某日傍晚，堤向津川河邊，東京大學研究生木田徹與兩個同伴帶著工具出現。木田今年24歲，穿著藍色上衣。兩個同伴中，戴著眼鏡的美女正是藤森香保留，24歲，穿著紅色上衣，她也是東京大學天文學系的研究生，另外一人叫做三島匠，24歲，同樣是東都大學的研究生。遠方的公路上，車流滾滾，金色的陽光灑射下來，夕陽美景，美不勝收。
草地旁，元太、文乃、光彥、步美4人結伴向回走，他們在討論假面超人的卡通故事。元太抱怨，「就在這時打出了未完待續的字樣。」光彥期待，「以後會怎樣呢？」步美叫道，「真的真的，真是期待明天的假面超人yaiba！」文乃叫道，「因為這是假面超人與復活的鼴鼠怪的宿命決斗啊！」元太大聲道，「絕對不能錯過！」幾個孩子回憶起假面超人的英姿，崇拜的不得了，「恩……真帥啊！」
這時，前面河邊，傳來藤森的聲音，「我記得上次也是11月。」木田道，「嗯，今天是早上3點多。今年血之雨一定會降臨。」4個孩子驚叫出聲，「血之雨！？」元太撲倒在地，光彥3人也急忙效仿，4人匍匐前進，仔細聆听幾人的談話。元太低聲道，「他們在說什麼？」光彥示意噤聲，他們看到二男一女在河邊，不知道做什麼。步美疑惑，「那個紅色衣服的女人好像是藤森姐姐。」偵探團還是認識藤森的，他們很奇怪，不知道藤森在這里做什麼。
木田遞給藤森一張照片，藤森接過來，「真是厲害啊！」木田隱約說道，「……水星的巢……」另外一個男人，三島隱約講道，「……魔得拉……」4個孩子被唬的不輕，繼續觀察。木田遞給藤森一個黑色團扇。由于汽笛聲一直在響，後面的話，孩子們都听不清了，甚至誰在開口都搞不清楚。汽車的笛聲過後，木田道，「那麼午夜12點在車站集合，從那兒坐車去目的地。」三島笑道，「加油啊！」說完話，3人就提著箱子一起離開了。
偵探團走出來，步美道，「藤森姐姐他們在說什麼啊？」光彥道，「血之雨什麼的，好像不大妙。」文乃發現地上有藤森不小心留下的照片，元太撿起來觀看，「這是什麼啊？」這是一張彗星的照片，但拍得有些模糊。光彥大叫，「我知道了。藤森姐姐他們準備去和怪獸戰斗。」文乃吃驚，「怪獸？」光彥開始推理，「是的，11月的某一天，早晨3點多。宇宙怪獸魔得拉會來攻擊地球。這就是它的照片。」元太模著下巴，故作深沉，「這麼說起來，他們剛才是說了水星之巢什麼。」
光彥擺出一副淵博的樣子，「水星是離太陽最近的行星，魔得拉的巢就在那里。」步美道，「那剛才那些人，還有藤森姐姐……」幾個孩子叫起來，「真正的假面超人yaiba！」隨後，幾個孩子打電話給淺井成實，詢問藤森與假面超人的關系。成實笑得肚子疼，只好隨口忽悠他們，「不是啦，你們的藤森姐姐不是假面超人的地球伙伴。也許另有其人吧！我知道的話，一定會馬上告訴你們，呵呵……」偵探團听完成實的解釋，有些不相信。光彥認為，藤森將成實也瞞過去了，就像假面超人瞞著自己的青梅竹馬的女友一樣。
第二天放學後，步美將照片給柯南看。柯南也很頭疼，一時不知道這是什麼照片。灰原在旁邊饒有趣味，「哦，還真的是很奇怪的照片啊！」步美笑道，「吃了一驚吧，柯南？」光彥故作高深，「本想把它作為只有我們4人知道的秘密。」元太笑道，「因為柯南和灰原都是少年偵探團的伙伴，所以……」文乃也道，「這可是藤森姐姐的大秘密，千萬不要泄露哦！」灰原還沒有見過藤森，「藤森姐姐是誰？」文乃簡單講了一下，「總之，是個很好很美麗的姐姐，非常有氣質。」灰原一愣，「她是叫做香保留嗎？」文乃點頭，「是啊，灰原你知道她的名字啊？可是你好像沒有見過她吧？」灰原只好道，「我是听千鈞說的。」
灰原有些恍惚，她記得藤森與姐姐明美是極要好的朋友，自從明美改名為廣田雅美後，她們也十幾年沒有來往了。灰原現在都不大記得藤森的樣子，同樣，藤森也不可能還記得十幾年前的那個小女孩。如果是宮野明美出現在藤森面前，藤森可能還有印象。當然，自明美變成梅琴後，因為千鈞的關系，梅琴與藤森已經是好朋友了。藤森卻絲毫沒有發現梅琴就是國中時代的好朋友。
柯南打斷了灰原的沉思，「謝謝啦，但這並不是什麼怪獸。」偵探團4個孩子不信。柯南沒好氣，「假面超人yaiba只是電視節目……」光彥立即反駁，「不，假面超人yaiba是真實存在的。至少那些知道魔得拉的人中應該會有。」文乃道，「我們可以去問問藤森姐姐。」光彥道，「她肯定會說不是的，電視上假面超人的地球伙伴的身份也都是保密的。」元太附和，「不錯，真正的假面超人yaiba一共有3個人，還帶著黑色的團扇。」柯南納悶，「黑色的團扇？」步美問道，「柯南，如果這不是魔得拉的照片，那又是什麼？」
柯南道，「這個……我總覺得在哪里見過。」灰原笑道，「如果這真是怪獸的照片，大家又要怎麼辦呢？」光彥立即道，「當然要去為與怪獸戰斗的假面超人yaiba打氣。」文乃叫道，「我會成為假面超人最堅實的後盾！」步美也握緊拳頭，「如果可以的話，我也想一起戰斗！」元太大喝，「當然，我也是！」灰原無語了，柯南大汗，「喂喂，不是說過不對了嗎？」光彥道，「為了逼迫藤森姐姐說出真相，一定要查清11月的什麼時候魔得拉會降臨到地球上，確切說是日本的什麼地方。」元太、步美、文乃大聲附和。
柯南嘆氣，「喂喂，你們幾個……」步美道，「柯南，你不相信也不要緊，因為我們會調查下去，知道找到真相。」文乃也贊成，「元太、光彥，我們走吧！出動，少年偵探團！」4個孩子跑了出去。柯南大叫，「喂喂，你們幾個，等一下……」很可惜，柯南失敗了。柯南垂頭喪氣，「這群蠢材！」
路上，元太問道，「但是，該怎麼調查呢，光彥？」光彥想了一下，「是啊，找情報的話，首先就要找媒體。去報社和電視台看看吧。」4人很快跑走了。柯南吐槽，「真是拿他們沒辦法啊！」灰原忍不住笑出聲，柯南問道，「有什麼奇怪的嗎，灰原？」灰原笑道，「就連名偵探也缺少這方面的知識啊！」柯南問道，「那麼，你知道那些照片是什麼嗎？」灰原笑道，「線索是1986年和2062年，提示是千鈞與藤森的共同點。」柯南撇嘴，「什麼嘛，千鈞那家伙與藤森小姐根本沒有任何共同點……」
千鈞穿著藍色上衣，精神抖擻出現在二人前面，「小哀，柯南，有沒有興趣去天文台觀星呢？」灰原很高興，「好久沒有跟你一起去看星星了。」千鈞贊嘆，「小哀，你今天這身淡黃色上衣加上綠色的短裙，更帥氣漂亮，太完美了！」灰原露出喜色，「那是當然，我親自選的衣服怎麼會有問題。你現在的裝扮也蠻酷的嘛！」柯南終于反應過來，「等一下，如果說共同愛好的話……原來是這樣，這就是說，步美他們正在找的是……」灰原笑道，「大概是這樣吧。但是關于黑色團扇的意思，我也不清楚。千鈞，天文觀測中有類似這樣的儀器嗎？」千鈞笑道，「當然有，黑色團扇是天文攝影的常用工具之一。」
日賣新聞社，眼鏡編輯很吃驚，「怪獸魔拉得？」元太糾正，「是怪獸魔得拉。」光彥附和，「對，是魔得拉。」眼鏡編輯擺手，「不好意思，現在太忙了。下次再讓我好好听一听吧。」總編輯的聲音傳來，「喂，晚報還沒好嗎？」眼鏡編輯拿起一疊紙，「這就好了，馬上就來。」沒人搭理幾個孩子，偵探團大為失望。
然後4人來到日賣電視台，元太道，「不會還是沒人听我們說吧？」光彥道，「不，這次肯定沒問題。」文乃和步美也看到了牆上貼的假面超人海報，大家充滿了信心。果然，制作人小島先生非常驚訝，立即跳起來，「什麼？從水星來的怪獸？得緊急出動假面超人yaiba！」孩子們集體失聲，感覺這位小島先生有些神經質。小島大笑，「啊哈哈，開個玩笑！哈哈……」偵探團眾人氣得鼻子都快歪了，顯然小島將他們的話當卡通故事來听了。
街上，千鈞帶著柯南和灰原邊聊邊走，有視頻屏幕正在播報，女記者拿著話筒，「今天將采訪孩子們的英雄假面超人yaiba的拍攝現場。」導演和攝影師使用的道具，以及有三個假面超人裝扮的人，進行場景1的演練。灰原笑道，「原來假面超人yaiba真的有3個人啊！」千鈞道，「那兩人裝扮有些不同，應該是假面超人的地球伙伴。」柯南看到了相關道具，明白了為什麼元太會說假面超人里面也有黑色的團扇。
這時，偵探團垂頭喪氣走出了米花中央警察局。光彥道，「真是奇怪啊，大家是明明知道而裝傻呢，還是根本不知道呢？」文乃道，「我總覺得他們好像在笑我們。」步美道，「知道這件事情的，只有我們和假面超人yaiba呀。」元太叫囂，「這樣的話，只能靠我們自己調查了。」文乃道，「藤森姐姐是天文學愛好者，又涉及到水星……」光彥馬上反應過來，「如果要去調查宇宙的事情，就要去國立天文台。」
以前，千鈞曾經帶偵探團在晚上去過國立天文台，所以孩子們很快就來到這里。文乃道，「可是，這里白天似乎不讓進來啊！」趁著警衛起身離開的時候，偵探團偷跑了進去。孩子們來到第一赤道儀室，看到巨大的望遠鏡，光彥道，「這個望遠鏡好舊啊！」文乃道，「我記得這個望遠鏡可以觀測太陽並攝影。」看到旁邊懸掛的太陽照片，步美笑道，「千鈞哥哥講過，這個是太陽黑子！」元太譏諷，「就像發了霉一樣啊！」這里沒有人，偵探團只好離開。
根據晚上觀星的模糊記憶，偵探團又來到大赤道儀室，這里有一架巨大的天文望遠鏡，還有彩色的屏幕圖像。步美問道，「現在怎麼辦，光彥？」光彥撓頭，「不行，這些天文圖我也看不懂啊！」一個男子走過來，「你們在查什麼？」孩子們嚇了一跳，回頭一看，正是之前在河邊見過的兩個男子中的一個，木田徹。步美大叫，「假面超人yaiba！」元太很興奮，「竟然在這種地方踫到，真是太幸運了！」木田好笑，「可惜我並不是什麼假面超人。我是在這里做研究的東大研究生。」
光彥很是自負，擺出假面超人的戰斗姿勢，「我知道，東大研究生是在這個世界上活動的假身份。一旦發生什麼事件，就會變身為正義的英雄……」柯南走過來，「他是不會變身的，光彥！」偵探團這才看到，千鈞、柯南、灰原走了上來，阿笠博士和一位慈祥的老人跟在後面，老人正是國立天文台的台長。光彥吃驚，「柯南！」文乃道，「千鈞哥哥也在！」步美也道，「灰原和阿笠博士也來了。」元太問道，「為什麼你們會在這里？」柯南笑道，「啊，因為我太了解你們的行動方式了。」