朱允，明太祖朱元璋孫，太子朱標次子。文字首發洪武二十五年皇太子朱標病逝，朱元璋不得不重新考慮皇位的繼承問題，在此期間，他曾想到了皇四子朱棣，因為朱棣又許多地方都與自己非常相似，但向群臣咨詢的時候，大臣劉三吾提出，如立皇四子，那麼將皇二、三子立于何地？當時朱元璋已經分封了諸王，而且皇二、三、四子分別被封為了秦、晉、燕王，三人的封地都是邊境重鎮，而且手握重兵，一但由于爭儲而出現內訌，後果將非常嚴重。因此朱元璋只得將朱標的次子朱允立為皇太孫（朱標長子早逝）。
洪武三十一年（公元1398年）閏五月，明太祖朱元璋病逝，朱允正式即位，改年號為建文。從年號上不難看出，一個建文，一個洪武，二位皇帝的性格截然不同，而且朱元璋不願立皇太孫的一個重要原因就是朱允像他的父親一樣，過于柔弱，過于仁慈，受儒家思想的影響太嚴重，恐怕日後駕御不住眾臣。
朱允即位之後，重用黃子澄、齊泰、方孝儒等文人，一反明太祖的做法，推行了一系列新政。首先是重德省刑，銳意文治，崇尚禮教。以致刑部的囚犯比往年減少了三分之二。同時又選派廷臣二十四人為采訪使，分巡天下，觀風俗，燭幽隱，興辦利民之事。其次是均免賦役。減免歷年逋租和天下荒田租稅。針對江浙賦役過重的情況，建文帝特下詔「江浙賦獨重，宜悉與減免，畝不得過一斗。」對于佛道勢力多佔良田的情況加以限制。在朝廷內，建文帝對宦官管教甚嚴，同時又詔諭地方官，一旦發現宦官奉使橫暴，虐害士民即擒送京師，加以嚴懲。這也引起了不法宦官的怨恨，在日後靖難之役中或投靠燕王朱棣，或是做為內應。
建文帝在官吏方面也進行了改革，重新更定官制，大力精簡機構，革除冗員。在建文帝在位的四年間，撤消了九個州，三十九個縣以及一大批冗官冗吏和稅務機構，增加了中央財政收入，減輕了人民的負擔。
可以說建文帝的一系列措施，充分體現了他以仁義禮樂化民的治國思想，改革了洪武時期的不少弊政，給社會帶來了一陣清風。為無論是百姓，還是官吏都創造了一個寬松的環境，緩和了社會矛盾，對社會的安定產生了積極作用，一時政通人和，所以後人有「四年寬政解嚴霜」之譽。
正當建文帝行新政之際，大明王朝卻禍起蕭牆。原因是建文帝登基之後，見于各地藩王（即他的各位叔父）「擁重兵，多不法」的狀況，擔心會造成西漢時的七國之亂，采納了兵部尚書齊泰、太常卿黃子澄的建議，決定削蕃。但朱允在重大問題的決策上犯了一個嚴重錯誤。他並沒有先削實力最為強勁的燕王朱棣，而是從其他藩王下手，先後廢了周王朱肅、齊王朱福等五王為庶人，這樣即引起了藩王們的岌岌自危，還打草驚蛇，使得燕王加緊做出準備。當朱允決定向朱棣開刀時，卻為時以晚。
燕王朱棣是朱元璋第四子，洪武十三年就藩北平（今北京市），而且隨著朱棣在對蒙古作戰的過程中不斷壯大，他已經成為了皇權最大的威脅。公元1399年7月，朱棣在作了充分準備後，以「誅齊黃、清君側」為名，用「恢復祖宗舊制」為旗號，揮師南下，爭奪帝位。史稱「靖難之役」。
建文帝部署兵力，奮力平叛。在最初的戰斗中朝廷的兵力佔絕對優勢，不過由于大將李景隆的指揮不當，明軍屢遭敗績。盡管燕軍氣勢洶洶，並曾攻下城邑，但卻旋得旋失，所以鏖戰三年，燕軍僅據北平、保定、永平三郡而已，戰爭出現僵持局面。在此期間明軍中涌現出了一批比較優秀的將領，他們的頑強抵抗給朱棣造成了極大的威脅。這時一些被建文帝處罰的不法宦官向朱棣透露了京師空虛的情報，並表示願充當燕軍內應，朱棣正確分析了形勢，只要建文帝在一天，地方軍對就會抵抗一天，而且自己就是叛王，但如果一旦攻佔南京，成為一國之君後，相信也沒有多少人反對，因為大家都是觀望的態度。于是朱棣改變以往攻城奪地的戰略，率軍直搗南京。
建文四年（公元1402年）6月，燕軍渡過長江，兵臨城下。此時的建文朝廷已經亂作了一團，很多地方將領按兵不動。齊泰、黃子澄借募兵為由，離京奔廣德、蘇州。左都督徐增壽密謀私通朱棣作為內應，被朱允察知，親手將他砍死。守衛金川門的谷王朱穗和大將李景隆私自開門降燕，讓燕軍殺入城內。朱允聞報，流淚說道︰「朕未曾薄待朱穗、李景隆等人，他們竟在緊要關頭背叛于朕。」忠于建文帝的御史連楹假意投降朱棣，挨近馬前行刺不成被朱棣所殺。朱允听說後嘆道︰「如此忠臣，朕卻不重用，這是朕的過錯，悔之不及，朕還不如一死以殉社稷嗎。」說完拔刀就要自殺，被左右死命阻住，朱允無奈，又見警報迭傳，下令縱火焚毀皇宮，朱棣殺入宮中，搜尋了三天，始終沒有找到朱允。追問內侍，他們也不知朱允是死是活，只知他下令縱火後就不見了蹤影。馬皇後和大多數妃子、內侍都被燒死，內侍們怕朱棣不信，找了一具殘骸說成是建文帝的尸骨。朱棣命人從灰燼撥出殘骸，已是滿身焦爛，四肢不全，分不清男女，只得下令以天子禮殮葬。
此時朱棣的靖難之役宣告成功，自己也登上了帝位，年號永樂。正如朱棣所料，地方上幾乎沒有人反對。而在朝廷內卻是另一番情景，投降的文臣只有廿四人，其他或逃跑、或自殺卻有千人。永樂朝廷幾乎無人可用，可見建文帝在文人士大夫心目中的地位是相當高的。
建文帝的帝王之旅，四年即告結束，作為皇帝他太過仁慈，有時甚至優柔寡斷，如果讓他作臣子，相信他可以愛民如子，兩袖清風，但作皇帝不一樣，皇帝注定與鮮血分不開，他要排除異己；他要樹立皇威，如果不能做到這些，皇帝也終將被歷史淘汰，建文帝就是這樣一個悲劇人物。
關于建文帝的生死，有一種說法是；建文帝下令縱火後，自己與少數隨從從地道中逃出，乘船潛往雲南，削去頭發，改換僧裝，自號應文，浪跡天涯。朱棣聞訊後，一直懷疑建文帝仍活在世上，可能存亡海外，將成後患，便命太監鄭和率龐大的船隊下西洋尋找，同時借以宣揚國威，交通各國，結果仍然未找到他的蹤跡。
朱允史稱建文帝，南明弘光年間追崇為惠宗讓皇帝，清朝乾隆年間，被追謚為恭閔惠皇帝，所以建文帝又史稱明惠帝。
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