慶功喜宴之後，起義軍內部就開始大動起來。
首先是整軍。起義軍重新整編之後，解散了一部分部隊。特別是安置了東北部暴動的奴隸，之後仍然留下了四十萬的龐大的軍隊，並且重新部署了軍隊的布防。陸剛和荷花共領十萬人馬，緊守著亞和東部的屏障，預防東部亞奧和亞海王國軍隊的入侵。天龍和獸人巴倫帶有十萬大軍駐守在東北部原來泰勒的老巢；而海杰帶領林小年原有的五萬人馬返回昆合城，和天龍部以及首都合陽城的守護部隊在亞和中部構成一個三角形的防護體系。首都合陽城除了開特老師主管的起義軍最精銳的五萬騎兵和富爾拉的五萬部隊之外，還有五萬矮人部隊駐扎。
再就是起義軍開始國家政權的建立。起義軍大首領——總指揮金波自然是皇帝的必然人選，根本沒有爭議；林小年也就是必然的皇後人選了。開特老師也就成為宰相的最佳人選了，並且由開特為首建立起亞和王國新王朝的第一套政府班子。開特老師首任主管；朱葉主管財務；沙柳擔任大法官主管司法；``````。
林小年不願多管事情，自己只認領了主管工業的責任。但其他人卻不想放過她，不讓她偷懶，硬給她按上了個副主管的頭餃。並且給富爾拉也按了個副主管的頭餃，其實富爾拉已經承擔了首都合陽城護衛軍的首領，這個副主管的職位，是林小年特意建議的。原本就是想讓富爾拉多承擔點責任，自己好逃開。這也是最後見實在是無法月兌身，才采取的方法。雖然只能戴上其帽，但還是很不負責的把重任扔給了富爾拉，自己去干自己想干的事情去了。
矮人軍團被留在合陽城的決定是林小年一心堅持的，原本金波和開特老師的意見是把矮人軍團放至昆合城的。除了保持軍力平衡外，還有一個原因就是，昆合城原本就是一個冶金制造的城市。但林小年卻堅持要把矮人軍團放在合陽，明確地對金波說︰「如果矮人軍團放在昆合城的話，自己也不在合陽住，改到昆合城去住。」對此金波只好讓步，把矮人軍團留在了首都。
林小年堅持要把矮人軍團留在首都是有目的的，其目的就是要在首都建設起一個大陸最大的兵工廠，或者說是最大的冶煉廠。矮人都是冶煉的好手，有他們的幫助，林小年決心親自制造出這個世界的第一門火炮。為了研制大炮，林小年甚至于把戰神廟里的那個祭品桌都弄回來了，她發現那張桌子竟然是鐵鑄造成的。按林小年的想法，既然上千年前都能鑄造出這樣大的一張桌子，相隔了上千年，連一個炮筒都做不出來，那是不符合歷史發展的規律的。所以，她集中了能集中的所有的矮人中的大師一起研究。其實，矮人之前已經試制出一個銅制炮筒，但林小年很不滿意其火力。林小年很清楚這個世界目前仍然主要是依靠城堡來抵抗敵軍進攻的，如果有一門能轟倒城堡的火炮，至少亞和西南的那些貴族們就沒有一個敢扎刺的了。
亞和王國本來就是一個滿處是山的國家，礦山也是多如牛毛一般，這些日子以來，不停地有煤、礦石不斷地從各地運來首都，這些礦石都不值錢，運費也不很多。所以林小年也沒有用起義軍的資金，只是用自己的錢來研究。當然人卻是用的是矮人軍團的人。
就在林小年每天在智能電腦中學習，以及和矮人大師們一同熔煉礦石時，金波和開特派來找她的人卻不斷地前來打擾，這讓林小年煩不勝煩。
林小年開始時，是能躲就躲，實在是躲不過去的，才和他們一起來到起義軍總部開會。那些大事小事沒完沒了，讓林小年頭大得要命，最後干脆和金波耍起女孩脾氣來。「這些亂七八糟的破事不要來找我，去找富爾拉解決。我還忙著呢，沒空管這些屁事！」
金波和開特拿她也沒什麼好辦法，最後也只好由她去了。但有些重大的問題，金波還是和她暗中交換意見。
有兩件大事。第一件就是西北和西南，這兩方面的事情。首先是西北邊防軍，本來早有協議，但卻發覺西北大公爵胡齊在暗中發展部隊，據情報告知，泰勒的部分散軍就跑到西北去了，這事讓金波十分擔心。再就是西南那些貴族們如何處理的問題。關于這兩問題的處理，起義軍內部爭議很大。以開特老師為主的認為，現在以建國為第一大事，在有些問題上可以先讓一步；而起義軍的大部分首領卻不願就此讓步。
金波只好過來征求林小年的意見。林小年考慮了一個晚上，其實就是和電腦商議了一個晚上之後，給了金波兩點建議。第一，對西南貴族來說，他們每人掌握的軍隊並不多，構不成威脅，只要在解放奴隸的問題上予以堅持，也就是必須解放所有的奴隸，其它的都可以商量；第二，西北不同，奴隸問題似乎不需要過分重視，因為前面已有過協議，而且那兒也沒有多少奴隸。關鍵是必須解決其軍隊問題，軍事方面的事情絕不可以輕易讓步的，不行就出動大軍。
金波听後覺得有道理，就決定按林小年的意見辦理，並準備出動天龍的大軍去西北徹底解決邊防軍的問題。然而，開特老師還是不想動用武力。開特老師和西北大公爵早年就是朋友，所以親自前往與此談判。胡齊被迫接受了收編軍隊的命令，按照雙方最後的協議，西北邊防軍被縮編為起義軍隊西北軍團，只留有十萬人馬，其余的全部解散。但西北軍團仍駐扎在西北地區，並由原來大公爵的將領率領，給養也繼續由西北地區負責，只是听從起義軍總部的指揮和調遣。
至于西南部的貴族，本來就是一盤散沙，又沒有相當的軍事實力，只能答應解放奴隸。但山高皇帝遠，是真的釋放了奴隸，還是陽奉陰違，就說不清了。
第二件大事，就是關于宗教的爭議了。起義軍神山大勝之後，以宙邦為首的人族神教再一次正式登上亞和王國的歷史舞台，迅速在起義軍所佔領的亞和東北和東南半個王國的地區內建立起自己的地盤。不但接管了原神族神教被戰爭破壞了的廟宇，而且直接挑戰神族神教的權威，把自己的勢力範圍延伸到亞和西南和西北部分。
人族的神教是宣傳人人平等的，在宙邦等人的有意宣傳之下，人族神教似乎變成為窮苦大眾的保護神。這樣便得到大部分窮苦人們的歡迎和接受，特別是在奴隸當中，連起義軍內部也有不少人參加了人族神教。而原來在亞和佔主要位置的神族神教是得到貴族們支持的，在他們盤踞的亞和西南和西北部自然會加以反擊。貴族們在起義軍的武力威脅下，自然不敢以武力予以反抗，但在精神上的反抗卻絕不會停止。貴族們自己不便出面，便在後面縱容和支持平民中的人出面打頭。
神族神教固然是以貴族為支柱，但它的社會基礎卻就扎根在平民之中，亞和的平民中有很大一批人是神族神教的忠實信徒，在首都合陽城里就有相當多的人。這就是林小年佔領合陽城後，並沒有立刻消滅神教的原因，就是怕引起混亂。
現在神教中的兩個大派在亞和內部吵得是一塌糊涂，如同是天翻地覆了一般，就剩下沒有動用武力了。起義軍內部也為此形成兩大派，一派以霍斯為首的，要求起義軍公開出面支持人族神教，並主張出動軍隊鎮壓神族神教，如同當年神族神教對其它教派采取的方法一樣。而以開特老師為首的卻主張不予干涉。金波被吵得頭昏腦漲，真不知該如何是好，便找林小年求援。
其實有些問題，不如說關于西北和西南問題的處理，金波自己心里是有主意的，只是為了搞平衡，才故意把林小年的意見放在自己的意見前面。而這次他是真沒主意了。宗教問題確實是一個非常復雜麻煩的事情，林小年其實也不懂得如何處理，好在有地球上的經驗可以借鑒。林小年和智能電腦商議了兩天後，便給金波提出了相應的建議。
首先是思想上必須保持著相對的警惕性。宗教具有精神上的迷惑性，在組織內部能迅速地形成一定的凝聚力。但從人類總體的角度來看，宗教大多具有相當的排外性，越是純潔性高的排外性就越強，所以從整體和長遠的觀點來看，並不是好事，這點必須清醒地看到。所以在思想上，特別是在組織的內部盡量還是提倡無神論為主，尤其是高層領導的宗教傾向性越低越好，要嚴防國家政權被宗教牽著走。
第二，政治上就必須堅持宗教信仰自由。無神論、神教的兩大派、聖教，還有精靈信仰的自然母神，矮人信仰的大地之神，獸人的信仰就更多了，總之人們可以自由選擇。但只有一點，必須遵守國家制定的法律法規，不管什麼人，都只能在法律容許的範圍內進行活動。只要違犯法律，就要予以嚴厲的鎮壓。
第三，在策略上要采取一些較為柔和的手法，至少在表面上采用公開、公正、公道的手法對待所有的宗教。只要他們不采用極端手段，理論上的爭論不但可以由他們去爭，甚至可以由起義軍政府組織他們公開去辯論，要相信絕多大數的人們是有自己的立場的，越是公開就越能爭取多數。
但還是可以采取一些其它的措施，首先是公開提倡無神論；再就是暗中培植人族神教來對抗神族的精神入侵等等。
金波接受了林小年的建議，果然宗教派別之間的沖突很快就被約束在神殿大堂上的唇槍舌劍之間的交鋒中了。不管他們吵得是如此地風起雲涌、天昏地暗，對社會上的影響卻逐漸減弱，很快就沒人去過多地議論了。