9月1日，蕭天下令對南京展開總攻！
晨。在大炮的支援下，北洋軍在朝陽門一帶挖地道進去，用炸藥將城牆轟塌兩丈有余後，北洋軍隨即蜂擁而入。
這時，太平門、通濟門、神策門也相繼被攻破，何海鳴等人率領士兵們在鐘樓、內橋、鴿子橋、花牌樓等處與北洋軍展開殘酷的巷戰。
1號整整一天，北洋軍以軍事進攻加上政治進攻，不斷壓迫討袁軍在南京的生存空間。南京，逐步掌握在了北洋軍手里。
次日上午，何海鳴率領最後討袁軍在雨花台和北洋軍進行決戰，傷亡殆盡的情況下才最終潰散。
何海鳴等人在武定橋下乘小船逃走。
就在蕭天收復南京的同時，日本國駐南京領事館卻在悄悄地注視著這一切的生。
蕭天，這個名字不光響徹中國，而且也早已經成為了日本人最頭疼的一個人物。
此時蕭天再克南京，一路過來如同風卷殘雲，必然再度名聲大噪，而這也是日本人最害怕看到的事情。
但是，日本人目前似乎沒有找到更好的解決辦法
南京光復之後，所有人的目光都盯在了江蘇都督的位置上。
但是，這一戰最大的功臣是蕭天，總指揮也是蕭天！在進入南京之後。蕭天沒有任何遲疑，向北京政府推舉吳佩孚出任江蘇都督！
從徐州會戰到南京攻克，吳佩孚所指揮的獨立旅表現得實在太突出了，蕭天的舉薦，讓人沒有任何反駁的借口！
次後，袁世凱下令吳佩孚擔任江蘇都督之職。
在加入「小北洋系」之前，吳佩孚不過是個炮團團長，但自從被蕭天招攬，一路青雲直上，先是獨立旅旅長，接著根本讓人意想不到的月兌穎而出，成為江蘇都督。
對于蕭天的感激，吳佩孚已經無法用語言表達。也正是這一天起，奠定了吳佩孚對于蕭天忠貞不二的忠誠
南京戰事結束後，「二次革命」也就基本差不多了。在上海，盡管陳其美已經宣布獨立，並屢次進攻制造局，但終究因為不是正規軍而一再遭到失敗。等到南京的蕭天騰出手來，擺出進攻上海的架勢之後，上海的討袁軍也就風吹雲散，完全瓦解。
安徽的獨立，從一開始就是「假獨立」。柏文蔚雖然是名義上的安徽討袁軍總司令，但軍隊實際上被師長胡萬泰和民政長孫多森所控制。等到北洋軍的倪嗣沖部及張鎮芳部大兵壓境，安徽那些搞假獨立的人也就立刻撕下面紗，宣布擁袁，這就是柏文蔚率衛隊等前往南京的原因了。
至于福建，都督孫道仁本就是在師長許崇智等人的脅迫下宣布獨立的。當許崇智提議出兵援贛及北伐時，孫道仁總以餉械缺乏為由，加以拒絕。等到大局明朗，孫道仁自然出通電，向袁世凱陳述「冤情」，宣布取消獨立。
在廣東，袁世凱的手法也非常成功，他不僅安排了龍濟光和陸榮廷兩個楔子迫使廣東討袁力量無可動彈，還用金錢收買了廣東的將領，使得胡漢民和陳炯明失去了對軍隊的控制。無奈之下，陳炯明特意派人去上海請了專門與袁世凱作對的前清官僚岑春 來廣東，試圖利用他之前與龍濟光、陸榮廷的部屬關系緩和局勢，但岑春 這個老領導在龍、陸面前已經過氣，這兩人非但不听岑春 的勸告，反進兵廣東，最後將陳炯明逼走。
湖南的情況和福建差不多，也都是陽奉陰違、見風使舵。在江西和南京的討袁軍失敗後，湖南都督譚延也就宣布取消獨立。但是，袁世凱對湖南並不放心，他隨後又派出北洋軍曹錕等部進入湖南，最後由海軍中將湯薌銘接任湖南都督。
至于四川方面。熊克武在8月9日宣告獨立，一個月後便自己宣布解職下野了。
在各地的討袁軍相繼失敗後，袁世凱指「黃興、陳其美、鈕永建、何海鳴、岑春 」五人為這次戰亂的一等犯，其余如「孫中山、張繼、李烈鈞、柏文蔚、譚人鳳、陳炯明」等人也都在通緝之列。
在此之前或之後，孫中山、黃興、李烈鈞、柏文蔚、陳其美、居正等人也都先後亡命日本，重新開始了他們的流亡生涯。
隨後，袁世凱下令撤銷孫中山籌辦全國鐵路的全權，並稱黃興、陳其美、柏文蔚為「叛徒」，黃興和陳其美還被懸賞十萬和五萬元加以捉拿。在此之前，黃興的陸軍上將餃也被剝奪，
這些心懷天下的革命黨人弄到最後不過是竹籃打水一場空，為袁世凱做了嫁衣裳。
最令這些革命黨人人悲哀的是，由那些信念最堅定的革命黨人起的這次革命，大部分的國人對此都不予理解也不予支持。在辛亥革命後做記者的老同盟會員梁漱溟，他曾在一次公開演講中說︰
「現在很清楚擺在外面的，就是武人勢力的局面。至于說到助長這種武人勢力的原因，卻不能不責備革命先輩，他們無論如何，不應用二次革命那種手段。二次革命實在是以武力為政爭的開端。從此以後，凡是要為政治活動的，總要去奔走武人的門下」
的確，正是這些革命黨人，開創了以武力解決政治爭端的先河！
這是一個很惡劣的開始！
就連雲南都督蔡鍔，也毫不含糊地公開聲明︰
「宋案應以法律為制裁，故審判之結果如何，自有法律判判。試問我國現勢，弱息僅存，邦人君子方將戮力同心，相與救亡之不暇。豈堪同室操戈，自召分裂!誰為禍，即屬仇讎。萬一有人難，當視為全國公敵。」
國民黨內的那些激烈派萬萬沒有想到的是，他們的行動竟然遭到了社會各界的普遍反對，有人甚至直接指斥他們是以反袁為借口，實質上是為了權力之爭，有人甚至罵他們用革命的名義綁架全國人民，所謂的「二次革命」根本不配叫革命。
不管怎麼說，孫中山動的所謂「二次革命」失敗了！
在這次對政權的爭奪中，最大的受益者除了袁世凱，就是蕭天了。
身為直魯豫三省巡閱使的蕭天，不光控制住了河南、山東二省，現在由吳佩孚出任都督的江蘇，也牢牢的控制在了蕭天手中！
「小北洋系」，借著這次「二次革命」，將自己的勢力進一步延伸！
江蘇已經在自己控制之中，從此河南、山東、江蘇連成一片，背靠上海繁榮之地，窺視安徽等地，蕭天風頭之勁，無可匹敵！
更加重要的是，借助這次討逆機會。蕭天軍事力量得到進一步加強。
此時的蕭天，代理第六軍軍長，下轄第十九師、第五師、武衛前軍、巡防營，南京攻克之後，袁大總統既沒有下令蕭天正式出任第六軍軍長，也沒有撤消這個職位，因此蕭天這個軍長也就順理成章的代理下去了。
對于第五師的靳雲鵬，蕭天采取了最直接的辦法，招商銀行的銀行本票！
靳雲鵬是個聰明人，知道眼下「小北洋系」風頭大盛，自己的第五師就在蕭天轄區範圍之內。不和蕭天合作，只怕將來日子不會好過。
在銀行本票面前，靳雲鵬選擇了全面合作。
至于將來自己會不會得罪蕭天，會不會被剝奪第五師耳朵指揮權，就不在考慮之中了
武衛前軍是個問題，張勛素來以滿清忠臣自居，這次又沒有被蕭天委以攻克南京，一雪前恥之任，未免心帶怨憤。要想讓他听命蕭天，只怕不太可能。
但這個時候的蕭天，已經下了殺張勛之念，只是早晚事情，因為武衛前軍的事情也就被暫時放了下來。
那些大量投降的討袁軍部隊，也都開始有條不紊開始進行改造。
從軍官學校畢業出來的中低級軍官，被大量充實進這些部隊之中，蕭天要一點一點剝奪那些指揮官的兵權，最後把這些部隊牢牢的控制在自己手里。
對被俘的討袁軍士兵，蕭天下令一律釋放。
不願意再當兵的，請回，願意繼續當兵的，被分配到了各個部隊。
這些士兵，原本就有豐富作戰經驗，並且作戰勇敢，是當兵的最好人選。更加重要的是，蕭天對待他們的態度。
在這些士兵眼里，蕭天是軍人的楷模，並且為人寬厚，革命既然已經失敗，加入到蕭天的隊伍中未嘗不是一個明智選擇。
短短兩個月里，蕭天手里經過改編的軍隊已經到達三萬八千之眾，一躍而成為北洋軍中最大勢力。
但蕭天對此似乎並不滿足，提出了在年底前擴軍至八萬人的計劃。
同時，南京軍事學校也在籌建創辦之中，這是繼安陽軍官學校之後，蕭天創辦的第而所軍事院校。
源源不斷的人才，將是自己最可靠的基礎！
江蘇魚米之鄉，河南、山東用兵之所。上海經濟繁華之地，有了這些支持，蕭天的翅膀硬了！
1o月，北京來電，召蕭天回京授勛，並特別注明，調集一隊精銳士兵回京參加檢閱。
蕭天選擇了剛剛擴充的衛隊營，以蔣介石充當衛隊營營長，又破格提拔在徐州會戰中表現出色的阮杰為副營長。