萬歷十七年（1589），■拜以副總兵致仕。兒子■承恩襲為指揮使，充巡撫門下旗牌官。■拜私下里蓄養了一批奴僕，組成一支蒼頭軍，見明軍兵馬不整，就有反叛之心。萬歷二十年（1592）二月，■拜與結義兄弟劉東■同時發難，殺寧夏巡撫黨馨，繳去總兵張維忠的印信。劉東■自任總兵，■承恩為副總兵，■拜為謀主，扯旗反叛，企圖佔據寧夏，自為一個割據政權。當時，朝廷對于蒙古的羈靡政策因俺答汗之死，漸漸失控。■拜勾結河套的蒙古騎兵，企圖聯成一氣。明朝總督魏學曾一方面切斷河套的蒙古騎兵與■拜之間的通道，一方面圍住寧夏。在朝廷李成梁鎮守遼東的紀功石坊，神宗命大臣各獻平叛之策。當時的兵部尚書石星提出的方案是掘開黃河之堤，以黃河之水灌淹寧夏城，則"一城之人盡為魚鱉"；御史梅國楨推薦原任總兵李成梁前往平叛；甘肅巡撫葉夢熊請命討賊。神宗後來對于三種方案竟然都能接受，一方面命葉夢熊趕赴寧夏；一方面命李成梁出征寧夏。李成梁當時在遼東，便命其子李如松前往。
神宗還下命懸賞緝拿■拜等人。到了六月，寧夏城外已經有魏學曾、梅國楨、葉夢熊、李如松等數支大軍，由魏學曾統一調度。但是，魏學曾束手無策，力主招安。這讓神宗大怒，以為堂堂天朝竟然奈何不了些麼小丑，成何體統？七月，神宗在接到監軍御史梅國楨的軍情報告後，果斷地以葉夢熊取代了魏學曾，並將魏學曾逮回京城，並直接部署︰"決（黃河）水灌城之謀，毋得異同誤事。"既然最高當局已經下令灌城，前方的將領自然再無異議。于是，當初在反對俺答封貢中似乎沒有多少遠見的葉夢熊，這時顯得非常有膽略。他在七月十七日之前，圍著寧夏城築了一道長約1700丈的長堤，將寧夏城圍成一個水泄不通的池塘，然後掘開黃河大堤，向寧夏萬歷十八年繪《河防一覽圖》城灌水。八月，城中糧食短缺。同時，李如松擊敗了從河套來援的蒙古騎兵。
九月，明軍攻破寧夏城南城。但是，叛軍退據的大城依然易守難攻，明軍的攻勢受挫。這時，一個名叫李登的賣油郎，挑著擔子在街上邊走邊唱︰"癰之不決，而狃于痏（w i）；危巢不覆，而令梟止。"監軍梅國楨將他請入營中，讓他帶著三封書信去見■承恩。李登跛一足，瞎一眼，在路上根本就不被人注意。他將一封信交給■承恩，勸■承恩說︰■氏有功于朝廷，監軍深為可惜，可殺劉東■以自效；接著，李登又去見了劉東■、許朝，勸他們說︰首亂是■氏，將軍為漢人，何苦代人受過？這個離間計果然成功。九月十六日，劉東■殺土文秀，接著，■承恩殺劉東■、許朝，投降明軍。九月十八日，明軍進城，剿滅了■拜的蒼頭軍，■拜自殺。■承恩等人被押解京城。至此，寧夏平定。
援朝之戰，也是始于萬歷二十年（1592）。這一年，日本關白豐臣秀吉派小西行長等人領兵20萬從釜山登陸。沉湎享樂的朝鮮國王根本就無法抵御，只會頻頻遣使向明朝求救。消息傳來，神宗立即做了三項準備︰一，令兵部向朝鮮派遣援兵；二，命遼東、山東沿海整頓軍備，小心戒備；三，如果朝鮮國王進入明朝境內，擇地居之。但是，當時的兵部尚書石星，確是無能之輩，只派一個游擊史儒率少量兵馬入援朝鮮。對于20萬日軍來說，這無異于羊入虎口，史儒戰死；隨後趕到的副總兵祖承訓也只有3000兵馬，結果也是僅僅只身逃月兌。這兩仗的大敗，激怒了神宗。于是，神宗命宋應星為經略，從西北前線調回李如松，一齊東征。宋應星貪生怕死，說自己帶兵要講究什麼"一字兵法"︰用兵一萬，要造車360輛，火炮72000門，弓弩27000副，氈牌2000面，弩箭數百萬枝，以及火藥、火槍之類，要兵部先給他準備齊全，方肯出征。御史郭實于是彈劾宋應星擔任經略一職不恰當。宋應星碧蹄館遺址
便干脆順水推舟，要求辭職。神宗申斥了宋應星一番，宋應星才不得不出征。幸好，擔任前線指揮的有名將李成梁之子李如松，能征善戰。明軍前幾仗打得都很成功，但在萬歷二十一年（1593）正月在碧蹄館附近遭日軍伏擊，損失慘重。雙方最後決定議和。日本方面撤兵南下，朝鮮漢城以南的大片國土恢復。日本方面，以與明朝通貢為和談的條件。神宗一面敦促朝鮮國王練兵自守，一面與群臣商量是否與日本通貢。
萬歷二十二年（1594）十二月，明朝和日本方面互遣使節。明朝冊封豐臣秀吉為日本國王。豐臣秀吉身著明朝的冠服，迎接明朝的使臣。事情似乎得到了解決。然而，兩年之後即萬歷二十四年（1596）十二月，豐臣秀吉不遵守當初議和的條款，發動第二次朝鮮戰爭。明朝遂于次年正月以邢玠為總督，楊鎬為經李如松手跡略，再次出援朝鮮。但是，明軍這一次在島山附近再遭慘敗。萬歷二十六年（1598）正月，明軍退守到平壤南部的王京，與日軍進入相持階段。但是，七月九日豐臣秀吉死去的消息，讓日軍士氣低落，陣腳大亂。明軍遂發動攻擊，日軍無心戀戰，紛紛登船渡海東歸。中朝聯軍與撤退日軍在東南露梁海面發生激戰，明將鄧子龍，朝鮮將領李舜臣指揮軍隊奮勇殺敵、將日軍殺得大敗。鄧、李二將亦戰死海上。這一次援朝之戰，雖然耗損巨大，但對于確保明代的海防與東北邊疆，意義非常之大。
萬歷二十七年（1599）二月，神宗命令還在朝鮮戰場的幾支部隊迅速移往西南，其中包括最萬歷《平番得勝圖》
能征戰的總兵劉(ting)的部隊。此行的目的地是四川的播州。明代在播州設立播州宣慰使司，其駐地約相當于今遵義市。播州宣慰使姓楊，世代為當地的土司。隆慶五年（1571），生性雄猜、陰狠嗜殺的楊應龍世襲了父親楊烈的宣慰司一職。萬歷十四年（1586），神宗又賜楊應龍都指揮使餃。但是，楊應龍對于四川的官軍弱不經戰的士氣看在眼里，早就想佔據整個四川，獨霸一方。他的居所都是雕龍飾鳳，又擅用閹宦，儼然是一個土皇帝。從萬歷二十年（1592）起，楊應龍就時叛時降，反復不定。
萬歷二十七年（1599）二月，貴州巡撫江東之派都指揮使楊國柱討伐楊應龍，結果三千軍隊全軍覆沒，楊國柱戰死。當時，朝鮮戰爭已經結束。因此，神宗決定一勞永逸地解決楊應龍問題。他任命李化龍為湖廣、川貴總督，兼四川巡撫，郭子章為貴州巡撫，討伐播州叛軍。萬歷二十八年（1600）初，各路兵馬陸續匯集播州附近。李化龍持尚方寶劍，主持討伐全局，坐鎮重慶；郭子章以貴州巡撫坐鎮貴陽；湖廣巡撫支大可移駐沅江。明軍分兵八路進剿︰總兵劉出綦（qi）江；總兵馬禮英出南川；總兵吳廣出合江；副總兵曹希彬出永寧；總兵童無鎮出烏江；參將朱鶴齡出沙溪；總兵李應祥出興隆衛；總兵陳璘出白泥。每路兵馬3萬，共計20余萬人。這種安排，足以說明神宗對于剿滅楊應龍的決心。
八路大軍中，以劉所部最為驍勇善戰。綦江在播州的北面，楊應龍也重點屯兵于此，以他的兒子楊朝棟親自領苗兵數萬進行防守。然而，苗兵每遇上身先士卒的劉，只會大叫︰"劉大刀至矣。"往往不戰而潰。羅古池一戰，楊朝棟差點被俘。劉率軍一直攻到了婁山關下。婁山關是楊應龍老巢海龍囤的門戶，與海龍囤並稱天險，易守難攻，但是，卻被劉在四月至六月兩個月內連續攻破。六月初六日，楊應龍與愛妾周氏、何氏關門自縊，兒子楊朝棟、弟楊兆龍被俘。戰役前後歷時114天，斬殺楊應龍的部隊2萬人。
萬歷二十八年（1600）十二月，李化龍班師回朝，並將楊朝棟等69人押解到京師，磔于市。至此，平播一戰以完勝結束。這一戰，雖然耗費了湖廣、四川、貴州三省財力，但是，正如當時的官員朱國楨所說，如果不平定播州，四川周邊的少數民族就要紛紛效仿楊應龍，非但四川不保，雲南、貴州也可能不保。後來，瞿九思編《萬歷武功錄》，稱平定楊應龍是"唐宋以來一大偉績"，大概也是從確保西南版圖的效果來說的吧。