如地理設置，記蘭州于成化十三年九月復為州，而實錄則記在成化十四年四月復縣為州。成都府南江，《明史》作正德十一年置，《大明會典》卷十六記為九年添設。如太僕寺之設置，《兵志》中記為設四十牧監。《職官志》、《大明會典》均作「十四牧監」。《兵志》中之「四十牧監」，系承襲《明史稿》中之誤。北畿計丁養馬，始行于永樂十三年十二月，實錄中有記。《明史•兵志》記作十二年，恐為誤以月作年，未經核訂之故。
《明史•藝文志》史論頗為推崇，然其中失誤之處亦不少，前舉所錄鄧名世《古今姓氏書辨證》四十卷，乃宋人之作，誤入志中。再如所著錄陳仁錫《周禮句解》六卷，據考體例文字多剽竊猥雜，系坊賈托名，而非出陳仁錫之手。修志人似未睹原書而錄。顧起元《說略》亦同此，《藝文志》作六十卷，而顧起元自序記，全書只三十卷，志中誤記六十。再如《藝文志》中著錄楊慎《墨池瑣錄》1卷、《書品》1卷、《斷碑集》4卷，而遺漏《畫品》1卷，估計也是成篇時未及仔細訂正之故。
其述史不一之處，尚有表、傳之不合。如吳悼王允熥之死，卷一○三《諸王世表》作永樂十三年卒。卷一一八《吳王允熥傳》則作「永樂十五年卒」。《宰輔年表》汪廣洋，洪武三年左丞。而《汪廣洋傳》則誤記為右丞。李賢天順元年為吏部右侍郎，則當依《李賢傳》為左侍郎。又有志、傳不合之處，如《徐光啟傳》記所進《日躔歷指》一卷，《藝文志》作四卷；《通率表》一卷，《藝文志》作二卷。均不合。
此類小疵，不勝枚舉。以《明史》三百卷之多，雖經修纂日久，難免有失誤之處，眾人成書，或有顧及不到，在所難免。而《明史》中真正失漏之處不僅在此，而在其有意隱蔽史實。
清初修《明史》，所以有須隱沒之事實，即在于清與明本身之關系。其所隱沒者有二︰一是隱沒清末建國前曾臣于明；二是隱沒清入關後南明諸朝廷存在之事實。
清朝的發祥，大概與明朝的建立同時。清以肇祖為追尊入太廟之始。肇祖即童猛哥帖木兒。先襲職為元朝萬戶，後歸明朝，授建州左衛指揮，升至都督。清稱都督孟特穆，追尊肇祖。
趙翼︰《廿二史札記》。
據《明太宗實錄》所記，明永樂間即有關猛哥帖木兒之記錄。近代清史專家孟森（心史）先生曾對清之世系作有考訂︰「清之初系，為明之建州左衛。始授左衛職之猛哥帖木兒，又因其姑姊妹中，有入明宮為妃嬪者，因內寵之故，至升都督職餃，清實錄謂之都督孟特穆。」1建州女真于明代入朝進見、上貢、襲替、改授及與周邊之關系活動甚多，但此均清朝發祥後為明朝之臣的明證，為清廷所諱，因此在《明史》中不但不許見建州女真，而且凡是「女真」皆在所諱，「于是女真之服而撫字，叛而征討，累朝之恩威，諸臣之功過，所系于女真者，一切削除之」。1自古以來，凡于易代之際，以後代修前代之史，關系到新朝與舊朝之處，難免沒有曲筆。但是一般來說，大都相涉年代不多，其掩飾之處，讀史者也能意會其中緣故，從未有如明朝與清朝這樣關系始終，「一隱沒而遂及一代史之全部」者。
凡明朝文武諸臣，曾為督撫鎮巡等官者，皆削其在遼之事跡。如王翱、李秉、趙輔、彭誼、程信等人，《明史》中均各有傳，但其于建州有撫治或征討之績處，《明史》中均略去不述，間有一二語涉及，則不指明為何部落，以何原因啟釁，其史實真相，無從觀看。再如馬文升，以撫安東夷，自著專書記其事，名《撫安東夷記》，書中主要記述成化時女真狀況及其與明朝之關系，尤對海西女真多有記述。《明史》卷一八二《馬文升傳》亦記其「凡三至遼」之事跡，然讀之卻並不知其為建州女真之事，文詞隱晦，只略述其曾于遼事有功而已。宦官汪直，與馬文升不合，欲建功遼事，但其傳中亦不作明述。據諸史家考證，《明史》中諱記女真之事，亦有疏忽之處，如《憲宗紀》及《汪直傳》中，有伏當伽一名。伏當伽為其時建州女真一首領名，史官不知伏當伽為何部酋領，漏出其名，反彰其曲筆掩飾之實。
凡是明朝人中所長而必書之事在于建州者，則《明史》中削其人而不為立傳。如顧養謙、宦官亦失哈等，因生平活動不可離遼東及建州之事，《明史》中遂無傳。又如登萊巡撫袁可立、東江總兵毛文龍所關明清（金）遼海戰事尤重，《明史》均不為立傳。此外亦有明顯刪掉者。如卷二五七《王洽傳》記︰「宣大總督王象乾與大同巡撫張宗衡爭插漢款戰事，洽及諸執政並主象乾策，定款議。詳見《象乾、宗衡傳》。」然《明史》無《象乾傳》、《宗衡傳》。《王象乾傳》，萬斯同所訂《明史》列傳中原有傳，在卷三四八，王鴻緒《明史稿》亦有，在卷二二八。《張宗衡傳》則分見兩書卷三六四及卷二四一。顯然為《明史》定稿時所刪。
明初于黑龍江下游設奴兒干都司之事，《明史•地理志》中漏而不述，只見于《兵志》，稱︰「洪武、永樂間邊外歸附者，官其長，為都督、都指揮、指揮、千百戶、鎮撫等官，賜以敕書印記，設都司衛所。」下列︰「都司一（奴兒干都司）」，再列衛三百八十四。所謂「邊外歸附者」，即女真1各部。至于蒙古、西番，則均直書其名。
1孟森︰《明史講義》第一章。
《明史》中另一掩飾之處，則為南明諸帝。自崇禎十七年（1644）李自成農民軍克北京，隨後清軍入關，明朝即亡。幾乎與清軍入北京同時，南京建立弘光朝廷，此後又有隆武朝、紹武朝、永歷朝及魯王監國。永歷帝朱由榔于康熙元年（1662）為吳三桂所殺，或以為此系明亡之時。而孟森先生作《明史》末述《南明之顛沛》，最後有雲︰「十一月辛卯（十六日），魯王殂于台灣，明亡，時為清康熙三年（1664）。」則此距崇禎之亡，又二十年矣。此二十年南明之史，《明史》亦予隱諱，不承認其帝號，而將其事記述于諸王傳中，以示其仍為諸王而非帝統。
說到清初修史之諱，順便可以略述清初之文字獄。清初著名文字獄，一為莊氏史案，罹禍者至七十余人，死者剖棺銼尸，生者延頸就戮，妻孥極邊充軍為奴。而觀其原書，涉及清室並未有過分訕謗之語，惟于清兵入關之事，直書為「夷氛」、「夷寇」，于「奴酋（努兒哈赤）」名號，跡未加避諱。而于李成梁傳中，稱努爾哈赤為成梁所豢養︰「已而並殺教場及他矢于阿台城下。他矢子即清太祖也，以幼得不死，留置帳下。」此為清廷所最忌諱之事，莊氏及諸修史之人因遭大禍。此為涉及清入關前史事之文字獄。涉及南明諸帝的著名文字獄有戴名世《南山集》獄。戴名世，字田有，號褐夫，別號憂庵。清康熙間進士，官編修。留心有明一代史事，網羅散佚，走訪明季遺老，考求遺事。著《南山集》，用南明永歷年號，以存明朝統緒，為左都御史趙申喬所劾，論斬。凡為《南山集》作序者，如方苞等人，均獲株連，達數十人之多。此則為清初又一文字獄大案。由此可知清廷這兩大避諱是觸及不得的。史官豈敢冒殺身之禍而必書其實？即使有此董狐之風，以清初文禁之嚴，又豈能留只字于官修史書之中？隱諱史實固然是《明史》一大缺失，又是必然結果。
謝國楨于明清史籍所知博深，其評論《明史》缺失，共列五點，除「毀滅不利清廷之史實」外，尚有四大點︰一是于明初事實記載不翔實。因清廷諱言明朝驅逐蒙古于漠北，亦猶如諱言建州女真于東北臣于明。又因史官為明末降清人士，對明初統治集團內部矛盾，盡略而不願詳記。二是記建文之事，諱言建文出亡，主張焚于火，以示亡國之君無生之理。此亦出清廷之需。三是除李自成、張獻忠起義外，其余農民起義，均只見于有關官員列傳之中，且極盡歪曲之能事。四是《明史》出于東南文人之手，于江浙文人尤其是東林黨人多立佳傳。自明嘉靖以後，內閣柄政大臣，多為東南縉紳所操持，一脈相承，當時謂之「傳衣缽」