「在殿凡五六十人，痛哭僕地，俱矢隨亡，帝曰︰"多人不能無生得失，有等任事著名，勢必窮詰；有等妻子在任，心必縈系，宜各從便。"御史曾鳳韶曰︰"願即以死報陛下！"帝麾諸臣，大慟，引去若干人。九人從帝至鬼門，而一舟艤（yi）岸，為神樂觀道士王升，見帝，叩頭稱萬歲，曰︰"臣固知陛下之來也。疇昔高皇帝見夢，令臣至此耳！"乃乘舟至太平門，升導至觀，已薄暮矣。俄而楊應能、葉希賢等十三人同至。
上面這段文字的真實性的確讓人有所懷疑，可谷應泰偏偏講得栩栩如生，真是令人真假難辨。建文帝到底是**而死呢，還是由密道逃離南京？史學家對此各持一說，尚無定論。當年清朝編修《明史》之時，明史館中諸史臣即對此意見不一。撰寫《明史•恭閔帝本紀》的徐嘉炎認為建文帝未死于火，而是遜國外逃。而同在明史館的著名學者朱彝尊則相信《明實錄》的記載，認為建文帝已死于火。于是，正如我們所見，《明史•恭閔帝本紀》便有如下的表述︰"宮中火起，帝不知所終。"看來當時誰也拿不出證據證明自己的觀點，只好選擇這種折中的意見。
現在，隨著對建文帝出亡問題研究的不斷深入，對史料掌握的不斷增多，相信建文帝未**而是出亡的人漸多。那麼，明成祖朱棣禮葬的是建文帝嗎？有人認為當時下葬的並不是建文帝而很可能是馬皇後。朱棣在廢墟中找到的尸身面目全非，難以分辨真偽。而且，史料沒有發現安葬馬皇後的記載。還有一點值得注意的是，在明朝中後期竟然沒有人知道建文帝葬于何處，可見當時的人也都不認為真的安葬過建文帝，因此不用祭奠掃墓，時間久遠就變得無人知曉了。其實，朱棣本人也可能知道禮葬的並不是建文帝本人，但這並不影響舉行禮葬儀式，因為只有這樣才可以遮蔽天下人耳目，才可以名正言順地坐上皇帝的寶座。
另外的一個疑點就是城破時沒有發現建文帝的長子。當時建文帝有兩個皇子︰長子朱文奎，7歲，次子朱文圭，2歲。朱文圭，史稱建庶人，被成祖幽禁在廣安宮，直到英宗天順年間才被放出來，當時已經57歲了。由于一直被關在宮內，出來時連牛馬都分辨不清。然而作為建文帝長子的朱文奎卻一直下落不明，《明史》中說"燕師入，七歲矣，莫知所終"。既然朱文奎可以逃月兌，沒有理由相信建文帝不能出亡。而且，所謂的"靖難之役"長達4年，並非朝夕之間，建文帝有充分的時間準備。朱棣進入南京時，江南、西北、西南、東南等大部分還都不在朱棣的控制之下，建文帝有能力組織有效的反攻。
那麼，既然建文帝有可能遜國出亡，他又去了哪里呢？綜合各種資料，有如下幾種說法︰
遜國為僧，雲游四方正如《明史紀事本末》記載，建文帝從南京逃出後，帶著楊應能、葉希賢、程濟兩比丘一道，隱名易服，雲游天下。學者根據地方志、遺跡、遺址等資料考證，認為建文帝曾流亡于雲南、貴州、四川、湖北、江浙、廣東等地，《明史紀事本末》說他為逃月兌追捕，"西游重慶，東到天台，轉入祥符，僑居西粵，中間結庵于白龍，題詩于羅永，兩入荊楚之鄉，三幸史彬之第"。
西南數省，留有很多有關建文帝的遺址和傳說。徐霞客在《徐霞客游記》中記載有建文帝曾在貴州白雲山修行時遺留的遺跡︰"有巨杉二株，爽立磴（d ng）旁，大合三人抱；西一株為火傷其頂，乃建文君所手植也。再折而西半里，為白雲寺，則建文君所開山也；前後架閣兩重。有泉一坎，在後閣前檻下，是為-跪勺泉。下北通閣下石竅，不盈不涸，取者必伏而勺，故名曰-跪-，乃神龍所供建文君者。中通龍潭，時有金鯉出沒雲。由閣西再北上半里，為流米洞。洞懸山頂危崖間，其門南向，深僅丈余，後有石龕，可旁為榻。其右有**，為米所從出流以供帝者，而今無矣。左有峽高迸，而上透明窗，中架橫板，猶雲建文帝所遺者，皆神其跡者所托也。洞前憑臨諸峰，翠浪千層，環擁回伏，遠近皆出足下。洞左構閣，祀建文帝遺像（閣名-潛龍勝跡-，像昔在佛閣，今移置此）乃巡方使**運所建，前瞰遙山，右翼米洞，而不掩洞門，其後即山之絕頂。"
一些書中還記載有建文帝的詩文，雖然無法判斷是否是後人假托，但還是有些符合建文帝身份的。下面這首詩據說是建文帝避難貴州金竺（今貴州廣順）時所作︰
風塵一夕忽南侵，天命潛移四海心。
鳳返丹山紅日遠，龍歸滄海碧雲深。
紫微有象星還拱，玉漏無聲水自沉。
遙想禁城今夜月，六宮猶望翠華臨。
朱棣做了皇帝以後，對于建文帝出亡也是將信將疑，又听說了很多傳言，于是派戶科給事中胡分巡全國。《明史•胡傳》載"惠帝之崩于火，或言遁去，諸舊臣多從者，帝（指成祖）疑之。（永樂）五年遣頒御制諸書，並訪仙人張邋遢，遍行天下州郡鄉邑，隱察建文帝安在，以故在外最久。"朱棣是讓胡以頒布御制諸書和訪尋張邋遢的名義探尋建文帝的下落，前後長達16年之久。這里所說的張邋遢，就是小說中經常出現的張三豐。他是個奇人，不修邊幅，飄忽不定，據說能一日千里。成祖對胡偵緝建文帝的事情非常重視，不允許他為母"丁憂"的請求（官員父母逝世，應守孝三年，稱為丁憂）。永樂二十一年，胡匆忙趕回北京，恰巧成祖北征駐軍宣府。胡趕到宣府時成祖已經休息，听說胡回來後馬上接見，二人一直談到四更。《明史》中說︰"先未至，傳言建文蹈海去，帝分遣內臣鄭和數輩浮海下西洋，至是疑始釋。"看來胡是打听到了建文的確切消息，似乎事隔多年建文帝已經沒有重奪帝位的想法了，成祖朱棣由此放心，不在究問建文帝蹤跡。
漂洋出海，不知所終有傳言建文帝泛舟出海，去了南洋，並在某個小島上過著自食其力的恬然隱居生活。當時中國去往南洋的人很多，據說張士誠失敗後，他的一些部下就逃往南洋，拓荒移民。近人有人考證建文帝避難泉州開元寺，並在開元寺揚帆出海，最終隱居印尼蘇門答臘島東海岸，然而沒有更多的證據，僅僅是猜測而已。
南京雞鳴寺成祖朱棣擔心建文帝糾集當地的中國人，或者是以宗主的身份號召南洋諸國興兵，因此很不放心，特意派遣鄭和數下西洋，一為宣揚國威，一為蹤跡建文帝。據《明史》載︰"成祖疑惠帝亡海外，欲蹤跡之，且欲耀兵異域，示中國富強。永樂三年六月，命和及其儕王景弘等通使西洋，將士卒二萬七千八百余人，多齎金幣。"在鄭和的船隊里，還有一部分是錦衣衛，專門負責偵緝，至于是否探知建文帝蹤跡,就不得而知了。
北京西山說谷應泰《明史紀事本末》和鄭曉《吾學篇》中，記載有正統七年，建文帝因年紀已老，就到廣西思恩州官府，自稱是建文帝。當地官員急忙上報朝廷，將其送至京師。朝廷派老宦官吳亮前去辨認。建文帝一見到他就叫出了他的名字，吳亮否認。建文帝又說當年他進膳時，扔一片鵝肉到地上，吳亮像狗一樣趴下去吃掉。吳亮听後伏地大哭，回去後就上吊死了。建文帝被迎入西內，老死于宮中，葬于西山，不封不樹。
其實這是謠言，不過還是有一定根據的。《英宗實錄》載正統五年十一月，有個僧人從雲南到廣西，自稱是建文帝，年九十余。當地官員將其遣送到京師，大臣們懷疑他是假冒的。經過究問，他承認本名叫楊行祥，河南人，洪武十七年為僧，受到別人的蠱惑才假冒建文帝的。于是英宗將其押入大牢，過了4個月就死在獄中了，同謀的12名僧人被發配到遼東守邊。
江蘇吳縣說《文匯報》的記者徐作生親自到江蘇吳縣去考察，發現了建文帝出亡時遺留下的一些遺跡、遺物，並結合文獻資料，認為建文帝當年藏于吳縣普濟寺內，不多久姚廣孝歸隱禪寺，在姚廣孝的監護下，建文帝隱藏于穹窿山皇駕庵，直到1423年病殞于此，葬于庵後山坡上。這也自成一說。
四川「望京寺」說有人則認為建文帝曾在四川的平昌「佛羅寺」躲藏過，並病逝于此，事後葬于寺後山坡之上。