()司馬元顯說話算話，接到王恭死訊後，立即任命劉牢之為征西將軍，都督兗、青、冀、幽、並、徐、揚等州軍事，劉牢之從而實際掌握了東晉的軍權。他的倒戈意味著東晉兩支最j ng銳主力部隊開始火拼了。
首先發難的是楊詮期和桓玄，他們聯名上書，以劉牢之擅殺大臣為名，請求殺劉牢之。司馬元顯看到上表，差點笑噴了，這不是惡人先告狀麼？你們千里迢迢來到建業，不就是想要我們父子的人頭嗎？還不要人正當防御啦？
桓玄見朝廷沒搭理，便率領荊州兵進駐石頭城，擺出一副隨時攻城的姿態。司馬元顯心里非常著急，一邊組織百姓守城，一邊催促劉牢之拱衛京師。後者不敢大意，立即率軍回援，不r 抵達建業。
另一方面，殷仲堪的主力部隊也趕到——東晉的全部家底都在這里了。論戰斗力，北府兵要比荊州兵高一丟丟；論人數，荊州兵卻比北府兵高出許多。司馬元顯並沒有十足的把握展開決戰，于是，他又動起了歪腦筋。
那就再次從內部擊破好了。
司馬元顯喊來了桓修，這人是桓沖的兒子，自幼在荊州長大，對荊州的一草一木都十分熟悉，他對元顯說︰「荊州兵我在了解不過，殷仲堪材質平庸，紙老虎一個，他之所以敢起兵，完全依仗桓玄和王恭，現在王恭已死，只要搞定桓玄，一定會收到意想不到的結果。」
「就這麼辦！」
于是乎，東晉朝廷發出了若干封任命書︰桓玄為江州刺史；楊詮期任雍州刺史；桓修為荊州刺史；殷仲堪則被貶為廣州刺史，即r 啟程赴任。朝廷還送給桓玄一大群美女和成山的金銀珠寶，派劉牢之帶一千人歡送。
殷仲堪當然不願意，他催促桓玄和楊詮期趕緊攻城，並寫信威脅兩人︰「你要是敢聯合朝廷出賣我，我就把你在荊州的老婆孩子統統殺掉！」
以現代人的眼光來看，桓玄絕對是那種顧家好男人，他擔心家人的安危，急忙撒丫子跑路，終于在半路追上殷仲堪，逼他交出兒子做人質。這下好了，你要敢殺我老婆，我就敢做掉你兒子！
楊詮期也怕殷仲堪說到做到，也趕來匯合（如果他決意不回的話，或許就沒有後來的大隋王朝了呢），他與桓、殷重新訂立了盟約，並宣布拒絕朝廷的任命；同時上書朝廷，為王恭和殷仲堪討說法。司馬元顯無奈，又把荊州還給了殷仲堪。
三人一路無語，默默回到荊州，經過建業之旅，哥仨的關系更加微妙了︰桓玄有官職；殷仲堪有兵權；楊詮期啥都有，啥都不多，三人互不買賬，互相玩心眼，直到玩死為止。
隨著殷仲堪等人踏入荊州地界，這場無厘頭的內亂畫上了句點，總結為一句話，就是雷聲大雨點小。
說雷聲大，是因為這場內亂將東晉五大家族全部卷了進去，最終桓家以微弱的優勢勝出；而王、庾等幾家無法避免地走向了衰落；而雨點卻很小，沒死幾個人，真正的戰場沖突幾乎沒有，東晉朝廷格局沒有發生實質x ng的變革。
當然，東晉zh ngf 還是有收獲的，最重要的一點是收回了京口和揚州大部，消除了建業周圍的威脅，盡管如此，其實際控制範圍還是小得可憐，唯有三吳之地而已。但是現在，就連這塊巴掌大的地方都要保不住了。
王恭之亂後沒幾天，司馬元顯又收到了孫泰企圖造反的消息。
孫泰的身份很有意思，他是五斗米教的忠實信徒，也是現任教主杜子恭的坐下大弟子，杜子恭其人名不見經傳，他臨死前悟出的那句「不怕做不到，就怕想不到」倒是很有名。魏晉南北朝時期的僧人道士都不老實，杜教主卻是一個例外，他對官場不感冒，就知道埋頭煉丹。
乃徒孫泰正好相反，他熱衷官道，靠著賄賂宮廷宦官，居然做到新安太守的位置。王恭之亂使他敏銳地感覺到，晉朝的國祚不會太長了，為了防備即將到來的亡國之災，他利用五斗米教的影響力，到處蠱惑民心；聚集從前線逃回來的潰兵，儼然已成氣候。
司馬道子（內亂平息後，這老小子又回到了台前）對此深感擔憂，便請孫泰喝酒，宴席上把他殺了，然後殺了孫泰的六個兒子，佷子孫恩勉強撿了條小命，跑到海上興風作浪去了。百姓們還以為孫泰已經得道成仙，在海上幫助孫恩呢！
孫恩喝了幾天海水，又重新爬上了岸，令他詫異的是，百姓們居然都以神靈對待他，所到之處，大家紛紛響應，在極短的時間內，收獲了非常之高的人氣值。
這一切，與zh ngy ngzh ngf 的暴虐統治有很大關系，司馬元顯因為平亂有功，被朝廷委予重任，他的貪腐之心也急劇膨脹，不僅逼退老爹，自己任揚州刺史；還在三吳地區橫征暴斂，導致這一地區的百姓「家無余財」，甚至「賣兒蠰女」，這也就不難理解他們為何敬孫恩為神明了。
孫恩利用百姓們對zh ngf 的仇恨，到處招兵買馬，很快募集到一支數萬人的隊伍。他的首要戰略目標是會稽，原因很簡單，離海最近，便于向內陸發展。
鎮守會稽的是王羲之的兒子，王凝之，他的書法也相當了得，僅次于老爹和兄長王獻之，而且他還有個有名的老婆，謝道韞，這可是東晉第一才女（那句「未若柳絮因風起」的作者，甚是了得）。
王凝之雖然藝術造詣比較高，但在打仗方面簡直就是大白痴，和孫恩一樣，他也是五斗米教的忠實信徒，他既不抵抗也不投降，整r 在家求神拜佛，嘴里還念念有詞，跟仙魔附體似的。部將請求迎敵，他卻神神叨叨地說︰「我已經和張天師說好啦！他會派出天兵幫我們守城的！」
結果鬼兵沒來，會稽倒是先丟了。王凝之孤身一人逃出城，幾個兒子都去見張天師了。謝道韞倒是淡定的很，她命婢女們去找轎子，自己則奮力抵抗，手刃數人。雖然最終被俘，但足以羞死那個不爭氣的老公了。
孫恩以會稽為根據地，勢力不斷向北發展，逐漸控制了三吳之地，東晉zh ngf 的直接管轄範圍，只剩下孤城建業及其附近郊區。孫恩的前鋒甚至可以抵達宣陽門下。
孫恩小人得志，自稱為征東將軍，開始在三吳地區胡作非為。他的人生信條為順我者昌逆我者亡，凡是有反對他的，一律滅族（注意這倆字兒），上至耄耋老人，下到待哺嬰兒，都在孫恩的殺人名單上。
孫恩平生最痛恨那些中飽私囊的官吏（吃不著葡萄嫌葡萄酸），于是把會稽的縣令統統殺了做成肉醬，送給他們的老婆和兒子當午餐。這還不算完，孫恩派人監視他們，只要不願吃的，立即當場肢解（孫皓、石虎也不過如此吧！）。
于是乎，三吳地區哀鴻遍野，這片曾經最富庶的地方幾乎變成了人間地獄。
東晉zh ngf 極為恐慌，趕忙派司馬元顯平叛。與此同時，劉牢之也率軍南下，所到之處，捷報頻傳，不久即抵達會稽地區。為了模清敵情，以便確定下一步的軍事行動，劉牢之派部將劉裕前去打探。
劉裕帶著十幾號人，拍拍出發了。沒過多久，這支哨兵小分隊遇到了孫恩數千人的大軍。