就在西邊鏖戰的同時，南面87、88師和20、58軍余部一起對雞鳴山山下最後一道陣地發起了進攻，87、88師以更精確的輕炮群掃蕩日軍陣地，但這一次日軍卻有雞鳴山上的強大火力支援，而雞鳴山後還有日軍僅剩的20余門重炮轟鳴，甚至從不在夜間出動的日機也在地面火光引導下出動對**縱深進行覆蓋式轟炸，但這都阻擋不了已經接近日軍的各部隊的進攻。以第6師團為主的一萬多日軍也都知道到了最後時刻，借助著居高臨下的雞鳴山還算堅固的野戰工事和充足的彈藥，和不斷擁上的三萬多**拼死一搏，日軍陣地被連續擊破，但都被稻葉四郎投入預備隊瘋狂的奪回，雙方反復爭奪，死傷者越來越多的堆積在雞鳴山下。
雞鳴山東邊，以第4軍為主的2萬多**呈梯隊狀反復沖擊著第116、38師團殘部和派遣軍直屬非戰斗官兵組成的單薄防線，但防線上有不少野炮和榴彈炮構成的直射火力點，雖然第4軍的中型和重型迫擊炮不斷命中日軍炮位，炸的日軍炮兵死傷一片，但大部分火炮都經受住炮彈爆炸的洗禮，而日軍炮兵顯然也沒有把大量炮彈囤積在大炮附近，導致大部分久經轟擊的大炮不斷被換上的炮兵重新操作發射，一顆顆重彈在第4軍的突擊隊伍中爆炸，隨著**步兵的沖擊和炮兵的轟擊，雙方傷亡數字也都在直線上升。
已近11時，從東面到西面雖都已壓到雞鳴山腳下，連同山北的地方，日軍總共只剩下不足3平方公里地盤，但雞鳴山依舊控制在第6師團手中，而玄武門至雞鳴寺一帶的城牆也因第22師團瘋狂的防守而遲遲無法攻克；反守城牆、用軟梯登城反使**無法準確打擊日軍後備力量，雖然城牆上不斷被炮彈掃過，但日軍還是不斷攀上城頭向下射擊、投彈。
「辭修報告日軍先後擊破37軍和86軍防守，長興和廣德失守，南集團在廣德附近投入18軍反擊、掩護主力撤退。」
「稔彥大軍先頭機械化部隊已進丹陽。」
「長江上日艦前鋒已至棲霞山。」
一路比一路接近南京的消息使參謀們開始慌亂，還是趙子立穩定軍心︰「慌什麼？長興離這里125公里，丹陽距離75公里，都早著呢！就是長江里這一路離這里還有20多公里水路，加上登陸時間，還要攻破我軍三道防線，我們有足夠時間解決這里的戰事。」
「我準備在這里待到13日天黑以後再離開，請諸位繼續工作。」我一邊吃我的宵夜，一邊下令︰「命令各部隊將傷員、非戰斗人員和輜重全部于天亮前撤離戰場，並各自處于將部分武器裝備也一同擦撤離。命令23軍迅速趕到指定位置，命令74軍盡快完成戰斗準備。」
13日1時20分，下關方向炮聲驟起，剛剛抵達的日軍重型巡洋艦戰隊開始用數十門203主炮轟擊金川門一線新4軍陣地、為地面部隊進攻實施火力準備，一時間下關方向地動山搖。
1時30分，當天第一個好消息傳來，第4軍首先擊破東邊的敵陣殺入雞鳴山後，攻克日軍最後的炮兵陣地，20余門150重榴彈炮及20多門野榴炮一起成為歐震的戰利品，負傷躲在那里的第38師團師團長藤井洋治在90師抓獲他之前拔槍自殺，成為此次會戰中死亡的第一個日軍中將。幾分鐘後，也許是知道南京城里的日軍已接近全軍覆沒，不等陸軍大部隊抵達，以海軍特別陸戰隊的精銳為核心，組織在一批水兵、海軍岸上雜兵和躲進下關海軍防御圈的陸軍官兵，在以指揮第41師團第41輜重聯隊殘部為由躲到下關的田盛武指揮下對新4軍陣地發起進攻，構築分散式火力點的新4軍第1、第7團沉穩迎擊，雖然1000多名特別陸戰隊精英極為努力，但配合他們的幾千雜兵實在不給力，加之只有海軍重炮對縱深轟擊而一線缺乏有效壓制手段，突進數百米後隨著特別陸戰隊官兵死傷過半，攻勢很快陷入停滯。差不多已經四面被圍的雞鳴山日軍還在堅持，但失去重炮支援後火力明顯不濟，在密如雨點的**各種迫擊炮彈轟擊下，擁擠在一起的日軍每分鐘都在付出三位數的傷亡，篠原誠一郎不知去向，土橋一次則躲進玄武門，只有已經負傷的稻葉四郎還在指揮，但大部分單位已失去聯系，各個方向都有**開始上山上沖擊，日軍只剩這最後幾百米。
為挽救這最後幾百米內的日軍，日陸軍的‘重型轟炸機‘和海軍的‘中型攻擊機’（其實這兩種飛機都是中型轟炸機）拼盡全力在南京市區投彈，但可惜已經失去有效方位指示，炸彈只能丟在縱深，對戰場幫助不大。然就在雙方在雞鳴山激戰的同時，借著夜幕幫忙，大批雜七雜八的小船被**官兵抬進玄武湖，其中有江南老百姓常用的小船、剛從日軍倉庫里搬來的折疊舟和橡皮筏、**剛從紫金山上砍竹子做成的竹筏，從已經成為廢墟的南京城里找來的門板，甚至還有幾條原五洲公園的小游船。東堤上的諸多橋梁已為日軍炸毀，其間還有少量裝備機槍、擲彈筒的日軍模仿**構築的分散式火力點，而五洲島上大部分日軍、包括逃來的西尾壽造和板垣征四郎，不是注視著南面雞鳴山上的激戰，就是關注著西堤方面的防御。而**則從西北和西南兩個方向偷偷接近。從東南面到菱洲也不過700米，馮聖法依仗著58師系浙江部隊善水這一特長搶到主攻位置正指揮部隊迅速前行，但此處離之不遠的雞鳴山方向已是火光沖天，突擊隊伍前進不過一半就被日軍察覺，頓時槍炮齊鳴，**部署在岸邊的炮火和日軍部署在島上的槍炮一起射擊，**將士不斷倒進湖中，毫無遮掩的湖面上頓時泛起一團團暗紅，但其余官兵依舊拼力劃槳，而**密集的炮彈落在250米乘250米的狹小菱洲上，不斷升騰起一團團火焰。雙方都是避無可避，要生存唯有拼死一戰，都不在作基本無效的隱蔽動作而直接挺起身體劃船和射擊，加之越來越接近的距離，使雙方的傷亡更上一層。
這時候148師從西北面偷渡已過一半了，而從西北面湖濱到翠洲總共不過500米的距離，這時候光觀注南邊的日軍才發覺不妙開始射擊，雙方很快也都是死傷一片。
「看來我們要在此為國盡忠了。」躲在喇嘛廟掩蔽部里的西尾壽造又嘆了口氣。
「恐怕是的，華軍提前發覺我軍最後支撐點並乘夜色發起進攻使我軍預定計劃失敗。現在還不到2點，縱使我軍暫時打退華軍進攻也很難堅持4個多小時到天亮。」剛從西堤趕回的板垣征四郎也嘆著氣說。
「那就別忙了，坐下喝杯茶吧！」
「是！」
「看來還是板垣君的設想對啊！我軍若撤往下關，至少還能保住一半部隊；都怪我為陸軍的所謂榮譽想的太多。」
這個題目是談不下去的，板垣征四郎轉移話題︰「司令官閣下，下官以為我們這場對華戰爭要麼總動員徹底吞下中國，要麼就該收場了，否則帶給我們的只有失敗。」
「是啊，眼見歐戰將起，東南亞富裕而廣闊的歐洲殖民地唾手可得，何必為一點面子和華軍爭這尺寸之地？」……
就在西尾和板垣放棄指揮、暢談未來的同時，日軍的據點一一陷落。
2點10分，在付出死傷上千之後，148師首先沖上翠洲，總共才200米乘200米的小島，被數千發炮彈掃蕩過之後還能剩下多少？只有積水的單兵防炮洞里還鑽出一些鬼子作最後的抵抗，很快就被十數倍優勢的**淹沒，但沖擊梁洲的行動因兩島之間狹窄的堤道難以發揮數量優勢而失敗。不久之後，58師付出更大的傷亡代價也沖上已被炸成廢墟的菱洲，殘余日軍還在抵抗中74軍就提前向環洲發起了沖鋒，日軍措不及防，連引爆**都沒來得及就被攻佔了菱洲和環洲之間那座小小的但極為關鍵的小橋；隨後51師陸續登島，沿著環洲穩步推進。
2點40分，宋希濂終于率領遠比史上此時強悍的71軍從南面和西面沖上雞鳴山，稻葉四郎率領第6師團警衛中隊及一些參謀在北極閣進行最後的抵抗；仗著險要的地形，連續打退幾次沖擊後，沈發藻將破甲拳搬上山，對準北極閣連發穿甲彈和高爆彈，隨後數百將士一擁而上，最終在10多分鐘後以宋希濂在電話里大叫︰「我剛剛炸了總長你大哥家，炸死了稻葉」而收場，引來作戰室一陣大笑。