在F時空第二次「幽靈行動」即將進攻地球時，公輸拓朗隨師父鬼谷幽攜藏寶圖尾隨羽仙等趕來昆侖之巔，企圖奪寶，阻止異想天工坊「天密」啟動，但為時已晚。戰爭中，昆侖之巔上通天洞天工坊內的超能量通過通天隧道源源不斷地輸送到數千里之外的異想天工坊，「天密計劃」（藍盾）啟動，進攻的幽靈艦隊在地球外太空遭到沉重打擊，損失慘重，進退不能，但天工坊也無法保證在不傷害地球的情況下徹底擊毀它，雙方僵持不下，情況萬分危急，如果持續下去，將同歸于盡。
拓朗孤注一擲，騙走魯達臨死前傳給鬼谷幽的，擁有的幽靈戰艦的控制權的令牌，（使鬼谷幽悲憤自殺于山下）獨自潛入昆侖之巔通天洞內的天工坊盜寶。遇上羽仙、嘉浩和可兒，拓朗難敵眾人，隧突施爆炸，並利用忍術趁亂沖出重圍，進入通天隧道，誤闖入異想天工坊飛船基地，駕駛飛船飛出地球，到達外太空的幽靈戰艦上，依靠令牌掌控了幽靈戰艦。渺兒通過無線對講告訴拓朗︰只有兩個選擇，要麼魚死網破，與地球共亡，要麼移居到S時空為其尋找到的生存之地（新大陸X星球）。在渺兒寬容仁愛的勸說下，並暫停了「藍盾計劃」，幽靈艦隊得以月兌身，拓朗率隊馳往新的星球——X星球定居。
多年後，拓朗不甘于被Y星球人控制，不甘于寂寞的屈居在不適應人類居住的X星球，為擺月兌Y星球，及其要佔領地球的目的，拓朗又一次計劃幽靈大軍進攻地球。拓朗獨自先行，潛回他的出生成長之地（地球北極冰蓋下的魔咒天工坊），用來自X星球之火菌將地心之熱能釋放出來，融化冰川，淹沒大地……毀滅地球計劃進入倒計時。羽仙，嘉浩、可兒等人發現後，通過昆侖之巔的密道進入到北極冰蓋下。他們的突然出現，打亂了拓朗的計劃。這個海洋魔王在三人的夾擊下，走投無路，失足跌入地心熔洞，羽仙為救拓朗，投身到地心中，再也沒有出來。兩人的血水撲滅了X星球之火菌，海水湮滅了熱能的釋放。海水退去，重結冰蓋，新的世界重生。
逃離第一次「幽靈行動」戰場的軍師鬼谷幽，將F時空領袖魯達的尸體埋藏在京都西北部冰山梁的長城腳下，從此隱居北極冰蓋下魔咒天工坊，潛心教授公輸弘一和公輸拓朗兩個徒弟幽靈忍術，並建立起龐大的全球諜報網，為第二次「幽靈行動」做準備。他獨自前往隱秘多年的臥龍莊，途中巧遇天香，騙取了天香感情，打探到異想神劍的下落（後天香生下兒子禽寶），並與白墨者勾結一起。多年後派兩個徒弟去參加全球「少年天工」選拔賽，比賽後段突發變故，鬼谷幽與拓朗攜帶在異想天工坊搶到的藏寶圖，前往昆侖之巔尋寶，企圖阻止「天密」啟動，但為時已晚。第二次「幽靈行動」開始了，昆侖之巔上「天密」之「藍盾計劃」啟動，幽靈戰艦在外太空遭受重創，此時鬼谷幽又被拓朗騙走令牌，失敗與失望交加，鬼谷幽自盡而亡。戰爭勝利後，從N時空回到S時空的渺兒，繼承了墨家巨子大位，為調查父母的死因，渺兒穿越時空到達X星球後無果，重返N時空地球，又見到了曾一起並肩戰斗的親人，朋友，及變得更加年輕漂亮的鬼谷靈，探明了當年發生在F時空的一段心酸往事，明白了與鬼谷兄妹的淵源，在X星球向地球撲來時，果斷的啟動「方舟計劃」，率領嘉浩和可兒登上火星基地，消滅隱藏在X星球背後的Y星球，揭開了「天密」的神秘面紗