一個人的離開只是為了換得另一個人的回歸，那份遺落在游樂場的感情，經過這漫長的分離，已經慢慢發酵了，愛你的人會越陷越深，不愛你的人只會越離越遠。兩段原本相交的人生，正在急速地向兩個完全不同的世界疾馳。
終于挨到了傍晚放學時分，柯南直奔毛利偵探事務所，為的是和小蘭告別。而步美，光彥、元太和哀正走在去阿笠博士家的路上，他們要去博士家玩電子游戲。
毛利偵探事務所︰
「蘭姐姐，我回來了。」
「柯南啊，爸爸去外面喝酒了，晚上不回來，你晚上吃什麼，我給你做。」
「蘭姐姐，我，我，你別忙了，得會兒我要去博士家打游戲，回來是有事要和蘭姐姐你說。」
「你要說什麼，柯南。」
「我，我明天要轉學了，今天是來告別的。毛利叔叔不在，麻煩蘭姐姐幫忙轉告一下。」柯南吞吞吐吐地說。
蘭低著頭，久久不說一句話。
「柯南也要走了嗎，像新一一樣，一離開就再也不回來了。」說著說著，眼里竟泛起了淚光。
「蘭姐姐，我會給你打電話的，而且新一哥哥肯定馬上就要回來了，放心好了。」
「柯南，柯南如果你是新一就好了。」
「蘭，我真的是——」我真的是新一啊，話還沒說出口，竟被蘭硬生生打斷，本來就吞吞吐吐的話，再一次咽到了肚子里。
「柯南，你不是要去博士家嗎，快點去吧。」
「嗯，」
柯南走了出去，門里門外，有兩個眼里同樣掛著淚花的人。
門里是蘭，‘柯南，再見了，但是新一要回來了，不是要開心嗎。為什麼自從你變成了柯南，我就覺得我們之間的距離越來越遠了，你什麼時候開始什麼都不告訴我了，我們曾經是無話不談的青梅竹馬呀，難道我真的笨到，連你柯南就是新一都看不出了嗎，到底是什麼橫在了我們之間。是她嗎？如果是她的話，我注定是爭不過的，也許放棄你是最好的辦法了，可是你叫我怎麼舍得放棄呢，那是我們十幾年的感情啊。’蘭想著想著，淚水就從眼里決堤而出了。
門外那倚著牆的小小身軀，是柯南。‘蘭，我不是柯南啊，我真的是新一呀。對不起，真的對不起，幾次三番地讓你看著我離去的背影而傷心哭泣。對不起，蘭，我現在也很痛苦，我和她明明只是朋友的，為什麼她卻讓我如此放不下，也許是在我看到，她在黑衣組織面前瑟瑟發抖的時候，也許是在我一次次說要保護她的時候，也許更早，在第一次見到她的時候，她伏在我身上，責怪我為什麼擁有精湛的推理能力，卻無力救她姐姐而哭的聲嘶力竭的時候吧，我對她的感覺似乎不再單純，不再是簡簡單單的朋友，而夾雜了些許曖昧。怎麼辦啊，蘭，夾在你和灰原之間，我似乎是那樣笨拙，我不再是那個用華麗的推理將凶嫌繩之以法的偵探，我只是一個在感情漩渦中掙扎的普通人。平成時代的福爾摩斯，竟也會如此猶豫，不過，蘭，你放心吧，等到組織徹底破滅的時候，我會告訴你真相，我工藤新一就是江戶川柯南的真相，我還會將你、我還有灰原之間的糾葛抽絲剝繭，我不會再傷害你，也不會再傷害灰原的。’那小小偵探的眼中的猶豫彷徨已消失不見，取而代之的是自信的光芒，他將奔向另一個目的地——阿笠博士家，向少年偵探團告別，同時向黑衣組織宣戰。
在柯南和蘭告別的時候，小哀他們正在前往博士家的路上，卻發生了讓人始料未及的事情，黑色的光環正慢慢逼近了哀，將要把他牢牢綁住。且看那缺少了柯南的少年偵探團是如何應對組織伸來的魔爪的，那瑟瑟發抖的哀又是怎樣與組織抗爭的。