混沌初開，天地一分為二，陰陽珠在此時隨著那一陣巨大的能量波而遁世，並飛向北極之地，似乎在尋找著什麼，卻至今毫無進展。但過了幾億年之後，一顆巨大的行星遮住了太陽，而正因為陰陽珠的平衡力量，致使地球才沒有撞上去。但也因此導致陽珠力量劇減，陰珠力量劇增，很快處在北極的平衡力量就被打破了。雖然陰陽平衡是不會消失的，但地球以及地球上的一切生物卻承受不了這樣的滅頂之災，陰陽珠為了阻止事情的發生，制造了一個新的空間，將大部分生物連同自己大部分力量一起封印在內，慶幸的是，這顆行星不久之後就離開了。但故事並沒有因此而結束，一場更大的危機正在醞釀中，失去力量的靈珠能否化解這一切？它們在苦苦尋找的究竟是什麼？
新的世界被打開，熟悉的一切都變了，到底是不是一件好事？