對**。聯邦海軍部是最高行政領導機構，隸屬大西洋聯邦國防部，主要負責制定宇宙軍的戰略規劃、經費預算、政策法令、軍官普升和後勤管理等事務，沒有作戰指揮權。
大西洋聯邦宇宙軍作戰部是大西洋聯邦海軍最高軍事職能部門，隸屬聯邦宇宙司令部，作戰部不直接指揮部隊作戰，平時主要負責宇宙艦隊的行政管理、軍事訓練和制定裝備發展計劃，戰時向各艦隊司令部提供作戰部隊。聯邦宇宙軍的作戰指揮由其所在的艦隊司令部組織實施。宇宙司令部作戰部長是宇宙軍最高軍事首長。直接對宇宙軍司令長官負責，宇宙軍作戰部隊實行行政編組和任務編組雙重組織體制。
行政編組，也稱艦隊編組，是宇宙軍的永久性編組。大西洋聯邦宇宙作戰部下轄第1，2，3，4，5，6，7和第8艦隊，第1，2，3，4，5，6艦隊司令長官為少將軍餃；第6，7，8艦隊司令長官為準將軍餃，參聯會駐月球中央司令部司令長官為中將軍餃，中央司令部分別下轄航空兵部隊司令部、特殊艦艇部隊司令部、陸戰部隊司令部。所有兵種司令部對所轄部隊無作戰指揮權。主要負責所轄部隊的行政管理和物資技術保障，實施人員調動、分配、後勤保障及組織訓練。其中空兵部隊司令部、特殊艦艇部隊司令部、陸戰部隊司令部為上校軍餃聯邦宇宙軍陸戰隊雖然隸屬于宇宙軍司令部，但是有**的組織系統。陸戰隊總司令部設在華盛頓，軍餃少將。副司令駐月球，軍餃準將，按行政編組分為各個艦隊陸戰隊司令部，在作戰編組上歸艦隊司令指揮，軍餃上校。各艦隊陸戰隊司令部下轄遠征軍。
作戰編組，又稱任務編組，聯邦宇宙軍分為編號艦隊、特混艦隊、特混大隊、特混小隊和特混分隊。具體兵力組成根據任務需要而臨時編隊，任務完成後各部隊返回原行政建制單位。目前，聯邦宇宙軍戰區作戰編組如下
駐月球托勒密基地駐留艦隊下轄第1，4，5，6，7艦隊
新星駐留艦隊下轄第2，3艦隊
駐地球低軌道艦隊第8艦隊
大西洋聯邦宇宙軍軍官由現役軍官和後備役軍官組成。軍餃分為10個等級，
尉官︰少尉、中尉、上尉
校官︰少校、中校、上校
將官︰準將、少將、中將、上將
其中上將分為四星上將和五星上將，在和平時期不設置五星上將軍餃，只對戰爭中戰功突出、功勛卓著的高級將領晉升五星上將軍餃。聯邦宇宙軍在軍官和士兵之間設置準尉軍餃，主要適用于從事專業技術的的軍人，比如水手長、輪機長等職務。準尉軍餃分為四個等級，即一級、二級、三級和四級。只晉級不晉餃，即四級準尉可以晉級三級、二級或一級準尉，但是不能晉升少尉。
宇宙軍軍官的選拔和晉升非常嚴格，現役軍官一般來自于軍官學校，如安納波利斯海軍軍官學校、候補軍官學校和高等學校開設的後備軍官。在戰時可以直接提拔有才能的士兵為現役軍官。
其中優秀軍官會進入大西洋聯邦海軍（注1）軍事學院深造。軍官晉升由參聯會軍官晉升審選委員會負責具體實施。審查的內容以晉升軍官的職務和要求而定，校官和將官的晉級都必須進入大西洋聯邦海軍軍事學院深造。
但軍官晉升的最基本要求還是服役年齡，一般而言，少尉和中尉的晉升都必須服役3個月，上尉晉升須服役半年，少校和中校的晉升也必須服役1年以上，到上校軍餃軍齡必須達到3年。少將軍餃和中將軍餃軍齡必須達到5年以上。上將軍餃軍齡必須達到15年。
將官的晉升必須經過大西洋聯邦國會批準，不得超過國會的法定名額，且晉一退一。也就是說，一名校官要晉升為將官，必須有一名將官退役才可以。據統計，聯邦軍官中，少尉晉升到將官的比例為2%，如果是作戰指揮軍官，其比例還要低！
注1︰因為宇宙軍的指揮人員多來自海軍，所以指揮官多是海軍軍餃。但是其航空兵多為空軍軍餃，這是因為宇宙軍建立之初就是混合兵種