某個周五，小雅、靜楊、直子從棒球社打完棒球後，換好衣服出來，卻沒有等到千鈞過來，靜楊抱怨，「千鈞這家伙肯定去足球隊踢球了，每次踢球都特別花費時間。」小雅笑著說︰「不如我們一起看看吧，我好久沒見到他們踢球了。」直子也沒什麼異議，「也好，催促他快點，我還等著他送我們回家呢，花井姐姐今天晚上特意做了一桌子菜等我呢。」三人就挎著手一起到了足球場地。
千鈞、飛霄、普立、立彬、文良、會澤、中道這些家伙全都在這里，大聲地呼喊，球場上不斷飛馳著，終于哨聲吹響，練習賽結束了，大家都累得夠嗆。文良等人也都看到了附近觀看的諸女，當然雲靈也來了。普立過來低聲對千鈞說︰「喂，千鈞，听說最近有外面學校的高中生在追小雅，你要當心哦。」千鈞一愣，「不會吧，我們幾乎天天在一起，我怎麼不知道？」立彬好笑，「我們也是听你們班的園子說的，听說是個帥哥呢。」
飛霄也微笑，「據說那人也是個棒球選手，一次來我們學校觀看棒球比賽，就被小雅的英姿吸引住了。」千鈞心里難免有些吃味，會澤、中道也都過來證實了小雅已經收到情書了。文良與雲靈打過招呼後，笑著打趣，「千鈞，你要把小雅看好了，別讓外校的人把咱們帝丹高中的美女給翹走了。」千鈞搖了搖頭，心說小雅早就是我的人，哪里那麼容易移情別戀。
大家在更衣室換好衣服後，向外走去。剛好看見一個帥氣的男生拿著一把鮮花走過來，向靜楊躬身，「靜雅同學，自從上次在棒球場見到你英姿颯爽的倩影，我就對你一見鐘情，請你給我個機會吧，讓我們交往吧。」千鈞在稍遠一點地方看得目瞪口呆，這個太直接了吧。靜楊頭上都是黑線，「啊，你確定要追求我嗎？」帥哥一看有門，「是啊是啊，靜雅同學，我是真心的，今天我打算請你吃飯，我們先認識一下好嗎？當然如果不介意，你的姐姐和武居直子同學也可以一起過去的。」小雅在旁邊捂住嘴笑起來，直子也莞爾，原來他就是給小雅寫肉麻情書的家伙。
在眾人驚訝中，「砰」的一拳，帥哥華麗的倒在地上，靜楊收回拳頭，「真是的，還說真心追我妹妹，連人都沒有認清楚，這算什麼嘛。」千鈞他們也都走過來了，旁邊的雲靈也大為驚奇，「靜楊？你和小雅的位置對調了啊，怪不得那家伙弄錯了呢，連我們都混淆了啊。」千鈞過來與三女分別擁抱，隨後才弄清楚。
平時三女出入時候，通常是靜楊在中間，直子和小雅在兩邊，今天訓練完後三人都感到口渴，靜楊就跑去買飲料，小雅就變成挨著直子站立，靜楊將飲料交給她們兩個後，就站在小雅邊上，而姐妹兩個總穿一樣衣服，如果不開口說話，就是熟人也會弄混。帥哥從地上艱難爬起來，羞慚滿面，居然第一次向人表白就弄錯對象，在大家戲謔的目光下狼狽逃離帝丹高中，隨後引起一片哄笑。
當日，帝丹小學，柯南也在抱怨自己這日子什麼時候是個頭啊，「我的名字叫江戶川柯南，原本是高中生新一，被灌下毒藥後身體縮小了，身體變小了頭腦還是一樣，是個無所不能的名偵探。」剛好，步美也在旁邊一陣嘆氣，「我覺得最近真是閑啊。」元太也像受到了感染一樣也打個哈欠，「是啊，最近都沒有客戶上門，虧我們還發了那麼多傳單。」
「這樣下去，我們少年偵探團也就沒有辦法行動了。」坐在元太對面的光彥輕輕敲著著桌子。在一旁顛球的柯南嘲笑他們幾個，「那是當然的嘍，這麼簡單的有客戶的話，偵探就不用這麼辛苦了。」結果柯南遭到了團長元太的強力鎮壓，批評柯南作為偵探團一員沒有集體觀念。從a班過來的文乃擺弄著手里的少年偵探團徽章一臉失落，「我還特地請阿笠博士幫我也做了徽章，不過這個徽章真的好帥啊。」
這時門口進來了一個小孩子，「你們是少年偵探團嗎？我有點事情想要拜托你們。」元太三人組興沖沖的跑到了那個小孩的面前，文乃從後面走過來，「你是c班的浩樹吧，找我們什麼事？殺人事件嗎？」步美把頭伸了過來，「不是殺人，那是欺詐嗎？」浩樹張著嘴看著文乃和步美，搖了搖頭。元太揮舞拳頭大聲說︰「明白了，是有人勒索打劫嗎？」再次被否定後，光彥捏著下巴一臉肯定的說道，「那一定是調查父母的外遇。」
「天啊，這樣的事件會有人找孩子解決嗎？」坐在一旁的柯南汗，這都什麼亂七八糟的。浩樹終于把張開的嘴閉上了，然後開口說道，「是我家的阿基拉昨天晚上突然不見了。」元太、步美和文乃同時驚叫起來，「咦，竟然是失蹤事件？」沒等浩樹繼續說下去，根據上次文乃被綁架的經驗，光彥就自顧自的分析起來，「這應該是一起綁架事件，那個孩子長的什麼樣？」
浩樹拿出了一張照片遞給了他們，「什麼嘛，」偵探團全是一臉失望，「竟然是一只貓。」元太擺手，「我們才不會接受這種小案件的，你可以走了。」步美嘀咕道，「我們可沒時間幫你找一只貓的。」文乃也贊成，「沒錯，我們可是很忙的，你回家等等吧，也許那只貓會自己回去的。」光彥點了點頭，「真是的，把我們偵探團當什麼了。」大家就要轉身離開，浩樹從兜里拿出了幾張卡片，「真是遺憾啊，我本來想如果你們幫我找到的話，報酬就是給你們假面超人的卡片！」說著晃了晃手里的卡片，「你們看，這就是我收集的假面超人的黃金卡片。」
已經轉身的幾個孩子在听到假面超人這四個字之後回頭一看浩樹手里的卡片，頓時尖叫起來，「這是相當稀有的假面超人的卡片，是超級黃金卡片！」元太看著浩樹手里的卡片大聲叫道。光彥急忙抓住了浩樹的手，拼命點頭說道，「這個案子我們接了。」
「 」正在顛球的柯南被自己的足球砸到了腦袋上，嘴角抽搐了幾下，「喂喂，你們這是什麼跟什麼啊。」柯南一臉郁悶的嘀咕道，「我堂堂平成年代的福爾摩斯竟然陪著一群小孩子去找貓，而且報酬竟然是那個什麼卡片。」步美听到柯南小聲的自言自語就問道，「柯南，你在說什麼啊？」
柯南急忙掩飾，「我在說，要什麼時候才能找到那只貓啊，喂，你家的貓有沒有什麼特點啊？」浩樹想了一下，「阿基拉和其他的貓不一樣的地方是它的叫聲很特別。」柯南這次真的被徹底打敗了。隨後大家開始尋找傳說中的阿基拉，一路上偵探團還幾次翻牆上樹，各式各樣的貓是找到不少，可浩樹都說不是。柯南回憶起當年和千鈞一起找狗的事情，忍不住露出笑意。
漸漸的天色晚了，大家都有些失望打算放棄了。「喵嗚嗚嗚」情急之下浩樹學起了自己家貓的叫聲，然後眾人听到了一聲類似的叫聲，浩樹舉起手指說道，「就是這個聲音，阿基拉。」柯南四處看了一下，「剛才的那個聲音是從那里傳過來的，那棟房子那里！」于是帶著眾人跟隨聲音的方向跑到了那棟別墅門口。浩樹沖著別墅門口對著里面喊道，「阿基拉！」別墅的一個窗戶里真的探出了一只貓的腦袋，「沒錯，那就是阿基拉！」浩樹一臉開心的說道。
當它全身都出來的時候，眾人都嚇了一跳，那只貓叫了一聲跑到了浩樹的身前，柯南抱起那只貓，仔細的看了看，「貓沒受傷，這個血有些奇怪啊。」隨後柯南讓其他人都先回去，自己卻偷偷從大門上跳了過去，將一個垃圾桶墊在了那個窗戶的地下，向里面望去，一個渾身是血的人趴在浴缸旁邊，頭浸在水里。不滿柯南總是單獨行動的元太他們跟著柯南一起進來，看到這個場景嚇得尖叫著跑掉了，柯南也跟著跑到了門口的電話亭，匆忙打電話告訴了目暮警官。听到這個消息是柯南說的之後，深信不疑的目暮警官立即帶著人按照柯南說的地址開車沖了過去。
目暮警官過來後，「柯南，剛才是你打電話報警的嗎？真的發現了尸體？」坐在電話亭上面的柯南帥氣的點了點頭，「絕對不會錯的，目暮警官，而且我們發現尸體之後，就沒有任何人從那棟房子的正門里出來，而且那個房子的後面，是個水渠。我一直在這里盯著。如果里面的人想要從後面運走尸體，動靜一定會非常的大的，所以，尸體肯定還在那里面。」
目暮警官點了點頭，「總之先去搜查一下他的房子再說！」隨即帶著這群小孩子來到了那棟房子的門口。「叮咚」一個穿著浴袍的中年人打開了門，看著門口的眾人，「干什麼？吵死了。」目暮警官將自己的警官證拿了出來，「這群孩子說在你的屋子里發現了一具尸體。」那個中年人驚訝的說道，「尸體？別開玩笑了。」柯南瞪著那個中年人，「不會錯的，我們很清楚的看到了，就在那個浴室里面。」「沒錯，我們全看到了，流了好多血啊。」孩子們一起跳出來。
「這怎麼可能，浴室的話，剛才我一直在用，走廊盡頭的就是浴室了。」那個中年人解釋道。「那麼請讓我們過去看一看吧！」說著目暮警官推開了中年人奔著浴室走了過去，柯南他們也跟著走了過去。結果打開門一看，發現里面是空的。柯南一臉詫異，「尸體，尸體不見了……」偵探團上下也大驚，「怎麼會呢？剛才明明看到的。」
「吶，目暮警官，你們來到這里花了十五分鐘，要清洗這個浴室的話，最多要十分鐘就可以了。所以他肯定把尸體藏了起來。」柯南拽著目暮的手說道。目暮在听到了柯南的推論之後點了點頭，「沒錯，藏起來一具尸體頂多十分鐘就夠了。」那個男人一臉怒氣的吼道，「那麼就請你們找吧，隨便找，找到高興為止，明明就是一些小鬼的惡作劇，現在的警察還真是清閑啊！我很累，回二樓睡覺去了。」目暮點了點頭說道，「那麼我們就開始搜查了。」「隨便，我弟弟就快回來了，等他回來你有什麼問題就問他好了。不過你們警察竟然把小鬼的惡作劇當真，還真是閑啊。」
于是警察就開始翻找了起來。「天花板，櫥櫃，都給我仔細的找，尸體肯定還在這個房間里面，不要放棄任何一個角落！」「是！目暮警官！」檢查了一陣子之後，一個男人走了進來，跟著進來的還有一個警察，「報告，目暮警官，他的弟弟回來了!」看著自己的房間被警察搜的亂七八糟的，那個拿著手機的男人趕忙走到了目暮的旁邊，「那個警官，這里發生了什麼事情？」目暮指著柯南，「這個小孩說在你們家發現了尸體。」「尸體？這怎麼可能？」「啪啦！」正在搜查房間的元太不小心將一個花瓶打碎了，目暮趕忙走了過去，「喂喂，你怎麼這麼不小心啊？」那弟弟急忙說道，「沒關系的警官，這個東西不值錢的。」
「你們很吵，可不可以安靜一點！」從二樓傳來了一陣咆哮。那個男人走到了樓梯口向上看了看，「我哥哥現在在二樓嗎？」目暮點了點頭，「是的，他剛才說去二樓休息，看來相當生氣的樣子啊。冒昧的問一下，你哥哥是從事什麼工作的？」「哦，我哥哥是一個作家，所以一般在家寫作時間比較多，這是我的名片。」「田中知史？你在證券公司上班嗎？那麼說這個家里就只有你們兄弟二人了？」「是的，警官，我哥哥叫做田中和由。」
檢查了一陣子之後，目暮看了看手中的筆記，「房檐，床鋪下面都檢查過了，現在只剩下你哥哥的房間還沒有找，所以請配合一下。」「好，那麼跟我來吧，我哥哥在那個房間，」說著田中知史就將眾人引到了他哥哥所在的房間，「哥哥，我帶警察進來了啊。」開門一看，田中和由正坐在凳子上看電視，身上蓋著浴袍，于是田中知史走到哥哥身旁，看了一下，對著目暮說道，「哥哥已經睡著了，請你們小聲一點。」
目暮點了點頭，就開始檢查起了田中和由的房間，然而讓目暮警官大為失望的是田中和由的房間同樣沒有找到任何線索，目暮警官讓隨行的警察甲乙爬到屋外的大樹上進行查找依然是一無所獲。田中知史露出囂張的笑聲，目暮警官也是大為生氣，又讓那兩位警察到房後的水渠附近進行了尋找，結果依然失敗。目暮警官不得不認為偵探團謊報軍情或者是惡作劇，把柯南等人教訓一頓後收隊離去，偵探團灰頭土臉從里面出來，還被田中知史大聲譏笑。
元太惱怒，「可惡，柯南你快想辦法，我們偵探團不能就這麼認輸的，這樣下去就名譽掃地了。」文乃也奇怪，「是啊，我們大家都看到了尸體啊，為什麼就是找不到呢？」光彥也努力思索，「會不會被外星人帶走了？」步美好笑，「真是的，光彥，那家伙又不是鼴鼠星人，能把尸體藏到洞里。」柯南也有些頭疼，猛然想起千鈞說的一句話，專業的事情就要找專業人員來解決，于是拿起徽章呼叫千鈞。
千鈞接到柯南的呼叫，就知道這家伙肯定又惹出事情了，立即開車趕過來，這時他已經把新莊姐妹、直子她們各自送回家了。「什麼？你們說尸體不見了？」千鈞問明白情況，「那個貓身上的血讓鑒識人員檢驗了嗎？沒有啊，那田中知史兄弟的詳細情況調查了嗎？也沒有，我的天啊，這個還真草率啊。」柯南听他這麼一說，也覺得有些疏忽了，尤其是貓身上的血，是人血還是動物的血還是很容易檢驗出來的。千鈞無奈，現在目暮警官已經收隊走了，自己只好繼續一下老本行了。
千鈞在偵探團驚訝的眼光下帶著柯南輕易翻過圍牆潛入田中宅，在柯南指引下來到了田中和由的房間，柯南奇怪這家伙怎麼老半天還在睡覺呢。千鈞卻明顯感覺到田中和由身上已經沒有了生命磁場的正常波動，波動已經趨近停止狀態，可能已經死了很長時間了。千鈞的生命磁場感應，能在人死亡開始就能夠發現生命磁場會逐漸減弱，隨著尸體體溫下降到最低點時磁場就會完全消失。千鈞就告訴柯南這個人好像已經死了，柯南也大驚，急忙過去查看，果然已經死掉了，那麼剛才警方調查時又是怎麼回事？千鈞也想起今天在學校發生的事情，「柯南，你說田中兄弟會不會也是雙胞胎，把你和目暮警官騙了過去？」柯南眼楮一亮，終于明白了問題出在哪里。
這時候田中知史發現屋子里有聲音，拿著棍子過來查看。柯南冷笑著開始進行自己的推理，「你把哥哥的尸體洗干淨後讓尸體穿著浴袍坐在二樓的椅子上，你很大膽，改裝成被殺死的哥哥，然後出來迎接過來尋找尸體的警察。接著趁著警察在屋子里搜查的時間，從二樓的窗戶爬到樹上再跳到圍牆的外面去，再以弟弟的身份若無其事的從外面回到家里來。利用房間里的錄放機、電話答錄機，還有利用你手上的手機，可以讓人以為是二樓的哥哥在怒吼。」
田中知史大驚失色，「你到底是什麼人？為什麼會看破我的計謀？」「柯南，我是一個偵探，真相永遠只有一個。」憤怒的田中知史揮舞著棍棒沖了過來，千鈞亮出了七夕劍，輕易將其擊倒在地，千鈞撿起他的手機，嘆道，「果然藤笠制造，必是精品啊。」柯南汗，這個日本現在市場上流通的手機80%都是藤笠公司出品的，不過這個公司名字可夠搞笑的，不知道還以為生成斗笠的。
隨後接到千鈞電話，目暮警官再次趕來，看到死在椅子上的田中和由，就立即將田中知史正式拘捕。原來，田中和由因為掌握了弟弟田中知史進行不正當股票交易這個弱點，而威脅其要養自己一輩子，沒想到最後卻被憤怒的弟弟所殺害。隨後，面對臉色很難看的少年偵探團，目暮警官笑著進行了道歉，表示自己以後會相信偵探團的。目暮警官在被偵探團奚落完後，擦擦冷汗，「千鈞，你搞什麼啊，怎麼又私自闖入民宅了，跟你說過多少次了，要先向我報告。」千鈞急忙推月兌，「拜托，我只是例行調查，哈哈，你看這不，案件都解決了。」目暮警官無可奈何嘆了口氣，邀大家回警局去做筆錄。
尾聲，田中知史因殺害兄長田中和由情節惡劣，被法庭判處7年徒刑。少年偵探團因破獲尸體神秘消失案件，被警視廳給以b級獎勵。過了兩天，偵探團抱怨上次擒獲凶手竟然沒有一夜成名，浩樹又來向少年偵探團請求找貓，而且強調阿基拉不是普通的貓。結果最後證明，那只是一只喜歡捉迷藏的普通小貓，柯南悲憤地大叫我要瘋了。