到了1502年降低到四百二十二萬八千零五十八頃。而萬歷九年經過張居正的治理後達到七百零一萬三千九百七十六頃。軍事上，加強武備整頓，平定西南騷亂，重用抗倭名將戚繼光總理薊、昌、保三鎮練兵，使邊境安然。張居正還啟用潘季馴治理黃河，變水患為水利。同時嚴懲貪官污吏，裁汰冗員。張居正改革後，萬歷初年呈現出太平盛世的景象，史稱萬歷中興。
萬歷中興
張居正死後初期，萬歷帝尚能保持對朝政的興趣，但不久就開始怠政。萬歷14年後，神宗就開始連續不上朝。萬歷十七年元旦後，神宗以日食為由免去元旦朝賀，此後每年元旦神宗再也不視朝。由于神宗不理朝政，缺官現象非常嚴重。御使袁可立借雷震景德門的機會上疏抨擊朝政，被震怒的神宗皇帝罷官為民。神宗委頓于上，百官黨爭于下，政府完全陷入空轉之中。官僚隊伍中黨派林立，互相傾軋，如東林黨、宣黨、昆黨、齊黨、浙黨等名目眾多，但其所議議題卻不是如何改良朝政，只是人事布局而已。然後正是由于這些原因，民間工商業以及文化得到極大的發展，萬歷年間是明代經濟最發達的時期，所謂資本主義萌芽，正是興盛于此。
萬歷朝包括援助李氏朝鮮抵抗日本侵略的壬辰倭亂、平定寧夏