當太陽照射入房間時，千鈞心滿意足的從床上起來，有了女人的感覺還真是不一樣啊。他驚奇的發現體內的生命源泉充滿了生命原力，他終于知道了生命源泉除了通過從9種自然力量那里轉換外，可以從相愛的人那里得到補充，他有點好笑的感覺。自己這些年來費了多少自然力量，居然在昨晚一夜之間就得到了同等的生命原力。
而且，他察覺那9顆各系力量晶石突然間把體內的生命原力一下子吸光了，于是9顆晶石恢復強大的感應和儲備能力，那顆代表地球和生命的藍色晶石也光芒四射，現在通過藍色晶石能夠感應到其他的力量晶石，這個還真夠邪門的。千鈞卻坐在床上喘氣，真是夠嗆啊，現在生命源泉幾乎枯竭，自己可不想再通過其他9種自然力量進行轉換，太不劃算了，恩，今天晚上可以找綾花來慢慢恢復，這個速度可快多了。千鈞拿起那顆靛青色的風之晶石，就把它送給綾花吧，她一定很開心的。
千鈞奇怪綾花怎麼今天沒喊自己起床吃飯，這才發現綾花突然不見了，只看到餐桌上留下的一封淚水印濕的信。他感覺綾花可能有事情了，打開信，果然寫滿了離情別緒，最後面寫著，「與君四年相知，蒙君憐惜，恩愛如蜜，今日相別，只恐相見無期，望君珍重。紅顏摯愛吉野綾花別筆，xxx。」手中的信飄落在地，千鈞呆呆發愣，多情自古傷離別，這種事情自己怎麼會踫到。
發了一會呆，千鈞逐漸恢復過來，強行壓下心里的悲傷，自己得想辦法把她找回來，繼而搖了搖頭，瞧信里的意思，她好像要去做一件重要的事情，恐怕事情結束前就算把她帶回來她也不會開心。千鈞感嘆，天要下雨娘要嫁人，讓她去吧。如果有緣，還會再見面的。當他看到綾花留給自己的早飯，還有好多地方都貼滿了溫馨的紙條，提醒自己各種事項，心里的悲傷再也忍耐不住，眼淚不爭氣的往下掉。
吉野綾花平時就像個好妻子好姐姐一樣，把所有的事情都不聲不響地替自己做好了，現在她突然走了，千鈞的心里空落落的。千鈞惱怒，可惡，我可是好久沒有掉過眼淚，這個死丫頭，下次見到一定要她好看。
正當千鈞化悲憤為食欲努力與早餐較勁時，卻意外接到阿笠博士的電話，讓他趕快過去一趟，出了大事情。當千鈞看到眼前這個縮小版的新一時，大驚失色，「博士，這個是新一的弟弟嗎？我k，工藤大叔與有希子姐姐造人的速度是不是太快了點？不會是雙胞胎還有一個吧？」千鈞沒有一眼認出是柯南來，是因為他印象中的柯南一直戴著個大眼鏡。博士差點暈倒，新一也是一臉黑線。原來新一因喝下尚未研制成功的神秘毒藥，身體神奇般的變小了，甩開了到處尋找受傷孩子的兩個巡警，在天亮時逃回自己家，然而卻不夠高打不開大門。
這時剛好听見一聲爆炸，博士再次從倒塌的牆下爬來出來，實驗又失敗了。阿笠博士起初認為他是新一家的親戚，還好心指路。新一只好說出自己的身份，他現在需要別人的幫助，為了讓博士相信，新一說出博士的秘密。博士今年五十二歲了，新一說他雖然自稱是天才，其實制造的東西多是破銅爛鐵，唯一的成績是花了十年時間才研究出了最新的手機。
博士有黑痣，長毛，博士十分生氣，懷疑工藤新一把自己的事情到處亂傳。新一解釋說自己是因為喝了毒藥變小，博士根本不相信有這種藥物，認為他是個奇怪的小鬼頭，胡說自己是新一。因此博士要拉他見警察，新一只好用推理證明了身份。
千鈞听完介紹大吃一驚，暈啊，昨天新一是踫到黑暗組織的琴酒和伏特加了，小蘭也沒有向自己提起雲霄飛車事件。偏偏自己昨晚忙著推倒綾花，不然的話把他們兩個干掉，以後就不用擔心同時與兩個龐大組織作戰了，這兩線作戰是兵家之大忌。在幫著新一穿上小時候的衣服後，千鈞生氣埋怨，「可惡，新一，你逞什麼能啊？發現事情不對你為什麼不趕快通知我就單獨行動？你看看現在弄成這個樣子，跟蹤偷窺不是你的特長。要是我在早把他們都抓起來了，真是的。」新一也是悔得腸子都青了，果然是術業有專攻，可是現在只能想辦法變回去才是正理。
新一要求阿笠博士趕快給自己制造解藥。博士苦笑，不知道藥的成分，沒法弄啊。博士提醒他保密，否則會引來不可預料的殺機。千鈞皺著眉頭，「新一，這個組織能發明出這麼厲害的藥物，絕不簡單。你說的那兩個家伙肯定也是了不起的高手，才能那麼快就發現你。現在倒是有一個人能幫助我們，他是專門對付這種奇怪的組織的，前提是你不怕他把你解剖分析就行。」新一滿臉冷汗，「切，我早想過了，不行啊，我可不想被山本一夫那個屠夫拿去做實驗，那家伙出了名的沒人性。」倒是博士第一次听說山本一夫的名字，千鈞向他解釋了秘密調查局的事情。千鈞提出讓博士給他與新一弄個小型的通訊器便于聯絡，手機的話，現在小孩子用太顯眼了。
趁著博士忙著去找通訊器材，千鈞急忙低身問︰「新一，你昨天把小蘭給推倒了嗎？」新一一臉郁悶，「沒有，根本就沒來得及啊。」千鈞一臉幸災樂禍，「讓你早點動手，你就是不听。現在弄得雞飛蛋打……」新一也是黑著臉，「你還說，你是不是我搭檔？可惡，趕緊給我想辦法，我這個樣子怎麼去見小蘭和麻美啊？」千鈞撓了撓頭，「新一，這個我可真沒辦法了，你知道我對藥理學一竅不通啊。不過，這個組織研究這種藥品是不是想找到長生不老的辦法？」
新一也吃了一驚，「有這種可能，可現在資料太少怎麼辦？孫子兵法里面還說知己知彼百戰不殆呢。」千鈞說道︰「新一，你首先得有個新的身份吧，否則他們發現你沒死肯定會找上門了，有千日做賊的哪有千日防賊的啊。」新一低頭陷入沉思。博士興沖沖的過來，拿來了一個徽章和一個腕表，徽章交給新一，腕表交給千鈞，並解釋了使用方法。千鈞忍不住贊嘆博士可真行，博士笑，「呵呵，這個實際上是我研究手機時不成功的兩個實驗品，兩個器材只能彼此相互聯系，其實沒太大用。」
早上，小蘭一晚上沒睡好，天亮打電話到新一家，沒人接听。而毛利大叔在家里又制造了一堆垃圾，小蘭很是生氣，說媽媽就是這樣被氣跑的。小五郎惱怒，「我也有選擇工作的權力，當偵探的沒有一個好東西，以後你少跟那個裝腔作勢的新一來往。」小蘭苦笑，「爸爸，你自己不也是偵探嗎？」小蘭擔心新一，而工藤夫婦3年前就都去了美國，決定立即出去找，大叔郁悶大叫我的早餐呢？
小蘭一路疾跑趕到工藤宅，發現門開了，心里大喜，以為新一已經回來了，就大喊著進去。阿笠博士和千鈞都嚇了一跳，急忙讓新一先躲起來，小蘭進來後見到博士和千鈞，奇怪新一怎麼不在，千鈞開始扯謊，「小蘭，新一突然接到一件超大的案子，不得不連夜到外面辦案去了，一時間沒辦法回來，托了我和博士照看一下家里，順便告訴你一聲。」
小蘭听了臉上都是失望和惱怒，開始埋怨起新一來，而新一在里面听見忍不住月復誹，結果弄出動靜，被小蘭發現。他情急之下帶上了父親的平板大眼鏡，小蘭過來，一見大喜，覺得這孩子好可愛，一把就摟在懷里。新一的臉蛋緊貼著小蘭的柔胸，小手還不老實的模起來，幸福得臉都紅了，腦子里自然是想入非非。
博士急忙解釋這孩子的親人在意外事故中受了傷而拜托自己看顧的，小蘭熱情的抱著新一，松開後問他的名字，新一說，「我是新，啊，不不……江戶川……柯南……」他恰好看到了書架上《江戶川亂步》全集，而他爸爸又是柯南道爾的書迷，于是靈感一動，就以江戶川柯南之名來掩飾身份。千鈞苦笑原來柯南這個名字是這麼誕生的啊。
江戶川亂步是日本著名推理作家、評論家。被譽為「日本偵探推理小說之父」，本名平井太郎，是日本推理「本格派」的創始人。他的小說有豐富的想象力，風格怪異，情節曲折離奇。江戶川亂步偵探小說獎，獎品是一尊夏洛克•福爾摩斯座像。
阿瑟•柯南•道爾，中文完整譯音是柯南德伊魯（名偵探柯南動畫版就是如此翻譯），是世界著名小說家，堪稱偵探懸疑小說的鼻祖。因成功的塑造了偵探人物夏洛克•福爾摩斯而成為偵探小說歷史上最重要的小說家之一。「真實如鋼，耿直如劍」是柯南道爾爵士的墓志銘。他的另一部著名的小說——《失落的世界》更是一部跨時代的作品，開創了探索史前生物之謎的先河，現在看到電影《侏羅紀公園》這些作品的最早源頭都來自于柯南道爾的這部小說。
小蘭覺得柯南這個名字好奇怪，一般的日本人很少用這種名字的。阿笠博士靈機一動，就提出想把柯南寄放到小蘭那里，理由是他是單身漢不方便（小蘭誤解柯南為博士的親戚）。柯南大驚失色，博士只好告訴他借助毛利偵探作為掩護可以來查找黑衣組織的下落。小蘭說回去跟父親說一下，笑著拉著柯南離開了。
回去的路上，小蘭牽著柯南的手承認了自己很喜歡新一，又責怪新一不解風情，不過在緊急的時候很可靠很勇敢。小蘭問柯南有沒有喜歡的女孩，柯南只好紅著臉說沒有。當柯南在毛利偵探事務所門口看著珠淚連連的小蘭，忍不住即將說出自己的真實身份時，毛利小五郎從樓上以夸張的姿態滾下來，打斷了柯南，「事件在呼喚我名偵探毛利小五郎。」
柯南嘲笑，「不是名偵探，是迷偵探吧。」原來毛利偵探接到了多年來第一件刑事案件委托，谷社長的千金被綁架了，沖上出租車的小五郎發現女兒帶著個孩子，大怒，想讓他們下去，小蘭生氣說，「現在已經上了高速公路了，怎麼下去啊？」小五郎不贊成收養柯南，理由是沒人付寄養費，柯南黑著臉吐槽。
等趕到彌生鎮谷宅，小五郎和柯南弄清楚了事情的起因。被綁架的孩子是十歲的小女孩谷晶子，管家麻生先生說他曾親眼看到黑衣犯人，犯人綁架正在院子里玩耍的谷晶子，交換條件是公司關閉一個月，不許報警，然後爬上松樹逃走了。柯南和小五郎又詢問女僕甲乙，她們都說沒有看到綁匪。柯南顛著足球陷入沉思，卻令小蘭想到了新一思考的習慣。
柯南明白了事情的真相，開始在現場搗亂以此提醒毛利叔叔，卻被小五郎打了滿頭包。因為沒有人听到家里的狗叫聲，經過提示的小五郎也斷定犯人就是麻生先生，麻生先生也承認了。就在此時犯人又打來電話想要3億贖金，這次谷晶子真的被綁架了。谷晶子在電話里說她被關在能看見煙囪的學校倉庫。柯南依靠天生的狗緣，騎上谷先生家的大狗巨無霸，開始了艱難的搜尋。
這時候，千鈞和博士忙著分頭到相關部門給柯南制造新的檔案，還好小孩子的檔案管理也比較松懈。千鈞通過腕表接到柯南請求幫助的信息，立即驅車趕過去。千鈞抱怨有煙囪的學校太多了，讓柯南提供點更有用的信息。柯南也是疑惑，自己和千鈞分頭找了不少學校，都沒有線索。忽然間他明白過來，那個谷晶子只是個孩子，她說的煙囪其實是大樓的側面，因為很高有看不到亮光，誤以為是煙囪。
柯南率先找到地點二橋中學，綁匪正打算殺人滅口。「柯南，我是個偵探」，擺譜後因為身體變小，壞人凶惡，差點送命。還好那條大狗沖上去擋了一陣，才沒有釀成悲劇。這時候千鈞率先殺到，從車中拿出七夕劍，劍未出鞘，只輕輕一擊就打倒了窮凶極惡的綁匪。這時候小蘭和小五郎也先後趕到，毛利大叔還在歹徒身上踩上幾腳，聲明是名偵探小五郎所擒。
事後谷晶子說出最先想出綁架的其實是她自己，谷社長因為工作很忙，所以不能經常陪女兒晶子，于是她就串通管家麻生策劃了一次偽裝的綁架事件。誰知道最後真出現了綁匪，弄假成真了。最後谷先生答應陪女兒去歐洲旅行一個禮拜。谷晶子又機警又可愛，先過來感謝千鈞，「怪叔叔，謝謝你打倒了那個壞蛋。」
千鈞又揍人的沖動，「喂喂，我只比你大七歲，看上去有那麼老嗎？」柯南忍不住捂著肚子哈哈大笑，小蘭也忍俊不已。谷晶子也莞爾，「呵呵，對不起了怪哥哥。」千鈞這下無語了，為什麼非要帶那個怪字？谷晶子轉而對柯南說︰「謝謝你，偵探先生。」柯南一看小蘭有疑惑，趕緊說指的是毛利叔叔，毛利偵探聞言，大笑不止，丑態畢露，還說放狗尋找是自己多年的豐富經驗，柯南暗道那是我想出來的辦法。
谷社長說隨後就會把委托費付給毛利偵探，而這時目暮警官接到報案，帶人把那個可憐而又沒有名字的綁匪逮捕，後來這個綁匪因綁架罪被法庭判處2年徒刑。目暮警官臉色不善的看著毛利小五郎，大吼︰「毛利，為什麼發生綁架案你不馬上報警通知我？你是不是信不過我們警方？……」
小五郎滿頭大汗，一個勁地鞠躬道歉，請求目暮警官原諒。由于小五郎此次抓獲了綁匪救出女孩，目暮警官還是讓警視廳給以了c級獎勵，本來應該是b級的。綁匪因綁架勒索意圖殺人滅口被法庭判處6年徒刑。毛利小五郎起初對家里多出個人有所不滿，由于順利的偵破了他半年來的第一個刑事案件，他大喜過望，認為是柯南帶來的好運福神降臨，拍著柯南的頭說做兒子都行，一口答應柯南住下來，柯南頭上滿是黑線。
回到千鈞宅，千鈞覺得自己腦子里面亂糟糟的，今天發生了太多的事情，先是吉野綾花不告而別，接著又是柯南突然從遠方走來，後面又是綁架案，最讓他郁悶的是今天再次被人呼為怪叔叔。家里的黑閃突然跑過來，沖著自己哀叫，千鈞想起來經過這一天的折騰，黑閃的午飯都還沒吃過。綾花不在，自己和黑閃成了難兄難弟，總不能效仿阿笠博士天天到外面餐廳吃飯吧。
門口這時候傳來汽車喇叭的聲音，原來是由美回來了，千鈞終于松了口氣。由美像往常一樣笑盈盈的把車停好後下來往屋里面走，千鈞過來緊緊把她抱在懷里，感受著她身上的體香和柔軟。由美讓他溫存了一會兒，使勁把他推開，「千鈞，你好了沒有啊，真是的，又亂模我。」當由美听到綾花已經留書里去後，也是十分難過，鼻子酸酸的，她們四年相處早已是情同姐妹。