柯南在箱子里翻找，手指被刀子不小心劃傷了，流出鮮血，「凶手真的是他啊！絕對錯不了！這次找到證據了。」柯南拉住博士，開始商量唱雙簧的細節，並叮囑他千萬不要在中途打岔，千鈞以前可沒少讓柯南頭疼，博士滿口答應。三上大輔向目暮警官請示，要先送松井去醫院，目暮點頭答應了，「今天是沒什麼進展了，改天再找你們問案吧。」博士突然大喊，「等一下！」
大家回過頭，驚訝地看著阿笠。博士露出鄭重的表情，「哼哼，還不能讓大家回去。我注意到了，凶手就在你們當中！」大家都驚叫起來，「什麼？」柯南有些頭疼，最後那2句是博士自己發揮的，「喂喂，你只要配合我的話，動動嘴就可以了。」博士回頭嘿嘿一笑，「沒關系啦，偶爾也讓我發揮一下了！」柯南氣惱，「可惡，剛才可不是這麼說的！」目暮警官咳嗽一聲，「阿笠博士？你應該知道孩子們去追穿著道具服的凶手，但在樓頂凶手卻消失不見了，只有道具服落地起火。如果你知道凶手是誰，就先解釋一下這個謎團吧！」
博士開始自己推理，「這大概是所謂的特寫吧！立體電影中不是常用的嗎？凶手一定是用影像……」博士回頭低聲道，「對不對啊，新一？」柯南無語了，這家伙純粹在胡謅。千鈞苦笑，「拜托，博士，孩子們不至于連影像和真人也分不清啊，還有一路上的油漆腳印，總不是假的吧！」友美也生氣，「是啊，我明明在走廊撞到了凶手，親眼看到他逃走的。」安達沖著博士大喝，「你可別胡言亂語啊！」博士徹底啞火，「啊，不……剛才說的不算，不算！其實是……」
柯南苦笑，博士也就到這種程度了，接過話題，「是詭計！而且是相當簡單的計謀，只是警察跟我們都沒有立即看出來。」柯南用博士的聲音推理，仔細想想，偵探團和阪口友美只是在拐角處看到了凶手，但凶手有沒有上樓梯，大家都沒有親眼看到。目暮警官質疑，「可是，樓梯上的腳印一直延伸到樓頂。」博士一愣，「的確……」柯南從後面踹他一腳，「喂，配合我的聲音！」博士急忙答應。
其實，那些腳印是凶手事先弄上去的，為了偽裝成爬樓梯到樓頂。目暮警官大笑，「白痴啊，如果那些腳印一開始就在走廊上，任何人都會發現的。」博士搖頭，「如果事先涂的只有樓梯那段呢？」千鈞贊成，「如果很少人到樓頂，大家應該很少注意那里的樓梯，這一點並不奇怪。」
博士（柯南）繼續推理，凶手可能用哥梅拉的腳，事先弄出腳印，證據就是走廊上有尾巴印，樓梯上卻沒有，凶手可能沒有注意到這一點。換句話說，凶手逃到拐角處一離開偵探團的視線，就立刻在樓梯下方月兌掉道具服，帶著道具服走到頂樓下的那個房間，然後將道具服點火，從窗戶向外丟下去。如此一來，尾隨腳印而來的偵探團，自然覺得凶手逃到了樓頂。可是到樓頂後卻看不到任何人，只看到掉落在地面的哥梅拉道具服，于是這件奇案就這樣形成了。
博士大叫，「原來如此！」千鈞也明白了，目暮警官奇怪地看著博士，博士滿頭大汗，「沒有了，哈哈……」友美提出反對意見，「可是油漆桶不是湊巧擺在那里的嗎？又是凶手不小心撞翻的嗎？凶手又不知道放什麼顏色的，怎麼事先弄上腳印？對吧，安達？」安達這次明白了，「沒錯，那是我在案發前湊巧放在那里的，連我自己都差點忘了。」目暮警官皺眉，「怎麼回事？怎麼不合邏輯？」
博士徹底傻眼了，踫了踫柯南，柯南好笑，繼續用博士聲音，「當然不合理了，因為安達先生和友美小姐是為了包庇凶手說了謊話。」大家都吃驚起來，博士解釋，「小朋友們踫到布景都被安達先生罵了，他怎麼可能在正式開拍前把油漆桶忘在那里呢？那是凶手行凶時帶在身邊的，以便弄出腳印。」目暮警官一愣，「那他們知道凶手是誰了？」「應該是這樣，安達先生只是在友美小姐示意下附和而已，不過，友美小姐應該知道凶手是誰。可能是在走廊里撞到凶手，看到了拉鏈里面的背影，知道了凶手是誰。」
博士解釋，事後友美到攝影棚看到了龜井的尸體，知道發生了什麼事，就隱瞞了真相。「對不對，友美小姐？」友美說不出話來。目暮警官詢問，「凶手到底是誰？」「案發當時所有工作人員都和我在試映室看m片，換言之，凶手就在當時不在試映室的三上、安達、友美、松井之中。安達先生只離開5分鐘，是不可能行凶的。跟孩子們一起看到凶手的友美小姐也是清白的。剩下的只有三上導演和松井先生。」
博士突然回頭嚷嚷，「喂，松井受了那麼重的傷，三上是我的好朋友，他們都不可能是凶手！」柯南叫苦，「這個笨蛋！」大家都疑惑看著博士，博士急忙打哈哈。柯南拿著變聲器，「所以非常出乎意料之外，凶手就是……」這時，步美和文乃發現柯南躲在阿笠博士身後，「喂，你在干嘛啊，柯南？」柯南大急，揮手，「別礙事，到那邊去！噓！噓！」博士大汗，目暮頭上都是問號。博士一看不好，急忙自由發揮，「沒事了，蒼蠅有點吵，哈哈……」
目暮警官快沒有耐心了，「凶手到底是誰？」柯南偏偏被文乃拉住了，「我們一起到那邊吧，別打擾博士破案。」博士不停地擦汗，千鈞只好解圍，「警部，你還記得《尼羅河上的慘案》嗎？」目暮警官點頭，他當然看過這部電影，也讀過這部小說，「等一下，難道你是說？不可能吧……」
尼羅河上的慘案（英文︰deathonthenile）是1978年出品的一部英國電影，是根據阿加莎•克里斯蒂在1937年出版的同名小說改編的，後來又連續翻拍。電影講述了行進在尼羅河上的一起游艇上發生的三起殺人事件及比利時偵探赫爾克里•波洛對事件的調查，最終波洛將游客召集起來，揭示了三起案件的真相，凶手是個大家最意想不到的人，最後的結局是個悲劇。
柯南總算擺月兌了文乃的糾纏，「沒錯，凶手就是你，松井秀豪先生！」安達惱怒，「胡扯，雖然松井演了十年哥梅拉，但他傷成這樣，還能逃跑嗎？」三上也道，「對啊，阿笠，友美也說看到凶手跑得很快，但好像穿不慣哥梅拉服裝的。對不對，友美？」友美卻說不出話來，博士發音，「友美小姐應該看過《尼羅河上的慘案》吧！傷成這個樣子，確實無法殺人或者逃走，可是先決條件是受傷是在案發之前。」目暮警官明白過來，「難道這傷，是他自己……」
松井秀豪照搬了尼羅河慘案的行凶手法，他在行凶後丟掉哥梅拉道具，回到倉庫，以事先準備的另一把刀子刺的，這是為了避開警方的調查，以證明自己無法逃走而設的苦肉計。同樣，案發前，偵探團看到松井受傷，只不過是松井的障眼法，道具拍攝現場並不缺乏假血。目暮警官還有一個疑問，「的確是模仿了尼羅河慘案，對了，孩子們看到他受傷後，不是奔攝影棚方向追哥梅拉了嗎？松井要如何趕在孩子們前面呢？」
其實，從後面走廊的入口出去的話，馬上就能到攝影棚了。偵探團離開後，松井馬上從那里飛奔到攝影棚。然後在昏暗的攝影棚，當著偵探團的面殺死了事先約好踫面的龜井修。「之所以讓孩子們看到，大概因為這個圈套需要追隨腳印而來的目擊者吧！」千鈞點頭，「原來如此，難怪他要選擇腳程比大人慢很多的孩子們當目擊者。」博士也道，「小孩子天生好奇，要他們別去他們更想去，所以扯上命案也就不奇怪了。」
松井放火燒毀哥梅拉服裝是為了消除里面的痕跡，因為拿去化驗就能知道最後一個穿的人是誰了。選在大家都在試映室的時間進行，是因為走廊上不會有其他人，當然也就不會連累到別人。不幸地是三上、阪口、安達也都因各自的原因，有了嫌疑。目暮警官詢問證據，博士回答證據當然有，松井刺傷自己的那把刀就在放假刀的道具箱子里面，他只能放在那里，因為刺傷自己後，他已經動不了了。
「還有一個證據，就是松井穿的那件汗衫！」博士解釋，凶手穿著哥梅拉服裝拼命逃跑，汗衫應該早就濕透了。千鈞奇怪，「汗衫有什麼問題，沒有汗水，我看很正常啊！」「因為他換過了，詳細情景孩子們知道。」柯南從後面走出來，「步美，你還記得嗎？在倉庫里面把果汁潑到了松井叔叔身上，哎呀，就是在叔叔被刺傷之前。」步美立即想起來了，「對啊，我還向叔叔道歉了呢！」偵探團也都記起來了，柯南走過去，查看松井的汗衫，「奇怪啊，怎麼沒有果汁的痕跡？到底在哪里換的啊？叔叔不是腿上有傷，不能動嗎？」松井啞口無言。
阪口友美走過來，拉住步美，「小妹妹，你是不是記錯了？會不會當時潑在了地板上，而不是衣服上？」步美搖頭，「不是啊，我真的……」友美急了，眼里都是淚水，「真的確定嗎？你再仔細想想……拜托你了，小妹妹！」步美看著傷感的友美，說不出話來。松井突然開口了，「夠了，友美。不要逼這個小女孩了，當時幾個孩子都看見了。博士說的沒錯，我滿身大汗，不得不換了衣服，換下來的汗衫就在袋子里。」目暮警官馬上吩咐助手警官去尋找。
安達有些不明白，「你為什麼要殺龜井？你下部片子不是有著落了嗎？」松井苦笑，「下部片子？我根本想都沒想過，我滿腦子里只有哥梅拉的事情。」三上大輔奇怪，「你不是最想停拍哥梅拉的嗎？」松井這次說出了真相，原來這一切都是龜井的謠言，因為龜井想說服大家停拍叫好不叫座的哥梅拉。當時，松井就覺得很奇怪，為什麼大家都用悲哀的笑容鼓勵自己，一直到2個星期前，松井才知道了謠言的真相。松井十分憤怒，就跑去找龜井理論。可龜井根本不予理睬，只告訴他，已經大肆宣傳這是「哥梅拉的最後決戰」了，所以來不及改變了，「哈哈，只要不到1年，大家就會忘記那個橡膠制成的怪物了！」
三上大輔嘆氣，「松井，你為什麼不找我商量？」「我說不出口，看到大家為這最後一部努力的痛苦樣子……不過，我不會後悔，只覺得很抱歉，沒辦法拍哥梅拉死掉這最後一幕戲了。還有一點，讓我很過意不去，就是讓孩子們目擊到案件的發生。」目暮警官嘆息，揮手示意，幾名助手警官過來扶著松井離去，應該先去醫院了。
千鈞詢問，「友美小姐，你真的在哥梅拉背後看到松井了嗎？」友美搖頭，「不，我什麼都沒看到，因為一晃眼就跑掉了。」千鈞一愣，「那你怎麼知道的？」友美有些傷感，「傻瓜，即使看不到里面，還是可以從動作看出來的。因為我們休戚與共已經十年了！他是我最好的伙伴啊！」千鈞感慨萬千，決定正式投資贊助大寶動畫電影公司，阿笠博士也成為投資的股東之一，當然，第一件事情就是希望大家先把哥梅拉的這部戲拍攝完成，並要求公司招聘專門的宣傳人才。
尾聲，松井秀豪殺害龜井修，被法庭判處4年徒刑。阿笠博士因破獲哥梅拉殺人事件，警視廳給以b級獎勵。這讓阿笠博士得意了好久，「天才博士也是天才偵探，哈哈……」柯南苦笑，「還是那麼愛現，早知道就不讓他出風頭了。」大寶公司的改組在千鈞的催促下也很快完成了，《哥梅拉的最後決戰》電影的宣傳也非常到位。2個月後，哥梅拉順利上映。
小蘭帶著少年偵探團5人組，搭乘博士的甲殼蟲前往電影院觀看。千鈞、靜楊、直子、小雅、由美、花井也一起觀看了首映式。電影院里座無虛席，幾乎都是大人帶著孩子們來觀賞這部影片的。未拍攝完的最後一幕，由于時間太緊，找不到合適的演員，千鈞親自出馬來扮演哥梅拉，不過，哥梅拉最後死掉的那幕劇情被改變了，因而沒有出現。因為哥梅拉永遠活在銀幕上，驚心動魄的影像與感人的故事情節，讓觀眾屏息，激動不已。整個電影院里都回蕩著哥梅拉最後的嘶吼聲，卻讓人覺得無比的淒涼。
《哥梅拉的最後決戰》獲得極大成功，票房收入高居榜首，讓大家激動不已，博士投資成功，高興萬分。三上大輔更是淚流滿面，同樣，工作人員還是頭一次拿到這麼多的電影獎金。阪口友美十分感激千鈞，更多的是佩服，不僅僅是投資，更主要的是最後那幕哥梅拉的成功表演，很多常人無法做到的特技動作，在千鈞那里如同小兒科一樣。正如靜楊她們所言，千鈞本來就是一個怪物，出演怪獸再合適不過了，以後可以考慮做這種怪獸工作。由美卻含著醋味警告他，不要打友美的主意。千鈞郁悶不已，「原來在你們眼里，我跟友美小姐的搭檔配合，就是典型的美女與怪獸啊！」幾個女孩都嬌笑起來，花井再也忍不住，將嘴里的飲料噴了千鈞一身……