戰爭的勝利，讓萬歷皇帝和張巨正長長的送了一口氣，他們知道新政權穩當了，已經度過最危險的時期，于是就把視線轉到之理朝政上。說閱讀，盡在
張居正自知他雖然浸婬官場25年，但與前幾任輔比起來，資歷尚淺，無法相比，如何才能讓人樂于為他效力？這可不就能辦到的，也不是行政命令所能做到的。縱觀明代的歷史，凡能夠領袖百官者，基本都有長期身居高位的資歷，位高權重，很早就拉起自己的一套人馬體系。嚴嵩做了7年的禮部尚書，又做了6年大學士才升任輔。徐階做了3年禮部尚書，後又做了1o年大學士才得以扶正。張居正根本沒法跟他們相比，雖然也做過6年大學士，但入閣前只有禮部侍郎的虛餃，從來沒擔任過院部堂官，是由翰林院直升上來的。
這種處境，用官場流行語來說，叫「下面沒人」。平時倒是沒甚麼問題，下面的可以不算人。但到了當輔的時候，在指揮不動的時侯，才能感覺到下面的小羅卜頭不僅是人，而且很難擺弄，必須認真對待。只有采取清理的辦法，打一批，拉一批，目標控制得很精準才行。
高拱身居內閣又兼任吏部尚書，在台上時自己的班底已經建得差不多。他倒台後，給張居正留下的是一個需要認真對付的文官隊伍，這是一股很大的政治力量，不得不重視加以認真對待。
官員里永遠有靠上竄下跳進讒言吃飯的家伙，其哲學概念就是「做糖不甜做醋酸」，建設性的事情做不來，毀人的事很拿手。高拱的門生韓楫就是一個。基本可以證明，高、張交惡，韓楫沒少「做醋」。對這類人，張居正稱之為「害政者」。「害政者」總是笑臉朝著有權勢的人，**朝著沒權勢的人。高拱看到的都是可愛的笑臉，而張居正恰恰有幸看到了許多人的**。他說︰「你們要換成笑臉也來不及了！‘二三子以言亂政，實朝廷紀綱所系，’所謂‘芝蘭當道，不得不鋤’者。我就是要拔了你們這些仙人掌！」
就在這時，他不失時機地開始清理門戶。隆慶六年六月，對南北兩京四品以上官員進行考察。七月，對所有京官進行考察，因為鎖定了目標，就不是泛泛的開大尾巴會、表言不由衷的態。兩次大掃除，共斥退吏部員外郎穆文熙等3o余人，並將吏部給事中韓楫等5o余人調離京城。之後，從庶吉士中補充了一些人進來，重建了言官隊伍。後來又貶斥了一批尚書、巡撫級別的高官。可以說這是一次很徹底的大清洗，時人說︰「一榜所黜皆高黨！」
干掉了一批，就要選拔一批上來，不能不像樣子，總要和「高黨」比一比。安排內閣與各部長也是一門藝術。如何醫治政變留下的創傷，只有把有聲望的人安排上來。
內閣里，次輔大臣高儀已經死了，張居正不能「獨相」。張居正選了禮部尚書呂調陽為次輔。呂調陽是個忠厚長者，選他入閣是動了點兒腦筋的。在這個平台上，不能允許有潛在的對手，哪怕現在還很弱小。夏言、嚴嵩、徐階都各自有教訓。他把別人拱翻，現在就要防止悲劇在自己身上生。
吏部尚書由張瀚來擔任，禮部尚書空缺由6樹聲補上;兵部調來抗倭名將譚綸;戶部用了王國光;刑部用了王之誥;工部朱衡與左都御史葛禮光留任。這些人都是素有清望的大臣。其中王之誥是張居正的親家，但從不依附，頗得輿論欣賞。有這樣一套班子，可謂聲威赫赫，基本可以服眾。