後來統轄權移到宦官手里，有事可直接向皇帝報告，權力在錦衣衛之上。明憲宗時增設西廠，用太監汪直為提督。其為員權力超過東廠，活動範圍自京師遍及各地。明代錦衣衛、東廠和西廠都是特務機構，合稱「廠衛」。廠衛制度是明朝封建皇權膨脹的產物。
誅十族
方孝孺是建文帝最親近的大臣他也視建文帝為知遇之君，忠心不二，明成祖的第一謀士姚廣孝曾跪求朱棣不要殺方孝孺，否則「天下讀書的種子就絕了」，明成祖答應了他。南京陷落後，方孝孺閉門不出，日日為建文帝穿喪服啼哭，明成祖派人強迫他來見自己，方孝孺穿著喪服當庭大哭，叫人反復勸他歸順，不听明成祖要擬即位詔書，大家紛紛推薦方孝孺，遂命人將其從獄中召來，方孝孺當眾嚎啕，聲徹殿庭，明成祖也頗為感動，走下殿來跟他說︰「先生不要這樣，其實我只是效法周公輔周成王來了。」方反問︰「成王安在？」明成祖答︰「已**。」方問︰「何不立成王之子？」成祖道︰「國賴長君。」方說︰「何不立成王之弟？」成祖道︰「此朕家事！」並讓人把筆給方孝孺，說︰「此事非先生不可！」方投筆于地，且哭且罵︰「死即死，詔不可草。」成祖暗壓怒火說︰「即死，獨不顧九族乎？」方孝孺用更大的聲音答道︰「便十族奈我何？」
朱棣氣急敗壞，恨其嘴硬，叫人將方孝孺的嘴角割開，撕至耳根，大捕其宗族門生，每抓一人，就帶到方面前，但方根本無動于衷，頭都不抬。
明成祖徹底絕望了，也橫下一條心，把方孝孺的朋友門生也列作一族，連同宗族合為「十族」，總計873人全部凌遲處死~！方孝孺一介書生，手無束雞之力，卻面對君主**的屠刀視死如歸，抗節不屈，這可謂感天地泣鬼神！受到後人的無限敬仰和贊頌。就其個人氣節來看，歷史上實在不多見，這正應了中國人的一句話︰「士為知己者死！」
另解十族為︰
誅父族四、母族三、妻族二。父族四即︰姑之子(姑姑的子女)、姊妹之子(外甥)、女兒之子(外、孫)、己之同族(父母、兄弟、姊妹、兒子)；母族三即︰母之父(外祖父)、母之母(外祖母)、從母子(娘舅)；妻族二是岳父、岳母。誅十族,就指明代方孝孺一案了，第十族:方孝孺的所有弟子,也有的說所有朋友門生。
瓜蔓抄
瓜蔓抄是朱棣奪位後誅戮建文諸臣之手段。因殘酷誅戮，妄引株連，如瓜蔓之伸延，故名。初因建文四年(1402年)，朱棣攻佔南京後，左僉都御史景清行刺未遂，朱棣下令夷其九族，盡掘其先人冢墓。又籍其鄉，轉相攀染，致使村里為墟。後遂泛指朱棣窮治忠于建文諸臣之舉。如方孝孺被滅十族，坐死者八百七十三人，外親坐死者復千余人；練子寧之死，棄市者一百五十一人，九族親家之親，被抄沒戍遠方者又數百人；陳迪之死，遠戍者一百八十余人；司中之誅，姻族從死者八十余人；胡閏之死，全家抄提者二百七十人；董鏞之死，姻族死戍者二百三十人；卓敬、黃觀、齊泰、黃子澄、王度、盧原質等之死，多者連坐三族，少者一族。殺戮之慘，株連之多，實為史所罕見。
永樂遷都
明十三陵位于北京北面昌平縣境天壽山南麓，距首都北京約五十公里，陵域面積達一百二十余平方公里，環葬著明代的十三位皇帝，統稱十三陵。十三陵中的首陵，是成祖永樂皇帝的長陵。這位皇帝雖在明代歷史上的名氣很大，卻不是遵照封建帝位繼承法，用和平的手段當上皇帝的，而是以武力強取豪奪爭得了天下。
原來，明朝開國皇帝朱元璋的太子朱標早死，不得已只好改立皇太孫朱建文為合法繼承人，另外分封諸子為諸王。太祖朱元璋死後，皇太孫繼任，是為建文皇帝。
可是好景不長，他駐守北平的叔父燕王朱棣，以「清君側」為名，也就是說以鏟除現任皇帝身邊的壞人為名，起兵推翻了他的統治，建文帝下落不明，燕王以勝利者的身份做了皇帝，這便是明朝歷史上著名的永樂皇帝。
按正常的國家制度和君臣倫理原則，燕王作為一方諸侯起兵反對中央政權本是大逆不道，而明朝的官員忠于國家合法制度的建文皇帝，積極抵抗燕王的軍隊，應該算是明朝的忠臣。
可是，當建文帝一完蛋，燕王率領他的難兄難弟控制了局勢，本人搖身一變成了永樂皇帝，這事態也就隨著急轉直下了。
盡管明朝還是明朝，但卻是燕王的明朝，而非建文帝的明朝了，那些擁戴文帝的忠臣也就自然地來了個驢打滾兒，猛地變成了反明朝的「奸惡」，也就是現行反革命分子。
這朱棣受他老子朱元璋奢殺成性的性格和理論的影響，也是一個極其出色的殺人魔王。根據「老子英雄兒好漢，老子反動兒混蛋」的血統論的原則，對那些直接參與抵抗運動的男性反革命分子，所采取的懲罰方法或剝皮，或油炸，或水煮，搞得整個南京城鬼哭狼嚎，哀聲一片。
與此同時，那些現行反革命分子的妻女、姊妹、兒媳、乃至外甥媳婦等等一切沾得上邊的女人，統統弄到妓院里充當**，包括五十六歲的老太太在內。
以上的慘景有的發生在南京，有的延續到北京。自從朱棣稱帝後，一是覺得南京的血流得太多，在明代故宮的廣場上，近自朝廊，遠及附郭的雨花台，無不是血跡斑斑，這使得新上任的皇帝難免目擊而心有不安。在這種刺激下，便動了遷都的打算，來一個眼不見心不煩，或者叫眼不見心可安。二是由于朱棣鎮守北平多年，深知此地在軍事上的重要地位，便毅然決定將明朝的首都搬過來。
永樂四年(公元1406年)，北平方面的臣僚開始奉旨征調工匠、民夫上百萬人，正式營建北京宮殿。今天游客看到的故宮、天壇、太廟(勞動人民文化宮)等規模宏大的建築，就是自此開始陸續建造的。不知當時的殺人魔王朱棣是否意識到，他的這個抉擇，客觀上為後人留下了一筆珍貴的文化遺產。
永樂五年，皇後徐氏(開國名將徐達之女)死去，朱棣經過慎重考慮，沒有在南京建陵安葬，而是派禮部尚書及「江西派」風水大師廖均卿等人去北京尋找「吉壤」，也就是通常說的風水寶地。
靖難之役
明太祖朱元璋為御侮防患，在位期間曾兩次分封諸子為藩王。藩王各擁重兵，坐鎮一方，其中尤以秦、晉、燕、寧諸王勢力最強。洪武二十五年（1392年）太子朱標病故，繼立為皇太孫的朱允炆對諸王勢大難制深感憂慮。洪武晚年，功臣宿將被誅殺殆盡，北方軍事均以諸王主之。不久，秦王朱樉、晉王朱棡先後死去，而燕王朱棣與周王朱橚及齊、代諸王均擁兵自重，多行不法，朝廷孤危。故1399年朱允炆即位後，即與齊泰、黃子澄等密議削藩。以燕王勢大難圖，故削藩自燕王同母弟周王始，周、代、岷、湘、齊諸王先後削奪，湘王**，余皆廢為庶人。為圖燕王，朱允炆令張昺為北平布政使，謝貴、張信掌北平都指揮使司，以謝貴控制北平（今北京），另以都督宋忠、徐凱、耿瓛屯兵開平、臨清、山海關一帶，並調檢燕府護衛軍士，加強防燕措施。建文元年六月，齊泰將燕使鄧庸下獄審訊，具得燕王將舉兵反狀，乃發兵逮燕府官屬，並密敕張信逮捕燕王。張信為燕王舊部，此時遂降燕，朱棣隨即為備。七月，朱棣以計擒殺張昺、謝貴，並命燕府護衛指揮張玉、朱能率兵乘夜攻奪北平九門，遂據北平。後以尊祖訓、誅「奸臣」齊泰、黃子澄，為國「靖難」為名，誓師出征。
戰事之初，因北方諸將多燕王舊部，降燕從戰者甚多。燕軍先後下通州、薊州、懷柔等城，宋忠等戰死。八月，朱允炆以太祖舊將耿炳文為大將軍，率師三十萬伐燕。先鋒抵雄縣，為燕師所襲，九千人全部戰死。復戰于真定（今河北正定），又大敗。朱允炆遂以勛戚李景隆代耿炳文，調兵五十萬伐燕，築壘九門，圍攻北平。十月，朱棣親自率精騎襲大寧，執寧王朱權及其妃妾世子，得其部朵顏三衛騎兵，兵力驟增。李景隆乘虛攻北平，但不能克。燕王師自大寧返回後，于鄭灞大破李景隆軍。朱允炆被迫罷兵部尚書齊泰、太常寺卿黃子澄職，以緩燕師。