一是以此宣告明朝已亡，而當時南京的弘光朝廷正與清朝隔江對抗，修《明史》便是不再承認弘光的南明政權存在。二是以此籠絡明朝遺臣，通過纂修《明史》，使那些降清的明朝漢族官員有一種情感上的寄托。
從當時的形勢來看，開館修史的條件是根本不具備的。雖然到五月十五日（6日）清軍攻入南京，南明弘光朝廷滅亡，五月二十八日（6月21日）清廷宣布「平定江南捷音」，但是實際上清軍在江南遭到了軍民的堅決抵抗，尤其是清廷公布「剃發令」後，更激起江南百姓的抵制。其中著名的戰斗有閻應元領導的江陰保衛戰，固守孤城達兩月之久。
南明弘光政權覆滅後，明臣黃道周、鄭芝龍等奉唐王朱聿鍵于福州建立了隆武政權；與此同時，張國維、張煌言等奉魯王朱以海于紹興監國；李自成農民起義軍余部也與明總督何騰蛟結合抗清。到順治三年（1646年），明臣蘇觀生等奉唐王朱聿鍵在廣州建立了紹武政權，丁魁楚、瞿式耜等又擁立桂王朱由榔建立了永歷政權。順治六年（1649年），張獻忠農民軍余部在孫可望、李定國率領下，與南明永歷政權結合，成為抗清主力之一。
在清軍佔據的北方各地，與南方抗清形勢呼應，山東、山西、陝西、甘肅義師紛起，一些降清明朝將領也先後舉旗抗清，在全國範圍內，幾次掀起抗清**。例如順治九年（1652年）李定國率軍收復寶慶、全州、桂林的戰役，迫使清定南王孔有德自殺。順治十年至十一年，明魯王部下張名振、張煌言等率舟師攻入長江，直抵南京近郊；鄭成功亦率水軍攻克舟山。這樣的抗清斗爭，直到清康熙初年，南明永歷帝被吳三桂所殺，鄭成功、李定國先後去世，始告一段落。
在這樣戰火紛飛、政局未定的情況之下，要集中大量人力物力開館修史，是根本不可能的。
清康熙八年（1669年），康熙皇帝拘禁權臣鰲拜，開始親政。然而此時政局又有新的變化。康熙十二年（1673年），由于平南王尚可喜、平西王吳三桂和靖南王耿精忠撤藩而引發了「三藩之亂」，從此，又開始了長達八年之久的戰亂。直到康熙二十年（1681年）十月，吳三桂之孫吳世璠自殺。「三藩之亂」期間，清廷集中全力平叛，仍然無暇顧及《明史》的修纂，因此，順治二年（1645年）所下修纂《明史》的詔令，實際只是一紙空文，它的政策作用遠遠超出了它修史的作用。
《明史》修纂第一階段無績可言的另一方面原因，是史料的缺乏和人力的不足。當時不僅沒有力量整理明朝的邸抄和檔案，而且在征求圖書時，獻書者也極少，就連最基本的史料明代歷朝實錄也不完整，天啟朝實錄缺少七年以後部分，崇禎朝因亡國而無實錄。如此種種，也限制了《明史》修纂工作的進展。
修纂第二階段
直到「三藩之亂」基本平定之後，清廷才有力量集中人力物力正式動手修纂《明史》，其間已歷時三十五年之久。真正動手修史，是康熙十八年以後的事。康熙十七年（1678年）詔征博學鴻儒，次年三月，試博學鴻儒一百四十三人于體仁閣，取一等二十人，二等三十二人，命纂修《明史》，從這時候起，正式動手修纂《明史》的第二階段即告開始。
康熙年間修《明史》者，可謂人才濟濟。有當時的著名文學家朱彝尊、尤侗和毛奇齡等人。但出力最多的是清初著名史家萬斯同。這里，應當提一提我國史學史的一段公案。原來，明清之際，有一些明朝遺臣和反清志士十分重視明史的研究。杰出思想家黃宗羲曾編《明文海》四百多卷，並著有《明史案》二百四十卷；顧炎武也輯存有關明朝史料一兩千卷。清朝統治者入關後，為籠絡明朝遺臣、社會名流，曾有意開博學鴻詞科。黃、顧等人雖堅持不肯與清廷合作，但為著保存明朝真實史跡的目的，仍派出了得力助手參與明史的編纂。黃宗羲的得意弟子萬斯同，便是當時被委派參加明史的編撰人之一。黃宗羲的兒子、顧炎武的外甥，也都參與其事。這樣，就相應地保證了明史的質量。萬斯同是一位出色的史學家。清初著名學者錢大昕曾評論他︰「專意古學，博通諸史」，熟于明朝掌故，對自洪武至天啟的「實錄」，皆「能暗誦」，了如指掌。他先後編寫和審定兩種明史稿。各有三百和四百多卷。因此，可以說，《明史》的初稿，在萬斯同時代已基本上完成了。萬斯同死後，先後三次任明史總編的王鴻緒，把萬氏的明史稿進行了改編，于康熙末年和雍正初年兩次向皇帝進呈。這便是王氏《明史稿》本。王氏此舉曾引起當時和後來文壇的非議和責難，史學家們一致認為王鴻緒實際上是掠奪了數十年來以萬斯同等人為主力的幾十個學者的勞動成果，屬于剽竊行為。
修纂第三階段
到雍正元年（1723年）正因為康熙十八年（1679年）博學鴻儒科及其修纂《明史》只是康熙皇帝的一種政治手段，所以其結果也必然會時重時輕，遷延時日，前後用了將近五十年時間，直到康熙皇帝病逝，雍正元年（1723年）仍然未能完成這部官修的前朝史。但是，這時的情況與順治二年（1645年）下詔初修時已經大不相同。除了政局穩定，經濟也逐漸恢復，到康熙後期更出現了繁榮盛世，這些都為《明史》的修纂工作提供了良好條件，無論從人力物力還是資料的征集方面，都是前所未有的。因此，這近五十年時間，雖然未能完成《明史》的修纂，但卻是《明史》成書的關鍵階段。我們今天所見《明史》之雛形便是在此時形成的。到雍正元年（1723年）為止，先後完成了四部《明史》的稿本。一種是萬斯同審定的三百十三卷本，另一種是他審定的四百十六卷本，這兩種稿本都被稱作萬氏《明史稿》。此外還有王鴻緒于康熙五十三年（1714年）進呈的《明史（列傳部分）》二百零五卷本，這實際上是在萬氏《明史稿》基礎上刪削而成的。到雍正元年（1723年）六月，王鴻緒又一次進呈《明史稿》，包括紀、志、表、傳，共計三百十卷，這便是王氏《明史稿》，即後來刊刻的所謂《橫雲山人明史稿》。至乾隆四年（1739年），清政府又第三次組織人手修改明史稿，這才形成定稿的《明史》。因為這次修書總裁為張廷玉，因此現在通行的《明史》題為張廷玉等撰。
經過三次改稿，費時幾十年。《明史》的確有不少長處。首先，它體例嚴謹，敘事清晰，文字簡明，編排得當。史評家趙翼在《廿二史札記》中，曾將遼宋、金、元諸史和《明史》作了比較，認為「未有如《明史》之完善者」。其次，《明史》的史料較為豐富。當時可資的第一手史料很多，除一套完整的明朝各帝「實錄」而外，尚有邸報、方志、文集和大量私家史乘。朱彝尊修史時《上總裁第二書》中說，僅各地的方志藏于國家圖書館者，即達三千余冊之多。此外，如明人王世貞著述的《錦衣志》、《中官考》等，都對明朝特務統治和宦官之弊有系統地作了介紹。這些，都使明史的修撰者們較之各朝修官史者，有得天獨厚的有利條件。
第三，《明史》有些地方持論公允，也能秉直書寫。如對袁崇煥被清太宗設反間計殺害一事，以及熊廷弼的功罪問題的記載，都很有參考價值。第四，《明史》在體例上有新的創造，在列傳中專列了「閹黨」、「流賊」和「土司」三目。宦官專政為明朝一代歷史的重大問題，《閹黨傳》記載了王振、劉瑾、魏忠賢等宦官黨羽禍國殃民的罪行。《明史》的作者們對李自成、張獻忠等農民起義領袖抱敵對和仇視的態度，在為他們立傳的同時又誣之為「流賊」。這是作者的階級立場所決定的，目的是為統治者總結經驗︰「至于亡明，剿撫之失，足為炯鑒。」
但客觀上為後人保存了明末農民戰爭的某些可靠史料。《土司傳》專寫西南少數民族的情況，分湖廣、四川、雲南、貴州、廣西五個土司傳。這些傳，雖堅持民族壓迫的立場，對少數民族有許多污蔑之詞，但其中保存了大量這一帶少數民族的重要資料。今日國內少數民族的歷史，大半可以追溯到明朝初年。