1998年11月27日，雅克將在席那島取得的資料交給里昂，而里昂加入由浣熊市受害者及質疑安布雷拉的人組成的反安布雷拉組織，隨後前往歐洲。而吉爾、克萊爾均前往歐洲。
1998年12月1日，華盛頓、紐約等地爆發大規模游行示威，指責政府與安布雷拉串通一氣，掩蓋事實真相。
1998年12月10日，威斯克加入新東家HCF。艾達王成為其手下。
1998年12月12日，克萊爾在安布雷拉巴黎總部被逮捕，並被押送至南美洲的洛克福特島監禁。
《生化危機•代號維羅尼卡》故事開始
1998年12月27日，HCF向洛克福特島進行轟炸，並投下病毒。洛克福特島被感染。
克萊爾在混亂中逃出監獄，並結識了囚犯史蒂夫。克萊爾在島中遇見了精神已經幾近失常的阿爾弗雷德。克萊爾和史蒂夫乘坐飛機準備離開洛克福特島，卻被阿爾弗雷德設定了飛機的自動駕駛，飛機飛向南極基地。
12月28日，克里斯得知妹妹被關押至洛克福特島，于是前往。而威斯克也得知T－veronica病毒的存在，于是在島上，兩人事隔一年後再一次相遇。從威斯克的口中克里斯妹妹已被劫至南極，克里斯也趕去。
在南極基地，阿爾弗雷德被史蒂夫擊中。生命的最後一刻，阿爾弗雷德喚醒了自己沉睡了數十年的妹妹阿莉克希亞。
而史蒂夫被阿莉克希亞抓住，注射了與亞歷山大一樣的病毒，開始變異。面對克萊爾，失去理智的史蒂夫瘋狂追殺，在最後一刻終于清醒，表達了對克萊爾的愛意後，史蒂夫死亡。
威斯克遇見阿莉克希亞，而他要求阿莉克希亞交出T－veronica病毒。阿莉克希亞在狂笑中開始露出怪物真身，而威斯克在與其交手後感到無法控制阿莉克希亞，遂逃走。隨後，克里斯與阿莉克希亞正面對決，而她開始展露T－veronica的威力。T－Veronica病毒使人具備了飛翔的能力，並能召喚昆蟲，普通物理攻擊對其均沒有效果，但由于阿莉克希亞的冷凍期不足，被阿爾弗雷德提前喚醒仍然具有較大缺陷，因此阿莉克希亞最終仍然被克里斯用線性激光炮干掉。
阿莉克希亞死亡後，威斯克救活了史蒂夫，並在阿莉克希亞身上提取了T－veronica病毒。他在南極基地已經得到自己想要的東西，而剩下的就是和克里斯的恩怨。
克里斯啟動了南極基地自爆裝置，而威斯克劫持了克萊爾。克里斯對威斯克說，「我們的恩怨，就在今天做一個了斷吧！」
威斯克放走了克萊爾，克里斯示意克萊爾去啟動飛機，而克里斯與威斯克，這兩位從前的同事、戰友，背負著各自的仇恨，在南極冰原上打得你死我活，卻沒有分出勝負。
南極基地即將爆炸，而克里斯與克萊爾也搭乘飛機逃出，威斯克也載著史蒂夫利用潛艇逃出。
1999年6月賽格爾•維德米爾調任安布雷拉俄羅斯分部，任開發部主任。在他的主持下，開始將約翰所研發的「T－ALOS」病毒正式用于生物武器的研發。
1999年8月中情局正式任命里昂為中情局特工，為白宮服務。雪莉則被中情局嚴密看護起來。
1999年9月里昂開始參加美國政府對于特工的軍事訓練，期間結識了同為特種兵的杰克•克勞薩。
1999年10月，威斯克奪走了雪莉（這看護還真嚴密啊……）。威斯克深信，在雪莉身上，威廉一定還留了一手。
2000年5月，吉兒和克里斯找到了在加拿大和家人隱居，享受天倫之樂的貝瑞，吉兒和克里斯勸說貝瑞一起調查安布雷拉公司背後的陰謀，但貝瑞並不再打算離開妻女。
各地病毒的受害者、浣熊市事件死難者的親人、幸存者在全美爆發了大規模的游行示威。安布雷拉聲稱自己也是無辜的受害者。
2000年10月，安布雷拉公司決定取消俄羅斯分部，但賽格爾•維德米爾仍然暗中執行「T－ALOS」病毒的開發工作。後來在賽格爾•維德米爾的強烈力爭下，俄羅斯分部繼續運作。
2001年12月聖誕節，在紐約、華盛頓等地爆發了最大規模的反安布雷拉和生化病毒的游行。其中的狂熱份子宣稱，如果政府不嚴厲處罰安布雷拉，那麼他們會散布T病毒，讓政府也吃吃苦頭。與此同時，吉兒、克里斯、貝瑞等人開始揭露越來越多的安布雷拉犯罪證據，這個彌天大謊已經無法掩蓋。
2002年起，安布雷拉的股價開始下跌。斯賓塞為了讓安布雷拉回到正常軌道，開始在美國政府之外，尋求更多的買家。這時候，一個非洲小國的**者找上門來。
2006年6月杰克•克勞薩加入了威斯克的秘密組織，他故意在一次軍事行動中「死亡」。
2002年8月安布雷拉高層管理人員莫菲斯把病毒私自賣給中東的軍火商人，此事被斯賓塞得知，斯賓塞大發雷霆。
2002年8月下旬，安布雷拉宣布解除莫菲斯的所有職務。
2002年9月，莫菲斯率領自行組織的雇佣兵搶奪了安布雷拉位于巴黎研究所內的T－G合成病毒。隨後，莫菲斯劫持了安布雷拉高層人員度假用的豪華油輪，在油輪上散布了T病毒，整艘船受到了病毒感染。
同日，莫菲斯以發射攜帶T病毒的導彈為要挾，分別向中、美兩國政府勒索50億美元。
《槍下游魂4生化危機•英雄不死》故事開始
次日，美國政府派遣中央情報局特工布魯斯•麥克文（Bruce•McGivern）潛入該油輪，在油輪中與中國國家安全局特工鳳玲（FongLing）一起將注射了T－G病毒變異後的莫菲斯消滅，並且炸毀了安布雷拉在中國南海附近的研究所。
2003年3月，賽格爾•維德米爾在俄羅斯成功研制出以「T－ALOS」為基礎的生物兵器。而同時間，安布雷拉內部的危機越來越重，資金鏈開始出現斷層，業績大幅下滑。斯賓塞希望該兵器能夠賣個好價錢，以此來讓安布雷拉獲得重生。
2003年1月下旬，威斯克和吉兒、克里斯都得知了這一消息。三人前往俄羅斯。
《生化危機•安布雷拉歷代記》故事開始
2003年2月22日，安部雷拉位于俄羅斯的高加索病毒工廠被搗毀。安布雷拉大勢已去。
2003年5月，安部雷拉股票跌至冰點。與此同時，數十年來一直被安部雷拉所壓制的另一家制藥公司－－－－三聯制藥開始漸漸抬頭，三聯籠絡了大量從安部雷拉辭職的研究員。
2003年6月1日，安布雷拉宣布破產，美國政府承認安布雷拉的犯罪行為，並把所有責任都推卸給安布雷拉公司。全球的制藥行業開始遭遇雪崩般的經濟打擊，民眾不再信任制藥業，其業績和使之連日下滑。
2003年7月B.O.W開始在黑市出現，購買者多是**國統治者與恐怖組織、反政府組織。
2003年7月有感于B.O.W的泛濫及制藥業面臨的困境，全球制藥協會決定成立一個組織來處理這類事件。這個組織被命名為BSAA（生化恐怖防御與評估聯盟）。創建者是11名來自社會各個階層的精英，他們都在不同的情況下經歷了生化病毒泄露事件。11名成員當中就有克里斯與吉兒。這個組織受聯合國直接管理，因此可以在聯合國締約國內自由行動，總部設在英國。
罪魁禍首斯賓塞下落不明。
2003年8月三聯開始在全世界收購安部雷拉原來的制藥基地。
2003年10月吉兒與克里斯找到斯賓塞。但同時威斯克也搶在兩人前面趕到。斯賓塞向威斯克坦露了他的身世，氣急敗壞的威斯克殺死了斯賓塞。吉兒和克里斯與斯賓塞展開搏斗，最後吉兒與威斯克一起跌落山崖，生死未卜。
2003年10月起BSAA在全球開始了大規模搜尋吉兒與威斯克下落的活動，但始終沒有任何線索。
2004年5月22日美國總統女兒阿什莉•格林漢姆失蹤。
2004年5月27日白宮得到線報，阿什莉極有可能在歐洲。
2004年5月28日白宮委派特別情報員里昂前往歐洲，尋找阿什莉•格林漢姆的下落。
《生化危機4》故事開始
2004年5月29日里昂在歐洲一個偏僻村落找到了阿什莉，該處存在一個異教組織，其教主奧斯穆德•薩德勒利用一種遠古時期的寄生蟲控制了這里的城主與村民。里昂發現綁架阿什莉的正是當年的戰友克勞薩。里昂救出了阿什莉，而威斯克則取得了寄生蟲病毒的樣本，它將這種病毒命名為「餃尾蛇」。
2004年8月克萊爾加入一個名為NGO民間組織，該組織以呼吁全世界各國抵制生化病毒為主旨。
2004年12月全球再次爆發大規模反生化武器的游行示威，NGO成員是這次游行示威的主要發起人。但許多激進的示威者藉此機會大肆燒殺搶掠，給游行蒙上了一層陰影。在這之後NGO成員開始低調行事，並不再發起類似的游行活動。
2005年1月在美國政府的授意下，一家名為WIL的制藥公司成立。該公司的主要目的是研發生化病毒的相關疫苗。這家公司很快引起了NGO的注意。
2005年3月不少新聞報道指責WIL公司利用活人進行生化病毒的實驗。
《生化危機•惡化》故事開始
2005年4月10日克萊爾在美國洛杉磯的機場遭遇了生化病毒泄露事件，白宮派出里昂前往處理。里昂與克萊爾發現這起病毒泄露事件是NGO公司刻意而為，目的則是向全世界展示病毒疫苗的實用性，但卻被一名浣熊事件的受害者弗萊德•單威格破壞，連同WIL公司的研發基地也被感染了G病毒之後的弗萊德摧毀。
2005年6月三聯制藥收購了WIL公司。
2005年8月三聯對于安部雷拉的非洲研究所進行了重新評估，三聯高層艾克塞拉•吉奧奈決定在當地重新啟用研究所，暗地里則與威斯克一起利用研究所進行病毒實驗。
2006年11月23日搜尋了三年無果的BSAA宣布吉兒殉職。
2007年BSAA開始配合聯合國反恐部隊，在全世界打擊恐怖活動，尤其是使用生化兵器的恐怖組織。
2008年4月非洲一個小國發生政變。**者殺死了總統，解散了政府。
2008年4月20日聯合國宣布對該事件表示關注，並且宣布有可能進駐維和部隊。
2008年4月22日當地**者從黑市購買了生化武器。
2008年4月25日BSAA得到這一消息，克里斯從北美趕去處理此事，並與當地負責人席娃聯絡上。果不其然，當地發生了大規模的病毒感染。
《生化危機5》故事開始
2008年4月26日克里斯發現當地生化病毒感染事件的元凶是威斯克與三聯。而且吉兒也出現在了那里，並且成為了威斯克的幫凶。原來吉兒當初摔下懸崖重傷不治，威斯克利用宿主病毒控制了吉兒的心智。而威斯克決定要把餃尾蛇病毒擴散到全世界。
2008年4月27日克里斯救出了吉兒，與席娃一道離開了非洲。克里斯完成了他在十年前南極基地里的話，而威斯克與他的野心，也隨著噴發不息的火山熔漿當中漸漸消失而逝。