東林黨人往往不畏強權，為民請命，大膽彈劾朝中權貴，反對礦使」、稅監」，甚至敢于冒犯龍顏」把矛頭指向神宗皇帝。當鳳陽巡撫李三才受到內閣大臣論處的時候，在東林書院講學的顧憲成就上書給葉向高、孫丕揚，稱頌李三才的政績。御史吳亮把顧憲成的信抄在邸報中，使攻擊李三才的人大為惱火。我想這個李三才可能是顧憲成的老鄉，如果不是老鄉何以顧憲成為之不惜得罪皇帝來為他鳴冤呢？
李三才任職鳳陽巡撫期間，曾經查抄了太監陳增的爪牙程守訓的幾十萬贓款及大量的奇珍異寶，並將程守訓依法治罪，辦了一件大快人心的好事。他還在萬歷二十七年和二十八年，多次上疏，陳述礦稅的弊害。萬歷三十年和三十一年，他又一再上疏反對礦稅，並且提議修浚河渠、建築水閘、防範水旱，這些主張非但沒有被采納，反而被罰了5個月的俸祿。李三才在反對礦使稅監的奏章中指責神宗皇帝說︰陛下寶愛珠玉，百姓也想溫飽;陛下愛護子孫，百姓亦愛戀妻兒。何以陛下要拼命地聚斂財寶卻不讓百姓滿足升斗之需呢？為什麼陛下要延福萬年，卻不讓百姓享受朝夕之歡呢？」李三才的這段話是一段名言，在明史上名氣很大，說出了廣大明朝人的心聲。確實如此，神宗同志為何如此呢？江山社稷都是你的，你還拼命的收集財寶，與老百姓爭利干什麼？真是難以理解。
對于後妃干政和宦官專權，東林黨人始終加以反對，哪怕是削職罷官，逮捕問罪也堅持不改。在爭國本」事件和以後生的梃擊」、紅丸」、移宮」三案中，東林黨人都從維護皇權的立場出，堅持反對鄭貴妃、李選侍干政，公開抨擊危害皇太子、皇帝的行為，主張嚴厲追查三案的當事人及其幕後主使者。李三才和東林黨人都是包公海瑞的轉世，他們的所作所為實在令人敬仰，是古代正直之臣的楷模。
東林黨人還在京察大計」中力圖整肅吏治。京察」和外察」是對官吏進行考核的兩種制度。京察」是考察在京任職的官員，每6年一次;外察」是考核在地方上任職的官吏，每3年一次。一般是趁外官來京師朝見皇帝時給以考察。京察」是根據官員的政績、品行，來決定升遷、降調或罷官等獎懲。若是京察」中被罷了官，就將終身不再起用。萬歷二十一年的京察，主持者是吏部尚書孫考功、郎中**星和左都御史李世達，他們都比較正直不徇私情。文選員外郎呂胤昌是孫南星的外甥，都給事中王三余是**星的親戚，都因考評不佳被罷黜。東林黨也借此機會罷黜了一些與內閣大臣交往很深的官員。到了萬歷三十三年，主持京察大計」的是東林黨人都御史溫純和吏部侍郎楊時喬，就把浙黨官員錢夢皋、鐘兆斗等人貶謫了。但南京的京察大計」主持者則是齊、楚、浙黨主持，他們借機斥逐東林黨的官員。到了萬歷四十五年，浙黨領又當上了內閣輔，這一年的京察大計」，東林黨人受到很大的打擊。這樣一來，就形成了一種朋黨混爭的局面，東林黨人的政治主張
也和他們排除異己的動機糾纏不情了，給攻擊他們的人制造了口實。
考察干部本來是老祖宗明的一個考核干部政績的好辦法，通過這個方法，現好干部，使用干部，使好干部得到提升，同時也會促使一些政績平凡的干部找到不足改進工作。沒想到竟成了一些人進行黨爭的有力武器。明朝中晚期，徐階、高拱、張居正都對此法運用的很好，到了明朝後期這種做法更是到了登峰造極的地步。
東林黨是明朝後期出現的以中下級官員、中下地主及知識分子為主的反對王公貴戚、權臣宦官的政治集團。他們企圖以儒家正統思想挽救國家，但在強大的統治集團剿殺下，遭到重大打擊，直到崇禎即位處死魏忠賢才有所抬頭。後來，東林黨的殘余勢力一直與權臣斗爭，一直持續到南明的滅亡，前後達4o多年。
苦難一生的王恭妃死了，死在後宮的冷宮里，神宗皇帝一直到臨死也沒到冷宮里看她一眼，足見皇帝對她的冷漠和無情。這個神宗太不夠意思，太不負責任，你已經和人家睡過覺，人家還生了你的兒子，就是你的老婆，俗語說︰一日夫妻百日恩，沒有功勞還有苦勞，你怎麼連一點的夫妻情意也沒有，難道是個冷血動物嗎？大學士葉向高聞知此事，憤憤不平，提筆上疏說︰「皇太子母妃病故，喪禮應從厚。」神宗未表態，也不知道神宗是怎麼想的，大概是在罵葉向高多事吧？神宗愛說這些都是他們家的私事，別人不能過問，不要多管閑事。隔了一段時間，皇上仍沒有反應，眾臣坐不住了又紛紛上疏，言詞激烈，聲勢浩大，神宗無奈，這才賜謚肅靖皇貴妃。事見《明史?後妃列傳?孝靖王太後》︰「遂薨。大學士葉向高言︰‘皇太子母妃薨，禮宜從厚。’不報。復請，乃得允。謚溫肅端靖純懿皇貴妃，葬天壽山。」對這件事對朱常洛刺激很大，一直耿耿于懷。他即位後，立即尊謚母親為「孝靖皇太後」，並歸葬定陵。
這個神宗是個奇人，一般情況下作為父母對子女的教育都非常重視，教育從女圭女圭抓起，從小就開始學習什麼英語、奧數、音樂、美術、舞蹈，不讓孩子輸在起跑線上，神宗是皇帝他的思想就是不同凡響，自己親生兒子想上學都不行，一直到大臣們都強烈要求才讓孩子出閣講學，朱常落真是一個苦孩子，連學習的權利都沒有了。好不容易有了這機會，朱常洛絕不能輕易的放過，他表現了濃厚的興趣和求知**，認真學習。朱常落沒有想到讀書剛開始不到一年，因為朱常落同學的學習成績比朱常洵好，神宗同志說這怎麼能行呢？如果讓他佔上風頭常洵相當太子就沒有希望了，于是，便莫名其妙地給停了。後來，在大臣的一再努力下，神宗皇帝被迫冊朱常落為太子，朱常落知道將來當皇帝不能缺少文化知識，必須抓緊時間學習，充實自己，他曾明里暗里幾次表示願意接續下來，神宗卻一概不予理睬，既不安排老師授課，也不說不行，反正就是拖著不辦，讓朱常落和大臣們一點辦法也沒有。萬歷四十四年，由于廷臣們連疏數百封，神宗才下令，在輟講已經11年後才重新舉行（人生有幾個11年啊，如果朱常落能接著學下來11年以後高中都要畢業了，雖然不能有所造詣，起碼應付日常工作還是富富有余了，皇帝讓朱常落耽誤了寶貴的青春歲月）。這次朱常洛格外恭敬用心，對侍班、講讀官員一律尊稱先生，賞賜酒饌。听講回答，敏捷精妙，博得內宮外廷一片贊譽。然而讓大家沒有想到的是，一講之後，又是莫名其妙地令停，此後再未舉行過。事見《明神宗實錄》。在經歷了這許多事後，朱常洛知道自己的地位還很不穩固，還需要付出極大的努力。而更大的危險，則在于以鄭貴妃為的反對勢力，把他當成眼中釘，肉中刺，一天都沒有放棄使她的兒子福王取代他而為太子的努力。甚至連鄭貴妃的父親鄭承憲、伯父鄭承恩、哥哥鄭國泰也都行動起來，組織人力造謠鼓吹，一心想把朱常洛廢掉。這些活動愈演愈烈，于是就生了明末「三案」中的頭一案「梃擊」案，從而使朱常洛的命運又一次出現了重大轉折。
萬歷四十三年5）五月初四傍晚，朱常洛用過晚膳，閑著無聊，想出門看看。這時，門外忽然傳來了一聲慘叫和一陣喊打撕扭聲，宮內立刻亂作一團。又過了好一陣子，他才知道了事情的經過。原來，剛才有一個壯漢，手持棗木棍棒，悄悄闖進了他居住的慈慶宮。慈慶宮的侍衛很少，宮門只有內侍李鑒一人把守。那壯漢潛進來之後，先手起一棍，將李鑒擊倒，迅即向前殿撲去。李鑒一看此人有對太子行凶的企圖，于是沒命地喊了起來。內侍韓本用聞聲立刻帶眾役趕來，七手八腳將其擒獲，並押送到駐守東華門的守衛指揮朱雄那兒，由他們暫為看管。朱常洛听說那漢子是想來謀害他的，禁不住一陣悚然。
案子很快查清，是一樁謀害案。由于案子牽扯到了鄭貴妃的兩個內侍龐保、劉成，所以舉朝上下議論紛紛，都指責鄭貴妃一家是此案的主謀，要求查辦。事見《明史?光宗本紀》︰「四十三年夏五月己酉，薊州男子張差持梃入慈慶宮，事復連貴妃內。」這意外的結果，又令朱常洛大吃一驚。他知道鄭貴妃為「立儲」的事對自己十分嫉恨，卻沒料到這嫉恨竟到了要置他于死地的程度。
朱常洛對在以自己為漩渦中心的這樁案子里所應取的態度和做法，想了很多，卻惟獨沒有想到鄭貴妃會來求他。那時情勢，對鄭貴妃十分不利，不僅群臣們紛紛彈劾，而且龐保、劉成也都隨時可能徹底地出賣她。她接二連三跑去向神宗哭訴，但此案事出有因，干系太大，神宗也沒辦法，只好讓她去求太子。鄭貴妃無奈，只好來到慈慶宮。一見朱常洛，就跪倒便拜，慌得朱常洛手足無措，自己也忙跪了下來。鄭貴妃拜罷，便哭訴冤枉，求太子救她。朱常洛生**怯弱，見平日不可一世的鄭貴妃這副樣子，十分驚恐，極想此案能早點了結。于是，便命伴其讀書的內侍王安代他起草令旨，要諸臣別再糾纏不休;同時啟奏父皇，請令法司盡結案，不要再株連。事見《明史?後妃列傳?鄭貴妃》︰「其後‘梃擊’事起，主事王之寀疏言張差獄情，詞連貴妃宮內侍龐保、劉成等，朝議洶洶。貴妃聞之，對帝泣，帝曰︰‘外廷語不易解，若須自求太子。’貴妃向太子號訴。貴妃拜，太子亦拜。帝又于慈寧宮太後幾筵前召見朝臣，令太子降諭禁株連，于是張差獄乃定。」
朱常洛的這種做法令神宗顧慮全消，于是在輟朝25年之後親自出面了斷此案。五月二十九日神宗下令，凶手處死;十多天後，龐保、劉成也被秘密杖死;其余有關人犯被配邊地。神宗和鄭貴妃了卻了一樁心事，朱常洛也長長的松了一口氣。
梃擊案後，朱常洛作為太子的地位算是徹底穩固了。由于他關鍵時候幫了大忙，神宗開始對他另眼相待，一應生活用度也著令大為增加。而鄭貴妃眼看廢立不成，朱常洛繼承帝位大局已定，心中十分恐懼。她深知自己對朱常洛多有得罪，為了將來不遭報復，便一反常態，對其加倍逢迎。她借口感激朱常洛的解救，不僅好話說盡，而且經常贈以錢財、珠寶，還從自己的宮女中挑選了八名最美的宮女送給他。這時的朱常洛，境況已大為改觀，再也不受壓抑、冷遇，所到之處，滿目喜風，不覺躊躇滿志起來。他將已往的屈辱全拋在腦後，恣意放縱，耽于享樂，酒色財氣無所不沾。