肖天磊端坐在雲床之上，意識海浩瀚如鴻蒙宇宙。浪客中文網其中黑色隕星中的紫色印記正在與意識海合二為一。當肖天磊領悟其中大半內容後，竟是感覺到了境界修為的輕微增長。而除此之外，讓肖天磊最為震驚的，那紫色印記除了擁有靈魂生機之力外，竟還是一信息碎片。
鴻蒙，混沌，洪荒，這三者一一演化。天道控洪荒，大道控混沌，那麼鴻蒙宇宙又為誰掌控呢？肖天磊自身修煉的《鴻蒙至尊訣》乃是在其重生至鴻蒙，鴻蒙幡認主後由，自主射入了肖天磊腦海之中。至于其來源所在，肖天磊不知道，甚至從未去仔細想過此物出處。而額心的水滴型印記也是在同一時刻進入肖天磊身體的。現在，黑色隕星中的印記告訴肖天磊，掌控鴻蒙者，便是《鴻蒙至尊訣》中的鴻蒙聖尊！
這對肖天磊而言，不得不說是一極大震撼。肖天磊沒有想過，修煉《鴻蒙至尊訣》的，並非自己一人，而且那修成鴻蒙聖尊境界的，還是鴻蒙掌控者！
肖天磊修煉至鴻蒙天尊境界後便止步不前，似乎其後續境界如鏡中花水中月。但現在，肖天磊才知道，自己先前所追尋的一切，已然步入了誤區。力量也好，心境也罷，都不是突破此層境界的重點所在。真正的精要，乃是「宇宙」而已。
時間謂之「宇」，空間謂之「宙」。宇宙者，便是時間與空間的集合體。鴻蒙世界演化混沌世界，混沌世界演化洪荒世界，這一切便是時空之宇宙的表征。只要掌控宇宙，便可突破瓶頸，成為世界之主。
肖天磊肉身早已在鴻蒙元氣的淬煉下達到了一不可思議的程度。早在洪荒未演之時，肖天磊便已察覺到了體內細胞的變化。而在吸收了黑色隕星中的紫色印記之後，這種變化也越發的強烈起來。終于，肖天磊心神一動，神識便進入到了一個細胞內。
肖天磊的神識變化成紫色光點，待聚在一起後，赫然形成了肖天磊身形。肖天磊看著眼前不停變換的各種氣息，感受著其中的各種規則之力，肖天磊終于知道，自己的細胞，正在演化鴻蒙宇宙！
當肖天磊知曉了這一點，便是自己也震驚不已。原來，肖天磊體內細胞的變化都是憑借修煉《鴻蒙至尊訣》自主產生變化，而真正的主人肖天磊卻並沒有意識到這一點。即便是體內細胞吸收了靈魂生機，鴻蒙宇宙中的大千規則依舊是紊亂無比，沒有正主掌控凝練，永遠都不會真正演化成一個世界。
而那出現的一份紫色印記，解開了這些「秘密」。就像一把通往至尊大道的鑰匙，印記之中正是包含了這些時空規則之道。
肖天磊神識凝聚出的化身便在這片混亂天地之中端坐，所有一切的特殊力量自主繞開了肖天磊所在。結合紫色印記中承載的信息，肖天磊進入了深度領悟之中。
時間並不因為肖天磊進入深度修煉中而停止流逝，洪荒天地按照天道所演大勢往前行進著，沒有任何人可以阻攔。人族之中，許多部落越發壯大，其中人數更是數以億計。而在這些部落之中，開始出現各種司掌事物的大將及有才有智之士，引領部落中的族人進行生產活動。人族，終于出現了國家機器的雛形了。
九千年後，人皇神農功德圓滿，得天降功德入火雲洞潛修。而接替神農成為人皇的，正是大能軒轅氏。軒轅氏得掌人皇大權，開始命令人族主動進攻一些猛獸聚居之地，以此擴大人族居地。軒轅氏性格剛毅，更兼有殺戮之氣，使得人族之中開始出現反對之聲。終于，人族分裂成三大部族︰九黎，烈山與有熊。其中軒轅氏所在便是有熊一族。
三大部族皆為人族，軒轅氏為人皇，名義仍是三族之主。只是三族中的九黎族，族人卻非同尋常。九黎族人，身形壯碩，天生便擁有大能力，其中厲害者甚至可以隨意召喚五行之力，移山填海亦不在話下，與族人中許多修行近千年的修士相仿。因此，九黎者，亦被稱之為神族。
原來，在巫妖大劫之前，巫、妖、人三族共處。巫妖雖是死敵，但卻也不易遇見一處，而人族與妖族亦是處于敵對態勢。因此，巫族與人族越走越近，漸漸地，兩族間開始了通婚。巫族不再靠祖巫精血繁育，可與人族結合產下後代。人巫生下的子嗣有些與普通人族一樣，擁有先天道體，修煉起來事半功倍；而有些則繼承了巫族天生神通，一生下便可使用巫力，而且還可變化出巫族原形肉身，甚是厲害。
隨著人巫二族關系漸近，人巫結合所生後代又開始結合。只是，其中巫族血脈卻是開始淡化，許多新生命便被劃歸至人族。後來，巫族雖幾近覆滅，但巫族血脈卻在人族代代繁育中不曾退去。直到神農退位，軒轅氏成為人皇後，這些擁有巫族血脈的人族，體內巫力忽然開始覺醒，力量與修行千歲相似。這本是人族喜事，有了這些力量，人族當更加強勢。但後來卻因為各種各樣的原因，使得人族產生分歧，這些擁有巫力的人族分裂出去，便成了九黎一族。
有熊部落乃軒轅氏親隨。有熊與九黎敵對，烈山中立。而各個族下又有部落無數，部落中也有了國家機器的雛形，以致三族之下多有爭斗。不過，這種爭斗規模較小，一直不曾登上台面。
九黎興盛，族長更替，新的族長乃是一擁有往日巫族大巫之力的壯漢，名為蚩尤。除此之外，所掌部下中亦有風伯、雨師、九鳳、相柳四人。此四人亦有不弱于大巫的力量。蚩尤性邪，爭斗殺戮之心極重，漸漸地，對軒轅氏也越發不滿。終于，蚩尤整合九黎部落，宣布敵對軒轅氏，並且欲奪其人皇之位。
軒轅氏為神農欽立人皇，其下不僅有人族本土修煉數千年的大能修士，更有許多仙人相助。其中便有三清聖人諸弟子。而且原始天尊弟子廣成子更是收軒轅氏為徒，成為帝師，教習軒轅氏法術。
而在軒轅氏登臨人皇之位的當天，三清女媧諸聖與人族聖地觀禮。忽然，天地一陣震動，一把長劍劃破天際徑直墜落與中央大洲。長劍煞氣沖天，通身更是黑氣繚繞，即便是神農等人族大能亦是感到靈魂震顫。而三清女媧在見到那三尺長劍之時，卻是互視一笑，然後太清老子將其攝入掌中，以太清**抹去其煞氣，更在劍身布下數道陣法。待老子做完一切，劍身已然變成了金黃之色，劍側更有兩條五爪金龍做咆哮之狀。而女媧隨即用不周殘山，結合萬年玄鐵煉出一劍鞘，配予那新生神劍。
神劍入鞘，由老子賜予軒轅氏，並賜劍名「軒轅」，為人皇隨身兵刃！
軒轅氏掌控軒轅劍，蚩尤欲奪人皇之位又豈是那麼簡單？為了集結力量，蚩尤座下，除了風伯雨師等人，更有不少妖魔夾雜其中。而蚩尤與妖魔為伍，心性也越發邪惡，大有入魔之勢。
九黎部落與有熊部落之間的踫撞越發巨大，終于兩族之間開始了首戰。軒轅勢強，蚩尤敗退。而蚩尤為一族之長，亦是有智謀之人，隨即密派座下九鳳入有熊部落。
九鳳為女子，雖有大巫之力，但除非變化真身，否則無人識得。九鳳以傾城閉月之貌親近軒轅，最終被軒轅所喜，冊立為帝妃。但九鳳不知道的是，帝師廣成子在原始天尊知會之下已然發覺了九鳳真實身份。但九鳳實力太強，真身更不被普通兵刃所傷，只能用軒轅劍壞之。于是廣成子與軒轅氏共謀一計，以除九鳳。
九鳳冊為帝妃，有熊部落舉族賀喜。在賓客散去後，便是洞房花燭，享良辰美景之時。九鳳雖為蚩尤部下，但卻被軒轅風範所吸引，已然將自己任務忘卻大半，一顆真心更是牽于軒轅之身，因此警惕性大降。
洞房花燭之夜，軒轅九鳳享魚水之歡。待九鳳極享人事之樂時，軒轅竟是驟然發難，以軒轅劍刺入九鳳內府！九鳳大恨，然真身已傷，法力大減，不得已只能憤恨逃離。便是廣成子祭出法寶，也被九鳳強勢破開。由此可見九黎大巫之力之強。
九鳳事敗，軒轅氏率大軍攻入九黎部落。蚩尤凶狠，不僅敗退軒轅，更是以巫法將軒轅大軍困住。後軒轅得天界九天玄女傳授奇門遁甲之術，擺陣御敵，終逃出蚩尤圍困。
軒轅黃帝座下得仙凡兩界相援，後與蚩尤大戰與逐鹿之野，與之大戰九個日夜，終以軒轅神劍斬下蚩尤頭顱。蚩尤敗亡，座下妖魔也被軒轅手下大將斬殺殆盡，終于將九黎族重新納入人皇威勢之下。
軒轅黃帝乃是三皇中殺戮最重之人，其人皇佩劍軒轅，正是當日妖族天帝太一與眾妖聖煉出的屠巫劍。屠巫之劍，乃是以人族無數生魂為引鍛造，可屠巫族強悍肉身。這一切皆是天定大勢。無論是軒轅劍的出現，還是蚩尤之魔性背叛，都是天道的杰作。而蚩尤，終為軒轅黃帝證道途中一試煉之石，縱為一世梟雄，又有何緣可為人族之皇？