然而天有不測風雲，洪武二十五年（1392）四月，年僅38歲的皇太子朱標英年早逝，史稱"懿文太子"，這令朱元璋異常傷心。朱元璋制定的嫡長子繼承制受到了考驗，朱元璋不得不重新選擇他的繼承人。按照嫡長子繼承制，朱標的長子朱雄英是不二人選，可惜他在10年前就死了，這樣朱標次子朱允就成為首選。然而朱元璋擔心朱允儒雅仁柔，難以擔負起治理國家的重任。此外，朱元璋也曾考慮過從幾個兒子中選擇。二子秦王朱此時最長，但他實在是不成器，荒唐成性。四子燕王朱棣文韜武略，是個不錯的人選。一次，朱元璋對幾個心月復大臣流露出立燕王的可能性時，翰林學士劉三吾認為不可，"立燕王，置秦、晉王于何地？且皇長孫四海歸心，皇上無憂矣。"朱元璋于是下定決心，九月，立朱允為皇太孫。
洪武三十一年（1398），開國皇帝朱元璋病逝，遺詔命皇太孫朱允繼位。朱元璋在遺詔中明東陵享殿遺址說朱允"仁明孝友"，這是為史家所認同的。朱允14歲時，他的父親太子朱標患有重病，身上有個大肉瘤，苦不堪言。朱允盡心伺候，日夜守在身邊。朱標去世後，朱允將三個年幼的弟弟接到一起，對他們的飲食起居照顧得十分周到，並沒有讓他們覺得孤獨。朱元璋病逝前，脾氣異常暴躁，許多人擔心因此遭到禍患，朱允親自服侍，常常整夜無法入睡，但他也沒有一句怨言。生性"仁明孝友"的朱允，21歲的時候被推上了權力的巔峰，承繼了朱元璋開創的一統南京明故宮午門天下，改年號為建文。然而，細心的大臣會發現，新君的臉上並沒有君臨天下的驚喜，更多的則是愁容。是啊，年輕的皇帝面前有兩道難解的題目︰一是如何改變太祖建國以來形成的動輒殺戮的嚴峻政治氛圍；二是如何解決太祖分封宗藩形成的尾大不掉的局面。也許太祖朱元璋生前並沒有想到，外表仁弱的皇太孫登基伊始就開始著手變革他所開創的大明王朝。
建文新政洪武年間，經過太祖朱元璋的整治，當時國家統一，社會安定，經濟得到了恢復和發展，吏治較以前大為清明。然而他生性"雄猜好殺"，屢次興起大獄，動輒殺戮，政治氣氛非常凝重，文武大臣人人自危。
建文帝對局勢有著深刻的認識，因此繼位伊始，就著手改革，改變了太祖朱元璋的一些弊政，史稱"建文新政"。
"秀才朝廷"。太祖朱元璋用武力奪得天下，自然而然地形成了右武的局面。洪武時，南京貢院軍事衙門大都督府的左右都督都是正一品，都督同知也是從一品，而六部尚書卻只有正二品。《大明律》中明文規定文官不許封公侯，因此朱元璋的主要謀士劉基僅僅得封"誠意伯"，而武將得封公侯者甚多，稱王者也不少。這種局面下，文官在議論朝政中的地位可想而知。
建文帝有意結束其祖父尚武的政風，大力加強文官在國家政事中的作用。初登大寶之時，他自己確定新年號為"建文"，與乃祖父"洪武"剛好形成鮮明的對照，從中可見建文帝治國方略的改變。他還立即將六部尚書升為正一品，大開科舉考試，並下詔要求薦舉優通文學之士，授之官職。
建文帝身邊幾個被委以重任的大臣也是飽讀詩書的才子。兵部尚書齊泰，洪武十七年（1384）應天府鄉試第一，次年進士。太常寺卿兼翰林學士黃子澄，洪武十八年（1385）會試第一，與齊泰同榜。翰林侍講方孝孺是建文帝身邊的主要謀士，幼時就以聰敏機警著稱，後師從當代名儒宋濂，詩文為時人所推崇。據說後來成祖入南京繼帝位時，怪僧姚廣孝怕成祖方孝孺像殺他，為之求情，說殺了方孝孺天下讀書的種子就絕了。正是因為建文帝所依賴的大臣多為這樣的文人，所以人稱新朝廷為"秀才朝廷"。
這種情況下，文人獲得了比以前更高的政治地位，再也不用擔心像洪武朝那樣動輒以一言獲罪的情況，因此他們膽量也大了，對朝政敢于表達自己的意見，對建文帝忠心耿耿，這也是後來大批文臣甘願為建文帝殉難的原因。
寬刑省獄。建國之初，太祖朱元璋以剛猛治國，亂世用重典，法外用刑情況嚴重。他認為︰"法嚴則人知懼，懼則犯者少，故能保全民命。法寬則人慢，慢則犯者眾，民命反不能保。"因而，屢興大獄，殺的人很多；還使用了許多恐怖的刑罰，如抽筋、剝皮、閹割、凌遲等，因此有獲罪的大臣跪求"臣罪當誅，謝主隆恩"，比較起來，能被砍頭也成了幸運的事。
建文帝在當皇太孫時就已經意識到太祖用刑過猛，因此登基後力圖改變這種情況。他在做皇太孫時就向祖父請求更定《大明律》。他以《大明律》與歷朝法律作比較，認為《大明律》用刑過重，改正了其中量刑較重的部分律法。其父朱標生前曾練習處理國事，以寬大為懷。
朱標死，太祖也叫朱允■斷刑獄之事，朱允■一如其父風格。那時，他就獲得了廣泛的稱譽。如今即位，他要全面改正洪武吏治，力圖創造出和諧的寬政。
建文帝即位僅一個多月，下詔全國行寬政、平反冤獄。洪武時期的一些冤假錯案得到了糾正，一批無辜的官吏得以恢復自由，被發配遠方的人也得以回到家鄉。據記載，建文朝監獄里的罪犯比洪武朝減少了三分之二。建文帝的這些措施實際上是對太祖朱元璋嚴刑峻法的一種調整，也反映了建文帝與太祖執政風格的迥異。
減輕賦稅。建文元年（1399）正月，建文帝令減輕江浙地區的田賦。明初以來，江浙地區的田賦明顯重于其他地方，這是因為朱元璋憎恨江浙地區的縉紳當年依附張士誠而采取的懲治措施。另外，朱元璋特意規定江浙人不許擔任戶部的職位，目的在于防止江浙人偏袒家鄉。明故宮玉帶橋建文帝則認為江浙重賦只是用懲一時，不應該形成定制，既然田賦減輕了，浙東人自然也可以擔任戶部的官職。他還針對寺廟侵佔民田的情況，下令僧道每人佔田不得超過5畝，多余的要退官分給農民。
然而，建文帝在安定的生活中成長，接受的是儒家學說的燻陶，缺少對現實的了解，而且他所重用的大臣也多是讀書人，因此改革中難免有理想主義色彩。他接受方孝孺的建議，甚至要恢復西周時期的井田制度。他還使用一些《周禮》中的官名，依古制改革某些官職。中國後世的知識分子有著強烈的崇古情結，言必稱三代，似乎那時的制度是完美的，那時的社會是理想的，今不如昔。其實，且不說井田制是否真正的執行過還有爭論，即使有過井田制但在今天的情況下，復古這些制度是沒有任何意義的。從這一點我們不難發現，建文集團過重的文人氣息，成為他最後失國的一個主要原因。
銳意削藩。太祖朱元璋建立明朝以後，為保證大明國祚綿長，親自設計、制定了多項重要政策，並以寶訓的形式固定下來，要求後代子孫嚴格遵守，大臣有敢輕議者嚴懲不貸。分封宗藩就是其中一項重要政策。朱元璋先後于洪武三年（1370）、洪武十一年（1378）、洪武二十四年（1391）三次共封25人（二十四子和一個從孫）為藩王，分鎮全國各地。朱元璋認為，"天下之大，必建藩屏，上衛國家，下安生民。今諸子既長，宜各有爵封，分鎮諸國"。
藩王的權勢很重，擁有自己的軍隊，少則三千，多則數萬。特別是北方邊防線的幾名"塞王"，擁有指揮軍隊的權力，如寧王朱權"帶甲八萬，革車六千"，連朵顏三衛都要听他調遣。太祖朱元璋本意是要以藩王來確保朱家江山，卻沒有想到雖然為繼任者去掉了驕兵悍將這根尖刺，卻留下了擁兵自重、尾大不掉的宗藩這另一根尖刺。當時的有識之士，已經清醒地認識到宗藩為"三憂"之一（另兩憂為邊防和河患），多次上疏太祖。朱元璋不允許有人要改變這項政策，甚至加以殺戮。然而他沒有想到，在他剛剛辭世不久，他親立的皇太孫就因此而丟掉了皇位，真是莫大的諷刺。
藩王擁兵自重、分踞一方的形勢成為建文帝心月復大患，使他常常難以入眠。建文帝知道，雖然自己貴為天子，但是以朱棣為首的藩王多是自己的叔叔，正挾重兵虎視眈眈，未必會把自己放在眼中。