不在場證明，暗號，作案手法，交易，一個充滿神秘的黑暗組織。浪客中文網千鈞還在安慰梅琴，「志保應該還活著，你就不要太擔心了。」梅琴還在發愁，「可怎麼樣她才能從組織里逃出來呢？」千鈞道，「別想這麼多了，我陪你去逛街或者看電影好了……」二人正在親昵商量行程之際，阿笠博士打來電話，讓千鈞過去一趟，「有件很奇怪的事情，跟你有關系。」千鈞納悶，只好過去看看。千鈞來到阿笠宅，見到了那個茶色頭發的小女孩。千鈞目瞪口呆，他已經知道這是誰了。不錯，這個女孩就是宮野志保，跟她小時候是一模一樣的。志保和千鈞分別時還很小，現在的樣子只比那時候稍大一些。
二人久別重逢，分別十幾年才相見，格外激動。阿笠博士已經給她起了新的名字，灰原哀。盡管宮野志保不大喜歡這個名字，但還是勉強接受了，因為她記得千鈞說過，「你長得很像一個叫灰原的女孩。」千鈞彎腰將灰原抱起來，「真的是你嗎，志保？」灰原伏在千鈞懷里，眼中也都是淚水，「現在我叫灰原，沒想到你當年的戲語竟然會變成真的。」博士問道，「千鈞，她真的是你正牌子的女朋友嗎？」千鈞苦笑，「兒時的戲語，一點都沒錯，如假包換的宮野志保。」博士松了口氣，「那我就放心了，開始我還以為這個小丫頭在胡謅呢，幸好有新一的前例。」這正是，「十年生死兩茫茫。不思量，自難忘。相顧無言，惟有淚千行。料得年年斷腸處，明月夜，短松岡。」
十幾年沒見，千鈞和志保有很多話要講。二人足足談了一晚上，灰原還逼著千鈞唱了那首《長亭送別》。千鈞感慨萬千，讀了一首宋詞，「彩袖殷勤捧玉鐘，當年拚卻**。舞低楊柳樓心月，歌盡桃花扇底風。從別後，憶相逢，幾回魂夢與君同。今宵剩把銀釭照，猶恐相逢是夢中。」灰原現在是小女孩身體，倚在千鈞懷里沉睡，「你這個怪樣子肯定沒有女朋友，我就勉為其難繼續當你女朋友好了。」
千鈞苦笑，還不知道怎麼跟灰原解釋，難道說一時把持不住跟人家姐姐發生了關系？前幾天灰原因為被雨淋生病，身體還沒有完全恢復，這次相見又特別激動，所以很快陷入沉睡中。千鈞猶豫了一下，覺得為了安全起見，暫時不能把梅琴的真正身份告訴灰原。因為灰原的相貌與志保小時候一般無二，很容易暴露。如果她們姐妹相認，梅琴也馬上有暴露的危險。而現在的情況是，所有人都認為宮野明美已經死亡。
不過，千鈞還是將灰原的真正身份告知了梅琴。梅琴激動萬分，不顧千鈞的勸阻，馬上跑到博士家去照顧體弱的灰原。阿笠博士很奇怪，不知道梅琴為什麼那麼喜歡灰原。梅琴抱住灰原噓寒問暖，忙前忙後，親自下廚給她做好吃的。梅琴也知道自己的身份干系很大，一旦出事後牽連到千鈞等人，就沒有說破自己的真正身份。灰原感覺到梅琴身上有熟悉的氣息，但梅琴的相貌與姐姐一點也不一樣，包括一些習慣都對不上。灰原暗道，「也許是巧合罷了。」千鈞介紹梅琴，「這是我們藤笠公司的經理，梅琴雨音小姐。」雖然二人沒有相認，但梅琴堅持讓灰原喊自己姐姐，讓千鈞頭疼不已。幸好組織的事情，雙方都一句也沒提。
為了讓灰原有個合法的身份，千鈞跑前跑後，托了不少關系和人情，總算讓灰原哀成了合法的日本公民。相關的身份證明辦完後，千鈞和阿笠博士、梅琴三人商量後，決定送灰原去上學。說起來，宮野志保還真的沒有正式上過小學。為了不引人懷疑，灰原只好接受了這個安排。學校就選擇了帝丹小學，阿笠博士以灰原監護人的身份，親自去辦了入學手續。
灰原第一天上學，梅琴親自開車去送。灰原總覺得這個姐姐有些熱心的過頭，可又非常喜歡她這種呵護，覺得像理所應當的一樣。至于那些亂七八糟的關系，千鈞沒敢告訴灰原。灰原還以為千鈞真的沒有女朋友，梅琴有些羞愧，就沒有說破。在梅琴看來，只要妹妹安然無恙，就算變小，也不是什麼大事。梅琴暗自祈禱，「爸爸媽媽在天保佑，我和志保重逢了，以後我們再也不會分開。我會照顧好妹妹，不會再讓她落入組織手里。」組織的魔影，似乎暫時離開了宮野姐妹的頭頂。
這天，新學期開學。帝丹小學，步美在四處宣揚，據說有一個新的轉校生要來1年級b班，她在小林老師的辦公室听見的。這應當是柯南之後第一個轉校生，光彥等人非常好奇。步美滿心期待，「是怎樣的人呢？」元太希望是可愛的女孩子。光彥認為不管是男生還是女生，個性最重要。步美問道，「柯南，你覺得會是怎樣呢？」柯南從書包里取出數學課本。最近這一陣子千鈞神神秘秘的不知道在做什麼，所以柯南有些疑惑。听完步美的話，柯南隨口道，「我看一定是死讀書的書呆子。」步美笑道，「這麼說來，你認為是男生了？」元太問道，「步美，你在職員室沒看到嗎？」步美說沒有，「我只听到了名字，叫做灰原。灰色的灰，草原的原。」
元太覺得很拗口，光彥道，「這個姓氏還真奇怪啊！」元太大笑，「總比柯南要好多了吧！」柯南黑臉，「要你管！」說話間，小林澄子帶著灰原來到教室，孩子們一陣歡呼，「是個女孩子！」「好可愛啊！」小林老師讓大家回座位坐好，柯南吐槽，「不過是個女孩子，有必要這麼興奮嗎？」小林老師將灰原哀的名字寫在了黑板上，「從今天開始，這位同學就要跟大家一起學習，她就是灰原哀同學。希望大家能夠跟她好好相處。」孩子們一起喊好，小林老師很滿意，接下來準備安排灰原的座位。元太大聲呼喊，「我旁邊沒有人坐。」灰原早就看到了柯南，「這就是千鈞的那個搭檔，平成年代的福爾摩斯，跟我一樣變小的家伙，工藤新一。還是蠻有趣的。」
灰原直接走到了柯南的座位旁邊，冷冷坐了下來，一句話也沒說，將書本取出來。大家都有些吃驚，元太非常失望，「什麼嘛，擺一張臭臉！」柯南有些詫異，灰原淡淡道，「請多多指教。」柯南只好回應了一聲。光彥卻嘆服，「好酷啊！」步美認為灰原一定是剛來太緊張了。小林老師擊掌，宣布開始上課。柯南發現，灰原在課堂上非常認真，雖然一句話也不說。灰原也在觀察柯南，她發現柯南根本就是心不在焉，從來就沒有認真听講。灰原嘆氣，「看來扮小學生，不是那麼容易的。」
放學後，灰原獨自向外走，有個老師喊有灰原電話。梅琴本來打算來接灰原的，但是公司有緊急的事務要處理，只好打電話到學校辦公室，讓灰原先自己回博士家，「小哀，要不讓千鈞來接你吧？」灰原道，「不用了，梅琴姐姐。我自己回去就行了，學校到那里很近的。」梅琴叮囑幾句，「你要注意安全啊！改天我帶你出去玩。」灰原等梅琴嘮叨完，掛斷電話，露出笑容，「梅琴姐姐還真是嗦，這一點跟姐姐一樣。」從辦公室出來後，步美在後面喊灰原的名字，「我們一起回家，好不好？」灰原冷冷看了步美一眼，繼續向前走。步美很是尷尬，沒想到會被對方拒絕。
元太走過來，「不要管那個冷淡的女人，一點禮貌都沒有。」步美不以為意，「她剛來，跟我們也不熟悉，會拒絕也正常。」文乃走過來，「不過，這個灰原真的很可愛，好有氣質……」光彥已經追上灰原，「請問，你家在哪里？你是剛搬來的吧？」步美跟上來，「你不用客氣。我已經听到了，你家里人不能來接你了。我們幾個可以送你回家的。」灰原忽然開口，「米花町2號街22號，那里就是我現在住的地方。」說完話，灰原冷眼觀察柯南的反應。柯南咦了一聲，元太問怎麼了，柯南說沒什麼，他覺得這個地址好像有些熟悉，「應該就在我家附近。可是那附近應該沒有什麼公寓或者樓房。有姓灰原的人家嗎？」
灰原猛然回頭，向柯南冷笑一聲，暗道，「這個笨蛋還沒有反應過來，名偵探嗎？我看是徒有虛名！也對，跟千鈞那個笨蛋在一起的家伙，能有多高明啊！」柯南看到灰原的表情，有些莫名其妙。文乃問怎麼了，元太嘲諷，「柯南，你該不會喜歡上那個冷淡女人了吧？」文乃大為緊張，柯南急忙矢口否認，「絕對沒有。」文乃松了口氣，「對啊，柯南不喜歡這種類型的女孩。」
來到換鞋的地方，光彥隆重介紹了少年偵探團的光榮事跡。灰原取出鞋子，「少年偵探團，你們嗎？」光彥宣稱為了解決委托的案子，少年偵探團在日夜活動。步美熱情邀請灰原加入偵探團，灰原隨口問道，「江戶川同學也加入了嗎？」元太蹂躪柯南的頭，「沒錯，雖然看起來靠不住，但這個家伙是我的手下。我是少年偵探團的團長。」文乃講，元太的鞋櫃是偵探團接受委托信的地方。灰原看到鞋櫃上寫著，「征求困難案件，1年級少年偵探團。」光彥道，「大家的委托書都會丟到這個箱子里面來。」元太強調，「不過，我們沒有告訴老師哦！」柯南好笑，「老師早知道了。」
元太吹噓每天都有很多委托信，「都是請求我們幫助他們解決謎題的，還有很多有懸念的案件。」可是鞋櫃打開後，里面只有元太的鞋子，沒有看到一封信。少年偵探團都很尷尬，元太自我解嘲，「平常都是滿滿的，今天大概是例外。」柯南毫不客氣揭穿，「平時也沒什麼委托信。」柯南轉移話題，「我們趕快回家，然後去公園踢足球吧！」孩子們一致贊成，灰原覺得沒什麼意思，「我要回去了。」在穿鞋時，元太發現鞋里面有一封委托信，大為歡喜。
這封信來自1年級a班，委托人俊也在教室等大家。孩子們很高興，一起過去。步美招呼灰原，「一起去吧。」出于好奇，灰原決定去看看他們搞什麼把戲。來到a班教室，俊也已經等在那里了。據他講，他的哥哥突然不見了。元太懷疑是綁架，光彥卻記得以前有過類似的案件，文乃和步美也想起來了。元太反應過來，「喂喂，你說的哥哥不會是你家的貓吧？」俊也很生氣，「當然不是。」俊也的確有個哥哥，比他大十歲，在一個星期前的傍晚不見了。他哥哥離開的時候，只說去朋友家一趟，沒想到一去不返。警察也幫忙尋找了，可是到現在還沒有找到人。
俊也決定找少年偵探團幫忙，或許能有些希望。光彥問道，「那你有沒有接到恐嚇電話？」俊也說沒有恐嚇電話，元太認為俊也的哥哥不過是離家出走罷了。俊也堅持哥哥不會離家出走，「因為哥哥跟我的感情很好。」偵探團對這個理由不能接受，文乃道，「也許是你哥哥有事情暫時離家幾天。」俊也很失望，柯南道，「總而言之，還是先去他家里看看再說吧。去了以後再說細節。」俊也大喜，向柯南道謝。元太大吼，「少年偵探團出動！」灰原猶豫要不要去，步美已經拉住她的手，「走了，灰原同學。」灰原只好跟著他們一起前往俊也家。
俊也家的門口停著一輛警車，孩子們都跑去參觀警車，很是興奮。光彥道，「這是一輛標準規格的警車，里面都已經被改造成最新型的設備了。」元太問道，「無線對講機裝在哪里呢？」光彥指給他看，「就在副駕駛位那里。」元太很興奮，「不知道能不能用這個來定制鰻魚飯呢？」光彥道，「我現在想訂披薩。」灰原好笑，「一幫小屁孩，也敢號稱偵探團！」柯南火大，「你們幾個，我們到底是為了什麼來這里的呢？」