至近代，仍然有人力主此說。如孫楷第《中國通俗小說書目》中認為「耐庵即施惠號」。此外，曲學大師吳梅也持此觀點。
此後又有人考證《水滸傳》中有江浙方言，並發現施惠的《幽閣記》中有一些描寫和《水滸傳》相似，以次推斷二書皆出自同一人之手，施惠也就是施耐庵。但是很多人認為該證據難以令人信服，而且有關施耐庵和施惠的關系多數臆斷，一些說法也只見與稗官野史。
此外，戴不凡又認為「疑施耐庵即郭勛」。他認為郭勛刻水滸後才開始署名施耐庵。但是這個論據並不能夠立足，因為在此之前已經有署名施耐庵的百回本《水滸》出現。
元成宗元貞二年（1296年），施耐庵出生于平江路吳縣（今江蘇省蘇州市）閶門外懷胥橋北施家巷。由于家貧，無法上學。7歲開始，他只好通過自學學習。13歲後在滸墅關的一家私塾念書。
19歲時，他考中了秀才。並且同私塾教書先生的女兒季氏結婚。25歲時被蘇州官吏薦為「孝行信義」，29歲考中舉人。元文宗至順二年（1331年），36歲的施耐庵中辛未榜進士，並結識了同榜的進士，也就是日後明朝的開國功臣之一的劉伯溫。
得中進士後，施耐庵被朝廷委以錢塘縣尹之職。但是當時由于作事情需要得到元人擔任的達魯花赤批準，施耐庵十分不得志。做了兩年縣尹，由于觸怒元人，憤然辭官。在蘇州施家橋辦學授徒。在這里，他收下了一個商人的兒子羅貫中（也就是日後《三國演義》的作者）為徒。其間施耐庵父親和妻子相繼逝世，隨後續娶了申氏。此時他已經開始著手撰寫《水滸傳》。
至正年間，販賣私鹽的張士誠起兵反元，其屬下卞元亨是施耐庵的表弟，于是在卞元亨的邀請下，施耐庵成為了張士誠的軍師。在施耐庵地幫助下，張士誠從興化一路打到蘇州。此時，由于意見不合，施耐庵辭別張士誠，帶著門人羅貫中四處游學。
施耐庵在寫《水滸傳》之前，雖然有點才氣，但施耐庵混得卻很慘，名字也是不見經傳的「施子安」。在元末明初那個年代，「洞房花燭夜，金榜題名時」是每個年輕人的最高理想，更是一個男人成功的標志。不過年輕的施耐庵卻遠沒他的蘇州老鄉唐伯虎那麼幸運，十年寒窗，鼓搗來鼓搗去連個秀才的功名也沒落著。對朝廷的看法和對社會的心理由此失衡。更雪上加霜的是，失敗的愛情也不期而至。18歲那年，小施迷上了鄰家女孩金蓮蓮。按照現在的說法，不久兩人就偷偷墜入愛河。可由于蓮蓮的母親一心想讓女兒攀個有錢人家，愛情最終還是輸給了金錢。見最後一面時，蓮蓮用酷酷的表情對施耐庵說，子安哥，別恨我，我真的想過好日子，都不容易……這句話讓年輕的施耐庵偏激地感到，女孩子都是靠不住的。經別人介紹，第二次，施耐庵遇到了一個叫潘巧巧的姑娘。要說巧巧這女孩子，第一面就看上了小施，可巧巧天生是個追求愛情自由的姑娘，所以在和施耐庵周旋的同時，她又和別人好上了。盡管施耐庵在她身上花了不少銀子，但巧巧最後連個屁也不放就尋找自己的幸福去了。這讓施耐庵再次受傷。經受兩次刺激後，施耐庵才由原來的施子安改名為「耐庵」，有點遁入空門的意味。
不論如何，生活還得繼續。無奈之下，施耐庵到城外十字坡找梁山泊大客棧的掌櫃王倫，想尋個記賬之類的差施耐庵事，算是打工掙錢娶媳婦。不想這王倫也是個不及第的秀才，文人相輕，居然把施耐庵奚落了一通，而他的老婆孫氏更是把施耐庵推出了店門，讓施耐庵好沒面子，幾乎對王倫和孫氏恨之入骨。
又過了幾年，依舊落魄的施耐庵委曲求全，娶了賣豆腐的寡婦顧大嫂為妻，終其一生。這顧大嫂雖然性子烈，屬于稍不順遂便拿鞋子滿街追打老施的主兒，但總算還支持施耐庵走文學創作之路。誰曾想過，這些不幸的經歷卻刺激了老施的創作靈感，洋洋灑灑一部《水滸傳》很快殺青，成為暢銷書。不過文人嘛，難免小心眼，所以在人物和情節安排上就有了以金蓮蓮、潘巧巧為原型創作的潘金蓮、潘巧雲兩個偷情**形象和顧大嫂、孫二娘兩個野蠻女友典型。而十字坡的店自然是黑店，王倫則是因為心胸狹窄被殺！由于那個時代人們維權意識很弱，早已當上女乃女乃的金蓮蓮、潘巧巧以及王倫、孫氏等得罪過施耐庵的人雖然窩了一肚子火，但卻無法去告官說老施影射他們、丑化他們、誹謗他們！倒是因為看到施耐庵把扈三娘描寫得很可愛，顧大嫂起了疑心，追問起誰是該形象的原型，施耐庵戰戰兢兢地說，那是自己理想中的好女子形象︰漂亮、有能耐、重情意、不記仇，縱使家人被強盜殺害也要堅決嫁給一個丑陋的小個子強盜。于是，一部《水滸傳》，五個女主角，沒一個是美麗的。看來，施耐庵這家伙注定不討女孩子歡心。
施耐庵《水滸傳》的成書，取材于北宋末年宋江起義的故事。據《東都事略•侯蒙傳》︰「江以三十六人橫行河朔，京東官軍數萬無敢抗者。」又據《宋史•徽宗本紀》︰「淮南盜宋江等犯淮陽軍,遣將討捕，又犯京東、河北，入楚、海州界，命知州張叔夜招降之。」《宋史•張叔夜傳》︰「宋江起河朔，轉略十郡，官軍莫敢嬰其鋒。聲言將至，叔夜使間者覘所向，賊徑趨海瀕，劫鉅舟十余，載擄獲。于是募死士得千人，設伏近城，而出輕兵距海誘之戰，先匿壯卒海旁，伺兵合，舉火焚其舟，賊聞之皆無斗志，伏兵乘之，擒其副賊，江乃降。」此外，李□的《十朝綱要》，宋代陳均《九朝編年備要》和徐夢莘的《三朝北盟會編》，也都有類似的記載。還有的記載說宋江投降後曾參加過征方臘之役。從這些記載里，可以知道這支起義軍，人數不多（但也決不止36人），戰斗力很強，在群眾中甚有影響，曾經給宋王朝造成一定的威脅。宋江等起義的年代大約在宣和元年（1119年）至宣和三年（1121年），前後三年多。
宋代說書伎藝興盛，民間流傳的宋江等36人故事，很快就被說書人采來作為創作話本的素材,南宋羅燁《醉翁談錄》記有小說篇目《青面獸》、《花和尚》和《武行者》，這當是說的楊志、魯智深、武松的故事，此外，《石頭孫立》一篇可能也是水滸故事。這是有關《水滸傳》話本的最早記載。南宋末有龔開的《宋江三十六人贊並序》，序里說︰「宋江事見于街談巷語。」並說在龔開之前有畫院待詔李嵩，曾畫過宋江等人像。但龔開的贊並施耐庵未說故事內容。現在看到的最早寫水滸故事的作品，是《大宋宣和遺事》（見《宣和遺事》），它或出于元人，或為宋人舊本而元時又有增益。有的研究者認為它是說書藝人的底本。它所記水滸故事梗概，從楊志賣刀殺人起，經智取生辰綱、宋江殺惜、九天玄女授天書，直到受招安平方臘止，順序和現在的《水滸傳》基本一致。
這時的水滸故事已由許多分散**的單篇，發展為系統連貫的整體。元代雜劇盛行，有大量的水滸戲出現，元雜劇和《大宋宣和遺事》所記水滸的人物姓名大致相同，但聚義地點不同，雜劇說的是梁山泊，《遺事》說的是太行山；雜劇中已有「一百八個頭領」之語，《遺事》只提到了36將的綽號姓名；《遺事》中寫李逵位列第14，燕青位列第28，雜劇中李逵是第13頭領，燕青是第15頭領。凡此種種，可見在《水滸傳》成書以前，水滸故事在流傳中內容細節上頗有異同。這或者同在不同地區流傳也有關系。施耐庵正是把這些在不同地區流傳的故事，匯集起來，經過選擇、加工、再創作，才寫成這部優秀的古典名著《水滸傳》。《水滸傳》的故事最初起源于北宋宣和年間，從南宋開始就成為了民間口頭文學的主要題材。目前流傳下來的根據說書人編成的話本中就有「青面獸」，「花和尚」，「武行者」等。元朝初年，出現了話本《大宋宣和遺事》，描述了晁蓋、吳加亮（吳用）等36人的故事，初步具有了《水滸傳》的故事梗概。元朝，元雜劇中還出現了一些水滸故事劇本。
施耐庵棄官後，深感朝政**，民不聊生。