新年的鐘聲再次敲響，時間進入1997年。邁向新一年的旅程，困難的案件仍然與日俱增。明明已經過了一年，可所有人都忽視了這個問題，仿佛又回到了起點。每個人的年齡都沒有增長，大家依然保持著各自的容貌。柯南依然是帝丹小學1年級的7歲小學生，千鈞依然停留在高中二年級。在大家的印象中，這一年依然在繼續，唯一改變的只有日歷。千鈞回到橫野家，跟父母、小妹、祖父、藤野爺爺一起過完這個熱鬧的元旦。同樣，其他人也都回到自己家與家人團聚，在這個瘋狂的世界里每個人都非常珍惜親情。
元旦過去不久，大家都還在寒假的假期中，千鈞陪著曉月參觀了她的冷月動漫社，對妹妹取得的成就千鈞大為嘆服。柯南依然不情願地呆在毛利家，繼續扮演小學生的角色，對著電視屏幕玩格斗游戲。小蘭拍著桌子大吼，「喂，柯南！我說的話你到底有沒有听到？」柯南回過頭來，小蘭惱怒，「我在問你父母的事情啊……」柯南哦了一聲，滿不在乎地回頭繼續玩。小蘭跑到他身邊，「哦什麼哦！他們自從到海外出差，就一直把你一個人留在這里，實在太不像話了！你想想看，你寄放在我們家多久了，都有12個月，你父母一點音訊都沒有，你真的是太可憐了！」柯南搖頭，小蘭模著柯南的頭，「你是不是會感到很寂寞？」柯南笑著說，「一點也不！」
小蘭還在抱怨柯南的父母太過分了，連過元旦都不來接柯南回去團聚。小五郎深有同感，「你那是什麼父母啊！從來不露面，連個聯絡都沒有，甚至沒見到一封信，至少要跟我打聲招呼吧……」柯南暗暗叫苦，自己變成這個樣子，實在太不可思議了，連自己的父母都沒告訴。小五郎站起來，「這個小鬼不是阿笠博士寄放在這里的嗎？那就去問問博士，看怎樣跟他父母聯絡吧。」柯南大驚，急忙跳起來阻止，小五郎有些詫異，「怎樣？跟你父母聯絡不行嗎？」柯南頭上冒汗，支支吾吾說不出話來。千鈞告訴過他，幫他建造檔案時，填寫的父母都是千鈞跟博士合伙偽造的，根本不存在，一問之下立馬就要穿幫。如果不敢快想辦法，工藤新一的身份就要立馬曝光了。
這時，門鈴響了，小蘭將門打開，進來一位戴眼鏡的胖大嬸。小蘭很是高興，「柯南，有人來接你了。你看看門口的是誰？」柯南有些疑惑，這個歐巴桑不認識啊。小蘭笑道，「你媽媽終于來接你了！」柯南大驚，「我媽媽？」胖大嬸走過來，「小南，真是對不起啊，讓你一個人留在這里，你一定很寂寞吧……哦，我可憐的孩子……」說完蹲緊緊抱住柯南，「不要擔心，媽媽來接你回家！」柯南驚駭莫名，「你是誰啊？我不認識你！」小蘭有些疑惑，胖大嬸急忙道，「哎呀，你這孩子又在胡鬧了！還在怪媽媽不早點來接你嗎？都怪我留下他一個人寂寞太久了……」胖大嬸拿出名片給毛利父女看，江戶川文代，正是柯南的母親，這個名字確實是千鈞和博士在檔案上偽造的。
小五郎點頭，他的確見過柯南的身份證明文件，當然是千鈞拿給他的。柯南大驚失色，「才不是呢！」柯南腦子急速轉動，江戶川柯南的名字是臨時編的，他的母親當然也是虛擬出來的，根本不存在，而且自己從來沒有見過這個女人，千鈞和博士那邊如果有安排，肯定會事先打好招呼的。那麼，這個女人為何要自稱是柯南的母親，這個人究竟是誰？
文代將柯南帶了出來，門口停著一輛汽車。文代向毛利父女致謝，「多謝你們這段日子一直細心照顧柯南，我改日一定帶厚禮登門致謝！」小五郎大喜，「好啊，我隨時在家等候你的謝禮……」小蘭有些傷感，「柯南，你到了那邊記得給我寫信啊！」將柯南送上車，小蘭再次叮囑柯南跟她常聯系，「再見了，柯南！」大叔揮手大喊謝禮千萬別忘了。
車子行駛在路上，柯南忍不住問道，「大嬸，你究竟是誰啊？」文代大笑，「我不是說過嗎？我就是你的母親啊！」柯南惱怒，「才不是，我媽媽是……」文代冷笑，「工藤有希子！」然後說出了工藤有希子的生平。日本首屈一指的紅影星工藤有希子，19歲時以出色的演技和美貌風魔了全世界，在20歲結婚嫁給了著名的推理小說家工藤優作，並退出了演藝圈，隨後生下一子。目前將兒子留在日本，自己和丈夫在國外過著只羨鴛鴦不羨仙的生活。「我說的沒錯吧，你就是那個留在日本的獨子，平成年代的福爾摩斯，工藤新一！」
柯南大駭，立即推斷這個人可能是黑衣男子的同黨，弄不好就是那個組織的成員。柯南情急之下想要跳車逃走，一把槍頂在柯南的額頭，「小鬼，別想逃走！子彈是不長眼楮的，你如果乖乖听話，我會帶你去個好地方！」柯南暗暗叫苦，想要找機會用徽章呼喚千鈞，文代伸手從他懷里拽出了徽章，「你還想要找幫手啊，你還是死了這條心吧！等解決掉你的問題，我們的人會大舉出動，去找你那個可怕的助手，也是你最後的王牌！平成年代的華森醫生，千水千鈞！」
柯南臉色大變，他們已經掌握了自己所有的情報，如果不趕快想辦法的話，大家都會有危險。當車行到十字路口時，柯南突然用力拽了一下文代，文代的方向盤被帶歪，車子斜著漂移出去，文代急忙踩剎車，在路口中央堪堪將車停住，差點就車毀人亡，引起周邊行人的叫罵聲，「嗚哇！」「天啊！」「wbd！」趁著這個混亂的機會，柯南推開車門逃了出去。四周的司機詛咒文代，「死豬婆，你會不會開車啊！」「死肥豬，快滾開！」……文代的臉都變綠了，「臭小子，你想害死我啊！快幫我把他抓回來……」柯南穿越車流，一會兒就消失不見了。
柯南逃到了平安的角落里，大口喘氣，「為什麼，為什麼那些人知道了我的真實身份？難道是上次卡拉ok廳事件？一定是這樣，否則他們怎麼知道我還活著。可惡，我和千鈞反復叮囑過目暮警官不要說出我的名字，一定是這家伙在外面吹牛的時候順口說漏嘴了！」目暮警官打了個噴嚏，有些納悶誰又在背後罵我？柯南還在自責，「我真是個大傻瓜，自作聰明，千鈞說的對，知道的人一多秘密就保不住了，可惡！」冷靜下來後，柯南開始思索對策，「現在怎麼辦呢？要回去告訴小蘭真相嗎？不行啊，現在回去肯定會連累到毛利叔叔和小蘭的，而且他們一定在那附近等著我自投羅網呢！千鈞那里也不行，我們兩個的關系所有人都知道。可惡，現在所有底牌都被對方知道了，該怎麼辦？」
另一邊，文代跟同伙手機聯絡，「什麼？讓他逃跑了？」「對不起，是我一時大意。不過，已經證明了那小子就是工藤新一。」帽子同伙冷笑，「果然不錯，他的身體真的變小了。快去把他抓回來，萬一驚動警察就麻煩了。」文代有些無奈，「可是他會去哪里呢？」帽子同伙自信道，「不用擔心，他現在只剩下一個地方可以去了。」
柯南冒著大雪來到阿笠博士家附近，「必須先跟阿笠博士商量一下才行，可惡，身上沒帶錢，想打電話通知千鈞都不行。以目前的情況看，博士可能還沒有暴露。」等了老半天，柯南凍得發抖，不過他也確認了周邊沒有其他可疑的人，「真是的，這種天氣，博士到底去哪里呢？」這時，阿笠博士打著傘從對面走過來，柯南大喜過望準備過去。然而樂極生悲，突然文代從背後出現，用麻醉藥物捂住柯南的嘴，柯南掙扎了一會兒就暈過去了。文代嘲笑著柯南，拖死狗一般將柯南帶走了。
今天下著大雪，千鈞很想跟幾個女孩溫馨地在家里呆一天，難得由美也開車過來，本來一切都很美好，四女月兌下厚厚的冬裝在溫暖入春的房間里打起橋牌，千鈞在旁邊用魔手搗亂，弄得四個女子j喘連連，千鈞自然是其樂融融。靜楊忍無可忍，這樣下去牌就玩不成了，于是四女一致決定將千鈞趕到外屋與黑閃作伴。千鈞有些郁悶，逗弄了一會兒黑閃，覺得有些無聊，決定去柯南那里看看他在忙乎什麼，說不定毛利大叔又有什麼新案子。然而，當小蘭告訴千鈞，柯南被母親文代接走後，千鈞的臉色變得非常古怪，怎麼可能呢。
千鈞暗道不好，起身告辭，匆匆離開毛利家，小蘭納悶千鈞今天到底怎麼回事，剛來就走。千鈞走到無人處，急忙打手機給阿笠博士，無人接听。千鈞感到事態嚴重了，現在所有人都處在危險狀態，不過，小蘭他們現在都沒有事情，證明對方還沒有采取行動。當務之急是盡快將柯南找回來，切斷敵人的線索。千鈞試著用腕表呼救柯南，依然沒有反應。千鈞匆忙開車回到千鈞宅，讓四女馬上離開家里，暫時到由美的住處避一避。幾個女孩都莫名其妙，質問他搞什麼鬼。千鈞只好嚇唬她們，「最近房里有些鬧鬼，我請了陰陽師來做幾天法事，那個女人在，不方便的，這幾天你們先到由美那里擠一擠好嗎？」靜楊、小雅、直子根本不信，剛才還好好的，也沒見家里鬧鬼，一起懷疑千鈞有不可告人的秘密。雖然感覺到千鈞在胡扯，不過看他非常緊張認真的樣子，宮本由美就笑著圓場，「好啊，反正你們幾個很少到我那里去，一起過去玩吧，我那里有好幾間空房，美和子最近也在家，人多熱鬧些。」
于是，三女抱怨著坐上由美的車前往星花小區，嚷嚷著回頭再跟千鈞算賬。見她們安全離開，千鈞松了口氣，那里距離警視廳很近，秘密調查局對外的辦事點也在距離不遠處，相信不管是哪個組織都不敢隨意在太歲頭上動土。千鈞帶著黑閃，開始艱難的追蹤，萬幸的是，黑閃對柯南非常熟悉，追蹤起來就容易了很多。
柯南醒來後，發現自己被綁住了，被囚禁在一處二樓的廚房里面。柯南很快把周圍模清了，外面傳來聲音，「什麼？你還沒有殺了他？」「你不要逼我，上面明明說不能殺他的！」柯南慢慢移動到牆壁附近，還好那里有個小洞，柯南好奇向外觀看。胖女人文代跟一個穿黑斗篷戴高帽子的人對話，文代大聲道，「不管怎樣，他是吃了那種藥造成副作用的特例，應該將他帶回組織調查。」斗篷男抱怨，「真麻煩，那我們還得設法把他活著帶回組織了。」柯南擔心起自己的安危，更好奇這個男人是誰。隨後，斗篷男回頭，柯南大驚，男子戴著暗夜男爵的面具，臉色不善地望向這里。
暗夜男走過來，柯南急忙躺在地上裝暈，暗夜男點頭，認為自己多疑了。文代道，「這小子還沒睡醒，體力還沒恢復吧。」暗夜男道，「他真的是工藤新一嗎？怎麼看也不像啊！」「是啊，我也無法完全相信。可是在工藤新一失蹤那天，這個小鬼就出現在毛利偵探事務所，而自從他出現後事務所的委托案件就莫名其妙地提高了，而且從他今天逃跑的敏捷身手來看，應該就是工藤新一沒錯。一定是喝了組織新發明的毒藥身體變小了……」暗夜男皺眉，「你是說當時組織為了滅口而強制給他吃的毒藥嗎？但是那不是殺人用的毒藥嗎？我還是不太相信這種藥有這種效果。」
文代說是組織要調查毒藥的副作用，暗夜男拿出了一盒藥，聲稱是組織給自己的毒藥，說要在第二天交易時對交易對象試驗藥物的效果。文代有些擔心，萬一試驗對象也沒死變小怎麼辦，暗夜男冷笑，「那就更簡單了，當場殺了他就是，然後回來解決這個小鬼！」文代急忙道組織一再強調如果毒藥發生副作用，務必要帶個活的回去做實驗，暗夜男大怒，「知道組織秘密的人怎麼能讓他活著呢！反正都是要解剖，生死都一樣。組織如果追究下來，就說為了防止他逃跑，不得已才開槍射殺了。」文代還要反對，暗夜男生氣，將槍口對準文代，「少廢話，這就是我的做法，你再嗦我就先一槍殺了你！」
隨後二人商量明天與交易對象用老方法進行聯絡，時間是下午1點。好不容易堅持到了晚上，柯南發現那2人都睡著了，感覺那個暗夜男太可怕了，柯南決定先弄斷繩子逃出去再說。柯南找到酒瓶，打算用它來割開繩子，結果不小心讓瓶子掉到地上，驚醒了文代，起來查看，沒發現什麼又睡了過去。柯南暗道好險，馬上用玻璃碎片割斷繩子。然而這里是2樓，如果跳下去肯定被發覺，柯南決定先在冰箱里避一避。這時，柯南發現打破的酒順著地板往下滲透。
第二天早上，文代發現柯南不見了，急忙告知暗夜男。文代推斷柯南打開窗戶跳到雪堆里逃走了，打算馬上出去追擊。暗夜男冷笑，「不，他還在屋內。他是故意讓我們以為他已經逃掉，打算趁我們找他時逃走。」然後大喊，「小鬼，快點滾出來，這次一定送你上西天！」柯南暗暗叫苦，嚇得夠嗆。暗夜男也發現了冰箱，將其打開，槍口對準里面，「去死吧！」結果發現里面是空的，文代嘲笑，「我早說他逃掉了，你偏要自作聰明！」暗夜男還是覺得柯南就在附近，這時外面突然傳來一陣狗叫聲。暗夜男皺眉，「大清早哪里來的狗叫，我們出去看看。」文代抱怨他過于小心了。
二人來到外面，沒有發現什麼，只有些早上行人的凌亂腳印。文代笑著說肯定有人早上出來在附近遛狗，暗夜男點頭，「反正那個柯南也沒地方可去，等搞定今天的交易，在去找他算賬。」二人隨後離開，柯南從地下儲物室爬出來，「剛才真是嚇死了，差點就被發現了。」柯南想起博士提到過，找到毒藥才有辦法配置解藥，開始四處尋找起來。突然，沖進來一個怪人，竟然仿佛漫畫里面的魯邦三世，他的槍口對準里面，柯南大驚失色，以為對方去而復返。那人看到是柯南後，摘下面具，柯南一坐在地上，全身都是冷汗，「拜托，千鈞，你干嘛戴個面具呢？」千鈞好笑，「為了避免暴露身份啊，看到你沒事我就放心了。這個面具很逼真吧，是我特意找人在z國定制的。」
柯南問起原委，原來千鈞帶著黑閃整整找了一天一夜，在今天天亮時找到這里。不久前听到的狗叫聲，就是黑閃發出的。為了不徹底暴露，千鈞讓黑閃自己回家去，又將汽車停到遠處，戴上魯邦面具才趕過來救人。柯南嘆氣，「那2個人找不到我，也沒發現你，就先走了。」听完柯南的描述，千鈞皺眉道，「看樣子，黑暗組織目前只是懷疑你的身份，還沒有完全確定你變小的事情。現在只有2個辦法解決問題，一個是盡快找到毒藥並配置出解藥將你變回去，一個是立即追上那2人將他們解決掉。」
柯南點頭，知道千鈞說的不錯，事情已經迫在眉睫了。然而二人找遍了整個房間，也沒有找到毒藥。柯南卻從廢紙簍剪破的報紙上發現線索，原來這就是他們說的老方法，情報人員經常采用的秘密聯絡方式。經過拼湊和推理知道了交易地點是米花大飯店，可是還不知道是哪個房間。柯南發現牆上掛著月歷，是2年前的，上面積滿灰塵。月歷有磨損和撕過的痕跡，甚至還有刀子的割痕。柯南立即明白了，他們是在月歷上割下某個數字後再將開洞的月歷撕下來，現在最上面的是9月，那麼被撕掉的是8月，蓋在9月27日上的數字就是8月30日，那麼交易的地點應該是在30號或者有關的地點。這時，千鈞找到了柯南的偵探徽章，應該是那個文代隨手扔在角落里的。
二人打車趕到米花大飯店，柯南也戴了頂帽子偽裝一下。千鈞的樣貌太顯眼，柯南讓千鈞躲在飯店外面接應，自己進去打探消息。千鈞點頭，叮囑他發現不對馬上呼救，如果超過20分鐘沒有聯絡，千鈞就裝扮成魯邦三世的樣子進去強行攻擊救人。柯南很快就從前台女那里知道，這個米花大飯店只有19樓，沒有30樓。柯南看到有個男子取儲物櫃的號碼牌，柯南以為30號是儲物櫃號碼，就謊稱老爸的東西放在30號儲物櫃了，但號碼牌子丟了。前台女有些疑惑，「奇怪了，我們的儲物櫃最大的號碼只到了26號，沒有30號啊。」柯南只好說自己記錯了，匆匆離開。
忙乎了很長時間，到12點多也沒找到線索，柯南只好到外面跟留在停車場的千鈞會和。二人見面後，都有些焦急，千鈞建議干脆守株待兔，在飯店門口死等那2人，他們肯定會從那里出來。柯南搖頭，他擔心這樣交易的人肯定會沒命。這時一對停車的情侶吵鬧著回車上找錢包，女子問車停在哪里？男子回答在42號車位。柯南恍然大悟，30號可能指的停車位。二人立即行動起來，柯南很快找到了30號車位的車，可是車上沒有人。一個男子走過來，見柯南在車上爬來爬去，喊了一聲。車主夫婦回來看見，車主男大吼，「喂，小子，你在干什麼？鬼鬼祟祟的……」車主的孩子指責柯南一定是小偷，柯南大驚急忙否認，千鈞急忙上前說這個弟弟只是好奇調皮而已，覺得這輛汽車很有型，就想看清楚。車主女覺得不過是個孩子搗蛋而已，就沒有追究，隨後這一家三口商量了一下，說要帶孩子去動物園，就開車離去。
柯南徹底無語了，覺得自己的推理又錯了。這時千鈞發現走過來一位身材高大戴著面罩的男子，足有2米高，這在日本是非常顯眼的。高大男子在30號車位前仔細看了一下，提著箱子離開了。千鈞和柯南過去觀看，在30的右邊有個粉筆寫的小1字。柯南立即明白了，他們這是約好在301房間交易，這個高大男子就是交易對象。柯南決定尾隨追去調查，千鈞扮成魯邦偷偷潛入2樓待命，一旦柯南確定發現暗夜男和文代，千鈞就沖上來支援。