隨著時間一點點的消磨，最後跟著倒計時，軒轅擎天，以及攜帶的三名手下，酒香兒，花香兒，和飯香兒一起化作一道亮光，消失在原地不見了蹤影。
玩過虐殺原型2都清楚，開局講的是j哥原本有個溫馨的小家庭，過著老婆孩子熱炕頭的幸福生活,但是這一切都被所謂的「莫瑟病毒」的爆發被打破，在海外服役的j哥回家後發現妻女已經被感染病毒的市民所殺，于是j哥認定阿歷克斯?莫瑟（也就是被大家所熟知的a哥）為罪魁禍首，發誓要干掉莫瑟報仇。
時間的慢慢推移，並沒有因為軒轅擎天他們的到來打斷任何劇情，而軒轅擎天和手下的三個女人也不清楚現在自己到底在哪里，于是分頭行動。
還好，超能游戲空間系統並沒有太惡俗，將軒轅擎天他們帶過來就扔到紅色被生化生物佔領的區域，而是紅色區域曼哈頓附近的島嶼上面，也算是不太危險。
而另一邊，j叔在目睹莫瑟干掉一架黑色守望者部隊的武裝直升機後j哥驚呆了，而就在此時一只巨大的變異怪物破土而出，劇情就此拉開，只不過這個時候卻不是玩家操縱，也不會有無數條生命復活來供j叔完成任務，獲得進化點了。一切的一切都要靠自己的身手和反應能力躲過眼前的巨大危險。不過，顯然，本色出演的j叔對這些情況絲毫不亂陣腳，一個加速奔跑躲避掉怪物的攻擊。
然而，好不容易躲過怪物的攻擊。j哥躲到廢墟中剛想喘口氣。一只體形較小的怪物從天而降。撲倒j哥，張嘴就咬，身為老兵的j哥很熟練的拔出匕首，猛地刺向怪物，幾個來回就干掉了怪物。干掉怪物後j哥找到莫瑟，但不敵實力強悍的莫瑟，並且被莫瑟在體內注入了「莫瑟病毒」，于是j哥就被黑色守望者部隊帶回了簡泰克公司當實驗用的小白鼠了！
一切的一切慢慢的延伸。劇情開始展開。被抓走的j哥剛一清醒就面臨著數之不盡的感染體，情況非常的危機。
而剛剛進入到游戲位面的軒轅擎天沒過多久就接到了游戲主線任務，不過看到這個主線任務的時候軒轅擎天差點沒有摔桌子破口大罵。
系統提示︰主線任務一︰天啟者必須獲得「亞瑟病毒」，選擇條件一︰殺掉實力強大的a哥，獲得母體病毒。獲得母體病毒之後，天啟者化身為a哥，阻止j哥所采取的一切武力報復，並且在最終決斗的時候，殺掉j叔。選擇二︰半個小時找到被抓進實驗室的j個，然後吞噬掉宿主基因。並以j哥的身份完成一切屬于j哥的任務。
尼瑪，可以說兩個選擇都非常的操蛋。但系統提示已然成為了定局，實在是操蛋不已。將消息共享給手下之後，智囊花香兒給出了軒轅擎天最好的選擇。
吞噬j哥，選擇第二選項大的原因有三︰第一，j哥剛剛獲得病毒體，並沒有足夠的成長。第二，j哥本身就是退伍的老兵，實力方面即使是病毒體附身，也不算特別厲害。第三︰現在的a哥處于各方面狀態最強的時候，不建議選擇，否則有生命危險。沒得辦法，軒轅擎天只能悲催的听取了花香兒的建議，獨自一個人前往目的地。
至于說現在花香兒三人的任務，就是將游戲位面所有任務，生物，生化怪獸，機械，等增幅之後的威力做一個統計，然後依次給予軒轅擎天任務上面最好的建議。
而軒轅擎天自己，早在超能游戲空間系統給出自己任務的時候，就標記了j哥和a哥的方向標，軒轅擎天毫不猶豫的朝著j哥所在的實驗室狂奔而去。
被抓住的j哥命運自然是不怎麼好，魯克斯上校認為j哥是個潛在威脅，他不希望再有另一個莫瑟跑來跑去。魯克斯上校算是一個貫穿整個劇情的人物。在虐殺原型里面，一名黑色守望的指揮官，前期非常囂張，壓根就不知道死字怎麼寫，明明自己就是個普通人，heller（j哥）變成黑色守望的士兵時常常接到他的命令，而他每次下達完命令都會來一句︰「要是遇見heller，直接把他干掉」。他在游戲中的作用就是heller吸收萊利中尉後，基本上變成了heller的情報員，在又一次接觸中heller決定把他干掉時，突然發現他也是一個和自己一樣有血有肉的軍人，有自己的女兒，而且非常愛她，就沖這點逃過了一劫，到後面還幫助heller拯救了女兒。
不過對于魯克斯上校的命令科尼博士不怎麼贊同，他感覺j哥還有利用的價值，只不過，顯然科尼博士的話沒有起到任何決定性的作用，因為魯克斯上校已經揮著手下達了命令。
科尼博士在虐殺原型里面也算是任務角色，剛開始被heller當做簡泰克的成員抓住，表現得十分怕死，自稱自己也反對簡泰克和黑色守望的行為，為了活命願為heller鞍前馬後，成為heller的內應，經不住heller的試探露出本來面目。原來他和heller一樣，都是進化人，為alex效力，卻並非真心，科尼由于某種目的要致heller于死地（不是alex的命令，也許是想讓自己更強大），可是他低估了heller的成長能力，很快被今非昔比的heller干掉了。
清除指令一經發出，火焰過後被燒焦的j哥杯具的躺在了地上！而已經在幾分鐘前悄悄吞噬一個警衛的軒轅擎天卻是憑借著文衛卡走了進來。
親眼目睹了j哥被火燒的一幕之後，軒轅擎天漸漸的從側門走了出去，沒有任何動作。顯然，軒轅擎天並不像在這里就動手，畢竟這里是重兵把守的軍事基地，絕對不是說走就能走的。所以，軒轅擎天決定等j哥完成了一系列繁瑣的事情之後再偷襲，成功拿下j哥身上的亞瑟病毒，看了看時間，大概還有17分鐘就到半個小時，17分鐘，絕對夠了！
雖然用烈火焚燒了j哥，但魯克斯上校依舊不放在心，派出部下仔細檢查j哥的尸體，此時j哥體內的莫瑟病毒發揮了作用，漸漸恢復了意識。睜開雙眼的j哥看著手握槍械的士兵朝著自己走來，一個飛身起跳，果斷的抓住黑色守望者士兵，成功的吸收掉，補充自身損失的大量鮮血。這一幕卻被魯克斯上校看的一清二楚，他氣急敗壞的上校放出了全部感染體，只不過正式因為這個決定讓j哥擁有了大量的新鮮吞噬目標，將所有的感染者吞噬，補充了鮮血之後，j哥基本上恢復了被火焰燒得坑坑窪窪的皮肉。
j哥一邊躲避著火焰攻擊，一邊查看著周圍的所有建築物，重兵把守的實驗室看起來沒有絲毫漏洞，周圍全都是由鋼筋混凝土構造而成，以現在還很虛弱的身體，根本不可能辦到摧毀目標物。慢慢的，j哥將視線放到了魯克斯上校身上，不，是魯克斯上校面前的巨大觀察玻璃窗。一個跳躍，躲過一記火焰，j哥抓住同樣由金屬構造的試驗台。
「啊」j哥奮力的一聲大吼，整個試驗台直接與地面來了個大搬家，雙手舉著笨重的試驗台，j哥退後了幾步，閃過再次襲來的火焰攻擊，積攢力量，然後將手中的試驗台狠狠的砸向實驗室前的玻璃。很顯然，現實當中玻璃也不是那麼好砸的，少說也有十幾厘米厚的防劃玻璃，足足廢了j哥九牛二虎之力，來來回回，重復大的砸了數十下，才算是成功。
有了出口的j哥，一個縱跳，很輕松的落在實驗台前，然後順著實驗室的通道，一路向西逃竄。來到城市後發現四處都遍布著黑色守望者部隊與軍隊士兵還有不少身著防化服的科學家檢查過往人群，j哥小心的都一一避開，只不過，j哥卻沒有發現一只尾隨在身後的軒轅擎天手上正積蓄這閃電能量，即使是在被消弱了十倍，也可以發揮出s級別的威能，要說是j哥沒有受傷的話，軒轅擎天還不敢確定，但經歷過火燒，感染者，槍擊，等等，即使是再強大，也會有虛弱的時候。現實當中並沒有什麼血量一說，重傷什麼的是必然，絕不僅僅是靠吸收一個生命體就可以恢復的。軒轅擎天打的就是這個賭，看了看時間，還有兩分鐘，應該是足夠用了，于是軒轅擎天慢慢的接近了j哥。
奔跑的j哥來到一個平民區，兩位街頭藝術家正在作畫，但是黑色守望者部隊小隊長看到這種破壞和諧的家伙感到很不爽，正要發作時發現一臉不服的j哥從旁邊經過，于是這位自尋死路的小隊長叫j哥過來喝杯茶，但是j哥可不這樣想。(未完待續……)