黎元洪和段祺瑞的沖突終于在是否對德宣戰這件事上完全爆發出來。
最初一段時間，黎元洪還是相當能忍耐的，他做副總統那麼久，自然早已學會韜光養晦，遇事忍讓。而段祺瑞脾氣雖大，但好歹也是留過洋的人，多少有些遵行憲法的觀念，也不至于給黎太過難堪。
俗話說，閻王好見，小鬼難拿。有些事情反而是壞在了手下那些人手里。
段祺瑞早年留學德國，最少還能表面上表現出對黎總統的尊重，但他的手下就很難做到，比如段祺瑞最信任的「小扇子軍機」徐樹錚就是最難說話的一個。
徐樹錚很有才干，而且極得段祺瑞倚重，段祺瑞怠于政務，每天總要下棋、打牌，把時間消磨在這上面，公務基本上由徐幫忙處理。而且徐十分能干，總能將政務處理得井井有條，又對段忠心耿耿。時間一長，段就對其極為依賴，仿佛沒有小徐自己就不知怎麼處理公文。
但徐樹錚這人最大的毛病就是恃才傲物，飛揚跋扈，說話做事盛氣凌人，絲毫不留情面，甚至是老段的情面也不講。包括段的親信，見到其都繞著道走，敬而遠之。
反正小徐替老段把能得罪的人都得罪光了。
從用人識人這方面，老段跟袁世凱比差得太遠。老袁手下有一幫人替他做事，而老段只有一個小徐可用。
段祺瑞任國務總理，便讓徐樹錚任國務院秘書長。
段祺瑞做太上總理，讓黎元洪當橡皮圖章。
這里面的起因是民黨最早為限制袁世凱而匆匆制定的所謂《臨時約法》。由于當時約法對總統府與國務院之間的權限不甚了了，而老段和老黎在平日里也不太互通聲氣，因此在一些事務上難免出現誤會與沖突。按照約法規定，國務院所決定的重大事件，應當呈遞給總統府，由大總統蓋印發布。徐樹錚是國務院秘書長，因此經常要往返于國務院和總統府辦事，但這個小徐經常不給黎總統說明事件來由，只管催促總統趕快蓋印。要是黎元洪多問上幾句，小徐脾氣上來就敢當面頂撞。徐樹錚這種盛氣凌人的態度，若不是總統府秘書長張國淦從中斡旋調解的話，黎總統還真是有點吃不消。
有一次，徐樹錚拿著山西省三個廳長的任命書來請總統蓋印，黎元洪剛剛問了幾句這三人的從前來歷，小徐就不耐煩的說︰「大總統問這些干什麼？請趕快蓋印，我事情忙得很！」這下可真是把黎元洪氣得半死。等徐樹錚走了，黎元洪恨恨的跟手下人說︰「我本不想要做什麼總統的，可你們看看，這些人目無總統到了什麼地步！」
總統府秘書長張國淦兩頭受著夾板氣，自然日子好過不了，干了三個月，終于受不住辭職走人。黎元洪做了總統後，一大幫湖北老鄉都攀附到他的門下，總統府被人戲稱為「湖北會館」，這幫人可不願眼看著黎元洪手上無權，在這些人的鼓動下，總統府與國務院之間的矛盾更是迅速激化。
在張國淦辭職之後，代替他的是人稱「報界三杰」之一的參議員丁世嶧。丁秘書長可沒有張國淦那麼好說話，他的性格和小徐倒是有點像，一向是言辭犀利，做事干練，豈能容忍小徐那樣驕橫跋扈的作風？這不，他一就職，馬上就搞了一個「府院辦事手續」草案，名義上是為了劃分府院權限、規範辦事手續，但說白了，其實就是要為總統府爭得權力與地位……你國務院不能把總統府看成是一個蓋印的機器啊！
丁秘書長的提議得到了黎總統的支持，但引起了國務院那邊激烈的反對，他們認為這個草案就是「總統爭權」，是用總統制來替代內閣制，這如何使得？段祺瑞身為內閣總理，當然不能對這事坐視不理，他隨後便請假不出，以此來向黎元洪施加壓力。
黎總統其實也心虛得很，他也不想把事情搞大，因為老段不出來理事的話，他還真維持不了局面。于是黎元洪又找人出來斡旋調解，說他本人是尊重《臨時約法》和責任內閣制的，絕沒有要恢復總統制的想法；之所以搞出「府院辦事手續」的草案，主要是想協調府院之間的關系，避免誤解，減少矛盾。趁此機會，黎總統又向老段投訴徐樹錚等人在總統府囂張跋扈的種種做法，並希望老段能對這些人稍加約束。
既然黎元洪服了軟，老段也就坡下驢，銷假回來辦事。雙方經過一番調解和討論之後，都做了讓步和折中，老段還特別指示小徐，以後交給黎總統核閱的文件，一定要親自遞送，並且一定要注意收斂。于是，「府院辦事手續」的風波就暫時平息了下來。
一波剛平，一波又起，這次卻是來自國務院內部，內務總長孫洪伊與秘書長徐樹錚發生沖突。孫洪伊是清末著名的立憲黨人，在民國初年的組黨熱潮中大出風頭，他此時與黎總統及林副總統的關系打得火熱，自然免不了與老段、小徐發生矛盾。
小徐仗著老段的信任，在國務院一手遮天是人所皆知，偏偏遇到孫洪伊也是眼高手低的朋友，他的為人爭強好勝，而且政治能量也不小，用當時人的話來說，這兩位在一起，幾乎就是「日日在火並之中」。
老孫是直隸人，年紀比小徐大十歲，哪里看得慣小徐這個囂張勁。兩人的日常口角就不消說了，這里說幾次大的沖突。第一次沖突是徐樹錚擅自以國務院的名義發布調令、命廣東、福建、江西、湖南四省軍隊會剿護法軍李烈鈞部的事情引起。本來這事已經在國務會議上討論過，決議是去電調解，而小徐卻私自擬了一個討伐的命令拿給黎總統蓋印，結果被拒絕了。小徐一怒之下竟然擅自以國務院的名義將討伐之令發出，結果引起其他內閣成員的一片嘩然，孫洪伊當面指責小徐違法越權，而小徐也不甘示弱，兩人就此結下梁子。
緊接著，在8月下旬的時候，眾議院將湖南議員提出的一個議案轉給了國務院，其中對現任福建省長的胡瑞霖提出查辦要求，理由是其在任湖南財政廳長時有貪污等劣跡。胡瑞霖是皖系的人，徐樹錚接到議案後擅自以國務院的名義為胡瑞霖辯護，並將議案駁回。
孫洪伊得知後十分惱怒，他怒氣沖沖的找到老段說︰「對民政長官的處分問題屬于內務部的職權，我自己分管的事情，我竟然一點都不知道，這算哪門子王法？如果秘書長可以包辦一切，那我這個內務總長還做它作甚？」黎總統得知此事後，也召見並慰留孫洪伊說︰「就是啊，現在哪里是責任內閣制，簡直就是責任秘書長制嘛！」
被這麼一鬧，老段也覺得這事做得荒唐，隨即命小徐將咨文追回，徐樹錚表面上答應，實際上卻不了了之。由此，孫洪伊又和老段卯上了。
中國的事情，就是千萬不要輕視了小人物的作用，千里之堤潰于蟻穴，從古至今，有多少大人物是被小人物給拖下水並一蹶不振的！徐樹錚和孫洪伊兩人在前台斗法，兩位後台老板免不了在私下里抱怨，段祺瑞說︰「這孫總長也太不象話了！」黎元洪則說︰「徐秘書長未免欺人太甚！」
一個月後，孫洪伊為整頓內務部，裁減了部里的三十多名職員。由于這些被裁者大都和北洋系的頭頭腦腦有著這樣或那樣的關系，他們豈能善罷甘休，而徐樹錚也想利用他們來把孫洪伊給搞下去，于是便慫恿他們向平政院上訴。結果，平政院裁定撤銷內務部原令，被解職的那些人仍舊回去上班。
平政院是袁世凱時期設立的一個政治仲裁結構，孫洪伊不但不接受這樣的裁定，反認為平政院是一個非法機構，隨後他擬將此案提交國會審議。徐樹錚害怕國會接受孫洪伊的意見，于是決定先下手為強，他在經過老段的同意後擬定了一道執行平政院裁決的命令，準備交總統府批準。
徐樹錚的這道命令，不但內務總長孫洪伊拒絕副署，黎總統也拒絕蓋印，府、院之間反復爭執，釀成**。老段自上次就對孫洪伊十分不滿，于是暗地里給孫傳話，讓他辭職算了。但是，孫洪伊非但認為自己沒有錯，而且口氣十分強硬，拒不辭職。
老段這回真動怒了，他在十月中旬下了一道將孫洪伊免職的命令，讓小徐拿給黎總統蓋印。黎總統見後十分震驚，堅決不肯用印。徐樹錚為這事來回跑了四趟，黎總統連拒四次，絲毫不肯讓步。最後一次，徐樹錚威脅黎元洪說︰「總統不肯蓋印也無妨，以後我們不準孫洪伊參加國務會議！」黎總統大怒︰「你說的這是什麼話？！」徐樹錚冷笑道︰「什麼話？這是段總理的原話！」
過了幾天，很少到總統府的段總理突然氣呼呼的出現在黎總統的面前，他拿著將孫洪伊免職的命令交給黎元洪，說︰「總統要是不肯免孫洪伊的職，那就把我免職了吧！」
老段下了最後通牒，黎總統也只好退讓，不過他還想給雙方留點余地，也給自己爭回點面子，于是他建議︰「免職令還是不下的好，讓他自動辭職吧！我來給他做做工作！」
偏偏孫洪伊這位也是個死硬派，他死活不肯主動辭職，還大聲嚷嚷道︰「什麼官我都可以不做，只要維持我的人格！我不辭職，不出洋，不外調！」
黎總統也說服不了他，這下事情鬧僵了。一方面，要是不把孫洪伊趕出內閣的話，段總理的面子沒地方放，以後也就沒了威信；另一方面，孫總長堅持自己沒有錯，主動辭職就是失卻人格。雙方都不肯妥協，把黎總統夾在中間，左右為難，束手無策。
最後，黎元洪只好把北洋系的大佬徐世昌給請出來，希望他來調解這個糾紛。徐世昌是個老官僚，見多識廣，他一眼就看出了其中的問題所在。于是，徐世昌提出一個方案，那就是將孫洪伊和徐樹錚同時免職，原總統府的秘書長張國淦出任國務院的秘書長。張國淦與府院之間的關系都不錯，由他出任國務院秘書長的話，雙方的溝通就相對好很多了。
老段用人，從來就是「用人不疑、疑人不用」，他對部下的袒護是出了名的。對于徐世昌的提議，老段開始不同意，因為他並不希望徐樹錚被免職。直到後來國會要彈劾徐樹錚，老段才不情願的同意了這個方案，但又加了一條，那就是將總統府秘書長、號稱黎元洪「四大金剛」之一的丁世鐸也一並免職。
11月下旬，孫洪伊、徐樹錚、丁世鐸三人先後被免職。老段這次以一換二，而且徐樹錚仍舊是陸軍次長，勉強佔了上風。至于被免職的孫洪伊，他轉身又回到了國會，仍舊對老段不停的發難。