盡管美國高層得到消息，並且經過緊急會議決定下令巴克納停止第31師的行動，同時派出軍事調查組趕赴慶良間列島進行調查，但是還是太晚了，沖突還是發生了，第16師和美軍第31師左翼遭遇在一片開闊地上。
左翼美軍是第31師師部、直屬部隊還有兩個步兵團，人數不足七千人，而華泰國來的可是全部力量，32000人，實力相差懸殊，美軍31師兩個步兵團很快被第16師一個坦克裝甲團和兩個機械化野戰步兵團包圍，在這一過程，雙方都保持了克制，沒有發生擦槍走火的情況。
美軍31師師長溫格眼見自己的師部和兩個步兵團被包圍，頓時大急，立即命令右翼部隊兩個團迅速向主力靠攏，解救師部，殊不知這正了第16師師長藍正良的下懷。
包圍美軍31師左翼部隊的確實只有第16師兩個團，而其余的部隊卻不見了，等到美軍右翼部隊趕到正準備對第16師兩個團實施反包圍的時候，卻突然從後背出現了大量的第16師部隊，就這樣，美軍第31師兩支部隊被分成兩個部分包圍在16師的包圍圈。
美軍在慶良間列島上最大的一支部隊就這樣被包圍了，其余的都是一些基地設施的保衛部隊，根本沒什麼威脅。
就在此時，第16師師長藍正良接到了第三集團軍司令部的命令，將美軍第31師全部繳械，此事就到此為止，不得再進行其他的行動，部隊就地駐扎等待命令。
第16師師長藍正良還算頭腦清醒，還沒狂妄到連上級命令都不听的程度，當即下達將美軍第31師全部繳械的命令，同時命令部隊就地駐扎看守美軍第31師全部官兵。
事件發生的第二天，第16師師長接到了新的命令。部隊交由參謀長統帥，第16師師長藍正良立刻乘專機回國述職，藍正良接到命令後心里忐忑不安，難道上面打算解除他的兵權？但他還是迅速收拾行裝趕往機場。
按理說這件事情過程，第16師始終都保持著克制的態度，並沒有什麼過火的行為，就算沒有接到上級的指令就開始了行動。這也是被逼無奈，在當時的情況下，如果不自行決定，延誤戰機，很可能被美軍第31師包了餃，作為一個師級主官絕對有權這麼做。
因為這件事情。盟軍進攻沖繩島的戰事不得不再次停了下來，原本這次第16師是作為攻擊沖繩島北部主力的，但是經過這件事情，下次進攻肯定不是短時間之內能發起的，必須要解決內部隱患才能展開進攻，而第16師何去何從還是一個未知數。
直到整個事情結束一天之後，美軍其他部隊主官才知道發生了這件事情。外界媒體也在幾天之後才得到了消息，得到消息的德日幾國更是在報紙上幸災樂禍。
這幾天美軍除了向日軍陣地投放大量的炸彈之外什麼事情都沒有干，而日軍對盟軍的炮擊微乎其微，這幾天日軍打出的炮彈用手指頭都數得過來。
沖繩島南部一處日軍防御坑道內，牛島滿的副手長勇少將帶著幾個大佐和佐在此地巡視陣地。
長勇這個人也許不太出名，但是這個人可是一個不折不扣的劊手，1928年陸軍大學40期畢業，和額田坦。今井武夫，片倉衷同期。1929年任步兵第四十八聯隊隊長，後入參謀本部支那課。1930年成為橋本欣五郎的櫻會的核心人物之一，參加編寫《國家改造案》。1931年擅自從北平返回參加策劃十月事件。失敗後受到輕微處分。1933年8月任台島步兵第一聯隊大隊長，34年8月第16師留守參謀，1935年12月成為參謀本部員支那課佐課員兼陸大教官，參謀本部付漢口武官。日戰爭爆發後任上海派遣軍參謀兼華方面軍參謀。12月任朝香宮鳩彥王指揮下的情報主任參謀。攻佔國首都南京後，起草了殺掉全部俘虜的命令。
南京大屠殺的命令就是長勇起草發布的，當時他只是一個佐，1938年三月之後。他被任命為朝鮮軍屬下的第十師團步兵第七十四聯隊長。同年7月晉升大佐。張鼓峰事件參戰。39年3月任駐大同的駐蒙軍第二十師團參謀長、40年8月台島軍司令部付，9月印度支那派遣軍參謀長，41年6月第二十五軍副參謀長，10月陸軍省軍務局副，晉升少將。參與策劃馬來亞戰役。太平洋戰爭開始的時候是南方軍司令部付，法屬印度支那特務機關長。1942年7月再次兼陸軍省軍務局付，11月第十師團步兵指揮官。關東軍總司令部付，參謀本部付。1944年7月任第三十二軍參謀長，輔佐牛島滿將。他雖然參謀經驗豐富但卻是莽撞猛進型的軍人，在夢都喊著突擊、突擊，被參謀背地里說成是睡覺都能和別人吵起來的人物。
長勇這個人性格異乎尋常，曾經跟他一起工作的同事田隆吉大佐在《被割斷的歷史（戰敗秘話）》一這樣寫道︰曾听長勇夸口說過他下令殺了30萬國人。長勇是我的同事，曾在參謀本部的一個課里和我一起工作過，相互熟悉。他實際上是三月事件和十月事件的心人物，他是個赫赫有名的無比蠻橫的人。他的性格卻不像表面上看來那樣豪放，對世間的毀譽褒貶極為敏感，頗有強烈的功名心。他最大的缺點是不管正確與否，總自以為是，什麼樣的惡毒手段都施得出來，毫不反省自己，是個行動家。長勇對我總要讓一步，主要是他在年輕時曾迷戀于，我曾幫了他一把。還有，我的腕力也遠比他強。因此，他不大敢在我面前信口雌黃。
一次師團在朝鮮羅南召開團隊長會議期間，長勇和我住在一起，我在這段時間從他口里听到了令人吃驚的事實，那就是震撼世界的、在南京附近大量屠殺國人的真相。有一天，他對我說︰「在攻打南京時，我在朝香宮鳩王指揮的華派遣兵團里任情報主任參謀。我軍在上海附近的戰斗經艱苦奮戰後逐漸取得勝利，轉向進攻，向鎮江附近挺進。由于在杭州灣登陸的柳川兵團推進神速，大約有三十萬國兵被切斷了退路，他們丟下武器，向我軍投降。要處理這麼多俘虜，糧食方面是個最大的問題。在事變開始時，我很高興，認為對在通州殺害日本人事件進行報復的時機到來了（長勇在北平職期間曾居住于通州）。我立即擅自向所屬各部隊發出命令︰應全部殺掉這些俘虜！我利用軍司令官的名義，通過無線電訊傳達了這項命令。命令的全當即燒毀。由于這一命令，大屠殺開始了。然而，其也有逃亡的人，不能說全都被殺掉。我相信，我不僅由此對通州的屠殺進行了報復，而且得以告慰已犧牲的諸位摯友無辜的在天之靈。」
我懷疑自己的耳朵，並認為長勇所說的話是長勇在胡言亂語，對此並不相信。停戰後，我從各方面了解到日本軍在南京附近進行屠殺的全部情況。而且試對如何進行如此大規模的屠殺的問題作了研究。得出的結論是，我不得不肯定長勇在朝鮮羅南說的話是真實的。原因是，如此大量的屠殺，如果不是在軍隊的統一指揮下采取集體行動的話，那是絕對不可能辦到的，而且這種集體行動只有遵照上司的命令才能進行。此外，友軍柳川平助的兵團並沒有任何屠殺行為，這就證實了長勇談話的真實性。
長勇是昭和年三月事件的心人物，第二年夏天，他來上海看我。我當時任公使館武官。他洋洋得意地對我談起了屠殺事件的情況，同時」他以法國大革命馬拉和丹東自詡。我認為，長勇是個極端愛耍花招的人，另一方面又十分殘暴，在性格上，同馬拉、丹東等人是一脈相承的，這是事實。
對鎮江附近的俘虜所進行的善後處置，即使人數是大量的，如果冷靜對待，也是非常簡單的。那就是沒收他們的武器，釋放回鄉。因為戰場是國的領土，這樣做非常容易。可是，長男十分殘酷，他借口要對通州事件進行報復，以致進行大量屠殺。嘗過一次血味的人，只把殺人當作家常便飯，往往與猛獸沒有兩樣。這些官兵在鎮江附近〞ｙｕｎｘｉ〞了大量鮮血，他們在進入南京的同時，其殘暴性有增無減。總之，當時震驚世界的南京屠殺事件，是長勇一個人獨斷獨行引起的悲劇。
不論田隆吉在《被割斷的歷史（戰敗秘話）》一所寫的是否是事實，可以這樣認為，這些事，長勇是做得出來的。然而，不管他多麼反常，我們能相信一個微不足道的佐參謀可以不通過軍司令部召開的會議，隨便利用軍司令官朝香宮鳩王的名義向所屬師團長下令全部槍殺俘虜嗎？他膽敢這樣說，也許是企圖把屠殺俘虜的責任由自己一人承擔下來吧。不管怎樣，以軍司令官朝香宮鳩王的名義發出了關于屠殺俘虜的命令，這一點是肯定無疑的。