大家都記起來，上田光司冷笑，「中島，原來真的是你，我還奇怪你的號碼怎麼變了？」鑒識人員按照千鈞的吩咐進行了檢查，發現爆炸現場的鑰匙上有中島的指紋。中島跌坐在地上，滿頭大汗，「警官，我承認，是我跟死者用號碼牌方式進行了交易，鑰匙也是我給他的，但是我沒有安裝炸彈啊！我沒有想到要殺他，真的，請你們相信我！」竹下也道，「警官，不管我的事情，都是中島自己的事情，我什麼都不知道的！」目暮警官哼了一聲，「你們兩個家伙，居然制造恐怖事件！還敢狡辯！」
千鈞詢問中島，「你到底賣了什麼給那個關西大漢？你認識他嗎？」中島知道抵賴不過，「我只是將滿天堂公司所有頂級程序員的名單和每個人的代表程序軟件賣給了那個人，我根本就不認識他！我也沒有想殺他，我還打算有機會跟他繼續合作的……」石川社長氣得鼻子都歪了，「八嘎，你怎麼可以出賣公司的利益啊？我要向法庭起訴你，讓你賠償我的損失……」
竹下也辯解，「警官，你也听到了，不關我的事情，如果你們非要說我是同伙的話，請拿出證據來！」目暮警官惱怒，「你還在抵賴，跟才你就一直幫著中島阻撓搜查……可是，千鈞，他說的有道理，我們沒有證據證明他也是同伙啊！」竹下擦汗，松了口氣。千鈞冷笑，「目暮警官，請你搜查一下竹下的公事包，我懷疑他那里也有見不得人的東西。對了，要調查一下指紋啊！」
竹下大叫，「我……我拒絕，公民的私有財產神聖不可侵犯……」目暮警官二話不說，馬上拿過竹下的公事包，在沒有鑰匙的情況下，強行將其打開，里面竟然是中島剛才所說的那些東西，軟件光盤跟紙質的程序員名單。中島疑惑，「原來，你也想賣東西出去啊！」石川社長氣得發瘋，「你們兩個敗類，我要告你們出賣公司商業秘密，我要讓你們坐牢，傾家蕩產！」鑒識人員很快證實了竹下的公事包上有中島、竹下、存物小姐的指紋，中島的公事包上只發現了中島跟存物小姐的指紋。
千鈞點頭，「那個關西大漢非常謹慎，應該在把東西寄存在櫃台時，抹去了自己的指紋。」中島卻很奇怪，「不可能啊，竹下的公事包我沒動過啊！我沒有裝炸彈……」竹下也大叫冤枉，「我的公事包被掉包了，這不是我的……」千鈞大怒，「你還不服嗎？那我們再來看看你的號碼牌99號上是不是也有中島的指紋！」存物小姐馬上找出了99號牌交給鑒識，很快證實了上面有中島、竹下、存物小姐的指紋。
千鈞冷笑，「你不會說你的號碼牌也被掉包了吧？只有一個可能，你在幫中島打掩護！你們兩個串通好了，一個帶上裝炸彈的箱子，一個帶上交易的箱子。如果事情順利，你們就正常交易。萬一交易的價錢不符合你們兩個的心意，或者出現變故，就讓中島把炸彈箱的牌子交給死者，來個死無對證，毀尸滅跡！」大家都明白了，這兩個家伙配合得還真默契啊！
目暮警官覺得要對千鈞刮目相看了，「太棒了，千鈞！這次也是名推理了，果然學到了工藤的推理技巧！」竹下跌坐在地上，臉色蒼白，「怎麼會這樣？應該不是這樣的！」大家都搖頭，覺得他這是變相承認罪行了。中島大呼冤枉，「警官，炸彈不是我準備的，我真的沒有……」目暮警官上前給他戴上手銬，中島明白警方現根本不相信自己了，覺得應該馬上想辦法推卸罪責，「對了，炸彈是竹下準備的，跟我沒關系，我只負責交易，我被他騙了，他才是主謀！」竹下大怒，從地上爬起來，「中島，你這個混蛋！你不要誣陷我，炸彈不是我準備的，交易的事情我根本不知道！」
看著兩人開始狗咬狗，大家都唏噓無語。千鈞鄙視二人，「目暮警官，你把他們兩個帶回去慢慢審問吧！可以肯定他們兩個都不是什麼好東西！」目暮警官點頭，吩咐手下帶他們兩個回去。千鈞奇怪，「目暮警官，怎麼佐藤和高木都沒來啊？」目暮咳嗽一聲，低聲告訴千鈞，「我以為是恐怖分子在搞炸彈襲擊，就沒讓他們兩個過來，你知道佐藤那丫頭沖得太猛，高木又特別冒失，我怕他們亂來會有危險，這次跟我來的人都是比較穩重經驗豐富的警官……早知道這樣，就讓他們一起過來了。」千鈞明白了，目暮警官還真是體貼下屬啊！
目暮警官正要離開，毛利小五郎突然開口，「等一等，目暮警官！」目暮頭疼，「毛利老弟，難道還有問題嗎？千鈞的推理非常正確，而且還有人證和物證！兩個疑犯也沒有完全否認！」毛利嘆息，「千鈞的推理只對了一半，竹下跟中島的話里，有一半是真話，一半是假話，這些話摻雜在一起，給大家造成了錯覺，誤以為他們兩個是合謀行凶的。」千鈞和目暮都汗，一半真話一半假話這好像是數學智力題啊！
千鈞不服氣，「柯南……毛利大叔，你說說看，我的推理哪里有問題了？我可是有證據的。」目暮警官也疑惑，「毛利老弟，難道凶手不是他們兩個嗎？」毛利回答，「中島英明跟死者進行非法交易，是肯定的，中島先生也沒有否認，所以這句話是真的，千鈞的推理沒有錯。但中島說主謀是竹下，這句話是假的，是為了減輕罪行。竹下裕信說交易的事情他並不知情，這句話也是真的，但他否認炸彈是他準備的，這句話是假的。」大家全繞糊涂了，中島和竹下卻用驚訝的眼神看著毛利偵探。
目暮警官無奈，「毛利老弟，你能不能解釋清楚一點？」毛利偵探解釋，「其實說簡單點，竹下先生跟中島先生采取的行動沒有關聯，彼此事先也不知道對方的計劃，也就是說他們既不是同伙也不是合謀，所有的一切都是巧合。因為他們都選擇了今天行動，也都采取了號碼牌交換方式進行犯罪活動，結果事情的復雜變化讓他們自己都糊涂了，不知道問題出在哪里！」千鈞驚訝，「毛利大叔，你是說他們都是單獨行動的？」
「沒錯，中島英明是前來跟死者進行交易的，采用了號碼牌方式。竹下裕信準備了炸彈，不是用來炸死死者的，而是用來謀殺中島先生的。所以，竹下先生，你才是安裝炸彈的凶手！」目暮警官還是迷糊，「毛利老弟，到底怎麼回事？」
「竹下先生在中島先生的箱子掉在地上打開時，他嚇得要死，因為他以為自己安裝在公事包的炸彈就要爆炸了。而實際上，安裝炸彈的公事包，被中島先生交換給了死者，死者說鑰匙進不去，因為那把鑰匙不是那個公事包的。千鈞在這一點上的推理是錯誤的，但千鈞對中島跟死者采取號碼牌交易手法上的推理是完全正確的，3位存物小姐的證詞也證明了這一點。」
目暮警官點頭，「原來如此，那為何鑰匙不合呢？」毛利好笑，「當然不合了，因為竹下先生偷偷把自己的號碼牌跟中島先生的號碼牌換掉了，應該最開始中島是99號，竹下98號。結果不知情的中島先生又拿著98號牌跟死者的124號牌進行了交換，並給了死者自己公事包的鑰匙。死者就拿走了裝著炸彈的公事包，中島的鑰匙自然打不開竹下的公事包。」中島奇怪，「怎麼可能，他什麼時候偷走了我號碼牌？」「應該是你打拳擊的時候，竹下不是在旁邊幫你拿著外套嗎？」中島恍然大悟，「原來如此，的確，竹下手中這個公事包的確是我的，里面的東西也是我的，我還以為竹下也準備相同的東西……」
千鈞也明白了，「原來如此，所以竹下這個公事包上有中島的指紋，因為本來就是中島的東西。99號碼牌上同時有中島跟竹下的指紋，也就證明了竹下調換了中島的指紋。如此說來，98號碼牌上也應該也有二人的指紋了！」目暮警官馬上命令調查，很快證實了98號碼牌上的確有中島跟竹下的指紋。
「插隊的事情，也是竹下臨時想出來的，因為三個人的號碼相連又都是90幾號的話，不容易引起存物小姐跟同事的懷疑，所以在最後，存物小姐只注意到了中島先生的號碼牌不對，沒有注意到竹下先生的號碼牌也發生了變化。」上田跟中島全看著竹下，「竹下，你太過分了，居然利用我們！」
竹下不服氣，「毛利偵探，你這麼說有證據嗎？」「當然有，目暮警官，爆炸現場發現的鑰匙上有中島先生的指紋，那把鑰匙應該可以打開竹下手里的公事包，而竹下手中的鑰匙卻絕對打不開這個公事包，因為他自己的公事包早就被炸毀了。中島先生剛才也證實了竹下現在的這個公事包是他的。」
目暮警官馬上進行了檢驗，很快就證實了這一點。千鈞明白了，「如此說來，關西大漢是枉死的了，竹下是想炸死中島的，結果陰錯陽差誤殺了關西大漢。」毛利偵探肯定，「沒錯，本來按照竹下的計劃，中島應該在回到自己家後才會打開公事包的，等中島被炸死後，也沒有人會懷疑到竹下的身上，他還可以利用這段時間把一些證據銷毀，比如拿在自己手里原本是中島的公事包。」
目暮警官走過來，「竹下先生，現在人證物證都有了，你還有什麼話說嗎？對了，你為什麼想要殺害中島先生呢？」竹下嘆氣，「毛利偵探，我認輸了。炸彈的確是我裝的，恐嚇信也是我偽造的，我本來想殺死中島，偽造成恐怖分子所為，沒想到事情會變成這個樣子……我沒想要殺害那個無辜的關西人，就像你說的，事情出乎我的意料……」
中島大怒，「竹下，我平時對你也不錯，你為什麼想要用這麼殘忍的辦法殺死我？」竹下突然發瘋一樣沖上來，揪住中島揮舞拳頭猛揍，「就是你中島！混蛋家伙，死的應該是你才對！是你害死了良美！」中島發出慘叫，警官甲乙急忙沖上來將竹下拉開。上田說良美是他們大學拳擊社的美女經理。原來，和竹下裕信交往多年的良美被中島英明插足搶走，後來，中島玩膩良美了後，將良美甩掉，良美悲憤羞愧之下自殺身亡。
目暮警官下令將二人一起帶走，毛利偵探攔住，「幸運逃過一劫的中島先生，我們言歸正傳吧！跟你進行交易的黑衣男子到底是誰？我覺得你從實招來的好，因為交易失敗他們組織的人也死了，就算你進了監獄，還是會找你報復的！我想這一點你應該清楚！你應該實話實說請警方保護你的安全才對！」
中島變得非常害怕，「我真的什麼也不知道！我剛才沒有對這個怪偵探撒謊！對了，我們每次暗中交換消息的地點是大黑大廈的cocktail（雞尾酒）酒吧。」千鈞和柯南都大喜，總算有個準確的消息了，二人立即匆匆離去。目暮警官感覺事情有些嚴重了，「毛利老弟，你醒醒，你剛才說什麼組織？」小五郎睜開眼，「怎麼了，目暮警官，恐怖分子找到了嗎？」目暮警官汗，「喂喂，你搞什麼，案件你不是剛才解決了嗎？」
說話之際，警官丙過來報告，秘密調查局的山本一夫帶人趕過來了。目暮警官站起來，「可惡，這個山本的狗鼻子還真靈啊，我這里剛剛處理完，他就知道了……」山本一夫臨時有別的事情，所以來的晚了，不然一開始他就帶人過來了。山本一夫趕到後，仔細問明了情況，還讓人立即做了死者的素描。山本一夫根據內線消息很快就知道，這個高大黑衣人是黑暗組織的人，代號暫時不明。
山本一夫轉身對目暮警官道，「目暮警部，炸彈的事情我不管，這個中島英明我要立即帶走，關于中島的所有事情盡量保密。」目暮大驚，「等一下，山本！中島涉及非法交易……」山本一夫冷哼一聲，「我當然知道，我就是為這件事情來的，這件事情牽涉到一個非常龐大的地下組織，我想，你應該明白了吧！好了，警部，這件案子的卷宗記得事後給我留一份，下次再見，希望我們合作愉快！」看著秘密調查局的人迅速撤離，目暮警官松了口氣，「混蛋，誰希望跟你再見，鬼才跟你合作愉快！」
千鈞跟柯南驅車趕往大黑大廈，一路疾馳闖了幾個紅燈。二人心急火燎地乘電梯而上，剛走入對應的樓層，就發生了大爆炸。無數人被炸死炸飛，好多電梯都被摧毀，千鈞和柯南大驚失色，「不好，又來晚了！」一個好心男子不住咳嗽，「你們別過去啊，爆炸是在雞尾酒吧發生的，那里很危險……」
柯南惱怒，非要過去不可，千鈞急忙抱著他混入混亂的人群中。柯南疑惑，千鈞指了指下面從樓梯上來的人員，「秘密調查局的人！你不會想讓他們發現你的真實身份吧？」秘密調查局的人也從中島那里知道了這個黑暗組織的據點，就馬上趕過來。同樣，琴酒和伏特加發現龍舌蘭出事，知道這里已經暴露，馬上命令情報人員撤離，並將這里徹底炸毀。警方和救護人員、消防隊在半個小時後才趕到這里，所有的一切都如同彌漫天際的黑煙一樣，整個事件就此塵封于漫天的黑霧中。
對于柯南跟千鈞來說，這個事情就到這里了，他們已經無法在追查下去了。秘密調查局將大黑大廈爆炸事件接手過去，一籌莫展的警視廳也松了口氣。山本一夫的人馬根據掌握的線索，很快追蹤到了黑暗組織外圍的情報人員，雙方發生一系列激戰，黑衣組織損失不小，琴酒、伏特加帶著剩下的人員轉入潛伏狀態，東京似乎又恢復了平靜。山本一夫雖然沒有抓到大魚，卻知道了死魚的代號是龍舌蘭。
尾聲，竹下裕信謀殺中島英明未遂，誤殺不知名關西人，炸傷了不少無辜，但他並不是恐怖分子，因此法庭只判處竹下20年徒刑。中島英明非法交易頂級程序員名單事件，由秘密調查局接手調查，所有的相關消息都被封鎖，中島也被關到秘密調查局的審訊室，不知道何日才能重見天日。毛利小五郎因破獲電玩公司爆炸案，警視廳給以b級獎勵，目暮警官也因這件爆炸案的功勞官復原職。報紙上都報道的是毛利偵探精彩推理炸彈案件的過程，千鈞因為推理失誤，報紙上自動將其忽略不計。千鈞為此郁悶了好幾天，「真是的，我的推理至少對了一半吧！」柯南大笑，「可你找出的根本不是真相，糊涂的華森！」