張獻忠入川不成，只得掉頭逃回漢中，收攏了兩千多殘兵敗將，試圖朝西逃向隴西，但是他還未進入隴西，便又遭到了一伙官軍的阻擊。
雖然這支官軍僅僅是一支陝西的地方軍，可是現如今張獻忠所部也沒有了當初的那種彪悍，雙方小戰一場，張獻忠又被堵回了漢中。
這時候張獻忠可謂是四面楚歌，向西有官軍攔截，向南有川軍阻擋，向北有洪承疇坐鎮，向東又有孫傳庭虎視眈眈，張獻忠徹底被堵在了漢中境內，是上天無路入地無門。
于是張獻忠只得又祭出了他的最後法寶，那就是詐降。
張獻忠派人去和川軍聯系，表示他願意接受熊文燦的招撫，另外還派人給熊文燦送了一批厚禮，都是他這幾年來四處搶掠所獲的財寶。
熊文燦本身有愛財的壞毛病，這一點張獻忠不知道從哪兒打听出來的;無;錯;小說，以為只要賄賂一下熊文燦，暫時只要讓熊文燦招安于他，那麼過了這陣之後，再謀復起也不遲。
聞之張獻忠要入川的消息之後，熊文燦親自從省府成都趕往了利州衛坐鎮，又帶來了兩千多兵馬增援，鐵了心要堵住張獻忠入川的道路。
張獻忠派人到利州衛找熊文燦商議接受招安的事情，熊文燦聞之大喜過望，一邊收下張獻忠的賄賂，一邊立即點頭答應了下來，準予張獻忠到利州衛接受招安。
張獻忠高興的屁顛屁顛的，覺得這一次陰謀再次得逞，于是興沖沖的便帶著殘兵敗將奔向了利州衛。
熊文燦親自率部接出了利州衛，在城北較為開闊的朱家溝一帶，在那里等候張獻忠的到來。
張獻忠興沖沖的率兵趕來之後，雙方遠遠的看到對方之後，都滿臉堆笑，張獻忠帶著一些親兵朝著熊文燦走來，當雙方距離二百米左右的時候，突然間在四周響起了一片火-槍的聲音，幾十支狼牙步槍特有的聲音如同爆豆般的響起。
張獻忠臉上露出了錯愕的神色，大叫一聲罵道︰「熊老兒使詐！快走……」
可惜他的叫聲未落，身上就騰起了幾朵血花，巨大的沖擊力將他從馬背上一下帶的翻了下去，一頭便栽倒在了地上，連帶他身邊幾個親兵，也紛紛中彈摔落下馬，張獻忠手下頓時大亂。
熊文燦臉上露出了一絲冷笑，一揮手道︰「不要留一個活口！殺光他們！」
數千川兵立即蜂擁而上，刀槍並舉殺向了張獻忠的人馬。
整個朱家溝一帶響起了一片喊殺以及慘叫求饒的聲音，喊殺聲整整持續了大半天時間，才算是徹底沉寂了下來。
再看朱家溝之中已經變成了人間地獄，到處都布滿了張獻忠手下的尸體，兩千多流民軍，一個沒剩，全部都被熊文燦下令屠滅。
而張獻忠在最初遭伏的時候，就已經尚數彈當場氣絕身亡，人頭也被川兵砍了下來，裝在了一個木匣子里面，用石灰腌了起來。
熊文燦看了張獻忠的人頭之後，微微嘆息了一聲，自言自語的說道︰「不是我熊某言而無信，而是你張獻忠善于使詐，熊某實在是不敢輕信與你！再之為禍十余載，不知造了多少殺孽，也該你還債的時候，于監國有令于我等，絕不可輕信你的受撫，寧可錯殺于你，也不能放過爾等……」
「撫台大人，戰場已經清點完畢，張賊此行共率領兩千三百六十四人，現在除了軍中四百六十個女眷未殺之外，其余的已經盡數授首！請撫台大人定奪！」
熊文燦點了點頭，轉過頭不再看那張獻忠血淋淋的人頭，開口吩咐道︰「將匪首人頭斬下，懸于利州衛城牆之上，以震懾宵小之輩休要覬覦川中！尸體就地掘一大坑掩埋起來，至于女眷則解往成都府進行處置！」……
崇禎百無聊賴的在皇宮中的後花園陪著幾個皇子玩耍，自從他交權給于孝天之後，舉家便被禁足在皇宮之中，每日閑來無事，不是看看書，就是在花園之中陪伴一下妻兒。
這樣悠閑的日子，從他當上皇帝之後，還從未有過，雖然最初的時候崇禎非常不習慣，而且日夜都感到十分憤懣，氣不能平，連續兩三個月經常在御書房發脾氣，連宮中太監都被他打死了好幾個。
但是後來他發現太監們似乎對他沒有以前那麼畏懼，甚至于也沒有以前那麼恭敬了，這才意識到他已經不是以前的皇帝，現如今他只是一個掛了虛名的傀儡罷了，如果再這麼下去的話，恐怕連伺候他的人都沒有了。
于是崇禎這才收斂了許多，不再輕易拿那些太監宮女撒氣，想到他即便是再不高興，也已經無法改變眼下的這個事實，他已經被天下人拋棄，雖然他還是大明的皇帝，但是卻已經沒有了皇權，一切大權都已經被于孝天獨攬，他就算是把皇宮給點了，也改變不了這個事實。
崇禎這才漸漸的開始接受眼前的事實，心情也漸漸的開始平復了下來，得空的時候招來幾個皇子和公主，在御花園之中陪著他們玩耍一番，抑或是教他們讀一些書，日子過的倒是也相當平靜。
于孝天也沒有太過難為他們，每日都及時為皇宮供應新鮮的肉食蔬菜，讓宮里面的人倒也衣食無憂，天氣冷下來之後，還給宮中送入足夠用的木炭供宮中取暖之用，該給送的衣袍也一樣不少。
有時候還給宮里面送一些精美的禮品或者小玩意兒供宮里面的皇子公主們玩耍。
甚至于每天于孝天還會派專人，整理一份朝廷的各種大事的簡報，送入宮中給崇禎參閱，甚至于還派人時不時的問詢一下崇禎在一些事情上的看法，並未徹底把崇禎視作籠中之鳥看待。
最初崇禎拿到這些專-供他參閱的簡報的時候，根本不屑一顧，直接丟在一旁，但是後來實在是閑來無事，便開始有意無意的隨便瀏覽一下。
漸漸的這居然形成了一個習慣，每天早晨見不到這份簡報的時候，他有些魂不守舍的感覺，連連催問為何簡報還沒有送入宮中。
他剛開始看簡報的時候，從來不置一評，特別是對于于孝天下令改制攤丁入畝以及取消皇親國戚以及地方權貴鄉紳的稅收優惠的時候，甚至于氣急敗壞的撕掉簡報，大罵于孝天一頓，認為于孝天這麼做是自取滅亡，肯定會成為天下公敵，到時候到處都會有人揭竿造反。
後來他在簡報上看到于孝天動用鐵血手腕，強力在各地強推這些新政，並且殺人無數，更讓他篤定的認為，于孝天恐怕過不了幾天好日子了，肯定會招致無數人的反對，最終將他掀翻落馬。
可是讓他沒有想到的是，雖然于孝天推行的新政招致了大批官吏以及地方權貴的抵-制，卻並未鬧大起來，有限的一些地方確實有人試圖抵-制這種新政的推行，但是很快便被于孝天下令撲滅，為此殺了很多人，趁機抄沒了不少試圖抵-制此政推行的大戶。
僅僅是半年時間，單單是抄沒的大戶家產，就為朝廷籌措到了近千萬兩白銀，大明幾省之中，過千大戶被抄家，為本已財政短缺的大明獲得了一筆巨額收入，大大改善了財政短缺的困境，最起碼臨時解決了大明現在極度缺乏財政收入的窘境。
而且于孝天改組了錦衣衛，取消了東廠，將錦衣衛改隸到都察院之下，主要負責偵辦官員武將叛國、貪鄙、結黨營私之事，在錦衣衛原有的人員基礎上，進行了一番清洗，補充了大量新成員，而且限定了他們的權限。
現如今新改組的錦衣衛，有偵事權以及抓人的權力，但是卻被取消了審訊犯人的權力，當錦衣衛偵知有官員犯串後，可以將其逮捕，但是他們沒有審訊判案的權力，必須要移交到刑部進行審訊核實錦衣衛偵辦嫌犯的罪證，如果罪證屬實便移交到大理寺進行判決。
這麼一來錦衣衛的權力被收掉了許多，人員也精干了許多，行事也沒有以前那麼囂張了，可是這並不妨礙他們偵辦案件。
而刑部主要負責審訊案犯以及查證錦衣衛所提供的罪證，但是卻沒有判決權，必須移交給大理寺進行判決。
這麼一來都察院以及下轄的錦衣衛屬于偵查抓捕機構，刑部則負責審案，大理寺負責判決，三方相互監督相互制約，使得他們的權力無法像以前那樣肆無忌憚。
另外于孝天在這個基礎上，對地方官府也進行了改制，大明實行的三司制度，布政使司、按察使司、都指揮使司。
布政使以後主要負責各種民務，按察使司則負責刑名，都指揮使司則負責軍事，這原本是一個比較合理的構架，但是于孝天把這方面更細化了一些，將刑獄之事全部劃歸按察使司負責，地方布政使司無權干涉，使之可以形成獨立司法權，不受其他官員的影響。
在州府縣一級官府之中，設立巡捕房，專司負責地方地面的刑案偵辦一級處置小規模的地方亂民，對于刑案進行偵辦。
在府一級新增設一個刑獄使，州縣一級設立一個刑獄官，專司負責審案，如遇重犯判決殺頭的話，要提交按察司進行復審，按察司負責在各地巡視檢查各地地方刑案偵辦的情況，負有監督權力，並且有糾正錯案的權力。
這麼一來地方官員便失去了利用職權草菅人命的權力，非經過按察使司審結，地方官員無權輕易殺掉犯人。
而所有官員又都受到都察院的監督，一旦有地方刑犯家人認為有冤，可找都察院和錦衣衛投告，都察院有權重新提審案犯進行重審。
被于孝天這麼一改，地方官員的權力分工更加明確的同時，也限制了地方官員的權力過大。
可以說于孝天借鑒了後世的公檢法司的構架，重新劃分了這個時代的官府和官員的權責，使之起到相互監督的作用。