曾經侵入各大企業電腦里擾亂資料的電腦病毒，沒人能找到它，也沒有辦法阻止的完美程序，因為太神出鬼沒了，大家就呼之為「暗夜公爵」，「熟識電腦的人都知道！」柯南有點明白了，怪不得博士這麼上心，那個主辦者會扮演暗夜公爵，那他所說的磁盤程序應該就是博士所說的「虛幻」病毒，也許根本就是「暗夜公爵」。金城忽然感慨起來，「听見這個名字我就想起4年前去世的兒子……」這時，林靜江回來了，柯南急忙告辭離開。金城的臉色突然變了，「小心啊，靜江，這個小孩不簡單！」林靜江點頭，「我知道了，老爺。」
柯南找到了今野史郎，他在用手機接電話，柯南接近偷听，今野冷笑，「果然不出所料，那個江原時男就是個盜取程序的黑客。」柯南忍不住問，「然後呢？」今野一愣，驚訝地看著柯南，柯南也才明白過來，手踫到了電腦，急忙打哈哈。今野大怒，給了柯南一記重擊，「不要踫我的里美！」柯南不好意思道歉，原來里美是今野去世母親的名字，現在是那台筆記本電腦的名字。「里美，沒事吧？那就好，呼呼……」柯南汗，「這家伙是個變t，居然把去世母親的名字用在那台電腦上。」
柯南走回來發現江原不見了，就詢問旁邊的美女服務員乙，「旁邊那個男子去哪里了？」顯然，服務員乙也被江原騷擾了，「那個啊，他說有事情先回房間了。咦，小朋友，你認識他嗎？」女服務員將江原頭上的布條交給柯南，「這是他留下的，你還給他吧，我可不想去的房間！」柯南只好接過來，暗道等會讓千鈞去還給那個家伙好了。小蘭突然從身後出現，將柯南抓起來，「你又到處亂跑了！」小蘭牽著柯南向回走，柯南疑惑，「其他人呢？」小蘭沒好氣地說，「爸爸、前田、明子都回房間了，只剩下我們和千鈞他們了。」
千鈞和柯南會合後，大家一起乘電梯回到樓上。大家先到18層，去千鈞他們的房間轉了一圈，小蘭覺得跟老爸和柯南擠在一起不方便，由美就讓小蘭下來跟自己作伴，小蘭大喜，一口答應了。小蘭、柯南、千鈞一起來到1902號房間，屋里沒有人，顯然毛利小五郎沒有回來。大家听到隔壁房間傳來前田聰的哀求聲，「明子，讓我進去吧！」「不讓，花心！」前田也生氣了，「喂喂，你喝醉了吧！」顯然小兩口還在為餐廳的事情生氣，明子的醋勁到現在還沒退。
大家一起走過來，詢問狀況。前田聰不好意思地說，「她說我一直盯著上條小姐，還偷看那些美貌的侍應生……」明子在門後嚷嚷，「是事實嘛！」前田決定讓明子冷靜一下，就熱情邀請小蘭去樓上咖啡廳。柯南大驚失色，小蘭卻躍躍欲試，但有點擔心明子的態度，前田也生氣了，「哼，不用理她，每次都耍小性。來，我們一起走吧！」小蘭紅著臉被前田聰拉走了，柯南氣得跳腳，責怪千鈞不幫忙阻攔。千鈞好笑，「小蘭只是崇拜前田聰而已，你別想太多了。」柯南氣呼呼地追了過去。千鈞笑著搖頭，轉而去樓下邀請花井她們一起去咖啡廳。
咖啡廳正對著瞭望台非常漂亮，像千鈞他們這樣6個人一起過來喝咖啡的，還是比較少見。千鈞特意選了一個角落，距離小蘭和前田不遠也不近，剛好能看清楚。前田聰稱贊小蘭比星空還美麗，小蘭很是高興，柯南突然擠到2人中間，用力推開前田。從這里看外面的大海，海洋逐漸變成黑色，樣子還是很可怕的。
柯南夾在前田和小蘭中間肆意搗亂，花井在遠處看得清楚，忍不住笑道，「原來柯南是去做護花使者了，千鈞，你不該讓個孩子摻和這種事情！」靜楊哼了一聲，眼光不善地看著千鈞，「你是來監視小蘭的吧！」小雅卻明白，「你是替工藤新一看著小蘭吧！」直子冷笑，「你為這個好朋友還真盡心盡力啊！是不是有點熱心過頭了？」由美也道，「不知道的人還以為你在暗戀小蘭呢！」千鈞頭疼，「這都什麼亂七八糟的，其實，我只是好奇而已，真的……」眾人一起噓他，認定千鈞回去肯定要給新一打小報告。
小蘭問前田聰怎麼認識明子的，前田聰笑著說他們從小就認識，前田與明子的哥哥佐山是最要好的朋友，但佐山3年前去世了。柯南惡意地猜想，這家伙一定是趁著這個機會獲得了明子的芳心，騙女孩子的本事跟大叔他們這些是一樣的。小蘭突然問前田有沒有看到老爸，前田笑著說，「他跟那位超級大美女在一起，就是2102號房的上條小姐。」小蘭的臉色有些不好看，柯南暗笑，這才像大叔的作風。
公主酒店二樓酒吧，小五郎和上條秀子在一起暢飲，小五郎的眼楮死死盯著秀子的前胸，口水都快流到酒杯里了。上條倒是見怪不怪了，男人垂涎自己的美色那才正常，自己的前夫也是這副德性。小五郎這才知道，上條已經結婚了，但在3年前離婚。小五郎感慨，「竟然跟這麼漂亮的女人離婚！」卻全然沒想到自己的妻子妃英理容貌身材能力，都絲毫不比上條差，可夫妻二人還是分居了。
上條秀子見小五郎徹底被自己迷住了，覺得火候也差不多了，就將大叔作怪的手抓住放到台面上，「不要講這些了，快點告訴我吧，暗夜公爵到底是誰？」小五郎還有些清醒，「不可以啊，這可關系到我的住宿費。」上條秀子向前湊了湊，整個身體都擠到了毛利身上，毛利起了本能的反應，「哇，她的胸部好棒啊！」上條嫵媚地一笑，「好了，名偵探先生，快點告訴我了！」趁著毛利色與魂銷上下起手之際，上條悄悄將一顆藥扔到了毛利的酒杯中。
秀子責怪毛利太認真了，毛利露出y蕩的笑容，「今晚一定很開心，很難忘！」上條秀子也露出美人計得逞的笑容，「這些男人都一樣！」咖啡廳，咖啡喝得差不多了，前田聰和小蘭、柯南起身離開，前田估計明子的氣也消了，「再留在小蘭小姐身邊，會被罵的。」說完，前田模了模柯南的頭，「是不是啊，小小的護花使者！你是不是還打算把其他朋友叫來幫忙……」原來前田已經看到千鈞他們那伙人就在不遠處，也正準備動身離開，柯南紅著臉說不出話來。
前田向門口走去，小蘭笑著跟靜楊她們打招呼，「你們這麼多人一起喝咖啡，還真是讓人羨慕啊！」幾個女子七嘴八舌打趣起來，柯南跑向前田聰，「前田先生，病毒是什麼？」前田一愣，「哦，病毒？你說的感冒那些嗎？」柯南苦笑，這家伙是個電腦盲，「沒什麼了！」前田雖然疑惑，還是轉身離開了。
千鈞問柯南剛才說了些什麼，柯南簡單把情況說了一遍，「完美無缺的電腦病毒‘暗夜男爵’，可以利用它恐嚇銀行、大企業獲得巨額利潤，一定有很多人想得到它。」千鈞搖頭，「哪有那麼容易，有病毒就有防毒的辦法，一開始可能奏效，時間稍微一長其他程序員就能找到防止病毒的辦法了。」柯南更疑惑了，「但是，為什麼主辦人找來這麼多人，他到底想做什麼？只不過是場游戲，還是……」
在旅館外面的游客、窗戶附近的客人、室外餐廳的人員都看到一個戴著面具打扮如同暗夜公爵的人上演了一幕精彩地自由落體運動。暗夜公爵非常不幸，飛落到旅館一側的銀色武士雕塑上面，武士手中的利刃穿透了暗夜公爵的身體，鮮血飛濺，血花四溢，周圍的人無不驚叫，暗夜下的公爵，死亡的身影令人毛骨悚然。
伊豆公主酒店瞭望台，大家依然在欣賞夜景，小蘭見天色不早，「柯南，我們先回房吧！」柯南點頭，小蘭笑道，「不知道爸爸去哪里，不等他了，我這就帶行李到宮本警官的房間去，你留下等爸爸吧！」柯南吐槽，我就知道這樣，誰願意跟酒鬼大叔同室休息啊！大家听到很多人議論紛紛，「听說了嗎？有人跳樓了！」「是啊，還插在樓下室外餐廳的銅像上！」「好慘啊，好恐怖的！」「現在警察和一大幫人都在下面呢！」「是誰掉下去了？」「不知道，好像那人戴了面具。」
柯南和千鈞立即向樓下奔去，由美嘆氣，「看來，我們也得過去看看了。」花井搖頭，「柯南這孩子，怎麼這麼喜歡往案件發生的地方湊呢！」小蘭多少有些不好意思，貌似自己身邊的人，老爸、男友、柯南都是這個樣子。室外餐廳，警察們正在拉起封鎖線，讓群眾退後。千鈞在遠處也看清了，掉落下來的真是暗夜公爵，但不知道是誰假扮的。
柯南趁著千鈞跟身邊的警察甲交涉的功夫，低身鑽了進去，想要接近觀察。小蘭在外面大喊，幾個女子都無語了，柯南也太喜歡偵探游戲了吧！突然，為首的警官將柯南抓起來，「小朋友，這里不是你玩的地方！咦，你不是毛利偵探身邊的那個小鬼嗎？」千鈞也說服了警察甲，進來一看，原來是橫溝參悟警官，臉長長，頭發拳拳，眉毛粗粗，眼楮大大，珊瑚頭。
宮本由美也進來了，「你不是琦玉縣的橫溝警官嗎？」橫溝大喜，「宮本小姐，你也來了啊！好久不見，你越來越漂亮了，呵呵！我是上個月剛轉到靜岡縣警署的。」二人說話的時候，橫溝也看見還站在封鎖線外的小蘭、靜楊、小雅、直子4人，上次在琦玉縣見過，但還有一個美女他不認識。橫溝笑著走過去依次跟大家打招呼，「這位大美女，我是第一次見，讓我猜猜看，她一定是毛利夫人，對不對？真的好年輕，好漂亮，絲毫看不出已經有小蘭這麼大的女兒了……」
幾個女子全都笑得前仰後合，小蘭多少有些尷尬，「不是了，這位是花井亞希子小姐，是直子的姐姐，這次跟大家一起來伊豆旅游的。」花井笑著上前跟橫溝握手，橫溝有些不好意思，這個烏龍擺的太大了，不停地向花井道歉，花井表示自己並不介意。橫溝稱贊她年輕美麗，她還是很高興的。橫溝暗道，除了宮本警官，現在還有花井小姐，看來自己運氣不錯啊，屢次遇到大美女，至于小蘭她們4個高中生直接被橫溝忽視了。
由美問橫溝，摔死的人是誰？橫溝這才從美色遐想中清醒過來，自己這次來是查案的。回頭發現，柯南和千鈞已經在死者身邊檢查尸體了。柯南輕輕摘下死者的假面，當場驚呆了，死者竟然是那個江原時男。小蘭等人也都看見了，全都驚叫起來。橫溝大喜，急忙詢問，小蘭說了江原的情況，「他是我們這個推理旅行團的組員。」
千鈞也確定了，江原的確是掉下來後才死的，不是被人殺害後拋尸的。柯南卻發現江原的領帶有些不對勁。橫溝也從小蘭那里得到了重要情報，「原來如此，主辦者混在團隊中，假扮暗夜公爵制造案件，誰找他出來，誰就可以免費住宿。這麼說來，江原時男就是主辦者了。」千鈞也奇怪，「他怎麼會從上面摔落下來？是自殺還是意外？柯南，你能確定推你下來的人是他嗎？」柯南苦笑，「怎麼可能呢，當時那個人也是這身裝束，但我沒法肯定是不是江原。」
橫溝覺得事情沒那麼簡單，索性省事一些，直接問小蘭，「毛利偵探在哪里？」小蘭苦笑，「我也不知道啊！」迷人的上條秀子走過來，「他在2樓酒吧里。」橫溝看著x感迷人的上條，使勁咽了口水，這個女人簡直是妖精啊！橫溝回過神來，「我還是找毛利偵探商量一下吧！」小蘭急忙跑去酒吧找老爸。上條看著慘死的江原，露出傷感的表情，還掉下幾滴眼淚，但很快，她搖搖頭，「這個混蛋，遲早有這麼一天。」
千鈞卻看見了上條的拭淚的舉動，多少有些奇怪。千鈞帶著柯南會合諸女一起來到酒吧，橫溝警官向宮本由美和花井亞希子大獻殷勤，刻意討好的樣子人人都看得出來。剛才的功夫，橫溝已經證實了，宮本和花井都是單身，至于案子，他認為交給毛利偵探來解決更好。可是來到酒吧後，橫溝傻眼了，毛利醉倒在酒桌上。小蘭努力將其搖醒，小五郎嘴里還喊著「上條小姐，來吧！今晚我們來個**難忘的夜晚……」
小蘭火大，覺得面子都被老爸丟光了，于是將老爸一頓胖揍，在劇痛的刺激下，小五郎終于清醒過來，「什麼？江原打扮成暗夜公爵墜樓身亡了？」小蘭松了一口氣，「真是的！」橫溝點頭，「當時的時間是十點。」小五郎急忙穿好上衣，提議馬上去查江原的房間2101。大家一起來到門外，橫溝警官這才知道里面被鎖上了，根本進不去。用備用鑰匙打開門後，才發現不僅僅是這樣，里面竟然用防盜鎖反鎖上了。橫溝只好命令助手警官乙去取老虎鉗等工具，打算剪斷里面的鋼鎖。千鈞笑著走過來，拿出七夕劍，順著狹窄的門縫，將防盜鎖輕輕削斷。橫溝大為贊嘆，「好劍！」
毛利、橫溝、千鈞、柯南進來後，發現江原的衣服丟在地板上，連門鎖鑰匙都扔在旁邊。小五郎認為這家伙今晚上喝得太多了。窗戶是打開的，對著陽台。大家來到陽台，橫溝推斷江原是從這里掉下去的，位置剛好對著下面的雕像不遠。千鈞也在欄桿下發現了夾著的手套，小五郎由此認定，這是意外，「一定是想從這里跳到樓下陽台，嚇唬其他組員。但是他酒喝太多了……真蠢啊！」
柯南卻提出反對意見，「可這里是21層，他怎樣下去呢？除非江原有千鈞哥哥那樣的身手，但顯然不是，因為白天他被那群女人輕而易舉地教訓了一頓。」柯南在小本子上記錄，「還有最重要的一點，他的鑰匙留在房間，門又被反鎖，就算他能從下面房間出來，又怎麼回到自己房間呢？」小五郎大怒，這個小鬼又在現場指手劃腳，上前給了柯南一記爆栗，「閉嘴！」柯南慘叫，頭上起了大包，手中的鋼筆也從陽台掉落下去。