柯南要面對小五郎的質疑和小蘭的責難，還要抽時間用新一的身份打電話哄哄麻美，抱怨自己的這樣不上不下的日子什麼時候才是頭。千鈞這邊一直在搜索尋找天化組織的信息，可是最近似乎非常平靜，沒有發現任何線索，當然，山本一夫是不可能把所有的情報都與龍魂使者共享的，自從上次那起斑馬事件後，雙方都一直沒有聯系。
某日放學後，正當千鈞在家里吃完飯後，享受三個女孩的溫情n衣誘惑準備變身時，接到柯南的呼叫，千鈞無奈，親吻靜楊她們後說有急事就匆匆離開。靜楊她們大為惱火，氣呼呼地各自回樓上房間休息，用直子的話說墮落後就再也難以回到平靜如水的相處狀態了，大家本來都挺期待這個晚上的。
千鈞趕到後，才知道原來是偵探團要去四町目的鬼屋探險，當然，這次的主意是步美提出來的，她講鬼故事還是挺嚇人的。雖然遭到了柯南和光彥如此質疑，現在是科學的時代世界上根本沒有鬼，但是在團長元太的暴力威逼下大家不得不服從，文乃因為實在太害怕，家又比較遠，這次就沒有來。千鈞有些惱怒，「喂喂，你們去幽靈鬼屋探險，喊上我做什麼？」柯南苦笑，「好了，你就不要抱怨了，大家對你比較信賴，你就留在外面等我們就行，萬一有事情我們會請你支援。」千鈞哭笑不得，自己成了預備隊了啊。
嘎啊！嘎啊！烏鴉的叫聲不斷的傳來，千鈞最討厭東京的地方就是成群的烏鴉，好像沒有哪個國際大都市有這種特色的。千鈞苦笑著轉過頭看著面前的洋房，古老的房屋隱藏在黑夜，配上烏鴉的叫聲給人一種毛骨悚然的感覺，的確像是恐怖電影的開端。
步美已經害怕得牙齒打顫，光彥和元太還在硬撐，不過臉色也好不到哪里去。「喂喂，不過就是烏鴉叫而已，你們怕什麼啊！」柯南有些無奈的看著偵探團幾個家伙，真是膽小啊，雖然此時的場景確實挺嚇人的，不過對他這個看過無數凶殺案的名偵探來說，完全是小意思。
元太攜帶的武器是棒球棒，步美帶了點心，光彥帶了手電筒和指南針，柯南什麼也沒帶。元太倒是知道秘密入口，所謂的秘密入門是一個小小的矮門，這個矮門是卡在洋房附近的籬笆里，所以不仔細看是看不出來的。
步美的膽子很小的，連打雷都怕，路上她有些後悔了，早知道這麼驚險不如像文乃一樣留在家里。「里面陰森森的什麼也看不到，很可怕，我們回去好不好？」吉田步美站在洋房的後門前，咯吱咯吱的聲音，如水的月光灑在了房間的內部，幾人拖出長長的黑影。「我就說了，一開始回去不就好了！」柯南的話顯得有些無奈，看了一眼死死拽著自己衣服尾部的步美，嘆氣，「放心了，千鈞哥哥就在外面，走了進去吧！」帶頭大步走了進去。突然，天陰了下來，外面下起小雨來。
「實在不行我們回去好了！」終于相信科學的光彥也有些忍不住了，轟隆，「啊！」步美被洋房外的雷聲一驚，嚇得往前面沖去，突然身體撞在了一個黑影上，「好疼！什麼東西？」步美捂著自己撞得有些紅的額頭，抬起頭想要看一看，漆黑的身軀，魁梧的翅膀，一個怪獸叼著一個赤l美女，眼神中透露著一股殺戮，正朝著她微笑，步美看了一眼，嚇得大聲叫了起來。「這是怎麼了？」一束光芒照在那怪獸上，「真是的，步美別哭了，只是個雕像。」柯南看了一眼步美，滿不在乎的說道。「柯南，你好討厭，這麼說我也害怕。人家都快嚇死了，你還笑個不停……」步美哭哭啼啼。
柯南把孩子們安撫好，繼續往前面走去，幾人走了一段，步美突然停下了腳步看向邊上的一個洗手池，不由露出笑容，「運氣真好，居然還有洗手的地方。剛剛摔跤的時候手也髒掉了，正好洗洗手。」看了看自己手中的灰，步美臉上露出一股不滿，畢竟是個七歲的女孩子對自己的衣帽整潔看的很重要，柯南抱怨女孩子真麻煩。步美把手伸了過去，將水龍頭打開，嘩啦啦，水從水龍頭涌了出來，開心的搓動著手，漸漸的手中的灰塵被洗掉了。柯南看到這里臉色一變，「奇怪，已經五年沒有人到這里了，似乎也不怎麼髒呢！水也通的，弄不好這屋子里真有人住啊。」
偵探團探險隊成立，元太是勇者，步美是女戰士，光彥是魔法師，柯南自然只能是村民，汗。有了狀況，他們讓柯南這個村民打前鋒，柯南氣得夠嗆。吱呀，開門聲音傳來，幾個小孩子一起躲在了柯南的後面，柯南好笑，過去將門推開，一間空蕩蕩的屋子，沒有一人，更沒有鬼，柯南走了進去，房間中的窗戶不知道什麼時候打開了，風吹了進來，窗簾在窗口被風吹的搖搖晃晃，白色的透明絲布顯得悠閑陰森森的，「我知道了，原來是這樣！」
光彥想到什麼似的大喊了起來，「步美前幾天看到的白影恐怕就是這個窗簾了吧，肯定不知道什麼時候窗戶一直打開了，所以窗簾晃來晃去的以為是鬼了！」「說得對呢！一定是這樣的！」元太點點頭，「因為很長時間沒人來，所以窗戶沒有關上，錯以為是鬼了。」「原來如此，光彥真的好像名偵探！」步美開心得笑了起來，拍手稱贊光彥的智慧。
正當偵探團在幽靈鬼屋探險的時候，千鈞在外面也發現了狀況。有兩個高速運動的黑影快速從附近道口經過，是異常的生命波動，千鈞立即斷定對方是超級戰士。千鈞隱藏在角落里面，快速換上龍魂使者的裝扮，極速追了上去。在奔行至很遠的地方，二人說話的聲音非常特別，「真是有意思，沒想到還有人敢在黑夜追蹤我們東袋狸和西袋狸兄弟，出來吧，別藏了。」
千鈞也大為吃驚，果然每個超級戰士都有自己獨特的能力，今晚這一戰絕對凶險萬分，只怕彼此一出手就要分出生死，像電影里面演得敵我雙方大戰半天的場面純粹是胡扯。千鈞現身的同時拋出了死神帖，「一旦無常到，方知夢里人。萬般帶不去，只有惡隨身。」雙方的槍都響了，千鈞躲過一槍，另一個超級戰士西袋狸卻從另外地方開了第二槍，千鈞用金系之盾擋下來，夜空中發出清脆的聲音。
千鈞可以肯定自己的子彈絕對擊中了東袋狸，但是對方似乎沒有事情，這讓他大為驚奇。東袋狸同樣大為震撼，「音波攻擊，準確的槍法，是渡渡鳥，只有他能在黑夜中還有如此視力。」雙方都在黑暗中快速移動，千鈞冷笑，發出暗系力量的捆縛一舉制住了西袋狸，然而暗系力量居然侵蝕不進去，千鈞急忙飛奔過去用光系粒子進行攻擊，黑夜中發出耀眼的閃光，然而西袋狸已經莫名其妙月兌困而走。
危險，千鈞飛身而起，剛才自己的位置出現一個大坑。這兩個家伙不但能力特殊，而且非常狡猾機警，配合默契，擅長夜戰，千鈞瞬間就得出這樣的結論。空中呼嘯著飛過來的子彈和奇妙的袋子，千鈞可不想嘗試，驚險地飛速躲閃，一直退到一棵大樹下。東袋狸獰笑著從樹上出現，槍口對準千鈞，槍響，這時千鈞突然轉身躲過子彈，隨手發出紅色的閃光，是瀝血劍。東袋狸猛然發現樹枝將自己團團困住，槍也被樹干擊飛，他當即施展能力月兌身，瞬間追蹤而至的紅光已經殺到，剛剛月兌困的東袋狸來不及月兌身就在慘叫中被切割成兩段。
從地下飛速潛至的西袋狸感覺到不好，地下的大地突然變得堅硬無比，高速擠壓過來，他馬上月兌身沖頂，一舉飛出地面，然而眼中看到了一顆子彈，驚恐中，子彈已經無情地擊中他的眉心，情人槍至，西袋狸亡。千鈞也極速喘息著，這兩個家伙非常了得，能夠在遇到危險時飛快金蟬月兌殼，應該是與他們身上奇怪的袋子能力有關。千鈞一邊飛快清理現場，一邊檢查了二人的身體，「可惡，這個天化組織到底制造了什麼怪物啊。好險，剛才差點就沒命了。」千鈞馬上離開現場，到遠處一個地方用暗號通知了秘密調查局的聯絡地點，就轉而回到幽靈鬼屋門外，剛巧，柯南的呼救也到了。
幽靈鬼屋，上廁所的光彥發現了地下通道，壯著膽子走了下去。光彥打開了下面的們，發出了恐懼的叫聲，隨後失去音訊，實際上，柯南大驚，讓元太和步美待在原地不動，自己跑過去查看。元太拿出食物請步美吃東西，步美特意給柯南和光彥都留下一份。步美顯得有些低落，眼神中透露出一絲恐懼，雙手抱膝的坐了下來，眼楮水靈靈的仿佛要哭出來的樣子，元太在旁邊努力壯膽勸慰著步美，嚷嚷著自己去樓梯高處喊千鈞進來幫忙。
柯南在幾個房間飛速查找，「這個屋子有古怪，從進屋的時候就感覺到了，根本不像是一個將近五年都沒有人住過的屋子！」柯南冷靜的分析，「首先是五年沒有人交水費的話，這里面是不會有水的，然後是窗戶下沒有雨跡，反而是干的，根本就是有人打開忘記關上而已，在隱秘的地方居然還有秘密的出入口，那個矮門，估計有人特地做出來的！」
在主人昔日的房間內，柯南手中的手電筒光束最終停留在書桌上的照片上，有些奇怪的走上前去，拿起照片，照片中一對中年夫婦和一個青年露出幸福的微笑，可以看得出是一個和諧美滿的家庭。「這個應該是當年的被害者與妻兒的全家福。可惜了，到現在行凶者還在逍遙法外。」這時傳來元太在樓梯處的慘叫聲，柯南大驚失色，急忙往回跑，同時開始用徽章呼叫千鈞的支援。
「元太你在哪里？」步美有些顫顫巍巍的在黑暗的走廊中向前走去，剛剛開始自己身邊的人就一個個消失，她畢竟只是一個七歲大的女孩，在這種恐怖環境下，不由的全身發抖起來，周圍的黑暗中仿佛有什麼東西在獰笑著等待她。步美咬牙強忍著眼中的淚水，暗中給自己打氣，朝前面走了幾步，大聲喊，「元太，你快出來吧，不準再嚇唬我了！」
「喀拉喀拉！」步美突然停下了腳步，有些害怕的看向前面走廊的拐角，拐角處有點光影在移動，是人的腳步聲，光源像是蠟燭之類的東西，而並非光彥帶過來的手電筒。步美跌坐在地上，驚懼地發抖，她听出來這個腳步聲絕不是元太的。就在那腳步聲走出拐角的一瞬間，一個黑影閃過，柯南飛速的撲倒步美，將步美緊緊的摟在懷中，在地上滾向已經開了門的屋子里面。
「唔！」步美在柯南的懷中就要被嚇的大叫起來，柯南一只手捂著她的嘴「步美別怕，是我啊。」步美在看到柯南的時候眼淚終于涌出來了，她害怕極了，這時突然想起來自己是在柯南的懷抱中，紅著臉不敢亂動。二人貼著牆，听著門外的走動，終于一個身穿黑衣的女人推著一輛似乎裝滿食物的食車走了過去，柯南和步美才輕輕的舒口氣。步美害怕極了，「柯南，那是鬼嗎？」柯南抱緊她，「笨蛋，看清楚了，是人啦，好像在推什麼東西過去……」
柯南拉著步美的小手打算偷偷跟過去看看，步美的身體還在微微顫抖。二人跟了一會兒，柯南驚奇的發現那個女人和亮光都消失不見了。步美渾身發抖，緊緊抱住柯南不敢動彈，「柯南，是幽靈啊！怎麼辦啊，光彥和元太是不是被吃掉了？我好害怕……」柯南有些無奈，步美把自己緊緊纏住，弄得自己也動彈不了，「別怕，步美，千鈞哥哥馬上就到，我已經通知他了。我們一定能把光彥和元太就出來的。」看著步美吹彈欲破的嬌女敕臉蛋和眼眶中的淚水，柯南憐意大生，輕輕吻了步美一下。步美羞紅臉，躲在柯南懷里，傾听著彼此的心跳。
「你們兩個好甜蜜啊，虧我還以為你們有了危險呢。」柯南和步美抬起頭，看見千鈞笑著站在他們面前，「哈哈，我可是什麼都沒看見，你們繼續啊。」步美的臉紅彤彤的不知道在想什麼，柯南這是翻了個白眼，「怎麼這麼半天才過來，我跟步美可是很純潔的，你不要想歪了。」千鈞擠了擠眼楮，開始扯謊和轉移話題，「黑咕隆咚地找到你們也不容易啊。放心，我會替你們保密的，又是青梅竹馬的戀情啊！」柯南有些惱怒，但看了懷里不知所措的步美，罵人的話還是沒有說出口。
千鈞終于明白了，元太和光彥可能被抓走了。這時候柯南也發現了地面上的縫隙和手柄，這個似乎是地下通道。千鈞讓柯南閃開，伸手將其提起來，石頭台階通向地下。步美驚恐道，「會不會是鼴鼠星人在下面呢？」千鈞和柯南無語了。步美低聲說自己還給柯南和光彥都預留了食物，她是通過大家的腳步聲來判斷人的，千鈞也忍不住稱贊步美的機警，就是膽子太小了。
順著樓梯走下去，逐漸看到燭光，似乎走到了頭，千鈞走在最前面，一個如同牢房的房間，空氣中彌漫著一股悶悶的氣味，不過，可以看出經常有人來這里打掃。「這里是什麼地方？」步美慘兮兮的看著面前，隨後躲在了柯南的背後，柯南也皺起了眉頭。「也許是鼴鼠星人的地下宮殿哦，步美，你那麼漂亮，說不定抓你去做新娘子啊。」千鈞故意嚇唬她，後面的步美頓時嚇得抽泣了起來，「我們會死在這里麼？我不要去做鼴鼠星人的新娘，我將來是要跟柯南結婚的。」
柯南看著步美的眼淚把自己的衣裳都弄濕了，急忙安慰，「千鈞哥哥開玩笑的了。放心吧，我絕對不會讓步美待在這里的。喂喂，千鈞，你不要嚇唬她了，真是的。」千鈞見步美信以為真，急忙說，「好了步美，我隨口說的了，你別害怕，根本沒有鼴鼠星人。放心吧，我會保護你們的，你將來肯定能與柯南在一起的。」柯南有些尷尬，心里暗道，「現在的小孩子到底在想什麼啊？步美居然現在就想到和我結婚，我的天啊！」
隨後，大家就發現了房間的狀況，柵欄之內一個胡子拉渣的男子坐在一張破舊的床邊，胡子和頭發拖得老長，看不出他的臉長什麼樣子，不停地捂著頭發出慘叫。步美驚駭之下居然開始四處亂跑起來，把千鈞和柯南全嚇了一跳，柯南急忙追她。隨後那個前來送飯的長發女人出現了，听她與里面男子的對話，才知道他們竟然是母子，那個男子名叫昭夫。發現步美和柯南後，昭夫的母親提著刀過來，千鈞上前輕易將其擊倒在地。這時候柯南也成功地安撫住了步美。
柯南讓千鈞走上前去，拿出了蝴蝶結變聲器，開始了自己的推理秀，二人開始唱雙簧，千鈞第一次這麼做，覺得很別扭，「剛剛我在書房看到了一張幸福的全家福，那麼站在你身後牢籠中的就是您的兒子吧？剛才的對話我們都听到了。五年了雖然樣貌有了些許改變，但是他眼角的那顆痣卻是不可能抹掉的！」
千鈞繼續柯南的推理，「兩種可能！第一，你殺死了自己的丈夫，然後把目擊命案的兒子給軟禁起來！第二，就是你的兒子是殺死男主人的凶手！你發現你兒子殺死了人所以就隱瞞了真相，將他關在這里想替他開罪，但是他卻忍受著良心的煎熬！」千鈞也明白了，大聲叫出來，「原來如此。」步美和那對母子都奇怪地看著千鈞，柯南急忙讓他別亂打岔。
千鈞笑了笑，柯南繼續推理，「所以這間屋子經常傳出痛苦的哀嚎聲，昭夫一定很想去自首吧，但是你不許他這麼做，所以你把他關了起來，就是為了阻止他。我說的對吧，你不想他因為這件事情而被影響了以後的人生，所以用這種方式將他保護了起來，的確是個偉大的母親，但是你的兒子似乎不是這麼認為的呢。」
昭夫大吼道，「我實在是無法忍受每天都夢見父親倒在血泊中的生活，我要去自首！我不想在這樣下去了！」他捂住臉大聲哭起來。那位母親卻掙扎著極力勸阻，讓他再忍忍就過去了，千鈞這次大怒，「你這樣把他關在這里天天忍受煎熬，跟他被關在牢里有什麼區別呢？你這樣做真的對你的兒子好嗎？我常听人說，一個好母親應該告訴孩子什麼是對什麼是錯，而不是一昧地包庇縱容。」柯南摟住步美，在旁邊看著千鈞對那位母親的指責。隨後千鈞打開了牢門，這對母子抱頭痛哭，接到報警電話的目暮警官，就派了佐藤警官前來，明顯是很好的立功機會，他可是特別照顧佐藤的。
天亮的時候，佐藤已經整理完了筆錄，原來，昭夫因為父親的很多過分的責備而受到刺激，引起自己的叛逆心理，將其父親殺害。案件解決了，昭夫露出解月兌的微笑，他母親也消除了幾年來的壓抑，低聲的勸慰著兒子。這時候，步美已經躺在柯南的懷里熟睡過去，柯南也摟住步美在旁邊打瞌睡。千鈞笑著與佐藤閑聊，溫暖的朝陽照耀在庭院中，一切都那麼溫馨美好，昨夜的恐怖全都煙消雲散了。元太和光彥被那位母親打了麻醉針，扔到了花園的樹底下，還在呼呼大睡。
佐藤笑著向千鈞表示感謝，警方5年來沒有破獲的案件順利解決了，「看不出來，你還有點推理能力，我還以為你和高木一樣，非得見到直接證據才能解決案子呢。」千鈞謙虛表示一般般了，「其實都是幾個孩子來幽靈鬼屋探險才解決的案子，榮譽應該屬于少年偵探團，是不是啊，孩子們？」這時候，幾個孩子都已經睡醒了，大家大聲的歡呼著，拼命在佐藤面前顯擺自己的功勞，柯南在旁邊打著哈欠，「真是的，明明都是我的功勞。」
佐藤的口氣隨後就變了，「那麼晚，你讓幾個孩子到屋里冒險，簡直太亂來了。萬一要是幾個孩子出了事情怎麼辦？」佐藤指了指元太和光彥，「如果那位母親做出點過分的行動，他們兩個現在還能好好站在這里嗎？……總之，作為警方的特殊協助人員，你還是親自寫一份檢查報告交給目暮警官吧。」千鈞在忍受完佐藤的疲勞轟炸後，「等等，佐藤警官，我還要寫報告？不是吧，我沒有功勞也有苦勞吧，能不能通融一下啊？」佐藤搖頭拒絕，千鈞上前拉住她的手哀求。
這時候，小蘭和幾個孩子的家長也都到了，孩子們昨晚一直沒回去，大家都是找了一晚，連阿笠博士都驚動了。四個孩子被家長們集體大加批評，很好笑的一幕，幾個孩子低著頭接受教育，而元太被母親揍了，頭上頂了大包。柯南語，「我們這次冒險明明成功地幫助警方破了案子，卻在自我反省下結束了！」
尾聲，昭夫因殺害其父本該法庭判處8年徒刑，考慮到他已被母親囚禁5年，法庭判決將判決改為5年。其母因包庇囚禁兒子，被判處1年徒刑。少年偵探團因解決這件懸案被警視廳給以c級獎勵。千鈞的報告只好求由美幫助完成，經過目暮警官審核後，在千鈞保證下次及時通知警方的情況下，才算通過。
另一邊，步美說再次發現了新的鬼屋，約大家一起去探險，這次文乃也嚷嚷著要跟去，她已經听步美說和柯南確定關系了，自然大為焦急。柯南剛剛被小蘭修理了一番，無精打采地詢問去哪。在二丁目，被他們稱作「i藤」，有個少年被妖魔吃掉了，步美語。柯南有些奇怪，怎麼會有i藤這個姓氏，猛然想起來，拜托，是工藤好不好，那是自己的家，柯南大驚失色，急忙勸阻。