三天之後，金陵之戰主要戰事結束，淮軍與湘軍分別控制了南京四門，以及城內的主要街道。
太平軍近有七萬之眾被剿滅，大部分是戰死在巷戰之中，而湘軍二軍的傷亡也是驚人，總計死傷達七千之眾，其中又以湘軍損失最嚴重，而淮軍則憑借著武器的優勢，傷亡相當有限。
零星的戰斗仍在繼續，殘存的小股太平軍，白天藏匿于城中，夜晚他們就會出來，襲擊巡邏的湘淮軍小隊，這才是最令人頭疼的，曾紀澤淮軍死亡戰士之中，倒有一半是死于這種針對佔領軍的「恐怖襲擊」。
為了徹底清除太平軍的反抗，曾紀澤等人開會決定，對金陵城實施地毯式的搜捕，挨家挨戶的搜尋太平軍的殘部，並以針對那些膽敢藏匿太平軍的平民，處以誅滅三族的重刑。
在湘淮軍的高壓政策之下，太平軍的小規模抵抗終于土崩瓦解，在經過十天的嚴密搜捕之後，城內的頑抗分子基本被肅清，金陵城的安全形勢逐漸趨向平穩。
曾紀澤在金陵城形勢平穩之後，穩營進入了城中。淮軍的主力劉銘傳部駐扎在天王府及其附近，曾紀澤第一時間前去慰問了攻城有功的將士。
「大人，這洪秀全還真是會享受，你瞧瞧他這後宮，我看可不比紫禁城要差啊，來，我帶你四處看看吧。」劉銘傳的團部就設在天王府進門不遠處的平等殿中，這幾日的功夫，他把這天王府逛了個遍，現在儼然給曾紀澤當起了導游。
曾紀澤並不急于參觀這座富麗堂皇的宮府，他四下打量了一下劉銘傳的團部，表情冷淡的說道︰「這座宮殿原來是做什麼的？」
劉銘傳道︰「這里叫做平等殿，我听抓到的宮女說，這里原來是洪秀人發布聖旨……哦，是發布命令的地方。」
曾紀澤冷笑一聲，道︰「你還真會挑地方啊。」
劉銘傳顯然還沒覺察到曾紀澤表懷表情地不愉。笑嘻嘻道︰「大人要是喜歡，我這就叫人把洪秀全住的寢宮給大人收拾出來，大人可以把帥府就設在那里，那才顯得氣派呢。」
曾紀澤越發地不滿。哼了一聲。道︰「省三呀。你才夠氣派呀。今後你在這里發出地命令。我看也可當聖旨了。」
劉銘傳雖不善察言觀色。但也不是那種愣頭青地匹夫之將。曾紀澤這幾話地深意他立時就听了個明白。心下頓時一顫。還未開口。曾紀澤又是冷冷道︰「咱們這些做臣子地。做事都要有個度。過了這個度。那就是給自己惹禍上身。這歷史上有多少功臣名將。最終落得個淒涼下場。不都是被自己地不拘小節給害了嗎。」
劉銘傳只覺渾身發冷。額頭上地冷汗珠子不自覺地就往出冒。他忙是拱手道︰「大人教訓地是啊。銘傳我是一時糊涂。有欠考慮了。我這就馬上把團部搬出去。」
曾紀澤地臉上馬上又露出了笑容。拍著他地肩膀道︰「這些畢竟是小事而已。以後注意就是了。我也是為了你好。走吧。帶我去瞧瞧那洪秀全地藏寶庫。」
「是是。大人請跟我來。」
據傳洪秀全地藏寶庫中藏有這十多年來從各地搜刮來地金銀財寶多達億萬。這些財寶也是湘軍將士們夢寐以求地。曾紀澤就是怕湘軍那些悍將悍兵們貪財不要命。不顧曾國荃地嚴令。擅自沖入天王府中搶掠財寶。所以特令劉銘傳在入城之初就搶先控制天王府。防止被湘軍染指。
在劉銘傳地引領下，曾紀澤來到了天王府的御園，在那園林假山之中。有一座不太顯眼的宮殿，進入那宮殿，則有一扇建在地上的鐵門，順著向下的石梯而下，曾紀澤進入了一個建在地底的寶庫。
「點燈！」
劉銘傳高聲下令，回音清晰可聞，耳朵有絲絲冷風吹過，很顯然這地下寶庫不是一般的大。
士兵們石壁兩邊的火盆盡數點著，龐大的地下寶庫呈現在了曾紀澤眼前。他不由地倒吸了一口冷氣。
這座石庫呈長方形。由七個單獨的石庫組成，中央由一條石道連通。光論容積，足十個平等殿那麼大。
每一間的石庫中，都整齊的堆滿了木體銅邊的大箱子，曾紀澤命將就近的十幾個箱子盡數撬開，白花花的銀錠，金燦燦的金元寶、晶瑩剔透的寶石珍珠，頓時將整個石庫照得輝煌耀眼。
那些湘勇們都被眼前地金山銀山震得目瞪口呆，直吞口水，盡管劉銘傳之前曾經來這寶庫瞧過一次，但再見到這般壯觀的景象，仍不免驚駭萬分。
曾紀澤粗粗估算了一下，這寶庫中的財寶，加起來最起碼值千萬兩白銀之多，就算是北京清廷的財庫之中，只怕也沒有這千萬兩的白銀，這些年太平軍一直陷入持入持續不斷的戰爭之中，在這樣困難的情況下，洪有全還能藏在千萬的白銀，這搜刮之重，可見一斑。
曾紀澤感慨道︰「聚財千萬，最終也不過是為他人做嫁衣，可笑的洪秀全呀，嘿嘿。」提及洪秀全，曾紀澤便問︰「有沒有洪賊地下落呢。」
劉銘傳道︰「我們搜遍了整個王府也沒有找到洪賊地下落，不過我審問過那些宮女侍衛，他們有人說看到洪賊在天權殿中自焚身亡了，不過到底他是生是死，並沒有人親眼看見，所以我也不敢確定。」
「那就繼續搜捕吧。」洪秀全的死活，對于曾紀澤而言並不重要，正如他放李秀成去往江北，如果換作是洪秀全地話，他可能也一樣會放其去江北。
曾紀澤正為這無數的財寶所感慨時，部下來報，言曾國荃親自來到了王府，正在平等殿等候，急著要見他。
曾紀澤知道曾國荃所為何事而來，便叫劉銘傳將寶庫封存，他匆匆趕往平等殿去見曾國荃。
「剛，我听說你的淮軍在這王府中發現了洪秀全的寶庫，可有此事嗎？」曾國荃急不可待的問，看來這消息還傳得真快。
「確實發現了一個寶庫，不過我已經叫他們嚴密封存，任何人不得從中拿走一兩銀子。」曾紀澤如實回答。
曾國荃兩眼頓時放光，但他很快想起了二人之前的約定，興致隨即降了幾分，憂慮道︰「我說剛呀，你可不知道，九叔那些弟兄們，現在天天嚷著要賞，我是三令五申的不準他們搶掠百姓，可這幫家伙是越來越難束縛，要是還是不給他們賞，我看這幫狗東西很有可能兵變。」
曾紀澤就知道他是沖著銀子來的，便安慰道︰「賞自然是要賞的，但這寶庫里的錢卻要用在刀刃上，不能輕易動用。我說九叔，你要是這會把這個當兵的都賞成了富豪，那他們以後還哪有心思再打仗呢。」
曾國荃道理是懂的，但貪財的性格卻是難的抑制，便又擺著苦瓜臉道︰「那你說該怎麼辦，總不能坐等他們兵變吧。」
「九叔別急，做大事必得穩如泰山嘛。」曾紀澤思了片刻，道出了他的計劃︰「寶庫里的錢雖然不能輕動，但這南京城里還有許多偽王府，那里面藏的金銀想來也不少，我看可以適當的先賞給弟兄們。我已派人去安慶請父親大人來，剩下的事，只有父親來了南京之後才可以辦。」
「與此同時呢，咱們還得放出風去，就說朝廷已經下了旨，要核查咱們兩軍的賬目，並派專門的欽差大臣來接管南京財政大權。以此來激起弟兄們對清廷的不滿與仇恨，到時父親來了，咱們才好順水推舟。」
「好好，就依賢佷的。對了，彭玉麟的水師已經派出，估計近日就可以抵達武昌，我在長沙府安排的那五千兵也已練成，他們隨時都可以動手。」曾國荃雖然鑽到錢眼里去了，但正事還是沒誤了。
曾紀澤道︰「我也密令了潘鼎新部與淮揚水師悄悄回往下游，駐扎于鎮江、揚州附近，一旦起事，便可突襲富阿明和馮子材部，掃蕩了這兩股力量，長游中下游地區，基本上就盡在我們掌握之中了。」曾國荃與曾紀澤密秘安排起事的各項準備，並安撫南京軍民之心，同時掃除周圍仍在頑強的太平軍殘部，而曾國藩則在2月初終于穩兩江總督府到了南京。
曾國藩驚奇于南京城的局勢之穩定，很顯然他對湘軍沒有將南京燒殺洗劫一遍而感到吃驚，不過，這並不能改變他對湘軍軍紀已惡劣之極看法。在與曾氏叔叔佷，湘軍眾將的迎接之宴上，曾國藩以一種輕松的語態道出了令眾將都大吃一驚的想法。
「如今金陵已克，洪秀全多半已死，殘存的發匪已不足為慮，咱們湘淮二軍的使命也算大功告成，我以為這個時候正是我等激流勇退的最好時機，我已決定向朝廷上一道折子，自請裁撤兩軍。」
此言一出，大廳之中，先是片刻鴉雀無聲，接著便是一片的嘩然。